MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhodococcus erythropolis PR4 plasmid pREL1

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007491	CGGTAA	2	12	585	596	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	77454568
2	NC_007491	GGCAAT	2	12	3835	3846	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	77454571
3	NC_007491	GATCTT	2	12	7190	7201	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	77454574
4	NC_007491	ACGTCC	2	12	9024	9035	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	77454575
5	NC_007491	GATCCG	2	12	11320	11331	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454575
6	NC_007491	CTCGTC	2	12	12088	12099	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	77454575
7	NC_007491	CAGGCC	2	12	12769	12780	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77454575
8	NC_007491	TTGCGG	2	12	14744	14755	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	77454577
9	NC_007491	CAAGCC	2	12	24130	24141	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	77454586
10	NC_007491	GCCCCG	2	12	24874	24885	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	77454586
11	NC_007491	CATGAA	2	12	26014	26025	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	77454588
12	NC_007491	CGCCGA	2	12	28189	28200	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77454589
13	NC_007491	CGCGGC	2	12	29355	29366	0 %	0 %	50 %	50 %	77454590
14	NC_007491	TCGGCA	2	12	34368	34379	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454594
15	NC_007491	GCGGTA	2	12	40309	40320	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	77454598
16	NC_007491	GCCGCG	2	12	41490	41501	0 %	0 %	50 %	50 %	77454600
17	NC_007491	TCGAGA	2	12	44436	44447	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	77454603
18	NC_007491	GTCCTC	2	12	46953	46964	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	77454606
19	NC_007491	CTCATC	2	12	47988	47999	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	77454607
20	NC_007491	CGAAGA	2	12	48604	48615	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	77454608
21	NC_007491	GGATTG	2	12	51117	51128	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	77454610
22	NC_007491	CGACAT	2	12	51188	51199	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	77454610
23	NC_007491	TTCTGC	2	12	54227	54238	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	77454617
24	NC_007491	AACTCG	2	12	57814	57825	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	77454618
25	NC_007491	AGGTGG	2	12	58650	58661	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	77454620
26	NC_007491	GGCGCC	2	12	58738	58749	0 %	0 %	50 %	50 %	77454620
27	NC_007491	GTGGCG	2	12	61255	61266	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	77454623
28	NC_007491	TGTCTG	2	12	62030	62041	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	77454624
29	NC_007491	GTTGGC	2	12	71187	71198	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	77454635
30	NC_007491	GAAAAG	2	12	73179	73190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	77454638
31	NC_007491	CCGGCC	2	12	83064	83075	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	77454653
32	NC_007491	GACGAA	2	12	86014	86025	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	77454657
33	NC_007491	GGCCCC	2	12	90040	90051	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	77454661
34	NC_007491	GATCTT	2	12	91452	91463	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	77454662
35	NC_007491	CCCGCA	2	12	91934	91945	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	77454662
36	NC_007491	GATCTT	2	12	95766	95777	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	77454666
37	NC_007491	GTCGGA	2	12	95830	95841	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	77454666
38	NC_007491	CCCGCA	2	12	96248	96259	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	77454666
39	NC_007491	CGTCAC	2	12	96459	96470	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	77454666
40	NC_007491	TACCTC	2	12	97442	97453	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	77454667
41	NC_007491	CTCTTC	2	12	97721	97732	0 %	50 %	0 %	50 %	77454667
42	NC_007491	ATGACG	2	12	106632	106643	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	77454676
43	NC_007491	CGGCAG	2	12	108545	108556	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	77454677
44	NC_007491	CCGACG	2	12	111766	111777	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77454681
45	NC_007491	CCCAAC	2	12	111952	111963	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	77454681
46	NC_007491	CCGATG	2	12	112126	112137	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454681
47	NC_007491	CGATGA	2	12	112826	112837	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	77454681
48	NC_007491	CATCAC	2	12	113339	113350	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	77454682
49	NC_007491	GCATGG	2	12	116362	116373	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	77454685
50	NC_007491	TGCCGC	2	12	122161	122172	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	77454690
51	NC_007491	TTCTGG	2	12	125491	125502	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	77454695
52	NC_007491	CTGTTC	2	12	125634	125645	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	77454695
53	NC_007491	GGCATC	2	12	126510	126521	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454696
54	NC_007491	CCGTTC	2	12	128219	128230	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	77454698
