MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Shigella dysenteriae Sd197 plasmid pSD1_197

Total Repeats: 400

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007607	GTCA	2	8	373	380	25 %	25 %	25 %	25 %	82524408
2	NC_007607	AATA	2	8	1361	1368	75 %	25 %	0 %	0 %	82524410
3	NC_007607	ACAA	2	8	1532	1539	75 %	0 %	0 %	25 %	82524410
4	NC_007607	TCTT	2	8	1655	1662	0 %	75 %	0 %	25 %	82524410
5	NC_007607	CGCT	2	8	2433	2440	0 %	25 %	25 %	50 %	82524411
6	NC_007607	TTAT	2	8	2644	2651	25 %	75 %	0 %	0 %	82524411
7	NC_007607	TTGG	2	8	2728	2735	0 %	50 %	50 %	0 %	82524411
8	NC_007607	CCGG	2	8	5777	5784	0 %	0 %	50 %	50 %	82524413
9	NC_007607	CGAC	2	8	6209	6216	25 %	0 %	25 %	50 %	82524414
10	NC_007607	TCTG	2	8	6328	6335	0 %	50 %	25 %	25 %	82524414
11	NC_007607	TATT	2	8	7444	7451	25 %	75 %	0 %	0 %	82524416
12	NC_007607	TGTT	2	8	8404	8411	0 %	75 %	25 %	0 %	82524416
13	NC_007607	AAAT	2	8	8748	8755	75 %	25 %	0 %	0 %	82524416
14	NC_007607	ACAT	2	8	8795	8802	50 %	25 %	0 %	25 %	82524416
15	NC_007607	TTTA	2	8	9119	9126	25 %	75 %	0 %	0 %	82524416
16	NC_007607	GCGA	2	8	9563	9570	25 %	0 %	50 %	25 %	161986650
17	NC_007607	CTTT	2	8	10030	10037	0 %	75 %	0 %	25 %	161986650
18	NC_007607	CCAT	2	8	10282	10289	25 %	25 %	0 %	50 %	161986650
19	NC_007607	CTTC	2	8	10557	10564	0 %	50 %	0 %	50 %	82524418
20	NC_007607	CTGG	2	8	10592	10599	0 %	25 %	50 %	25 %	82524418
21	NC_007607	ATCA	2	8	10718	10725	50 %	25 %	0 %	25 %	82524418
22	NC_007607	CATG	2	8	11358	11365	25 %	25 %	25 %	25 %	82524419
23	NC_007607	CCTG	2	8	12185	12192	0 %	25 %	25 %	50 %	82524420
24	NC_007607	TCAT	2	8	12795	12802	25 %	50 %	0 %	25 %	82524421
25	NC_007607	TCTT	2	8	13134	13141	0 %	75 %	0 %	25 %	82524421
26	NC_007607	CCAG	2	8	14588	14595	25 %	0 %	25 %	50 %	82524424
27	NC_007607	GCCG	2	8	15553	15560	0 %	0 %	50 %	50 %	82524425
28	NC_007607	CTGG	2	8	15669	15676	0 %	25 %	50 %	25 %	82524426
29	NC_007607	TCCG	2	8	16377	16384	0 %	25 %	25 %	50 %	82524427
30	NC_007607	ATCC	2	8	16922	16929	25 %	25 %	0 %	50 %	82524427
31	NC_007607	TGCA	2	8	17061	17068	25 %	25 %	25 %	25 %	82524427
32	NC_007607	ATTC	2	8	17237	17244	25 %	50 %	0 %	25 %	82524427
33	NC_007607	AATA	2	8	18882	18889	75 %	25 %	0 %	0 %	82524429
34	NC_007607	CAGA	2	8	19484	19491	50 %	0 %	25 %	25 %	82524429
35	NC_007607	AAAT	2	8	20786	20793	75 %	25 %	0 %	0 %	82524431
36	NC_007607	GCAG	2	8	22036	22043	25 %	0 %	50 %	25 %	82524432
37	NC_007607	GCCT	2	8	22430	22437	0 %	25 %	25 %	50 %	82524433
38	NC_007607	GGCT	2	8	22528	22535	0 %	25 %	50 %	25 %	82524433
39	NC_007607	TCGC	2	8	23983	23990	0 %	25 %	25 %	50 %	82524435
40	NC_007607	CATT	2	8	24037	24044	25 %	50 %	0 %	25 %	82524435
41	NC_007607	GCTG	2	8	24550	24557	0 %	25 %	50 %	25 %	82524435
42	NC_007607	CTCA	2	8	25044	25051	25 %	25 %	0 %	50 %	82524436
43	NC_007607	TCAG	2	8	25295	25302	25 %	25 %	25 %	25 %	82524436
44	NC_007607	CAGA	2	8	25493	25500	50 %	0 %	25 %	25 %	82524436
45	NC_007607	TAAG	2	8	26287	26294	50 %	25 %	25 %	0 %	82524437
46	NC_007607	GTTG	2	8	26771	26778	0 %	50 %	50 %	0 %	82524437
