MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlorobium chlorochromatii CaD3 chromosome

Total Repeats: 1758

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007514	ACCTT	2	10	3785	3794	20 %	40 %	0 %	40 %	78187987
2	NC_007514	CCCAA	2	10	6600	6609	40 %	0 %	0 %	60 %	78187989
3	NC_007514	GCAAT	2	10	7045	7054	40 %	20 %	20 %	20 %	78187989
4	NC_007514	GCTGG	2	10	8848	8857	0 %	20 %	60 %	20 %	78187991
5	NC_007514	AATCA	2	10	10450	10459	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_007514	TGGCA	2	10	13100	13109	20 %	20 %	40 %	20 %	78187993
7	NC_007514	CTTTT	2	10	13323	13332	0 %	80 %	0 %	20 %	78187993
8	NC_007514	CTCTG	2	10	14676	14685	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_007514	AAGCT	2	10	16099	16108	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_007514	TGCAG	2	10	20475	20484	20 %	20 %	40 %	20 %	78188004
11	NC_007514	GCACG	2	10	21500	21509	20 %	0 %	40 %	40 %	78188005
12	NC_007514	TGTCA	2	10	25579	25588	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007514	GCTTC	2	10	25675	25684	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_007514	GATAC	2	10	25708	25717	40 %	20 %	20 %	20 %	78188009
15	NC_007514	AGCGT	2	10	28009	28018	20 %	20 %	40 %	20 %	78188010
16	NC_007514	GAGAA	2	10	28606	28615	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007514	TGAAG	2	10	29093	29102	40 %	20 %	40 %	0 %	78188011
18	NC_007514	CCGCA	2	10	29734	29743	20 %	0 %	20 %	60 %	78188012
19	NC_007514	CTTTG	2	10	32111	32120	0 %	60 %	20 %	20 %	78188013
20	NC_007514	AGCGA	2	10	33714	33723	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_007514	CTTCA	2	10	33770	33779	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_007514	ATTCA	2	10	35223	35232	40 %	40 %	0 %	20 %	78188017
23	NC_007514	TCCCT	2	10	42553	42562	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_007514	CGGTG	2	10	42856	42865	0 %	20 %	60 %	20 %	78188023
25	NC_007514	ATGTA	2	10	43444	43453	40 %	40 %	20 %	0 %	78188023
26	NC_007514	GGAGA	2	10	45161	45170	40 %	0 %	60 %	0 %	78188024
27	NC_007514	TGCCA	2	10	45474	45483	20 %	20 %	20 %	40 %	78188025
28	NC_007514	GCAAG	2	10	45956	45965	40 %	0 %	40 %	20 %	78188025
29	NC_007514	TGTTT	2	10	46706	46715	0 %	80 %	20 %	0 %	78188025
30	NC_007514	TGTCA	2	10	46958	46967	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_007514	GCTTC	2	10	47052	47061	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_007514	GACAC	2	10	47081	47090	40 %	0 %	20 %	40 %	78188026
33	NC_007514	ATCCA	2	10	47106	47115	40 %	20 %	0 %	40 %	78188026
34	NC_007514	AATTA	2	10	50207	50216	60 %	40 %	0 %	0 %	78188028
35	NC_007514	TGCCA	2	10	50810	50819	20 %	20 %	20 %	40 %	78188028
36	NC_007514	GGAGG	2	10	50954	50963	20 %	0 %	80 %	0 %	78188028
37	NC_007514	GCATT	2	10	56442	56451	20 %	40 %	20 %	20 %	78188034
38	NC_007514	CGTTA	2	10	58253	58262	20 %	40 %	20 %	20 %	78188035
39	NC_007514	ATTGC	2	10	60503	60512	20 %	40 %	20 %	20 %	78188036
40	NC_007514	CTCTT	2	10	60830	60839	0 %	60 %	0 %	40 %	78188037
41	NC_007514	GCGAA	2	10	63646	63655	40 %	0 %	40 %	20 %	78188039
42	NC_007514	AAGTG	2	10	63796	63805	40 %	20 %	40 %	0 %	78188039
43	NC_007514	CTACG	2	10	64234	64243	20 %	20 %	20 %	40 %	78188039
44	NC_007514	AAATG	2	10	64604	64613	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007514	GAAAA	2	10	67741	67750	80 %	0 %	20 %	0 %	78188042
