MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shigella dysenteriae Sd197 plasmid pSD1_197

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007607	CATTG	2	10	3402	3411	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_007607	AAATT	2	10	3598	3607	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007607	CAGAG	2	10	5405	5414	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007607	ACATC	2	10	5722	5731	40 %	20 %	0 %	40 %	82524413
5	NC_007607	CTGGT	2	10	6815	6824	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_007607	TGCAA	2	10	7950	7959	40 %	20 %	20 %	20 %	82524416
7	NC_007607	CCACT	2	10	9819	9828	20 %	20 %	0 %	60 %	161986650
8	NC_007607	CAGTG	2	10	9925	9934	20 %	20 %	40 %	20 %	161986650
9	NC_007607	CTGAT	2	10	11138	11147	20 %	40 %	20 %	20 %	82524419
10	NC_007607	ATGTA	2	10	11696	11705	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007607	ATTTT	2	10	13317	13326	20 %	80 %	0 %	0 %	82524421
12	NC_007607	TAACA	2	10	13532	13541	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007607	CCATT	2	10	13582	13591	20 %	40 %	0 %	40 %	82524422
14	NC_007607	GTCTG	2	10	14929	14938	0 %	40 %	40 %	20 %	82524423
15	NC_007607	CTGTG	2	10	15533	15542	0 %	40 %	40 %	20 %	82524425
16	NC_007607	GGCCT	2	10	15712	15721	0 %	20 %	40 %	40 %	82524426
17	NC_007607	GAACG	2	10	15959	15968	40 %	0 %	40 %	20 %	82524426
18	NC_007607	GATGT	2	10	16431	16440	20 %	40 %	40 %	0 %	82524427
19	NC_007607	ACCGG	2	10	16906	16915	20 %	0 %	40 %	40 %	82524427
20	NC_007607	TGGTG	2	10	17355	17364	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007607	ATGAA	2	10	17578	17587	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007607	ATTAC	2	10	18823	18832	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007607	TAACG	2	10	21510	21519	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007607	CGAGT	2	10	21612	21621	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_007607	GTTCG	2	10	24081	24090	0 %	40 %	40 %	20 %	82524435
26	NC_007607	AAGGT	2	10	24430	24439	40 %	20 %	40 %	0 %	82524435
27	NC_007607	AGCGC	2	10	24829	24838	20 %	0 %	40 %	40 %	82524435
28	NC_007607	TCAAA	2	10	25466	25475	60 %	20 %	0 %	20 %	82524436
29	NC_007607	ACCGC	2	10	26784	26793	20 %	0 %	20 %	60 %	82524437
30	NC_007607	TTATG	2	10	26867	26876	20 %	60 %	20 %	0 %	82524437
31	NC_007607	ACAAA	2	10	26945	26954	80 %	0 %	0 %	20 %	82524437
32	NC_007607	TTCCA	2	10	27108	27117	20 %	40 %	0 %	40 %	82524437
33	NC_007607	CGAGT	2	10	29394	29403	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_007607	CAAAT	2	10	30077	30086	60 %	20 %	0 %	20 %	82524440
35	NC_007607	GTTTT	2	10	40148	40157	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007607	GGACA	2	10	46978	46987	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007607	AATGA	2	10	49902	49911	60 %	20 %	20 %	0 %	82524462
38	NC_007607	ATAAA	2	10	50083	50092	80 %	20 %	0 %	0 %	82524462
39	NC_007607	TTCAA	2	10	52391	52400	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007607	TTTCC	2	10	55677	55686	0 %	60 %	0 %	40 %	82524470
41	NC_007607	GTGGC	2	10	58376	58385	0 %	20 %	60 %	20 %	82524473
42	NC_007607	AATTT	2	10	61467	61476	40 %	60 %	0 %	0 %	82524476
43	NC_007607	CAATG	2	10	61663	61672	40 %	20 %	20 %	20 %	82524476
44	NC_007607	ACAGT	2	10	62853	62862	40 %	20 %	20 %	20 %	82524479
