MICAS: Microsatellite Analysis Server

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlorobium chlorochromatii CaD3 chromosome

Total Repeats: 948

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007514	CAAA	2	8	1901	1908	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_007514	TTTA	2	8	2073	2080	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007514	TTAT	2	8	7187	7194	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007514	TAAA	2	8	7198	7205	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007514	TTCT	2	8	7263	7270	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_007514	AGAA	2	8	8143	8150	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007514	ACTC	2	8	16164	16171	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_007514	AGAA	2	8	25697	25704	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007514	AAAG	2	8	26310	26317	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007514	TTCT	2	8	26437	26444	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_007514	TGAT	2	8	29587	29594	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007514	GCGG	2	8	34823	34830	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
13	NC_007514	TTAC	2	8	36358	36365	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_007514	GTGG	2	8	40961	40968	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007514	TTCT	2	8	45260	45267	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_007514	AATT	2	8	49883	49890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007514	TGGT	2	8	51095	51102	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007514	TTGG	2	8	52702	52709	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007514	TCCA	2	8	52911	52918	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_007514	AATT	2	8	57883	57890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007514	TTAA	2	8	69784	69791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007514	TTCC	2	8	72067	72074	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_007514	TTTG	2	8	77291	77298	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007514	GGAA	2	8	81120	81127	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007514	TTGT	2	8	83116	83123	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007514	GTAG	2	8	85597	85604	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007514	TCAG	2	8	97399	97406	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_007514	CTAC	2	8	100013	100020	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_007514	ACCA	2	8	100046	100053	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_007514	TTGA	2	8	102485	102492	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007514	CTAA	2	8	103574	103581	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_007514	AGTT	2	8	103692	103699	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007514	AGGA	2	8	103750	103757	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007514	AAGG	2	8	104704	104711	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007514	GCGA	2	8	104781	104788	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_007514	TTGT	2	8	105621	105628	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007514	TGCT	2	8	109776	109783	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_007514	GTAA	2	8	112425	112432	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007514	CCAA	2	8	117729	117736	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_007514	TTAT	2	8	123226	123233	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007514	TGTT	2	8	133245	133252	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007514	GCTT	2	8	133520	133527	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_007514	TTGT	2	8	133533	133540	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007514	AAAG	2	8	134569	134576	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007514	AAGG	2	8	134919	134926	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007514	TATT	2	8	134986	134993	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007514	ATCA	2	8	137560	137567	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_007514	TTCC	2	8	142480	142487	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_007514	TACT	2	8	146283	146290	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_007514	AATA	2	8	147602	147609	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007514	TGAT	2	8	148889	148896	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007514	CCGA	2	8	148976	148983	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_007514	TGAT	2	8	149189	149196	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007514	AGGA	2	8	156854	156861	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007514	TTTC	2	8	162835	162842	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_007514	CTTT	2	8	169846	169853	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_007514	CAGT	2	8	171213	171220	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_007514	ATCG	2	8	171226	171233	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_007514	AACT	2	8	182594	182601	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_007514	GGGT	2	8	186713	186720	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007514	TTTG	2	8	188909	188916	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007514	TATC	2	8	191513	191520	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_007514	TCCC	2	8	194918	194925	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_007514	TAGC	2	8	202881	202888	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_007514	GATG	2	8	206022	206029	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007514	AAAG	2	8	215021	215028	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007514	GTAA	2	8	216634	216641	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007514	TCAA	2	8	231777	231784	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_007514	CCAA	2	8	233583	233590	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_007514	TTTC	2	8	234245	234252	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_007514	CGGG	2	8	246230	246237	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007514	GTAA	2	8	249056	249063	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007514	AAGC	2	8	250036	250043	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_007514	AAAG	2	8	254130	254137	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007514	ATTA	2	8	255305	255312	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007514	ATTG	2	8	256693	256700	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007514	TTTA	2	8	256958	256965	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007514	TTTA	2	8	257047	257054	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007514	TATT	2	8	257091	257098	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007514	TAAT	2	8	262034	262041	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007514	CTTA	2	8	262130	262137	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_007514	TTAC	2	8	264823	264830	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_007514	TATC	2	8	265487	265494	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_007514	AATT	2	8	265530	265537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007514	TTAG	2	8	268287	268294	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007514	TGTT	2	8	271253	271260	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007514	TTTG	2	8	278362	278369	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007514	AGCA	2	8	281462	281469	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_007514	CAAT	2	8	289975	289982	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_007514	TTCA	2	8	289983	289990	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_007514	CTTA	2	8	295467	295474	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_007514	TCCA	2	8	295517	295524	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_007514	ACGA	2	8	295591	295598	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_007514	ATTT	2	8	299386	299393	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007514	AGCA	2	8	301985	301992	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_007514	TTCA	2	8	302155	302162	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_007514	TATT	2	8	304639	304646	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007514	GATG	2	8	304882	304889	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007514	ATCA	2	8	306661	306668	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_007514	TACT	2	8	306800	306807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_007514	ATGA	2	8	307806	307813	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007514	AACA	2	8	307948	307955	