MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Synechococcus elongatus PCC 7942 plasmid 1

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007595	TCAA	2	8	162	169	50 %	25 %	0 %	25 %	81230334
2	NC_007595	AGCA	2	8	1073	1080	50 %	0 %	25 %	25 %	81230345
3	NC_007595	CTGC	2	8	1263	1270	0 %	25 %	25 %	50 %	81230345
4	NC_007595	CTCG	2	8	1442	1449	0 %	25 %	25 %	50 %	81230356
5	NC_007595	GACA	2	8	1467	1474	50 %	0 %	25 %	25 %	81230356
6	NC_007595	GCCT	2	8	1557	1564	0 %	25 %	25 %	50 %	81230356
7	NC_007595	ACCA	2	8	1672	1679	50 %	0 %	0 %	50 %	81230356
8	NC_007595	CTTG	2	8	2158	2165	0 %	50 %	25 %	25 %	81230367
9	NC_007595	TCGC	2	8	2220	2227	0 %	25 %	25 %	50 %	81230367
10	NC_007595	CCCG	2	8	3305	3312	0 %	0 %	25 %	75 %	81230380
11	NC_007595	TGGC	2	8	3837	3844	0 %	25 %	50 %	25 %	81230380
12	NC_007595	CGAT	2	8	4262	4269	25 %	25 %	25 %	25 %	81230380
13	NC_007595	GCTG	2	8	4560	4567	0 %	25 %	50 %	25 %	81230380
14	NC_007595	ACGG	2	8	5018	5025	25 %	0 %	50 %	25 %	81230380
15	NC_007595	CAGC	2	8	5069	5076	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_007595	CGTC	2	8	5337	5344	0 %	25 %	25 %	50 %	81230381
17	NC_007595	ACCA	2	8	6086	6093	50 %	0 %	0 %	50 %	81230381
18	NC_007595	CGAA	2	8	6320	6327	50 %	0 %	25 %	25 %	81230382
19	NC_007595	CTGA	2	8	6893	6900	25 %	25 %	25 %	25 %	81230382
20	NC_007595	CGAC	2	8	7027	7034	25 %	0 %	25 %	50 %	81230382
21	NC_007595	TCCT	2	8	7420	7427	0 %	50 %	0 %	50 %	81230383
22	NC_007595	ACAG	2	8	7619	7626	50 %	0 %	25 %	25 %	81230383
23	NC_007595	ATCG	2	8	7708	7715	25 %	25 %	25 %	25 %	81230383
24	NC_007595	TCAA	2	8	8018	8025	50 %	25 %	0 %	25 %	81230383
25	NC_007595	AAAT	2	8	8294	8301	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007595	AGAT	2	8	8562	8569	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007595	GACG	2	8	8720	8727	25 %	0 %	50 %	25 %	81230335
28	NC_007595	TTGC	2	8	9371	9378	0 %	50 %	25 %	25 %	81230336
29	NC_007595	ATCG	2	8	10488	10495	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_007595	TTGA	2	8	11134	11141	25 %	50 %	25 %	0 %	81230338
31	NC_007595	CTAG	2	8	11820	11827	25 %	25 %	25 %	25 %	81230339
32	NC_007595	CTGA	2	8	11955	11962	25 %	25 %	25 %	25 %	81230339
33	NC_007595	CTGC	2	8	12169	12176	0 %	25 %	25 %	50 %	81230339
34	NC_007595	GATC	2	8	12336	12343	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_007595	TCTT	2	8	12410	12417	0 %	75 %	0 %	25 %	81230340
36	NC_007595	ATTA	2	8	12965	12972	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007595	TGAA	2	8	13041	13048	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007595	TCCA	2	8	13128	13135	25 %	25 %	0 %	50 %	81230341
39	NC_007595	TTTA	2	8	13329	13336	25 %	75 %	0 %	0 %	81230341
40	NC_007595	GCAG	2	8	13459	13466	25 %	0 %	50 %	25 %	81230341
41	NC_007595	TATT	2	8	13564	13571	25 %	75 %	0 %	0 %	81230341
42	NC_007595	TGGC	2	8	13861	13868	0 %	25 %	50 %	25 %	81230341
43	NC_007595	ACTT	2	8	14289	14296	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_007595	TGAT	2	8	15127	15134	25 %	50 %	25 %	0 %	81230342
