MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 chromosome

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007503	AATTCC	2	12	48050	48061	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_007503	AAGAGC	2	12	49235	49246	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_007503	ATAATT	2	12	60631	60642	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007503	TTATAA	2	12	66658	66669	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007503	GTTAGA	2	12	130922	130933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007503	CCGAGC	2	12	132173	132184	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
7	NC_007503	ACTATA	2	12	226756	226767	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_007503	AAAAAG	2	12	259227	259238	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007503	ATTAAA	2	12	346639	346650	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007503	ATTTAA	2	12	350095	350106	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007503	AAATTT	2	12	372157	372168	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007503	ATAATT	2	12	404370	404381	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007503	TAGGGG	2	12	434255	434266	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007503	AATTAA	2	12	440658	440669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007503	GATGTG	2	12	495041	495052	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007503	GAAAAA	2	12	530831	530842	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007503	TTGTTA	2	12	566053	566064	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007503	CATTAA	2	12	579585	579596	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_007503	TTATGT	2	12	606397	606408	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007503	GAAGTG	2	12	606581	606592	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007503	AAAAGA	2	12	606982	606993	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007503	ATGGGG	2	12	635727	635738	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007503	AAAATT	2	12	655044	655055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007503	TGGGGC	2	12	685822	685833	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_007503	CTTTTT	2	12	701782	701793	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_007503	TTAGTT	2	12	727601	727612	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007503	AAAATA	2	12	728533	728544	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007503	CAAAGC	2	12	744248	744259	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_007503	TGATTA	2	12	786807	786818	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007503	TGGGGC	2	12	803943	803954	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_007503	TTTATT	2	12	844530	844541	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007503	TGACGG	2	12	844547	844558	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_007503	TTTGCT	2	12	869538	869549	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_007503	ATTTTA	3	18	930023	930040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007503	TAAAAA	2	12	1044276	1044287	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007503	GTATAA	2	12	1047523	1047534	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007503	TTTGCT	2	12	1057147	1057158	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_007503	ACAGTA	2	12	1058259	1058270	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_007503	TGGGGC	2	12	1072025	1072036	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_007503	ATATCT	2	12	1110811	1110822	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_007503	TTTTGG	2	12	1110958	1110969	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007503	TATTAG	2	12	1123821	1123832	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007503	TTACAT	2	12	1129049	1129060	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_007503	ATTTCC	2	12	1201676	1201687	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_007503	TCTAAT	2	12	1225803	1225814	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_007503	TCCTTA	2	12	1311526	1311537	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_007503	CTTCTC	2	12	1329619	1329630	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_007503	AAAAAT	2	12	1366706	1366717	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007503	CCCTCG	2	12	1394274	1394285	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_007503	CTCGGC	2	12	1394510	1394521	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_007503	TCGCTT	2	12	1395251	1395262	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_007503	TAAAAA	2	12	1419001	1419012	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007503	TATTTT	2	12	1466393	1466404	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007503	CCATAC	2	12	1469332	1469343	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_007503	CTTTTT	2	12	1469857	1469868	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_007503	CTTTTT	2	12	1482990	1483001	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_007503	ATCAAA	2	12	1505850	1505861	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_007503	TAGTTT	2	12	1535667	1535678	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007503	AATTTT	2	12	1535782	1535793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007503	TTTAAA	2	12	1675125	1675136	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007503	CTTTTT	2	12	1682404	1682415	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_007503	TTAGCA	2	12	1699065	1699076	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_007503	CCTTTT	2	12	1843858	1843869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_007503	AAAGTT	2	12	1889369	1889380	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007503	CCCTCG	2	12	1895301	1895312	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_007503	CTCGGC	2	12	1895537	1895548	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_007503	TCGCTT	2	12	1896278	1896289	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_007503	TTAAAG	2	12	1904441	1904452	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007503	ATCTGA	2	12	1907350	1907361	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_007503	AAAAGA	2	12	1930153	1930164	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007503	TTTTAA	2	12	1938427	1938438	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007503	AAAAGA	2	12	1949587	1949598	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007503	CAAAGC	2	12	1987959	1987970	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_007503	CTATTA	2	12	2004847	2004858	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_007503	AAAAAG	2	12	2013396	2013407	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007503	TCCTGG	2	12	2017353	2017364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007503	CAATTT	2	12	2017776	2017787	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_007503	CCCTCG	2	12	2019787	2019798	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_007503	CTCGGC	2	12	2020022	2020033	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007503	TCGCTT	2	12	2020763	2020774	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_007503	CTTTAA	2	12	2031759	2031770	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_007503	TTTCTT	2	12	2036720	2036731	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_007503	TAAAAA	2	12	2089202	2089213	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007503	ACTTTT	2	12	2108208	2108219	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_007503	CCCTCG	2	12	2110205	2110216	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_007503	CTCGGC	2	12	2110441	2110452	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
87	NC_007503	TCGCTT	2	12	2111182	2111193	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_007503	CTTTTT	2	12	2113925	2113936	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_007503	TGAATA	2	12	2118056	2118067	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007503	CTTTAA	2	12	2134716	2134727	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_007503	GTTAAA	2	12	2175319	2175330	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007503	CTCCAC	2	12	2201070	2201081	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_007503	ATAAAA	2	12	2206685	2206696	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007503	GTTAAT	2	12	2236886	2236897	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007503	TTTAAT	2	12	2238642	2238653	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007503	GCCTTT	2	12	2242200	2242211	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_007503	GTTAAT	2	12	2248985	2248996	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007503	AATTTA	2	12	2253633	2253644	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007503	ATTTTT	2	12	2335740	2335751	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007503	GCTAAA	2	12	2344752	2344763	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_007503	TTTCTG	2	12	2344897	2344908	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_007503	AAATCC	2	12	2363010	2363021	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_007503	AATATA	2	12	2363246	2363257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007503	TTAAAA	2	12	2376307	2376318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007503	TTTAAT	2	12	2376345	2376356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.