MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. CC9605

Total Repeats: 1006

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007516	TCAG	2	8	4494	4501	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_007516	TCAT	2	8	22548	22555	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_007516	CGGC	2	8	22557	22564	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_007516	CAGA	2	8	23102	23109	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_007516	CGTC	2	8	23184	23191	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_007516	TGCT	2	8	23551	23558	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_007516	TGGC	2	8	23593	23600	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_007516	GATC	2	8	23707	23714	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_007516	CTGG	2	8	23741	23748	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_007516	ATGG	2	8	23964	23971	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007516	AGTC	2	8	29677	29684	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_007516	TCCC	2	8	30858	30865	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
13	NC_007516	GGGA	2	8	30871	30878	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007516	CCTG	2	8	35227	35234	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007516	TTGT	2	8	36950	36957	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007516	AAAG	2	8	40301	40308	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007516	TGGG	2	8	46118	46125	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007516	TGCC	2	8	51638	51645	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_007516	GCTC	2	8	54278	54285	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_007516	TTAT	2	8	84046	84053	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007516	ATTA	2	8	84298	84305	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007516	GCCC	2	8	88652	88659	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
23	NC_007516	TGCT	2	8	95691	95698	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_007516	GTCT	2	8	97199	97206	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_007516	CCAG	2	8	97412	97419	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_007516	GGTT	2	8	97710	97717	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007516	GCGG	2	8	97838	97845	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
28	NC_007516	CGGG	2	8	108310	108317	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
29	NC_007516	TTGG	2	8	120734	120741	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007516	TCGC	2	8	128196	128203	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_007516	TTCA	2	8	131800	131807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_007516	ATGA	2	8	131856	131863	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007516	TGTT	2	8	142848	142855	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007516	TTGA	2	8	144019	144026	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007516	ATTG	2	8	149845	149852	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007516	CCTT	2	8	149919	149926	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_007516	CTTA	2	8	150339	150346	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_007516	GGGT	2	8	151828	151835	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007516	TATC	2	8	151839	151846	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_007516	AGAT	2	8	163527	163534	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007516	ATTA	2	8	201489	201496	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007516	TCTA	2	8	202213	202220	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_007516	ATTT	2	8	204121	204128	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007516	GCTT	2	8	204276	204283	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_007516	ATAG	2	8	204292	204299	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007516	TGGT	2	8	204401	204408	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007516	TGCA	2	8	204537	204544	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_007516	ATCC	2	8	207875	207882	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_007516	TAAT	2	8	208002	208009	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007516	TGTT	2	8	249870	249877	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007516	ATAG	2	8	266001	266008	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007516	GACC	2	8	269531	269538	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_007516	GGTT	2	8	277224	277231	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007516	TGCA	2	8	309838	309845	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_007516	GAAA	2	8	311002	311009	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007516	AAGG	2	8	311030	311037	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007516	CGTC	2	8	317905	317912	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_007516	GGTT	2	8	324151	324158	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007516	GCCA	2	8	327540	327547	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_007516	GCCT	2	8	330608	330615	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_007516	TTCG	2	8	336576	336583	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_007516	AGGA	2	8	339870	339877	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007516	TTCC	2	8	344750	344757	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_007516	GAGG	2	8	354914	354921	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007516	ATGA	2	8	355258	355265	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007516	AATT	2	8	355454	355461	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007516	TTTA	2	8	358200	358207	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007516	AATC	2	8	359410	359417	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_007516	GATT	2	8	359635	359642	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007516	GGTC	2	8	363682	363689	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_007516	CAGT	2	8	366475	366482	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007516	AAGC	2	8	375353	375360	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_007516	AACA	2	8	378139	378146	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_007516	CTGC	2	8	378187	378194	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_007516	CCTA	2	8	392246	392253	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_007516	GGAT	2	8	394731	394738	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007516	AAGC	2	8	401616	401623	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_007516	ATCA	2	8	408365	408372	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_007516	CAAC	2	8	409377	409384	