47	NC_007607	GGAT	2	8	27167	27174	25 %	25 %	50 %	0 %	82524437
48	NC_007607	ACCG	2	8	27483	27490	25 %	0 %	25 %	50 %	82524438
49	NC_007607	ACAG	2	8	27664	27671	50 %	0 %	25 %	25 %	82524438
50	NC_007607	ACGT	2	8	28345	28352	25 %	25 %	25 %	25 %	82524438
51	NC_007607	CTGG	2	8	28822	28829	0 %	25 %	50 %	25 %	82524439
52	NC_007607	GGTT	2	8	29082	29089	0 %	50 %	50 %	0 %	82524439
53	NC_007607	GCAT	2	8	29800	29807	25 %	25 %	25 %	25 %	82524440
54	NC_007607	TCCA	2	8	30069	30076	25 %	25 %	0 %	50 %	82524440
55	NC_007607	TCCA	2	8	30195	30202	25 %	25 %	0 %	50 %	82524440
56	NC_007607	CCAC	2	8	31503	31510	25 %	0 %	0 %	75 %	82524441
57	NC_007607	ATAC	2	8	31683	31690	50 %	25 %	0 %	25 %	82524441
58	NC_007607	GTAA	2	8	31870	31877	50 %	25 %	25 %	0 %	82524441
59	NC_007607	CCAC	2	8	31884	31891	25 %	0 %	0 %	75 %	82524441
60	NC_007607	GTCA	2	8	32672	32679	25 %	25 %	25 %	25 %	82524443
61	NC_007607	CTGC	2	8	32830	32837	0 %	25 %	25 %	50 %	82524443
62	NC_007607	ATTC	2	8	32908	32915	25 %	50 %	0 %	25 %	82524443
63	NC_007607	TTGT	2	8	33455	33462	0 %	75 %	25 %	0 %	82524443
64	NC_007607	ACCT	2	8	33749	33756	25 %	25 %	0 %	50 %	82524443
65	NC_007607	TGAA	2	8	33988	33995	50 %	25 %	25 %	0 %	82524443
66	NC_007607	GTCA	2	8	34863	34870	25 %	25 %	25 %	25 %	82524444
67	NC_007607	CTGC	2	8	35021	35028	0 %	25 %	25 %	50 %	82524444
68	NC_007607	ATTC	2	8	35099	35106	25 %	50 %	0 %	25 %	82524444
69	NC_007607	TTGT	2	8	35646	35653	0 %	75 %	25 %	0 %	82524444
70	NC_007607	TCTG	2	8	35897	35904	0 %	50 %	25 %	25 %	82524444
71	NC_007607	GAAC	2	8	36130	36137	50 %	0 %	25 %	25 %	82524444
72	NC_007607	GCAG	2	8	36217	36224	25 %	0 %	50 %	25 %	82524444
73	NC_007607	TCAG	2	8	36409	36416	25 %	25 %	25 %	25 %	82524444
74	NC_007607	TCTG	2	8	38065	38072	0 %	50 %	25 %	25 %	82524446
75	NC_007607	GCCA	2	8	38430	38437	25 %	0 %	25 %	50 %	82524447
76	NC_007607	CAGC	2	8	38563	38570	25 %	0 %	25 %	50 %	82524447
77	NC_007607	AACT	2	8	40353	40360	50 %	25 %	0 %	25 %	82524450
78	NC_007607	GTCA	2	8	40465	40472	25 %	25 %	25 %	25 %	82524451
79	NC_007607	CTGC	2	8	40623	40630	0 %	25 %	25 %	50 %	82524451
80	NC_007607	ATTC	2	8	40701	40708	25 %	50 %	0 %	25 %	82524451
81	NC_007607	TTGT	2	8	41248	41255	0 %	75 %	25 %	0 %	82524451
82	NC_007607	TAAA	2	8	42016	42023	75 %	25 %	0 %	0 %	82524451
83	NC_007607	AATG	2	8	44757	44764	50 %	25 %	25 %	0 %	82524456
84	NC_007607	CCAC	2	8	45080	45087	25 %	0 %	0 %	75 %	82524457
85	NC_007607	ATAC	2	8	45260	45267	50 %	25 %	0 %	25 %	82524457
86	NC_007607	GTAA	2	8	45447	45454	50 %	25 %	25 %	0 %	82524457
87	NC_007607	CATC	2	8	46510	46517	25 %	25 %	0 %	50 %	82524459
88	NC_007607	CAGG	2	8	46643	46650	25 %	0 %	50 %	25 %	82524460
89	NC_007607	TACA	2	8	47864	47871	50 %	25 %	0 %	25 %	82524461
90	NC_007607	ATCA	2	8	48515	48522	50 %	25 %	0 %	25 %	82524461
91	NC_007607	AATA	2	8	49195	49202	75 %	25 %	0 %	0 %	82524461
92	NC_007607	ATAA	2	8	49569	49576	75 %	25 %	0 %	0 %	82524462
93	NC_007607	TGTC	2	8	49703	49710	0 %	50 %	25 %	25 %	82524462
94	NC_007607	AGTG	2	8	49811	49818	25 %	25 %	50 %	0 %	82524462
