MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella dysenteriae Sd197 plasmid pSD1_197

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007607	CAGC	2	8	26	33	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_007607	ATCT	2	8	122	129	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_007607	TGAA	2	8	135	142	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007607	TCGT	2	8	169	176	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_007607	GTAG	2	8	842	849	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007607	AATT	2	8	854	861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007607	AAGA	2	8	896	903	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007607	TCTA	2	8	1223	1230	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_007607	AATT	2	8	2218	2225	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007607	AAAT	2	8	2235	2242	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007607	TAAG	2	8	3518	3525	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007607	TAAA	2	8	3615	3622	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007607	AAGT	2	8	3978	3985	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007607	TCAG	2	8	4027	4034	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_007607	CATT	2	8	4378	4385	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_007607	GATA	2	8	5386	5393	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007607	AGGA	2	8	6765	6772	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007607	ATTG	2	8	11658	11665	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007607	ATGT	2	8	11710	11717	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007607	ATGT	2	8	11719	11726	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007607	ATGT	2	8	11728	11735	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007607	ATGT	2	8	11737	11744	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007607	ATGT	2	8	11746	11753	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007607	ATGT	2	8	11755	11762	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007607	ATGT	2	8	11764	11771	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007607	ATGT	2	8	11773	11780	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007607	ATGT	2	8	11782	11789	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007607	CATT	2	8	13469	13476	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_007607	TTTG	2	8	13934	13941	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007607	ATTG	2	8	14090	14097	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007607	CTGT	2	8	15093	15100	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_007607	TACT	2	8	15213	15220	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_007607	TTGA	2	8	17550	17557	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007607	CAAC	2	8	17728	17735	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_007607	ATGA	2	8	17988	17995	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007607	TCAG	2	8	18070	18077	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_007607	AAAC	2	8	19633	19640	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_007607	ACGA	2	8	19687	19694	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_007607	ATGA	2	8	20448	20455	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007607	AAGT	2	8	21308	21315	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007607	TCAG	2	8	21781	21788	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_007607	CCGT	2	8	25989	25996	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_007607	ATTC	2	8	26132	26139	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_007607	AATG	2	8	30746	30753	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007607	CAGT	2	8	30909	30916	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_007607	TCCA	2	8	31145	31152	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_007607	TCTT	2	8	32122	32129	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_007607	TGGT	2	8	34659	34666	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007607	AATA	2	8	36535	36542	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007607	ATTT	2	8	36636	36643	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007607	AGTA	2	8	36737	36744	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007607	GAGG	2	8	36840	36847	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007607	CTGT	2	8	39219	39226	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_007607	ATTT	2	8	42827	42834	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007607	TCCT	2	8	43595	43602	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_007607	CAGA	2	8	44032	44039	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_007607	TCTT	2	8	45699	45706	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_007607	AGGA	2	8	47154	47161	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007607	ATTA	2	8	47762	47769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007607	ATCA	2	8	49441	49448	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_007607	GATG	2	8	51390	51397	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007607	AGAC	2	8	51478	51485	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_007607	TGTT	2	8	57915	57922	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007607	ATTT	2	8	58003	58010	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007607	CAGT	2	8	58902	58909	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_007607	ACTG	2	8	58916	58923	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_007607	ACAG	2	8	59888	59895	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_007607	TATC	2	8	60051	60058	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_007607	ATAC	2	8	60213	60220	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_007607	ACAG	2	8	62761	62768	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_007607	CTGT	2	8	63243	63250	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007607	GTAT	2	8	63298	63305	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007607	TCTG	2	8	66258	66265	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_007607	AGGA	2	8	67472	67479	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007607	ATCA	2	8	67593	67600	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_007607	CTTC	2	8	68062	68069	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_007607	ATTC	2	8	69683	69690	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_007607	TAAA	2	8	70774	70781	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007607	ATAC	2	8	72500	72507	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_007607	TTAC	2	8	75290	75297	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_007607	TAAC	2	8	76171	76178	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_007607	CATT	2	8	76258	76265	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_007607	CAGC	2	8	79377	79384	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_007607	GGAA	2	8	79426	79433	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007607	CACG	2	8	80329	80336	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_007607	CCAG	2	8	80342	80349	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_007607	TAAA	2	8	85792	85799	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007607	GTGG	2	8	90843	90850	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007607	TCTG	2	8	93120	93127	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_007607	AGGA	2	8	93557	93564	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007607	CAGC	2	8	103822	103829	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_007607	TAAA	2	8	104551	104558	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007607	TCAT	2	8	104574	104581	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_007607	TGGC	2	8	106769	106776	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_007607	TACA	2	8	107944	107951	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_007607	CATT	2	8	108173	108180	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_007607	AGAC	2	8	108213	108220	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_007607	CCGA	2	8	108253	108260	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_007607	CCCG	2	8	108365	108372	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
100	NC_007607	AGGA	2	8	112568	112575	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007607	CCCG	2	8	113672	113679	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
102	NC_007607	ATAC	2	8	117235	117242	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_007607	TCCT	2	8	119069	119076	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_007607	CAGA	2	8	119506	119513	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_007607	CTGG	2	8	123812	123819	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_007607	ATAA	2	8	125058	125065	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007607	GCAG	2	8	125505	125512	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_007607	TGAA	2	8	125653	125660	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007607	TAAG	2	8	125748	125755	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007607	CTAT	2	8	125776	125783	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_007607	TCGG	2	8	125793	125800	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_007607	GACG	2	8	126031	126038	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
113	NC_007607	GTTC	2	8	126078	126085	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_007607	AAAT	2	8	127339	127346	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007607	TTTA	2	8	128835	128842	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007607	TGTA	2	8	128877	128884	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007607	CAAT	2	8	138420	138427	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_007607	CATT	2	8	147799	147806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_007607	TCAT	2	8	157774	157781	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_007607	CTTT	2	8	158080	158087	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_007607	GTTT	2	8	158203	158210	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007607	CTGA	2	8	159809	159816	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_007607	GACA	2	8	160450	160457	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_007607	GTTT	2	8	160732	160739	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007607	ATTG	2	8	164548	164555	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007607	CTTA	2	8	165589	165596	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_007607	TCAA	2	8	165709	165716	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_007607	GCAG	2	8	165930	165937	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_007607	TCGT	2	8	166018	166025	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_007607	AGAA	2	8	169326	169333	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007607	TGGC	2	8	176603	176610	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_007607	GCTC	2	8	176804	176811	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_007607	TACA	2	8	177779	177786	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_007607	TGAA	2	8	177937	177944	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007607	CAAA	2	8	178150	178157	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_007607	CGGA	2	8	178513	178520	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_007607	GTCT	2	8	178970	178977	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_007607	GAAA	2	8	178980	178987	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007607	CTTT	2	8	179039	179046	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_007607	TTGA	2	8	180217	180224	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007607	TGAT	2	8	181111	181118	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007607	AGGT	2	8	181200	181207	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007607	AATA	2	8	181275	181282	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007607	TTAA	2	8	181323	181330	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.