MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhodococcus erythropolis PR4 plasmid pREL1

Total Repeats: 220

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007491	CGTCA	2	10	541	550	20 %	20 %	20 %	40 %	77454568
2	NC_007491	CCTGA	2	10	1993	2002	20 %	20 %	20 %	40 %	77454570
3	NC_007491	CACGC	2	10	2123	2132	20 %	0 %	20 %	60 %	77454570
4	NC_007491	GTCGA	2	10	2307	2316	20 %	20 %	40 %	20 %	77454570
5	NC_007491	GCTGG	2	10	4070	4079	0 %	20 %	60 %	20 %	77454571
6	NC_007491	CACGC	2	10	6657	6666	20 %	0 %	20 %	60 %	77454573
7	NC_007491	TTCGG	2	10	8291	8300	0 %	40 %	40 %	20 %	77454575
8	NC_007491	CCATC	2	10	8400	8409	20 %	20 %	0 %	60 %	77454575
9	NC_007491	GCCTC	2	10	8801	8810	0 %	20 %	20 %	60 %	77454575
10	NC_007491	CATCG	2	10	8977	8986	20 %	20 %	20 %	40 %	77454575
11	NC_007491	CGACA	2	10	9952	9961	40 %	0 %	20 %	40 %	77454575
12	NC_007491	ATCGA	2	10	13158	13167	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007491	CGGAG	2	10	13705	13714	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_007491	ATCGC	2	10	14299	14308	20 %	20 %	20 %	40 %	77454577
15	NC_007491	CGCGG	2	10	14647	14656	0 %	0 %	60 %	40 %	77454577
16	NC_007491	GGCCA	2	10	14844	14853	20 %	0 %	40 %	40 %	77454578
17	NC_007491	ACACC	2	10	17105	17114	40 %	0 %	0 %	60 %	77454579
18	NC_007491	TCGCG	2	10	20138	20147	0 %	20 %	40 %	40 %	77454582
19	NC_007491	AGTCC	2	10	20663	20672	20 %	20 %	20 %	40 %	77454582
20	NC_007491	GCGCC	2	10	20996	21005	0 %	0 %	40 %	60 %	77454582
21	NC_007491	TCCGT	2	10	22633	22642	0 %	40 %	20 %	40 %	77454584
22	NC_007491	ACTCG	2	10	23791	23800	20 %	20 %	20 %	40 %	77454585
23	NC_007491	GCCAC	2	10	24220	24229	20 %	0 %	20 %	60 %	77454586
24	NC_007491	GCCAA	2	10	24951	24960	40 %	0 %	20 %	40 %	77454586
25	NC_007491	CACCT	2	10	25874	25883	20 %	20 %	0 %	60 %	77454588
26	NC_007491	CCCCG	2	10	26049	26058	0 %	0 %	20 %	80 %	77454588
27	NC_007491	CCGCG	2	10	28728	28737	0 %	0 %	40 %	60 %	77454590
28	NC_007491	CGAAT	2	10	30099	30108	40 %	20 %	20 %	20 %	77454590
29	NC_007491	CTCCC	2	10	34100	34109	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
30	NC_007491	CCTGA	2	10	34560	34569	20 %	20 %	20 %	40 %	77454594
31	NC_007491	GACCT	2	10	34943	34952	20 %	20 %	20 %	40 %	77454594
32	NC_007491	ATCGC	2	10	37563	37572	20 %	20 %	20 %	40 %	77454595
33	NC_007491	GAACA	2	10	37735	37744	60 %	0 %	20 %	20 %	77454595
34	NC_007491	GTGGC	2	10	40525	40534	0 %	20 %	60 %	20 %	77454599
35	NC_007491	GTCGG	2	10	42136	42145	0 %	20 %	60 %	20 %	77454600
36	NC_007491	GCCGC	2	10	42976	42985	0 %	0 %	40 %	60 %	77454601
37	NC_007491	CCGTT	2	10	45524	45533	0 %	40 %	20 %	40 %	77454604
38	NC_007491	CCTCC	2	10	49819	49828	0 %	20 %	0 %	80 %	77454608
39	NC_007491	GCGCC	2	10	51203	51212	0 %	0 %	40 %	60 %	77454610
40	NC_007491	TCCAG	2	10	51728	51737	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_007491	ACTGC	2	10	53729	53738	20 %	20 %	20 %	40 %	77454616
42	NC_007491	ACTGC	2	10	55453	55462	20 %	20 %	20 %	40 %	77454617
43	NC_007491	CCCCA	2	10	59445	59454	20 %	0 %	0 %	80 %	77454620
44	NC_007491	CCTGT	2	10	59795	59804	0 %	40 %	20 %	40 %	77454621
45	NC_007491	TTGCG	2	10	60901	60910	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_007491	TGGCG	2	10	61737	61746	0 %	20 %	60 %	20 %	77454623
47	NC_007491	CCGGA	2	10	62618	62627	20 %	0 %	40 %	40 %	77454624
48	NC_007491	AGTGA	2	10	63891	63900	40 %	20 %	40 %	0 %	77454626