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_007514	TTGT	2	8	311126	311133	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007514	TATT	2	8	312687	312694	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007514	TTCC	2	8	312717	312724	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_007514	TTCT	2	8	315211	315218	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_007514	TTAA	2	8	315339	315346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007514	AAAC	3	12	323805	323816	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_007514	TTGC	2	8	328837	328844	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_007514	TCCA	2	8	329525	329532	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_007514	GTTT	2	8	329564	329571	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007514	GATG	2	8	339276	339283	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007514	ATGG	2	8	339363	339370	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007514	AGGT	2	8	339470	339477	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007514	TTCG	2	8	339654	339661	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_007514	TATT	2	8	339825	339832	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007514	ATTT	2	8	340152	340159	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007514	TTGG	2	8	340999	341006	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007514	GTTG	2	8	341615	341622	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007514	ACCG	2	8	341661	341668	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_007514	ATAC	2	8	341988	341995	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_007514	CCCG	2	8	344264	344271	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
123	NC_007514	AGAA	2	8	348275	348282	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007514	TGAT	2	8	348688	348695	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007514	TTGA	2	8	348893	348900	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007514	TTTG	2	8	349009	349016	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007514	AAAC	2	8	349030	349037	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_007514	CATT	2	8	349341	349348	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_007514	CAGG	2	8	352996	353003	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_007514	TGTA	2	8	357440	357447	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007514	TTGC	2	8	357647	357654	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_007514	TTTA	2	8	358959	358966	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007514	GTTT	2	8	359542	359549	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007514	GATT	2	8	359582	359589	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007514	TATT	2	8	359747	359754	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007514	TATT	2	8	359880	359887	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007514	TCAT	2	8	359912	359919	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_007514	CTTG	2	8	364823	364830	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_007514	TTTA	2	8	365302	365309	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007514	ATCA	2	8	370223	370230	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_007514	TAAA	2	8	372434	372441	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007514	CTGC	2	8	375561	375568	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_007514	AATG	2	8	379991	379998	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007514	ACAA	2	8	381193	381200	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_007514	TTAT	2	8	386651	386658	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007514	GCTT	2	8	386722	386729	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_007514	TTAT	2	8	386799	386806	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007514	CAAT	2	8	387782	387789	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_007514	GGTG	2	8	387936	387943	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
150	NC_007514	TTGC	2	8	391197	391204	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_007514	GTGA	2	8	391214	391221	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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444	NC_007514	CATT	2	8	1224148	1224155	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
445	NC_007514	ATAC	2	8	1227837	1227844	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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447	NC_007514	GTTG	2	8	1232736	1232743	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
448	NC_007514	TATT	2	8	1232955	1232962	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
449	NC_007514	TTAT	2	8	1241385	1241392	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
450	NC_007514	TGTA	2	8	1242347	1242354	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
451	NC_007514	TGGT	2	8	1242444	1242451	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
452	NC_007514	TGGT	2	8	1243192	1243199	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
453	NC_007514	AACT	2	8	1243355	1243362	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
454	NC_007514	TACA	2	8	1243479	1243486	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
455	NC_007514	ATGA	2	8	1245589	1245596	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
456	NC_007514	TATT	2	8	1245748	1245755	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
457	NC_007514	TGCT	2	8	1245831	1245838	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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459	NC_007514	AAAG	2	8	1247626	1247633	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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461	NC_007514	TCCG	2	8	1248238	1248245	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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463	NC_007514	AACA	2	8	1251352	1251359	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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466	NC_007514	AATG	2	8	1254332	1254339	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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468	NC_007514	CTTA	2	8	1268811	1268818	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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471	NC_007514	AGTT	2	8	1283448	1283455	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
472	NC_007514	GTAA	2	8	1285994	1286001	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
473	NC_007514	GTTG	2	8	1287950	1287957	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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479	NC_007514	CTCA	2	8	1296086	1296093	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
480	NC_007514	CATT	2	8	1300510	1300517	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
481	NC_007514	CCTT	2	8	1300610	1300617	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
482	NC_007514	TTAC	2	8	1304666	1304673	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
483	NC_007514	GGCA	2	8	1305385	1305392	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
484	NC_007514	TTCT	2	8	1312011	1312018	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
485	NC_007514	TAAT	2	8	1314413	1314420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
486	NC_007514	ATAG	2	8	1315126	1315133	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
487	NC_007514	AATA	2	8	1318550	1318557	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
488	NC_007514	AAGG	2	8	1319734	1319741	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
489	NC_007514	ATGA	2	8	1328754	1328761	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
490	NC_007514	AACA	2	8	1330139	1330146	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
491	NC_007514	GATA	2	8	1330549	1330556	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
492	NC_007514	AAAC	2	8	1332059	1332066	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
493	NC_007514	TGCC	2	8	1338213	1338220	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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495	NC_007514	TAGG	2	8	1342469	1342476	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
496	NC_007514	ATTC	2	8	1343061	1343068	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
497	NC_007514	GACT	2	8	1343723	1343730	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
498	NC_007514	GTTA	2	8	1346859	1346866	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
499	NC_007514	GAAT	2	8	1355762	1355769	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
500	NC_007514	TGAT	2	8	1358226	1358233	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding

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