55	NC_007491	CCAGGC	2	12	128622	128633	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77454698
56	NC_007491	ACGCCA	2	12	129042	129053	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	77454698
57	NC_007491	CGAAAT	2	12	132285	132296	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	77454701
58	NC_007491	ACTCGA	2	12	133420	133431	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	77454703
59	NC_007491	ACCGAC	2	12	138182	138193	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	77454707
60	NC_007491	CTGGCG	2	12	138583	138594	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	77454708
61	NC_007491	TCGGCG	2	12	139034	139045	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	77454708
62	NC_007491	CGAGCT	2	12	144118	144129	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454713
63	NC_007491	GCCGCA	2	12	144578	144589	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77454713
64	NC_007491	TCCCAG	2	12	146326	146337	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	77454716
65	NC_007491	TGACGA	2	12	148222	148233	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	77454718
66	NC_007491	CCAGCG	2	12	149269	149280	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77454719
67	NC_007491	GGCACC	2	12	150622	150633	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77454720
68	NC_007491	TCGTGT	2	12	152491	152502	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	77454722
69	NC_007491	GCGCGA	2	12	158950	158961	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	77454732
70	NC_007491	ACGCTG	2	12	159433	159444	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454732
71	NC_007491	GCCGGT	2	12	163470	163481	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	77454735
72	NC_007491	GAAGGC	2	12	166288	166299	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	77454738
73	NC_007491	CGGACC	2	12	166407	166418	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77454738
74	NC_007491	AAATCG	2	12	170388	170399	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	161542786
75	NC_007491	GGTGCG	2	12	176766	176777	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	77454753
76	NC_007491	CAACCG	2	12	180650	180661	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	77454758
77	NC_007491	TCGGCG	2	12	182681	182692	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	77454761
78	NC_007491	GGACCG	2	12	186542	186553	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	77454768
79	NC_007491	TGGGGC	2	12	189445	189456	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	77454771
80	NC_007491	TCTGCG	2	12	192845	192856	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	77454776
81	NC_007491	GCCACC	2	12	193183	193194	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	77454776
82	NC_007491	GGGCTT	2	12	194090	194101	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	77454779
83	NC_007491	CAATGC	2	12	196668	196679	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	77454780
84	NC_007491	TCGACG	2	12	197260	197271	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454780
85	NC_007491	GCCGGT	2	12	199552	199563	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	77454783
86	NC_007491	ACCGTG	2	12	202206	202217	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454785
87	NC_007491	ACCTGG	2	12	204391	204402	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454787
88	NC_007491	TCGAGC	2	12	206781	206792	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454788
89	NC_007491	CCCGGT	2	12	213026	213037	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	77454796
90	NC_007491	AGATGA	2	12	218586	218597	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	77454806
91	NC_007491	GAATCC	2	12	218767	218778	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	77454806
92	NC_007491	GTCACC	2	12	220280	220291	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	77454809
93	NC_007491	GCCGAC	2	12	233262	233273	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77454825
94	NC_007491	AGATGA	2	12	237945	237956	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	77454829
95	NC_007491	GCAGCG	2	12	238157	238168	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	77454829
96	NC_007491	CGGTGG	2	12	239983	239994	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	77454831
97	NC_007491	CGCAGA	2	12	240322	240333	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	77454831
98	NC_007491	GTCGGA	2	12	245344	245355	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	77454835
99	NC_007491	AGCGCG	2	12	251577	251588	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	77454840
100	NC_007491	CTGGTC	2	12	253228	253239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	77454842
101	NC_007491	TTCGGG	2	12	259966	259977	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	77454850
102	NC_007491	GATCGC	2	12	261201	261212	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77454851
103	NC_007491	GCCGGG	2	12	263153	263164	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	77454857
104	NC_007491	CGTCGG	2	12	264521	264532	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	77454859
105	NC_007491	TCAAGC	2	12	265720	265731	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	77454860
106	NC_007491	CGAGTA	2	12	268830	268841	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	77454864

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.