49	NC_007491	CATGG	2	10	64761	64770	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007491	CGAAT	2	10	64896	64905	40 %	20 %	20 %	20 %	77454628
51	NC_007491	CTGTC	2	10	69109	69118	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_007491	CGTGA	2	10	70651	70660	20 %	20 %	40 %	20 %	77454634
53	NC_007491	GGACC	2	10	71541	71550	20 %	0 %	40 %	40 %	77454635
54	NC_007491	TCGAT	2	10	72052	72061	20 %	40 %	20 %	20 %	77454636
55	NC_007491	TCCAG	2	10	73017	73026	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_007491	CCTCG	2	10	73544	73553	0 %	20 %	20 %	60 %	77454639
57	NC_007491	GCAAA	2	10	73962	73971	60 %	0 %	20 %	20 %	77454639
58	NC_007491	CGGCG	2	10	74098	74107	0 %	0 %	60 %	40 %	77454639
59	NC_007491	ACCCG	2	10	74784	74793	20 %	0 %	20 %	60 %	77454640
60	NC_007491	CAGTC	2	10	76733	76742	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_007491	CGGAC	2	10	78256	78265	20 %	0 %	40 %	40 %	77454647
62	NC_007491	GACAC	2	10	78326	78335	40 %	0 %	20 %	40 %	77454647
63	NC_007491	ACAGC	2	10	79069	79078	40 %	0 %	20 %	40 %	77454648
64	NC_007491	GCCCG	2	10	81554	81563	0 %	0 %	40 %	60 %	77454651
65	NC_007491	TCGAA	2	10	84323	84332	40 %	20 %	20 %	20 %	77454655
66	NC_007491	GCAAG	2	10	86577	86586	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_007491	TGGGA	2	10	87223	87232	20 %	20 %	60 %	0 %	77454660
68	NC_007491	GTGCC	2	10	89444	89453	0 %	20 %	40 %	40 %	77454661
69	NC_007491	TCGAA	2	10	89803	89812	40 %	20 %	20 %	20 %	77454661
70	NC_007491	CGCGG	2	10	89978	89987	0 %	0 %	60 %	40 %	77454661
71	NC_007491	TCAAC	2	10	90685	90694	40 %	20 %	0 %	40 %	77454661
72	NC_007491	ACTCT	2	10	90856	90865	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_007491	GCGTT	2	10	91084	91093	0 %	40 %	40 %	20 %	77454662
74	NC_007491	CGAAG	2	10	92457	92466	40 %	0 %	40 %	20 %	77454662
75	NC_007491	CGCAC	2	10	94079	94088	20 %	0 %	20 %	60 %	77454664
76	NC_007491	CACGG	2	10	95115	95124	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_007491	CGAAG	2	10	96771	96780	40 %	0 %	40 %	20 %	77454666
78	NC_007491	GGGTC	2	10	99671	99680	0 %	20 %	60 %	20 %	77454669
79	NC_007491	CTTGT	2	10	99755	99764	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_007491	TCGAA	2	10	101622	101631	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_007491	CGGAC	2	10	101794	101803	20 %	0 %	40 %	40 %	77454671
82	NC_007491	CCCAC	2	10	105455	105464	20 %	0 %	0 %	80 %	77454675
83	NC_007491	GCGCG	2	10	105726	105735	0 %	0 %	60 %	40 %	77454675
84	NC_007491	TGACC	2	10	106894	106903	20 %	20 %	20 %	40 %	77454676
85	NC_007491	AATCG	2	10	107188	107197	40 %	20 %	20 %	20 %	77454676
86	NC_007491	CGGCG	2	10	108665	108674	0 %	0 %	60 %	40 %	77454677
87	NC_007491	GGCTG	2	10	109740	109749	0 %	20 %	60 %	20 %	77454678
88	NC_007491	GCGAT	2	10	110679	110688	20 %	20 %	40 %	20 %	77454679
89	NC_007491	CGGGA	2	10	112485	112494	20 %	0 %	60 %	20 %	77454681
90	NC_007491	GATCG	2	10	113189	113198	20 %	20 %	40 %	20 %	77454682
91	NC_007491	TCGGA	2	10	114922	114931	20 %	20 %	40 %	20 %	77454684
92	NC_007491	AACCG	2	10	115914	115923	40 %	0 %	20 %	40 %	77454685
93	NC_007491	ACGGT	2	10	118589	118598	20 %	20 %	40 %	20 %	77454686
94	NC_007491	CATGG	2	10	118818	118827	20 %	20 %	40 %	20 %	77454686
95	NC_007491	TGCGG	2	10	119915	119924	0 %	20 %	60 %	20 %	77454688
96	NC_007491	GCACG	2	10	120581	120590	20 %	0 %	40 %	40 %	77454689
97	NC_007491	CAGGT	2	10	125182	125191	20 %	20 %	40 %	20 %	77454695