95	NC_007607	GACA	2	8	50175	50182	50 %	0 %	25 %	25 %	82524462
96	NC_007607	TTAT	2	8	50242	50249	25 %	75 %	0 %	0 %	82524462
97	NC_007607	GGAA	2	8	50483	50490	50 %	0 %	50 %	0 %	82524462
98	NC_007607	AATA	2	8	50582	50589	75 %	25 %	0 %	0 %	82524462
99	NC_007607	ACAG	2	8	50644	50651	50 %	0 %	25 %	25 %	82524462
100	NC_007607	TTGT	2	8	50928	50935	0 %	75 %	25 %	0 %	82524462
101	NC_007607	ATTA	2	8	51059	51066	50 %	50 %	0 %	0 %	82524462
102	NC_007607	AATG	2	8	52185	52192	50 %	25 %	25 %	0 %	82524464
103	NC_007607	TCAG	2	8	52488	52495	25 %	25 %	25 %	25 %	82524465
104	NC_007607	TGGC	2	8	53020	53027	0 %	25 %	50 %	25 %	82524466
105	NC_007607	GTGC	2	8	53275	53282	0 %	25 %	50 %	25 %	82524467
106	NC_007607	TTAC	2	8	54453	54460	25 %	50 %	0 %	25 %	82524468
107	NC_007607	GTAT	2	8	54640	54647	25 %	50 %	25 %	0 %	82524468
108	NC_007607	GTGG	2	8	54820	54827	0 %	25 %	75 %	0 %	82524468
109	NC_007607	GAAT	2	8	55582	55589	50 %	25 %	25 %	0 %	82524470
110	NC_007607	CATT	2	8	57010	57017	25 %	50 %	0 %	25 %	82524471
111	NC_007607	TTGG	2	8	58616	58623	0 %	50 %	50 %	0 %	82524473
112	NC_007607	AAAT	2	8	58646	58653	75 %	25 %	0 %	0 %	82524473
113	NC_007607	AAAT	2	8	60357	60364	75 %	25 %	0 %	0 %	82524476
114	NC_007607	TAAA	2	8	60897	60904	75 %	25 %	0 %	0 %	82524476
115	NC_007607	AAGA	2	8	61171	61178	75 %	0 %	25 %	0 %	82524476
116	NC_007607	TTTA	2	8	61452	61459	25 %	75 %	0 %	0 %	82524476
117	NC_007607	TTGT	2	8	63652	63659	0 %	75 %	25 %	0 %	82524480
118	NC_007607	CTTT	3	12	63709	63720	0 %	75 %	0 %	25 %	82524480
119	NC_007607	CCTG	2	8	63897	63904	0 %	25 %	25 %	50 %	82524481
120	NC_007607	GTTT	2	8	64206	64213	0 %	75 %	25 %	0 %	82524481
121	NC_007607	TTCT	2	8	64344	64351	0 %	75 %	0 %	25 %	82524481
122	NC_007607	GTAT	2	8	65138	65145	25 %	50 %	25 %	0 %	82524482
123	NC_007607	GCTG	2	8	65363	65370	0 %	25 %	50 %	25 %	82524482
124	NC_007607	GCCA	2	8	66482	66489	25 %	0 %	25 %	50 %	82524484
125	NC_007607	CAGC	2	8	66615	66622	25 %	0 %	25 %	50 %	82524484
126	NC_007607	CTCA	2	8	70097	70104	25 %	25 %	0 %	50 %	82524490
127	NC_007607	TGGG	2	8	70164	70171	0 %	25 %	75 %	0 %	82524490
128	NC_007607	TTTC	2	8	72284	72291	0 %	75 %	0 %	25 %	82524496
129	NC_007607	TTCA	2	8	72685	72692	25 %	50 %	0 %	25 %	82524498
130	NC_007607	TAAT	2	8	72942	72949	50 %	50 %	0 %	0 %	82524498
131	NC_007607	TCCG	2	8	73068	73075	0 %	25 %	25 %	50 %	82524497
132	NC_007607	GGCT	2	8	73409	73416	0 %	25 %	50 %	25 %	82524497
133	NC_007607	GTGA	2	8	73535	73542	25 %	25 %	50 %	0 %	82524497
134	NC_007607	GACG	2	8	74064	74071	25 %	0 %	50 %	25 %	82524499
135	NC_007607	GTGA	2	8	74148	74155	25 %	25 %	50 %	0 %	82524499
136	NC_007607	AATG	2	8	75199	75206	50 %	25 %	25 %	0 %	82524501
137	NC_007607	TGCG	2	8	75575	75582	0 %	25 %	50 %	25 %	82524502
138	NC_007607	ATAA	2	8	77161	77168	75 %	25 %	0 %	0 %	82524505
139	NC_007607	TAAC	2	8	77417	77424	50 %	25 %	0 %	25 %	82524505
140	NC_007607	GAAT	2	8	77763	77770	50 %	25 %	25 %	0 %	82524505
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.