MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 plasmid D

Total Repeats: 44

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007490	TTTCGC	2	12	7608	7619	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	77404779
2	NC_007490	TCGGCC	2	12	10797	10808	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	77404782
3	NC_007490	CGACGG	2	12	13168	13179	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	77404786
4	NC_007490	GCACCC	2	12	18329	18340	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	552530964
5	NC_007490	GCTCGG	2	12	18913	18924	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	77404792
6	NC_007490	GGAGGT	2	12	19297	19308	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	77404792
7	NC_007490	CCGGAG	2	12	20466	20477	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	77404794
8	NC_007490	CGCGGC	2	12	25989	26000	0 %	0 %	50 %	50 %	77404798
9	NC_007490	TGCTTG	2	12	29672	29683	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	552530965
10	NC_007490	ATCGAC	2	12	36452	36463	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	77404806
11	NC_007490	CCAGCC	2	12	39092	39103	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	77404810
12	NC_007490	TCGACC	2	12	42963	42974	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	77404812
13	NC_007490	GATCTG	2	12	43250	43261	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	77404812
14	NC_007490	TGAACG	2	12	43641	43652	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	77404812
15	NC_007490	CGCCAG	2	12	45549	45560	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77404814
16	NC_007490	GATCAT	2	12	48635	48646	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	77404817
17	NC_007490	GCGCGG	2	12	49373	49384	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	552530967
18	NC_007490	GTCGAG	2	12	49820	49831	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	552530967
19	NC_007490	TCCTGC	2	12	51271	51282	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	77404819
20	NC_007490	GTGACC	2	12	53245	53256	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77404822
21	NC_007490	GCCGAG	2	12	53505	53516	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	77404823
22	NC_007490	CGCGAG	2	12	53568	53579	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	77404823
23	NC_007490	TCGCCC	2	12	55327	55338	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	77404824
24	NC_007490	CCGGTG	2	12	55572	55583	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	77404824
25	NC_007490	GCTGGC	2	12	60548	60559	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	77404829
26	NC_007490	GCTGAC	2	12	61007	61018	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	77404829
27	NC_007490	CCGGCG	2	12	67350	67361	0 %	0 %	50 %	50 %	77404833
28	NC_007490	TCGGCC	2	12	68577	68588	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	77404836
29	NC_007490	GGGCGG	2	12	68912	68923	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	77404836
30	NC_007490	CCTCGC	2	12	70488	70499	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	77404838
31	NC_007490	TCCTTC	2	12	76859	76870	0 %	50 %	0 %	50 %	77404846
32	NC_007490	CGCGGC	2	12	76872	76883	0 %	0 %	50 %	50 %	77404846
33	NC_007490	GGTGGA	2	12	77355	77366	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	77404846
34	NC_007490	GCGTCT	2	12	78653	78664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	77404846
35	NC_007490	GCCGCG	2	12	78974	78985	0 %	0 %	50 %	50 %	77404847
36	NC_007490	CGATCC	2	12	81294	81305	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	77404850
37	NC_007490	CGGGCC	2	12	84250	84261	0 %	0 %	50 %	50 %	77404851
38	NC_007490	CGGAGG	2	12	86723	86734	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	552530970
39	NC_007490	ATTGAA	2	12	86965	86976	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	552530970
40	NC_007490	CGTCTT	2	12	91477	91488	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	77404853
41	NC_007490	CTGAGA	2	12	97267	97278	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	77404859
42	NC_007490	CCGATC	2	12	97928	97939	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	77404860
43	NC_007490	CTGGCA	2	12	98788	98799	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	552530975
44	NC_007490	GGCGAG	2	12	99702	99713	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	77404862

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.