45	NC_007607	GCTTT	2	10	62891	62900	0 %	60 %	20 %	20 %	82524479
46	NC_007607	AATAA	2	10	64030	64039	80 %	20 %	0 %	0 %	82524481
47	NC_007607	CATTA	2	10	64261	64270	40 %	40 %	0 %	20 %	82524481
48	NC_007607	GCCAG	2	10	64650	64659	20 %	0 %	40 %	40 %	82524481
49	NC_007607	GGCTG	2	10	68099	68108	0 %	20 %	60 %	20 %	82524487
50	NC_007607	ATAAA	2	10	71858	71867	80 %	20 %	0 %	0 %	82524495
51	NC_007607	TTTAT	2	10	72039	72048	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007607	TGGCG	2	10	73517	73526	0 %	20 %	60 %	20 %	82524497
53	NC_007607	CATCA	2	10	73585	73594	40 %	20 %	0 %	40 %	82524497
54	NC_007607	GCCAG	2	10	74230	74239	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_007607	GCCCG	2	10	74429	74438	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
56	NC_007607	TTCAT	2	10	77064	77073	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_007607	GCTCT	2	10	78253	78262	0 %	40 %	20 %	40 %	82524505
58	NC_007607	CAGGA	2	10	79296	79305	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007607	GGCAG	2	10	79390	79399	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_007607	TGAGT	2	10	79907	79916	20 %	40 %	40 %	0 %	82524507
61	NC_007607	GTCTG	2	10	80383	80392	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007607	TTGCC	2	10	80913	80922	0 %	40 %	20 %	40 %	82524509
63	NC_007607	ACGCC	2	10	81161	81170	20 %	0 %	20 %	60 %	82524509
64	NC_007607	CAGTG	2	10	84362	84371	20 %	20 %	40 %	20 %	82524512
65	NC_007607	GGTGG	2	10	85681	85690	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007607	AAATG	2	10	86207	86216	60 %	20 %	20 %	0 %	82524513
67	NC_007607	TCTGG	2	10	86533	86542	0 %	40 %	40 %	20 %	82524513
68	NC_007607	AGTTC	2	10	86588	86597	20 %	40 %	20 %	20 %	82524513
69	NC_007607	TGGTA	2	10	87758	87767	20 %	40 %	40 %	0 %	82524514
70	NC_007607	ATTTA	2	10	90107	90116	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007607	GTGCT	2	10	94241	94250	0 %	40 %	40 %	20 %	82524523
72	NC_007607	GACCT	2	10	96330	96339	20 %	20 %	20 %	40 %	82524527
73	NC_007607	ACCGG	2	10	100500	100509	20 %	0 %	40 %	40 %	82524528
74	NC_007607	GCCGT	2	10	100571	100580	0 %	20 %	40 %	40 %	82524528
75	NC_007607	ACCTG	2	10	101108	101117	20 %	20 %	20 %	40 %	82524529
76	NC_007607	TCTGG	2	10	101445	101454	0 %	40 %	40 %	20 %	82524530
77	NC_007607	CCGGG	2	10	104412	104421	0 %	0 %	60 %	40 %	82524536
78	NC_007607	AAAAC	2	10	104609	104618	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_007607	TAAAG	2	10	106707	106716	60 %	20 %	20 %	0 %	82524542
80	NC_007607	ACTTT	2	10	106717	106726	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_007607	CCTGT	2	10	108203	108212	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_007607	GCTCT	2	10	110829	110838	0 %	40 %	20 %	40 %	82524546
83	NC_007607	AATGA	2	10	113560	113569	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007607	TTTGA	2	10	113860	113869	20 %	60 %	20 %	0 %	82524552
85	NC_007607	GCGCT	2	10	114498	114507	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_007607	CTGGT	2	10	116159	116168	0 %	40 %	40 %	20 %	82524555
87	NC_007607	AATTT	2	10	118488	118497	40 %	60 %	0 %	0 %	82524557
88	NC_007607	CAATG	2	10	118684	118693	40 %	20 %	20 %	20 %	82524557
89	NC_007607	GTCTG	2	10	120020	120029	0 %	40 %	40 %	20 %	82524559