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007516	GTCA	2	8	414336	414343	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_007516	TGGT	2	8	414372	414379	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007516	AATT	2	8	422538	422545	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007516	TCTT	2	8	424893	424900	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_007516	ATTG	2	8	427767	427774	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007516	TTAG	2	8	427776	427783	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007516	CATT	2	8	428760	428767	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_007516	CAAC	2	8	431265	431272	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_007516	TGAG	2	8	436181	436188	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007516	TCAA	2	8	438893	438900	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_007516	ATAA	2	8	444205	444212	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007516	ATTC	2	8	444369	444376	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_007516	GGAT	2	8	446713	446720	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007516	CCGG	2	8	449398	449405	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_007516	CTGA	2	8	449450	449457	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_007516	CAAA	2	8	449521	449528	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_007516	GCAG	2	8	450143	450150	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_007516	CTGC	3	12	451701	451712	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_007516	CCCG	2	8	452040	452047	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
99	NC_007516	CCAC	2	8	452211	452218	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_007516	GTTG	2	8	460848	460855	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007516	ACGC	2	8	462947	462954	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_007516	GAAG	2	8	464871	464878	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007516	CGAA	2	8	473865	473872	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_007516	ACGC	2	8	474638	474645	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_007516	GGAT	2	8	475271	475278	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007516	AGCT	2	8	476882	476889	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_007516	GAAG	2	8	478365	478372	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007516	CTTG	2	8	478941	478948	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_007516	TTTG	2	8	478961	478968	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007516	TATC	2	8	479034	479041	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_007516	ATCC	2	8	479073	479080	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_007516	TCAG	2	8	509013	509020	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_007516	CAGG	2	8	510579	510586	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_007516	CCTT	2	8	510597	510604	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_007516	TTTC	2	8	510625	510632	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_007516	CTTG	2	8	513688	513695	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_007516	CATC	2	8	514491	514498	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_007516	GCCA	2	8	514627	514634	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_007516	GATG	2	8	517101	517108	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007516	AAAG	2	8	517194	517201	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007516	AGGT	2	8	517549	517556	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007516	TTCA	2	8	519206	519213	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_007516	TGGA	2	8	519249	519256	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007516	CTCG	2	8	520332	520339	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
125	NC_007516	CGAC	2	8	521805	521812	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
126	NC_007516	TTCA	2	8	523050	523057	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_007516	CTCG	2	8	523173	523180	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_007516	AGGA	2	8	523892	523899	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007516	TATC	2	8	524235	524242	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_007516	TCAG	2	8	524639	524646	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_007516	CGAC	2	8	524909	524916	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_007516	GCAG	2	8	525152	525159	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_007516	TGAC	2	8	525314	525321	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_007516	TTGG	2	8	525876	525883	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007516	CATC	2	8	526643	526650	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_007516	CAAC	2	8	527788	527795	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_007516	TTCC	2	8	529008	529015	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_007516	TTGC	2	8	529770	529777	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_007516	CTTC	2	8	530694	530701	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_007516	AAGA	2	8	530852	530859	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007516	GGCA	2	8	530943	530950	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_007516	TTGC	2	8	534350	534357	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_007516	GAGG	3	12	534914	534925	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007516	TGAC	2	8	535296	535303	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_007516	GTAG	2	8	535434	535441	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007516	TAAG	2	8	538062	538069	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007516	AAGG	2	8	538076	538083	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007516	CGCT	2	8	540366	540373	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_007516	CGAC	2	8	541054	541061	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_007516	TCAA	2	8	542027	542034	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_007516	GTAG	2	8	542105	542112	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_007516	CAGG	2	8	542147	542154	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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154	NC_007516	TCAT	2	8	542389	542396	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
155	NC_007516	TCAA	2	8	543307	543314	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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499	NC_007516	GTCG	2	8	1381248	1381255	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
500	NC_007516	GAAT	2	8	1381293	1381300	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

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