MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Shigella dysenteriae Sd197 plasmid pSD1_197

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007607	ACATC	2	10	5722	5731	40 %	20 %	0 %	40 %	82524413
2	NC_007607	TGCAA	2	10	7950	7959	40 %	20 %	20 %	20 %	82524416
3	NC_007607	CCACT	2	10	9819	9828	20 %	20 %	0 %	60 %	161986650
4	NC_007607	CAGTG	2	10	9925	9934	20 %	20 %	40 %	20 %	161986650
5	NC_007607	CTGAT	2	10	11138	11147	20 %	40 %	20 %	20 %	82524419
6	NC_007607	ATTTT	2	10	13317	13326	20 %	80 %	0 %	0 %	82524421
7	NC_007607	CCATT	2	10	13582	13591	20 %	40 %	0 %	40 %	82524422
8	NC_007607	GTCTG	2	10	14929	14938	0 %	40 %	40 %	20 %	82524423
9	NC_007607	CTGTG	2	10	15533	15542	0 %	40 %	40 %	20 %	82524425
10	NC_007607	GGCCT	2	10	15712	15721	0 %	20 %	40 %	40 %	82524426
11	NC_007607	GAACG	2	10	15959	15968	40 %	0 %	40 %	20 %	82524426
12	NC_007607	GATGT	2	10	16431	16440	20 %	40 %	40 %	0 %	82524427
13	NC_007607	ACCGG	2	10	16906	16915	20 %	0 %	40 %	40 %	82524427
14	NC_007607	GTTCG	2	10	24081	24090	0 %	40 %	40 %	20 %	82524435
15	NC_007607	AAGGT	2	10	24430	24439	40 %	20 %	40 %	0 %	82524435
16	NC_007607	AGCGC	2	10	24829	24838	20 %	0 %	40 %	40 %	82524435
17	NC_007607	TCAAA	2	10	25466	25475	60 %	20 %	0 %	20 %	82524436
18	NC_007607	ACCGC	2	10	26784	26793	20 %	0 %	20 %	60 %	82524437
19	NC_007607	TTATG	2	10	26867	26876	20 %	60 %	20 %	0 %	82524437
20	NC_007607	ACAAA	2	10	26945	26954	80 %	0 %	0 %	20 %	82524437
21	NC_007607	TTCCA	2	10	27108	27117	20 %	40 %	0 %	40 %	82524437
22	NC_007607	CAAAT	2	10	30077	30086	60 %	20 %	0 %	20 %	82524440
23	NC_007607	AATGA	2	10	49902	49911	60 %	20 %	20 %	0 %	82524462
24	NC_007607	ATAAA	2	10	50083	50092	80 %	20 %	0 %	0 %	82524462
25	NC_007607	TTTCC	2	10	55677	55686	0 %	60 %	0 %	40 %	82524470
26	NC_007607	GTGGC	2	10	58376	58385	0 %	20 %	60 %	20 %	82524473
27	NC_007607	AATTT	2	10	61467	61476	40 %	60 %	0 %	0 %	82524476
28	NC_007607	CAATG	2	10	61663	61672	40 %	20 %	20 %	20 %	82524476
29	NC_007607	ACAGT	2	10	62853	62862	40 %	20 %	20 %	20 %	82524479
30	NC_007607	GCTTT	2	10	62891	62900	0 %	60 %	20 %	20 %	82524479
31	NC_007607	AATAA	2	10	64030	64039	80 %	20 %	0 %	0 %	82524481
32	NC_007607	CATTA	2	10	64261	64270	40 %	40 %	0 %	20 %	82524481
33	NC_007607	GCCAG	2	10	64650	64659	20 %	0 %	40 %	40 %	82524481
34	NC_007607	GGCTG	2	10	68099	68108	0 %	20 %	60 %	20 %	82524487
35	NC_007607	ATAAA	2	10	71858	71867	80 %	20 %	0 %	0 %	82524495
36	NC_007607	TGGCG	2	10	73517	73526	0 %	20 %	60 %	20 %	82524497
37	NC_007607	CATCA	2	10	73585	73594	40 %	20 %	0 %	40 %	82524497
38	NC_007607	GCTCT	2	10	78253	78262	0 %	40 %	20 %	40 %	82524505
39	NC_007607	TGAGT	2	10	79907	79916	20 %	40 %	40 %	0 %	82524507
40	NC_007607	TTGCC	2	10	80913	80922	0 %	40 %	20 %	40 %	82524509
41	NC_007607	ACGCC	2	10	81161	81170	20 %	0 %	20 %	60 %	82524509
42	NC_007607	CAGTG	2	10	84362	84371	20 %	20 %	40 %	20 %	82524512
43	NC_007607	AAATG	2	10	86207	86216	60 %	20 %	20 %	0 %	82524513
44	NC_007607	TCTGG	2	10	86533	86542	0 %	40 %	40 %	20 %	82524513
45	NC_007607	AGTTC	2	10	86588	86597	20 %	40 %	20 %	20 %	82524513
46	NC_007607	TGGTA	2	10	87758	87767	20 %	40 %	40 %	0 %	82524514