46	NC_007514	CAAGG	2	10	68539	68548	40 %	0 %	40 %	20 %	78188043
47	NC_007514	GCACA	2	10	71448	71457	40 %	0 %	20 %	40 %	78188045
48	NC_007514	GTAAC	2	10	71980	71989	40 %	20 %	20 %	20 %	78188045
49	NC_007514	TTACC	2	10	76964	76973	20 %	40 %	0 %	40 %	78188053
50	NC_007514	TCATT	2	10	77028	77037	20 %	60 %	0 %	20 %	78188053
51	NC_007514	AGCGG	2	10	78981	78990	20 %	0 %	60 %	20 %	78188054
52	NC_007514	GTTTT	2	10	79082	79091	0 %	80 %	20 %	0 %	78188055
53	NC_007514	GCATT	2	10	79208	79217	20 %	40 %	20 %	20 %	78188055
54	NC_007514	AAATA	2	10	79879	79888	80 %	20 %	0 %	0 %	78188056
55	NC_007514	GTGGC	2	10	83811	83820	0 %	20 %	60 %	20 %	78188059
56	NC_007514	GCGTT	2	10	85988	85997	0 %	40 %	40 %	20 %	78188060
57	NC_007514	TGCAA	2	10	87026	87035	40 %	20 %	20 %	20 %	78188060
58	NC_007514	CAGCG	2	10	87091	87100	20 %	0 %	40 %	40 %	78188060
59	NC_007514	ATTGA	2	10	87484	87493	40 %	40 %	20 %	0 %	78188060
60	NC_007514	GCTAT	2	10	87734	87743	20 %	40 %	20 %	20 %	78188061
61	NC_007514	GCACG	2	10	91014	91023	20 %	0 %	40 %	40 %	78188064
62	NC_007514	TGGTA	2	10	96278	96287	20 %	40 %	40 %	0 %	78188070
63	NC_007514	CTTTT	2	10	96497	96506	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_007514	AATGC	2	10	101582	101591	40 %	20 %	20 %	20 %	78188073
65	NC_007514	TTGGG	2	10	102255	102264	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007514	GTAAA	2	10	102559	102568	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007514	TCGTG	2	10	103643	103652	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_007514	AACTG	2	10	103725	103734	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_007514	GATTG	2	10	104203	104212	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007514	GAAAA	2	10	104748	104757	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007514	ACCGT	2	10	106190	106199	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_007514	AGATG	2	10	106214	106223	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007514	AGATT	2	10	107346	107355	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007514	AGCAA	2	10	108666	108675	60 %	0 %	20 %	20 %	78188075
75	NC_007514	AAAAG	2	10	110106	110115	80 %	0 %	20 %	0 %	78188077
76	NC_007514	TTCCT	2	10	112943	112952	0 %	60 %	0 %	40 %	78188082
77	NC_007514	TGGAT	2	10	113173	113182	20 %	40 %	40 %	0 %	78188082
78	NC_007514	TGGTA	2	10	113784	113793	20 %	40 %	40 %	0 %	78188082
79	NC_007514	ACGCG	2	10	114433	114442	20 %	0 %	40 %	40 %	78188083
80	NC_007514	GCAGG	2	10	114543	114552	20 %	0 %	60 %	20 %	78188083
81	NC_007514	GGATA	2	10	116047	116056	40 %	20 %	40 %	0 %	78188084
82	NC_007514	GCAGG	2	10	116798	116807	20 %	0 %	60 %	20 %	78188084
83	NC_007514	GTTTT	2	10	117223	117232	0 %	80 %	20 %	0 %	78188085
84	NC_007514	ACGGG	2	10	119290	119299	20 %	0 %	60 %	20 %	78188087
85	NC_007514	CGGTT	2	10	120210	120219	0 %	40 %	40 %	20 %	78188088
86	NC_007514	TTTTC	2	10	122893	122902	0 %	80 %	0 %	20 %	78188091
87	NC_007514	GCGTC	2	10	124697	124706	0 %	20 %	40 %	40 %	78188094
88	NC_007514	CTGAT	2	10	126177	126186	20 %	40 %	20 %	20 %	78188095
89	NC_007514	ATGGC	2	10	126555	126564	20 %	20 %	40 %	20 %	78188096
90	NC_007514	AAAAG	2	10	127975	127984	80 %	0 %	20 %	0 %	78188097
91	NC_007514	AATGG	2	10	128827	128836	40 %	20 %	40 %	0 %	78188097
92	NC_007514	TGCTT	2	10	131089	131098	0 %	60 %	20 %	20 %	78188099