98	NC_007491	GTTCA	2	10	126177	126186	20 %	40 %	20 %	20 %	77454696
99	NC_007491	AGGGA	2	10	129356	129365	40 %	0 %	60 %	0 %	77454698
100	NC_007491	CGAAC	2	10	129656	129665	40 %	0 %	20 %	40 %	77454699
101	NC_007491	CCAAC	2	10	131312	131321	40 %	0 %	0 %	60 %	77454700
102	NC_007491	AGGTC	2	10	132203	132212	20 %	20 %	40 %	20 %	77454701
103	NC_007491	CTCGT	2	10	135087	135096	0 %	40 %	20 %	40 %	77454705
104	NC_007491	CCACG	2	10	135135	135144	20 %	0 %	20 %	60 %	77454705
105	NC_007491	CCCGT	2	10	135409	135418	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_007491	CTGCT	2	10	135507	135516	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_007491	CGATG	2	10	136257	136266	20 %	20 %	40 %	20 %	77454706
108	NC_007491	CGGCG	2	10	140121	140130	0 %	0 %	60 %	40 %	77454710
109	NC_007491	CGCGG	2	10	142098	142107	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
110	NC_007491	GGACG	2	10	144377	144386	20 %	0 %	60 %	20 %	77454713
111	NC_007491	TCCCG	2	10	145391	145400	0 %	20 %	20 %	60 %	77454715
112	NC_007491	GCCTT	2	10	145991	146000	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_007491	GCCGG	2	10	147079	147088	0 %	0 %	60 %	40 %	77454716
114	NC_007491	CCGAG	2	10	147288	147297	20 %	0 %	40 %	40 %	77454717
115	NC_007491	TCCGC	2	10	155506	155515	0 %	20 %	20 %	60 %	77454727
116	NC_007491	AGCGA	2	10	157124	157133	40 %	0 %	40 %	20 %	77454729
117	NC_007491	AAGGA	2	10	157321	157330	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007491	AAACA	2	10	158429	158438	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_007491	GCTTT	2	10	160941	160950	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_007491	GGGGT	2	10	162670	162679	0 %	20 %	80 %	0 %	77454734
121	NC_007491	CGTCG	2	10	162822	162831	0 %	20 %	40 %	40 %	77454734
122	NC_007491	CGCAG	2	10	163368	163377	20 %	0 %	40 %	40 %	77454735
123	NC_007491	AAGGG	2	10	163892	163901	40 %	0 %	60 %	0 %	77454735
124	NC_007491	CCGTG	2	10	163961	163970	0 %	20 %	40 %	40 %	77454735
125	NC_007491	GCGGT	2	10	164257	164266	0 %	20 %	60 %	20 %	77454735
126	NC_007491	GCTCG	2	10	164756	164765	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_007491	GATGT	2	10	165392	165401	20 %	40 %	40 %	0 %	77454737
128	NC_007491	TCGGT	2	10	165672	165681	0 %	40 %	40 %	20 %	77454737
129	NC_007491	CCCGT	2	10	166019	166028	0 %	20 %	20 %	60 %	77454738
130	NC_007491	CGACA	2	10	166675	166684	40 %	0 %	20 %	40 %	77454738
131	NC_007491	TGCGC	2	10	166841	166850	0 %	20 %	40 %	40 %	77454738
132	NC_007491	AACCG	2	10	168672	168681	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_007491	CCCCA	2	10	169275	169284	20 %	0 %	0 %	80 %	77454744
134	NC_007491	CTGCC	2	10	171080	171089	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
135	NC_007491	GGGAG	2	10	171312	171321	20 %	0 %	80 %	0 %	77454746
136	NC_007491	TCGAC	2	10	172803	172812	20 %	20 %	20 %	40 %	77454747
137	NC_007491	GCGCC	2	10	174053	174062	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
138	NC_007491	AGCTC	2	10	176539	176548	20 %	20 %	20 %	40 %	77454752
139	NC_007491	GTCCG	2	10	178403	178412	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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219	NC_007491	TGGGG	2	10	271286	271295	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
220	NC_007491	AGCGA	2	10	271526	271535	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.