45	NC_007595	TCAG	2	8	16070	16077	25 %	25 %	25 %	25 %	81230343
46	NC_007595	CAGT	2	8	16975	16982	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_007595	ACAG	2	8	17103	17110	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_007595	ATCG	2	8	17641	17648	25 %	25 %	25 %	25 %	81230344
49	NC_007595	GGCT	2	8	17789	17796	0 %	25 %	50 %	25 %	81230346
50	NC_007595	GATC	2	8	17806	17813	25 %	25 %	25 %	25 %	81230346
51	NC_007595	GTCT	2	8	17879	17886	0 %	50 %	25 %	25 %	81230346
52	NC_007595	TTCC	2	8	18192	18199	0 %	50 %	0 %	50 %	81230346
53	NC_007595	GGGC	2	8	18320	18327	0 %	0 %	75 %	25 %	81230346
54	NC_007595	GACT	2	8	18483	18490	25 %	25 %	25 %	25 %	81230346
55	NC_007595	TTGG	2	8	18595	18602	0 %	50 %	50 %	0 %	81230346
56	NC_007595	CTCG	2	8	18954	18961	0 %	25 %	25 %	50 %	81230347
57	NC_007595	CCAT	2	8	19301	19308	25 %	25 %	0 %	50 %	81230347
58	NC_007595	ACTG	2	8	19491	19498	25 %	25 %	25 %	25 %	81230347
59	NC_007595	TTCT	2	8	19558	19565	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_007595	CCCA	2	8	20472	20479	25 %	0 %	0 %	75 %	81230348
61	NC_007595	CGCC	2	8	21684	21691	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
62	NC_007595	GCAG	2	8	21790	21797	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_007595	CTGG	2	8	22368	22375	0 %	25 %	50 %	25 %	81230371
64	NC_007595	GAAA	2	8	22402	22409	75 %	0 %	25 %	0 %	81230371
65	NC_007595	AATT	2	8	22882	22889	50 %	50 %	0 %	0 %	81230374
66	NC_007595	GCTT	2	8	23186	23193	0 %	50 %	25 %	25 %	81230374
67	NC_007595	TATT	2	8	23548	23555	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007595	GCGA	2	8	24026	24033	25 %	0 %	50 %	25 %	81230351
69	NC_007595	GATT	2	8	24150	24157	25 %	50 %	25 %	0 %	81230351
70	NC_007595	CTCC	2	8	24584	24591	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
71	NC_007595	TCAC	2	8	25004	25011	25 %	25 %	0 %	50 %	81230352
72	NC_007595	CCCG	2	8	25212	25219	0 %	0 %	25 %	75 %	81230352
73	NC_007595	CCGA	2	8	25309	25316	25 %	0 %	25 %	50 %	81230352
74	NC_007595	GCGA	2	8	25509	25516	25 %	0 %	50 %	25 %	81230352
75	NC_007595	CGGC	2	8	26125	26132	0 %	0 %	50 %	50 %	81230352
76	NC_007595	CGCT	2	8	26532	26539	0 %	25 %	25 %	50 %	81230352
77	NC_007595	AAAC	2	8	26550	26557	75 %	0 %	0 %	25 %	81230352
78	NC_007595	ATCG	2	8	26825	26832	25 %	25 %	25 %	25 %	81230352
79	NC_007595	AAGC	2	8	29394	29401	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_007595	GCGA	2	8	29640	29647	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_007595	TAGC	2	8	29768	29775	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_007595	ATTG	2	8	29983	29990	25 %	50 %	25 %	0 %	81230353
83	NC_007595	GCAG	2	8	30044	30051	25 %	0 %	50 %	25 %	81230353
84	NC_007595	GACC	2	8	30202	30209	25 %	0 %	25 %	50 %	81230353
85	NC_007595	AGCG	2	8	30433	30440	25 %	0 %	50 %	25 %	81230353
86	NC_007595	GGTC	2	8	30582	30589	0 %	25 %	50 %	25 %	81230353
87	NC_007595	CGAA	2	8	30701	30708	50 %	0 %	25 %	25 %	81230353