93	NC_007514	ATTTC	2	10	135477	135486	20 %	60 %	0 %	20 %	78188103
94	NC_007514	CTTAA	2	10	135489	135498	40 %	40 %	0 %	20 %	78188103
95	NC_007514	TATGC	2	10	140160	140169	20 %	40 %	20 %	20 %	78188106
96	NC_007514	GAAAA	2	10	140769	140778	80 %	0 %	20 %	0 %	78188106
97	NC_007514	GCTTT	2	10	140996	141005	0 %	60 %	20 %	20 %	78188107
98	NC_007514	CCTGC	2	10	141362	141371	0 %	20 %	20 %	60 %	78188108
99	NC_007514	TTGTT	2	10	142459	142468	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007514	TTGCG	2	10	143314	143323	0 %	40 %	40 %	20 %	78188110
101	NC_007514	TTGAT	2	10	145954	145963	20 %	60 %	20 %	0 %	78188112
102	NC_007514	ATTGC	2	10	146451	146460	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_007514	AAAGC	2	10	147154	147163	60 %	0 %	20 %	20 %	78188113
104	NC_007514	ATGTT	2	10	147686	147695	20 %	60 %	20 %	0 %	78188114
105	NC_007514	TGAAA	2	10	148116	148125	60 %	20 %	20 %	0 %	78188114
106	NC_007514	CAATT	2	10	148965	148974	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007514	AAGAA	2	10	149784	149793	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007514	GGGAA	2	10	150413	150422	40 %	0 %	60 %	0 %	78188117
109	NC_007514	ACCAT	2	10	150733	150742	40 %	20 %	0 %	40 %	78188118
110	NC_007514	CTTAT	2	10	150759	150768	20 %	60 %	0 %	20 %	78188118
111	NC_007514	GTGGG	2	10	152703	152712	0 %	20 %	80 %	0 %	78188121
112	NC_007514	ATGGT	2	10	153442	153451	20 %	40 %	40 %	0 %	78188122
113	NC_007514	CAAAA	2	10	153482	153491	80 %	0 %	0 %	20 %	78188122
114	NC_007514	GAGCC	2	10	153526	153535	20 %	0 %	40 %	40 %	78188122
115	NC_007514	AATGA	2	10	158473	158482	60 %	20 %	20 %	0 %	78188125
116	NC_007514	GCAAA	2	10	158556	158565	60 %	0 %	20 %	20 %	78188125
117	NC_007514	TGGCA	2	10	158913	158922	20 %	20 %	40 %	20 %	78188125
118	NC_007514	AGCGC	2	10	159793	159802	20 %	0 %	40 %	40 %	78188126
119	NC_007514	GCAGT	2	10	159953	159962	20 %	20 %	40 %	20 %	78188126
120	NC_007514	ATGCC	2	10	160244	160253	20 %	20 %	20 %	40 %	78188126
121	NC_007514	GAAAT	2	10	162467	162476	60 %	20 %	20 %	0 %	78188127
122	NC_007514	TTGAT	2	10	162770	162779	20 %	60 %	20 %	0 %	78188127
123	NC_007514	GCTTT	2	10	163053	163062	0 %	60 %	20 %	20 %	78188128
124	NC_007514	GCTTG	2	10	163205	163214	0 %	40 %	40 %	20 %	78188128
125	NC_007514	CAAGC	2	10	163927	163936	40 %	0 %	20 %	40 %	78188128
126	NC_007514	TTTGA	2	10	163965	163974	20 %	60 %	20 %	0 %	78188128
127	NC_007514	AGCTA	2	10	166216	166225	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_007514	AGGCA	2	10	166629	166638	40 %	0 %	40 %	20 %	78188131
129	NC_007514	AAAAG	2	10	170086	170095	80 %	0 %	20 %	0 %	78188136
130	NC_007514	GCGGA	2	10	172256	172265	20 %	0 %	60 %	20 %	78188137
131	NC_007514	TACAG	2	10	174199	174208	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_007514	CAAGC	2	10	174966	174975	40 %	0 %	20 %	40 %	78188138
133	NC_007514	CGCCT	2	10	175743	175752	0 %	20 %	20 %	60 %	78188138
134	NC_007514	CATGC	2	10	179738	179747	20 %	20 %	20 %	40 %	78188142
135	NC_007514	CAATC	2	10	181579	181588	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_007514	TTGCG	2	10	181927	181936	0 %	40 %	40 %	20 %	78188144
137	NC_007514	CATAG	2	10	185100	185109	40 %	20 %	20 %	20 %	78188146
138	NC_007514	TTAGG	2	10	186614	186623	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007514	TTTGC	2	10	187495	187504	0 %	60 %	20 %	20 %	78188149
