MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Shigella dysenteriae Sd197 plasmid pSD1_197

Total Repeats: 57

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007607	CGGCTT	2	12	6686	6697	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82524415
2	NC_007607	GCCGGA	2	12	15463	15474	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	82524425
3	NC_007607	CAGGAG	2	12	24063	24074	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	82524435
4	NC_007607	TCCGCA	2	12	32736	32747	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	82524443
5	NC_007607	TCCGCA	2	12	34927	34938	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	82524444
6	NC_007607	TCCGCA	2	12	40529	40540	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	82524451
7	NC_007607	AGCCAG	2	12	41545	41556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82524451
8	NC_007607	AAGCCG	2	12	43670	43681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82524454
9	NC_007607	TAAGTG	2	12	44648	44659	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524456
10	NC_007607	TAAGTG	2	12	52076	52087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524464
11	NC_007607	CGTGAT	2	12	52663	52674	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	82524466
12	NC_007607	GCAGAA	2	12	54878	54889	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	82524468
13	NC_007607	CACTTA	2	12	57115	57126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	82524471
14	NC_007607	GATGTG	2	12	63471	63482	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	82524480
15	NC_007607	TCCGCA	2	12	67762	67773	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	82524486
16	NC_007607	TTTACG	2	12	68193	68204	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	82524487
17	NC_007607	TCAGCA	2	12	68343	68354	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	82524488
18	NC_007607	ACATTT	2	12	68917	68928	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	82524488
19	NC_007607	TAAGTG	2	12	75090	75101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524501
20	NC_007607	GATGCG	2	12	78658	78669	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	82524505
21	NC_007607	CCTGCT	2	12	83743	83754	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	82524512
22	NC_007607	CAGTTG	2	12	84548	84559	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	82524512
23	NC_007607	GCCGGA	2	12	90687	90698	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	82524517
24	NC_007607	AACCGT	2	12	94462	94473	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	82524523
25	NC_007607	GGTTAA	2	12	95694	95705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524525
26	NC_007607	ATGTGG	2	12	98837	98848	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	82524528
27	NC_007607	TGGGGC	2	12	99143	99154	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	82524528
28	NC_007607	GCAGGT	2	12	99846	99857	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	82524528
29	NC_007607	TGCCCT	2	12	99936	99947	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	82524528
30	NC_007607	AACACG	2	12	101383	101394	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	82524530
31	NC_007607	TGGGGA	2	12	101650	101661	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	82524530
32	NC_007607	TAAGTG	2	12	105524	105535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524540
33	NC_007607	GATGCG	2	12	111234	111245	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	82524546
34	NC_007607	GCAGAA	2	12	111915	111926	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	82524546
35	NC_007607	CGGCTT	2	12	112489	112500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	82524549
36	NC_007607	CTCAGA	2	12	112598	112609	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	82524550
37	NC_007607	CAAAAC	2	12	112649	112660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	82524550
38	NC_007607	AAGCCG	2	12	119144	119155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	82524558
39	NC_007607	GCTCCT	2	12	124491	124502	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	82524565
40	NC_007607	AGAGAA	2	12	129154	129165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	82524568
41	NC_007607	TATCTG	2	12	131200	131211	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	82524570
42	NC_007607	GTTCAT	2	12	136482	136493	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	82524575
43	NC_007607	ATACTG	2	12	137693	137704	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	82524576
44	NC_007607	TAAAAA	2	12	138838	138849	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	82524577
45	NC_007607	GAAAAA	2	12	140805	140816	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	82524579
46	NC_007607	ATTATC	2	12	145479	145490	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	82524588
47	NC_007607	AAGTGA	2	12	148628	148639	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	82524590
48	NC_007607	AGTGAA	2	12	148749	148760	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	82524590
49	NC_007607	GATGCG	2	12	149115	149126	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	82524591
50	NC_007607	TTAATG	2	12	151140	151151	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	82524592
51	NC_007607	CGGTTT	2	12	152143	152154	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	82524593
52	NC_007607	ATTTAA	2	12	156555	156566	50 %	50 %	0 %	0 %	82524599
53	NC_007607	GCAGAA	2	12	164213	164224	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	82524609
54	NC_007607	TAAGTG	2	12	169953	169964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524619
55	NC_007607	TAGTGA	2	12	170932	170943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	82524620
56	NC_007607	GGTTAT	2	12	171137	171148	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	82524620
57	NC_007607	GCAGAA	2	12	175820	175831	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	82524623

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.