47	NC_007607	GTGCT	2	10	94241	94250	0 %	40 %	40 %	20 %	82524523
48	NC_007607	GACCT	2	10	96330	96339	20 %	20 %	20 %	40 %	82524527
49	NC_007607	ACCGG	2	10	100500	100509	20 %	0 %	40 %	40 %	82524528
50	NC_007607	GCCGT	2	10	100571	100580	0 %	20 %	40 %	40 %	82524528
51	NC_007607	ACCTG	2	10	101108	101117	20 %	20 %	20 %	40 %	82524529
52	NC_007607	TCTGG	2	10	101445	101454	0 %	40 %	40 %	20 %	82524530
53	NC_007607	CCGGG	2	10	104412	104421	0 %	0 %	60 %	40 %	82524536
54	NC_007607	TAAAG	2	10	106707	106716	60 %	20 %	20 %	0 %	82524542
55	NC_007607	GCTCT	2	10	110829	110838	0 %	40 %	20 %	40 %	82524546
56	NC_007607	TTTGA	2	10	113860	113869	20 %	60 %	20 %	0 %	82524552
57	NC_007607	CTGGT	2	10	116159	116168	0 %	40 %	40 %	20 %	82524555
58	NC_007607	AATTT	2	10	118488	118497	40 %	60 %	0 %	0 %	82524557
59	NC_007607	CAATG	2	10	118684	118693	40 %	20 %	20 %	20 %	82524557
60	NC_007607	GTCTG	2	10	120020	120029	0 %	40 %	40 %	20 %	82524559
61	NC_007607	AGCGA	2	10	123033	123042	40 %	0 %	40 %	20 %	82524564
62	NC_007607	ACCTT	2	10	124127	124136	20 %	40 %	0 %	40 %	82524565
63	NC_007607	CGAAC	2	10	124476	124485	40 %	0 %	20 %	40 %	82524565
64	NC_007607	TGTTT	2	10	127957	127966	0 %	80 %	20 %	0 %	82524567
65	NC_007607	TCTTT	2	10	128009	128018	0 %	80 %	0 %	20 %	82524567
66	NC_007607	AAGTT	2	10	128255	128264	40 %	40 %	20 %	0 %	82524567
67	NC_007607	ATGCT	2	10	128423	128432	20 %	40 %	20 %	20 %	82524567
68	NC_007607	TGTTT	2	10	132489	132498	0 %	80 %	20 %	0 %	82524571
69	NC_007607	GGTGA	2	10	132668	132677	20 %	20 %	60 %	0 %	82524571
70	NC_007607	ATTTT	2	10	134610	134619	20 %	80 %	0 %	0 %	82524572
71	NC_007607	TTTTA	2	10	134627	134636	20 %	80 %	0 %	0 %	82524572
72	NC_007607	TTGAA	2	10	137845	137854	40 %	40 %	20 %	0 %	82524576
73	NC_007607	TTTCA	2	10	138486	138495	20 %	60 %	0 %	20 %	82524577
74	NC_007607	CTTCT	2	10	139290	139299	0 %	60 %	0 %	40 %	82524577
75	NC_007607	GAGAG	2	10	139323	139332	40 %	0 %	60 %	0 %	82524577
76	NC_007607	ATATT	2	10	140380	140389	40 %	60 %	0 %	0 %	82524578
77	NC_007607	TTGAT	2	10	142804	142813	20 %	60 %	20 %	0 %	82524583
78	NC_007607	TTAAA	2	10	145266	145275	60 %	40 %	0 %	0 %	82524587
79	NC_007607	ATTGT	2	10	145294	145303	20 %	60 %	20 %	0 %	82524587
80	NC_007607	ATTGT	2	10	146079	146088	20 %	60 %	20 %	0 %	82524589
81	NC_007607	TGGCT	2	10	147872	147881	0 %	40 %	40 %	20 %	82524590
82	NC_007607	TATAC	2	10	149529	149538	40 %	40 %	0 %	20 %	82524591
83	NC_007607	TTGTT	2	10	150076	150085	0 %	80 %	20 %	0 %	82524591
84	NC_007607	GTTAT	2	10	151068	151077	20 %	60 %	20 %	0 %	82524592
85	NC_007607	ATGGT	2	10	155647	155656	20 %	40 %	40 %	0 %	157042764
86	NC_007607	CAGAC	2	10	158491	158500	40 %	0 %	20 %	40 %	82524601
87	NC_007607	ATGGA	2	10	170613	170622	40 %	20 %	40 %	0 %	82524620
88	NC_007607	TCAGC	2	10	172798	172807	20 %	20 %	20 %	40 %	82524620
89	NC_007607	CCACT	2	10	174212	174221	20 %	20 %	0 %	60 %	161986649
90	NC_007607	CAGTG	2	10	174318	174327	20 %	20 %	40 %	20 %	161986649
91	NC_007607	CAAAA	2	10	181536	181545	80 %	0 %	0 %	20 %	161986648
92	NC_007607	ACTGG	2	10	181590	181599	20 %	20 %	40 %	20 %	161986648

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.