140	NC_007514	TGCGT	2	10	192519	192528	0 %	40 %	40 %	20 %	78188154
141	NC_007514	CGTGC	2	10	193535	193544	0 %	20 %	40 %	40 %	78188156
142	NC_007514	TTCGC	2	10	197096	197105	0 %	40 %	20 %	40 %	78188159
143	NC_007514	CTTTG	2	10	197791	197800	0 %	60 %	20 %	20 %	78188159
144	NC_007514	GTTGC	2	10	198517	198526	0 %	40 %	40 %	20 %	78188159
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146	NC_007514	CAGCT	2	10	201691	201700	20 %	20 %	20 %	40 %	78188162
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148	NC_007514	GGGCA	2	10	209063	209072	20 %	0 %	60 %	20 %	78188168
149	NC_007514	TGTAA	2	10	212867	212876	40 %	40 %	20 %	0 %	78188169
150	NC_007514	AGCAC	2	10	212907	212916	40 %	0 %	20 %	40 %	78188169
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152	NC_007514	TTGCT	2	10	215064	215073	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
153	NC_007514	CTCTT	2	10	216772	216781	0 %	60 %	0 %	40 %	78188172
154	NC_007514	GCTCT	2	10	216939	216948	0 %	40 %	20 %	40 %	78188172
155	NC_007514	CTTTT	2	10	218483	218492	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
156	NC_007514	GAGTA	2	10	219015	219024	40 %	20 %	40 %	0 %	78188175
157	NC_007514	TGCGT	2	10	219388	219397	0 %	40 %	40 %	20 %	78188175
158	NC_007514	TTTGA	2	10	219731	219740	20 %	60 %	20 %	0 %	78188175
159	NC_007514	GGTGA	2	10	220069	220078	20 %	20 %	60 %	0 %	78188176
160	NC_007514	TGCAA	2	10	220819	220828	40 %	20 %	20 %	20 %	78188176
161	NC_007514	TGTGG	2	10	224716	224725	0 %	40 %	60 %	0 %	78188180
162	NC_007514	GCAAT	2	10	225816	225825	40 %	20 %	20 %	20 %	78188180
163	NC_007514	GGGCA	2	10	228119	228128	20 %	0 %	60 %	20 %	78188182
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165	NC_007514	TTGCG	2	10	229745	229754	0 %	40 %	40 %	20 %	78188184
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168	NC_007514	TGCTG	2	10	234506	234515	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
169	NC_007514	TTGAT	2	10	236385	236394	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_007514	TTGTG	2	10	236966	236975	0 %	60 %	40 %	0 %	78188191
171	NC_007514	GCAAT	2	10	237110	237119	40 %	20 %	20 %	20 %	78188191
172	NC_007514	ATTGC	2	10	239107	239116	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
173	NC_007514	CCTTG	2	10	239164	239173	0 %	40 %	20 %	40 %	78188193
174	NC_007514	TGGCA	2	10	241222	241231	20 %	20 %	40 %	20 %	78188195
175	NC_007514	TTTTA	2	10	244699	244708	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_007514	TTATT	2	10	244957	244966	20 %	80 %	0 %	0 %	78188199
177	NC_007514	AGCAT	2	10	245451	245460	40 %	20 %	20 %	20 %	78188199
178	NC_007514	CTTTT	2	10	252417	252426	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
179	NC_007514	CGCCA	2	10	253921	253930	20 %	0 %	20 %	60 %	78188207
180	NC_007514	TGGTG	2	10	254195	254204	0 %	40 %	60 %	0 %	78188208
181	NC_007514	TGCTT	2	10	256730	256739	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
182	NC_007514	GTTTT	2	10	256858	256867	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
183	NC_007514	ATTCA	2	10	257296	257305	40 %	40 %	0 %	20 %	78188210
184	NC_007514	TTGCT	2	10	258531	258540	0 %	60 %	20 %	20 %	78188210
185	NC_007514	ACGGT	2	10	258833	258842	20 %	20 %	40 %	20 %	78188210
