MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 plasmid D

Total Repeats: 67

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007490	CCCCG	2	10	581	590	0 %	0 %	20 %	80 %	552530954
2	NC_007490	CGCAG	2	10	936	945	20 %	0 %	40 %	40 %	552530954
3	NC_007490	AGGGC	2	10	2400	2409	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007490	AGGGC	2	10	2538	2547	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_007490	AGGGC	2	10	2812	2821	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_007490	AGGGC	2	10	2950	2959	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_007490	CGCGG	2	10	4108	4117	0 %	0 %	60 %	40 %	552530955
8	NC_007490	CACGC	2	10	4691	4700	20 %	0 %	20 %	60 %	552530956
9	NC_007490	CAGTG	2	10	6148	6157	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_007490	GGCCC	2	10	8525	8534	0 %	0 %	40 %	60 %	77404780
11	NC_007490	CCGCT	2	10	9456	9465	0 %	20 %	20 %	60 %	552530963
12	NC_007490	GCCCG	2	10	12393	12402	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_007490	CGGCT	2	10	15013	15022	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_007490	GCGAA	3	15	16519	16533	40 %	0 %	40 %	20 %	77404790
15	NC_007490	GCAAC	2	10	17876	17885	40 %	0 %	20 %	40 %	552530964
16	NC_007490	CGGCG	2	10	19180	19189	0 %	0 %	60 %	40 %	77404792
17	NC_007490	AGGGG	2	10	23354	23363	20 %	0 %	80 %	0 %	77404796
18	NC_007490	CGGCT	2	10	26996	27005	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_007490	ACCGC	2	10	30727	30736	20 %	0 %	20 %	60 %	552530966
20	NC_007490	ACGCG	2	10	31176	31185	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_007490	AGCGC	2	10	36888	36897	20 %	0 %	40 %	40 %	77404806
22	NC_007490	CCATG	2	10	39411	39420	20 %	20 %	20 %	40 %	77404810
23	NC_007490	CCTTC	2	10	40573	40582	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_007490	CGATC	2	10	40815	40824	20 %	20 %	20 %	40 %	77404811
25	NC_007490	CGATG	2	10	42466	42475	20 %	20 %	40 %	20 %	77404812
26	NC_007490	GCCGG	2	10	44440	44449	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
27	NC_007490	CGTAT	2	10	44914	44923	20 %	40 %	20 %	20 %	77404813
28	NC_007490	CGGCG	2	10	45734	45743	0 %	0 %	60 %	40 %	77404814
29	NC_007490	GCGCC	2	10	46902	46911	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_007490	GATGA	2	10	49154	49163	40 %	20 %	40 %	0 %	552530967
31	NC_007490	TGCGT	2	10	50325	50334	0 %	40 %	40 %	20 %	77404818
32	NC_007490	GGCCT	2	10	51481	51490	0 %	20 %	40 %	40 %	77404819
33	NC_007490	TGCCT	2	10	51555	51564	0 %	40 %	20 %	40 %	77404819
34	NC_007490	GAGGG	2	10	53320	53329	20 %	0 %	80 %	0 %	77404822
35	NC_007490	GCGGG	2	10	54500	54509	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007490	CCTGC	2	10	57203	57212	0 %	20 %	20 %	60 %	77404826
37	NC_007490	TCGGC	2	10	58375	58384	0 %	20 %	40 %	40 %	77404827
38	NC_007490	GCCTT	2	10	58879	58888	0 %	40 %	20 %	40 %	77404827
39	NC_007490	GCGCC	2	10	59587	59596	0 %	0 %	40 %	60 %	77404828
40	NC_007490	TGCGG	2	10	59692	59701	0 %	20 %	60 %	20 %	77404828
41	NC_007490	CTGGC	2	10	60192	60201	0 %	20 %	40 %	40 %	77404829
42	NC_007490	CCTGC	2	10	60641	60650	0 %	20 %	20 %	60 %	77404829
43	NC_007490	TGTCG	2	10	62015	62024	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_007490	GACCA	2	10	63089	63098	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_007490	GCGTG	2	10	68753	68762	0 %	20 %	60 %	20 %	77404836
46	NC_007490	CGGAG	2	10	68798	68807	20 %	0 %	60 %	20 %	77404836
47	NC_007490	CAGGG	2	10	69666	69675	20 %	0 %	60 %	20 %	77404837
48	NC_007490	CATCG	2	10	70461	70470	20 %	20 %	20 %	40 %	77404838
49	NC_007490	GCGGA	2	10	73478	73487	20 %	0 %	60 %	20 %	77404840
50	NC_007490	CGGTG	2	10	74275	74284	0 %	20 %	60 %	20 %	77404842
51	NC_007490	AATGC	2	10	75208	75217	40 %	20 %	20 %	20 %	77404844
52	NC_007490	GCTCG	2	10	76022	76031	0 %	20 %	40 %	40 %	77404844
53	NC_007490	CCTCG	2	10	81136	81145	0 %	20 %	20 %	60 %	77404850
54	NC_007490	GTCCG	2	10	83459	83468	0 %	20 %	40 %	40 %	77404851
55	NC_007490	CCAAC	2	10	85260	85269	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_007490	TGAGC	2	10	85385	85394	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_007490	TGATG	2	10	86565	86574	20 %	40 %	40 %	0 %	552530970
58	NC_007490	ACTGA	2	10	88139	88148	40 %	20 %	20 %	20 %	77404853
59	NC_007490	TGGCG	2	10	89240	89249	0 %	20 %	60 %	20 %	77404853
60	NC_007490	GATCT	2	10	89979	89988	20 %	40 %	20 %	20 %	77404853
61	NC_007490	GACCC	2	10	92514	92523	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
62	NC_007490	GCAGG	2	10	96724	96733	20 %	0 %	60 %	20 %	77404858
63	NC_007490	GCAGG	2	10	98246	98255	20 %	0 %	60 %	20 %	77404860
64	NC_007490	AATGC	2	10	98684	98693	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_007490	TGCGC	2	10	99819	99828	0 %	20 %	40 %	40 %	77404863
66	NC_007490	ATGGG	2	10	100409	100418	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007490	TCGGC	2	10	100567	100576	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.