90	NC_007607	AGCGA	2	10	123033	123042	40 %	0 %	40 %	20 %	82524564
91	NC_007607	CCTGA	2	10	123714	123723	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_007607	ACCTT	2	10	124127	124136	20 %	40 %	0 %	40 %	82524565
93	NC_007607	CGAAC	2	10	124476	124485	40 %	0 %	20 %	40 %	82524565
94	NC_007607	GTTAT	2	10	126213	126222	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007607	TTTTA	2	10	127189	127198	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007607	TTTAT	2	10	127224	127233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007607	TGTTT	2	10	127957	127966	0 %	80 %	20 %	0 %	82524567
98	NC_007607	TCTTT	2	10	128009	128018	0 %	80 %	0 %	20 %	82524567
99	NC_007607	AAGTT	2	10	128255	128264	40 %	40 %	20 %	0 %	82524567
100	NC_007607	ATGCT	2	10	128423	128432	20 %	40 %	20 %	20 %	82524567
101	NC_007607	TGTTT	2	10	132489	132498	0 %	80 %	20 %	0 %	82524571
102	NC_007607	GGTGA	2	10	132668	132677	20 %	20 %	60 %	0 %	82524571
103	NC_007607	ATTTT	2	10	134610	134619	20 %	80 %	0 %	0 %	82524572
104	NC_007607	TTTTA	2	10	134627	134636	20 %	80 %	0 %	0 %	82524572
105	NC_007607	CTTTA	2	10	135575	135584	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_007607	TTGAA	2	10	137845	137854	40 %	40 %	20 %	0 %	82524576
107	NC_007607	TTTCA	2	10	138486	138495	20 %	60 %	0 %	20 %	82524577
108	NC_007607	CTTCT	2	10	139290	139299	0 %	60 %	0 %	40 %	82524577
109	NC_007607	GAGAG	2	10	139323	139332	40 %	0 %	60 %	0 %	82524577
110	NC_007607	ATATT	2	10	140380	140389	40 %	60 %	0 %	0 %	82524578
111	NC_007607	TTGAT	2	10	142804	142813	20 %	60 %	20 %	0 %	82524583
112	NC_007607	TTAAA	2	10	145266	145275	60 %	40 %	0 %	0 %	82524587
113	NC_007607	ATTGT	2	10	145294	145303	20 %	60 %	20 %	0 %	82524587
114	NC_007607	ATTGT	2	10	146079	146088	20 %	60 %	20 %	0 %	82524589
115	NC_007607	TGGCT	2	10	147872	147881	0 %	40 %	40 %	20 %	82524590
116	NC_007607	TATAC	2	10	149529	149538	40 %	40 %	0 %	20 %	82524591
117	NC_007607	TTGTT	2	10	150076	150085	0 %	80 %	20 %	0 %	82524591
118	NC_007607	GTTAT	2	10	151068	151077	20 %	60 %	20 %	0 %	82524592
119	NC_007607	ATGGT	2	10	155647	155656	20 %	40 %	40 %	0 %	157042764
120	NC_007607	CAGAC	2	10	158491	158500	40 %	0 %	20 %	40 %	82524601
121	NC_007607	TATCA	2	10	161631	161640	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_007607	AAACA	2	10	161943	161952	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_007607	TTCAT	2	10	165679	165688	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_007607	AATAT	2	10	167838	167847	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007607	ATGGA	2	10	170613	170622	40 %	20 %	40 %	0 %	82524620
126	NC_007607	TCAGC	2	10	172798	172807	20 %	20 %	20 %	40 %	82524620
127	NC_007607	CCACT	2	10	174212	174221	20 %	20 %	0 %	60 %	161986649
128	NC_007607	CAGTG	2	10	174318	174327	20 %	20 %	40 %	20 %	161986649
129	NC_007607	ACCTT	2	10	175919	175928	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_007607	ATCAA	2	10	178259	178268	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_007607	ATGAA	2	10	180245	180254	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007607	CAAAA	2	10	181536	181545	80 %	0 %	0 %	20 %	161986648
133	NC_007607	ACTGG	2	10	181590	181599	20 %	20 %	40 %	20 %	161986648

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.