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199	NC_007514	GGCGT	2	10	291714	291723	0 %	20 %	60 %	20 %	78188243
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201	NC_007514	GTATG	2	10	294115	294124	20 %	40 %	40 %	0 %	78188244
202	NC_007514	CGTTA	2	10	294455	294464	20 %	40 %	20 %	20 %	78188244
203	NC_007514	GCCAC	2	10	295258	295267	20 %	0 %	20 %	60 %	78188244
204	NC_007514	ACTAT	2	10	295682	295691	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
205	NC_007514	GAAAA	2	10	295693	295702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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222	NC_007514	CCATG	2	10	317061	317070	20 %	20 %	20 %	40 %	78188271
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231	NC_007514	CATGG	2	10	325062	325071	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
232	NC_007514	GTGCC	2	10	325235	325244	0 %	20 %	40 %	40 %	78188276
233	NC_007514	ATGGA	2	10	325679	325688	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
234	NC_007514	ATGCC	2	10	328040	328049	20 %	20 %	20 %	40 %	78188280
235	NC_007514	GAACT	2	10	329005	329014	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
236	NC_007514	ATAGC	2	10	331188	331197	40 %	20 %	20 %	20 %	78188282
237	NC_007514	ATGCA	2	10	331566	331575	40 %	20 %	20 %	20 %	78188282
238	NC_007514	TGGTT	2	10	332551	332560	0 %	60 %	40 %	0 %	78188282
239	NC_007514	CAATG	2	10	333075	333084	40 %	20 %	20 %	20 %	78188282
240	NC_007514	CTGCG	2	10	334699	334708	0 %	20 %	40 %	40 %	78188282
241	NC_007514	TCATA	2	10	336779	336788	40 %	40 %	0 %	20 %	78188284
242	NC_007514	CAATT	2	10	337872	337881	40 %	40 %	0 %	20 %	78188284
243	NC_007514	GAAAA	2	10	346597	346606	80 %	0 %	20 %	0 %	78188290
244	NC_007514	GTGAA	2	10	346667	346676	40 %	20 %	40 %	0 %	78188290
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250	NC_007514	TGCGG	2	10	355116	355125	0 %	20 %	60 %	20 %	78188297
251	NC_007514	CTTCT	2	10	355439	355448	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
252	NC_007514	CCATT	2	10	355927	355936	20 %	40 %	0 %	40 %	78188298
253	NC_007514	CATTG	2	10	357373	357382	20 %	40 %	20 %	20 %	78188299
254	NC_007514	ACCTT	2	10	358002	358011	20 %	40 %	0 %	40 %	78188300
255	NC_007514	AAAAC	2	10	359276	359285	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
256	NC_007514	GTTTT	2	10	359374	359383	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
257	NC_007514	GTTGC	2	10	360470	360479	0 %	40 %	40 %	20 %	78188301
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259	NC_007514	ACAGA	2	10	363431	363440	60 %	0 %	20 %	20 %	78188303
260	NC_007514	GTACC	2	10	367628	367637	20 %	20 %	20 %	40 %	78188307
261	NC_007514	TGCAA	2	10	371647	371656	40 %	20 %	20 %	20 %	78188310
262	NC_007514	GTGCT	2	10	372154	372163	0 %	40 %	40 %	20 %	78188310
263	NC_007514	GGGTT	2	10	374896	374905	0 %	40 %	60 %	0 %	78188312
264	NC_007514	AGCGC	2	10	376321	376330	20 %	0 %	40 %	40 %	78188313
265	NC_007514	AAGGC	2	10	376638	376647	40 %	0 %	40 %	20 %	78188313
266	NC_007514	TGCTT	2	10	377950	377959	0 %	60 %	20 %	20 %	78188315
267	NC_007514	GCAGC	2	10	377974	377983	20 %	0 %	40 %	40 %	78188315
268	NC_007514	GCGTG	2	10	378016	378025	0 %	20 %	60 %	20 %	78188315
269	NC_007514	TTGCT	2	10	381073	381082	0 %	60 %	20 %	20 %	78188316
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