88	NC_007595	GTCA	2	8	31258	31265	25 %	25 %	25 %	25 %	81230353
89	NC_007595	TTTA	2	8	31537	31544	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007595	CAGC	2	8	31882	31889	25 %	0 %	25 %	50 %	81230354
91	NC_007595	CTAT	2	8	32290	32297	25 %	50 %	0 %	25 %	81230354
92	NC_007595	GCCT	2	8	32749	32756	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_007595	CAAG	2	8	33083	33090	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_007595	GTCA	2	8	33326	33333	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_007595	CCCG	2	8	33595	33602	0 %	0 %	25 %	75 %	81230355
96	NC_007595	AATG	2	8	33881	33888	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007595	CGGG	2	8	35057	35064	0 %	0 %	75 %	25 %	81230358
98	NC_007595	CTGG	2	8	35070	35077	0 %	25 %	50 %	25 %	81230358
99	NC_007595	TCAG	2	8	35233	35240	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_007595	AAAC	2	8	35312	35319	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_007595	CAGC	2	8	36380	36387	25 %	0 %	25 %	50 %	81230360
102	NC_007595	CCAG	2	8	36617	36624	25 %	0 %	25 %	50 %	81230361
103	NC_007595	TGGG	2	8	36649	36656	0 %	25 %	75 %	0 %	81230361
104	NC_007595	AGCG	2	8	36731	36738	25 %	0 %	50 %	25 %	81230361
105	NC_007595	TCGG	2	8	37621	37628	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_007595	ATCA	2	8	37787	37794	50 %	25 %	0 %	25 %	81230362
107	NC_007595	AATC	2	8	37951	37958	50 %	25 %	0 %	25 %	81230362
108	NC_007595	CTCA	2	8	38525	38532	25 %	25 %	0 %	50 %	81230363
109	NC_007595	ACAA	2	8	38653	38660	75 %	0 %	0 %	25 %	81230363
110	NC_007595	ATCA	2	8	39799	39806	50 %	25 %	0 %	25 %	81230364
111	NC_007595	CGAT	2	8	40126	40133	25 %	25 %	25 %	25 %	81230364
112	NC_007595	GCTG	2	8	40265	40272	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
113	NC_007595	TCAA	2	8	40981	40988	50 %	25 %	0 %	25 %	81230365
114	NC_007595	CAGC	2	8	41184	41191	25 %	0 %	25 %	50 %	81230365
115	NC_007595	CGCC	2	8	41606	41613	0 %	0 %	25 %	75 %	81230365
116	NC_007595	TCAA	2	8	41795	41802	50 %	25 %	0 %	25 %	81230366
117	NC_007595	CATC	2	8	41880	41887	25 %	25 %	0 %	50 %	81230366
118	NC_007595	AGCC	2	8	42891	42898	25 %	0 %	25 %	50 %	81230368
119	NC_007595	TCAC	2	8	43027	43034	25 %	25 %	0 %	50 %	81230368
120	NC_007595	CCCG	2	8	43363	43370	0 %	0 %	25 %	75 %	81230369
121	NC_007595	GCTG	2	8	44161	44168	0 %	25 %	50 %	25 %	81230379
122	NC_007595	TTAC	2	8	44411	44418	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_007595	CATT	2	8	44613	44620	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_007595	GCTG	2	8	44643	44650	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_007595	TAGA	2	8	45004	45011	50 %	25 %	25 %	0 %	81230370
126	NC_007595	AGGC	2	8	45544	45551	25 %	0 %	50 %	25 %	81230370
127	NC_007595	GATC	2	8	45780	45787	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_007595	TTCA	2	8	45864	45871	25 %	50 %	0 %	25 %	81230372
129	NC_007595	TTCG	2	8	46117	46124	0 %	50 %	25 %	25 %	81230372

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.