MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlorobium chlorochromatii CaD3 chromosome

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007514	AGGCGT	2	12	33281	33292	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_007514	TAGCAT	2	12	75536	75547	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_007514	TAGGGC	2	12	105460	105471	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_007514	GGGTAT	2	12	135777	135788	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007514	GCTTCC	2	12	202952	202963	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_007514	AGAAAA	2	12	224234	224245	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007514	TTTTTG	2	12	265353	265364	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007514	CAGCAA	2	12	275789	275800	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_007514	TTGAAA	2	12	304865	304876	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007514	TTAAAT	2	12	312632	312643	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007514	AGAAAA	2	12	340563	340574	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007514	GAATCT	2	12	348845	348856	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_007514	TTTGTT	2	12	359194	359205	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007514	TGGTTT	2	12	359313	359324	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007514	GTTTTT	2	12	359674	359685	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007514	AAAATC	2	12	362383	362394	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_007514	TGAATA	2	12	368578	368589	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007514	TATTCA	2	12	368764	368775	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_007514	TCTTTT	2	12	428619	428630	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_007514	TATGAG	2	12	448174	448185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007514	TGAATA	2	12	465627	465638	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007514	AACTAA	2	12	507726	507737	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_007514	GTGCAA	2	12	514362	514373	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_007514	GCTTTG	2	12	521168	521179	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_007514	CAATTG	2	12	524101	524112	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_007514	TCTTTT	2	12	570755	570766	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_007514	GCTTTA	2	12	576012	576023	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_007514	TATTCA	2	12	604204	604215	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_007514	TGAATA	2	12	615990	616001	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007514	AACAAA	2	12	616022	616033	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_007514	TGCAAT	2	12	698889	698900	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_007514	GAAAAA	2	12	701144	701155	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007514	GCTTTT	2	12	904525	904536	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_007514	TATTGA	2	12	927629	927640	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007514	TGAAGA	2	12	935550	935561	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007514	CACCAA	2	12	954002	954013	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_007514	TATTGA	2	12	1015463	1015474	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007514	TATTGA	2	12	1017070	1017081	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007514	TTGTGT	2	12	1017568	1017579	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007514	TGCTTA	2	12	1047379	1047390	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_007514	GGCTTG	2	12	1048704	1048715	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_007514	TAAAAA	2	12	1058462	1058473	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007514	TCCCCC	2	12	1083461	1083472	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
44	NC_007514	CAAATT	2	12	1101801	1101812	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_007514	TTCCAA	2	12	1133181	1133192	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_007514	TTCCAA	2	12	1133614	1133625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_007514	TTCCAA	2	12	1133734	1133745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_007514	AAAAAT	2	12	1140249	1140260	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007514	AATTAA	2	12	1140328	1140339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007514	TTTTCA	2	12	1140619	1140630	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_007514	TTTAAT	2	12	1140688	1140699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007514	TTTAAA	2	12	1140815	1140826	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007514	TATTCA	2	12	1171627	1171638	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_007514	TTTCCT	2	12	1185873	1185884	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_007514	TTTTTC	2	12	1191775	1191786	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_007514	CTTTTG	2	12	1210053	1210064	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_007514	AAGGTA	2	12	1215604	1215615	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007514	TATTCA	2	12	1237112	1237123	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_007514	AATAAA	2	12	1240353	1240364	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007514	TGGAGC	2	12	1245789	1245800	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_007514	TATTCA	2	12	1252954	1252965	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_007514	TTGCAG	2	12	1274427	1274438	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_007514	GGTTGG	3	18	1299709	1299726	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007514	TAAAAA	2	12	1312036	1312047	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007514	TAAAGT	2	12	1340546	1340557	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007514	AAAAGG	2	12	1487600	1487611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007514	GCTTTT	2	12	1495896	1495907	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_007514	AAGCTC	2	12	1500048	1500059	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_007514	TTTAAC	2	12	1500718	1500729	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_007514	TGTATT	2	12	1610222	1610233	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007514	CTTTTT	2	12	1723762	1723773	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_007514	AGGAAT	2	12	1755338	1755349	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007514	TCATTC	2	12	1827106	1827117	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_007514	CAAGTT	2	12	1889695	1889706	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_007514	GAAAAA	2	12	1890843	1890854	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007514	AGCGCA	5	30	1932093	1932122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007514	GCAAGC	2	12	1979369	1979380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_007514	AAAAAG	2	12	2073643	2073654	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007514	TTAAGG	2	12	2116895	2116906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007514	CTTGGA	2	12	2136006	2136017	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_007514	CAAAAC	2	12	2145876	2145887	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_007514	CCATCC	2	12	2154533	2154544	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_007514	CCTTAG	2	12	2172940	2172951	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_007514	TGAATA	2	12	2174881	2174892	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007514	TGTGGT	2	12	2175019	2175030	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007514	TATTCA	2	12	2175069	2175080	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_007514	TCAACA	2	12	2205578	2205589	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_007514	AGGATA	2	12	2229555	2229566	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007514	AATGAT	2	12	2236382	2236393	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007514	AAAAAG	2	12	2240956	2240967	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007514	TACTTT	2	12	2275583	2275594	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_007514	ATGTTT	2	12	2295426	2295437	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007514	TACCGT	2	12	2338035	2338046	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_007514	AAAAAC	2	12	2348184	2348195	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_007514	GTTAGT	2	12	2361751	2361762	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007514	TAGCTT	2	12	2373118	2373129	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_007514	GCAACG	2	12	2402586	2402597	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_007514	TAGCAA	2	12	2422140	2422151	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_007514	CTCTTA	2	12	2426791	2426802	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_007514	TATATT	2	12	2435007	2435018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007514	TGAATA	2	12	2455218	2455229	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007514	TATTCA	2	12	2518846	2518857	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_007514	TAAAGA	2	12	2538327	2538338	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.