MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 plasmid D

Total Repeats: 290

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007490	TTTA	2	8	151	158	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007490	CCGC	2	8	361	368	0 %	0 %	25 %	75 %	552530954
3	NC_007490	TCCT	2	8	397	404	0 %	50 %	0 %	50 %	552530954
4	NC_007490	CCGA	2	8	481	488	25 %	0 %	25 %	50 %	552530954
5	NC_007490	CGGC	2	8	542	549	0 %	0 %	50 %	50 %	552530954
6	NC_007490	GGCT	2	8	855	862	0 %	25 %	50 %	25 %	552530954
7	NC_007490	GCCG	2	8	2281	2288	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_007490	GCCG	2	8	2557	2564	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_007490	GCCG	2	8	2694	2701	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_007490	GCCG	2	8	2969	2976	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_007490	GAAG	2	8	3822	3829	50 %	0 %	50 %	0 %	77404778
12	NC_007490	GAGC	2	8	3879	3886	25 %	0 %	50 %	25 %	77404778
13	NC_007490	GCCG	2	8	4043	4050	0 %	0 %	50 %	50 %	552530955
14	NC_007490	TCGA	2	8	4195	4202	25 %	25 %	25 %	25 %	552530955
15	NC_007490	TCCG	2	8	4611	4618	0 %	25 %	25 %	50 %	552530956
16	NC_007490	CTGC	2	8	5547	5554	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_007490	GCCC	2	8	5838	5845	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
18	NC_007490	GTCA	2	8	6711	6718	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_007490	CGTC	2	8	6875	6882	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_007490	TGCC	2	8	7038	7045	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_007490	CCGG	2	8	7123	7130	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_007490	GACC	2	8	7185	7192	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_007490	GGCG	2	8	7584	7591	0 %	0 %	75 %	25 %	77404779
24	NC_007490	GGCC	2	8	7659	7666	0 %	0 %	50 %	50 %	77404779
25	NC_007490	CCTT	2	8	8175	8182	0 %	50 %	0 %	50 %	77404780
26	NC_007490	GGTG	2	8	8706	8713	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007490	CCCT	2	8	8975	8982	0 %	25 %	0 %	75 %	552530962
28	NC_007490	GCCG	2	8	9028	9035	0 %	0 %	50 %	50 %	552530962
29	NC_007490	CGGC	2	8	9305	9312	0 %	0 %	50 %	50 %	552530963
30	NC_007490	CAGA	2	8	9380	9387	50 %	0 %	25 %	25 %	552530963
31	NC_007490	CGGA	2	8	9422	9429	25 %	0 %	50 %	25 %	552530963
32	NC_007490	CCGA	2	8	9564	9571	25 %	0 %	25 %	50 %	77404782
33	NC_007490	TCCA	2	8	9750	9757	25 %	25 %	0 %	50 %	77404782
34	NC_007490	CGGC	2	8	10024	10031	0 %	0 %	50 %	50 %	77404782
35	NC_007490	AGGG	2	8	10970	10977	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007490	CGGA	2	8	11016	11023	25 %	0 %	50 %	25 %	77404783
37	NC_007490	CTGC	2	8	11533	11540	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_007490	GCCC	2	8	11825	11832	0 %	0 %	25 %	75 %	77404784
39	NC_007490	GCTC	2	8	12013	12020	0 %	25 %	25 %	50 %	77404784
40	NC_007490	ACAA	2	8	12552	12559	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_007490	CATC	2	8	12842	12849	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_007490	AAGG	2	8	13153	13160	50 %	0 %	50 %	0 %	77404786
43	NC_007490	GGCC	2	8	13365	13372	0 %	0 %	50 %	50 %	77404786
44	NC_007490	TGCG	2	8	13666	13673	0 %	25 %	50 %	25 %	77404787
45	NC_007490	GAAA	2	8	14234	14241	75 %	0 %	25 %	0 %	77404787
46	NC_007490	CGAG	2	8	15151	15158	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_007490	CCGT	2	8	15272	15279	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_007490	TGTC	2	8	16716	16723	0 %	50 %	25 %	25 %	77404790
49	NC_007490	TCGC	2	8	16911	16918	0 %	25 %	25 %	50 %	77404790
50	NC_007490	CTGT	2	8	17401	17408	0 %	50 %	25 %	25 %	77404790
51	NC_007490	GGGC	2	8	17846	17853	0 %	0 %	75 %	25 %	552530964
52	NC_007490	AACG	2	8	18269	18276	50 %	0 %	25 %	25 %	552530964
53	NC_007490	CTCG	2	8	19345	19352	0 %	25 %	25 %	50 %	77404792
54	NC_007490	GGCA	2	8	19674	19681	25 %	0 %	50 %	25 %	77404792
55	NC_007490	CTCG	2	8	20695	20702	0 %	25 %	25 %	50 %	77404794
56	NC_007490	GGCG	2	8	20800	20807	0 %	0 %	75 %	25 %	77404794
57	NC_007490	CCAG	2	8	20887	20894	25 %	0 %	25 %	50 %	77404794
58	NC_007490	GTCG	2	8	21208	21215	0 %	25 %	50 %	25 %	77404794
59	NC_007490	CCAT	2	8	21309	21316	25 %	25 %	0 %	50 %	77404794
60	NC_007490	TTCG	2	8	21383	21390	0 %	50 %	25 %	25 %	77404794
61	NC_007490	CGGC	2	8	22811	22818	0 %	0 %	50 %	50 %	77404796
62	NC_007490	GCGG	3	12	22863	22874	0 %	0 %	75 %	25 %	77404796
63	NC_007490	CTAC	2	8	23227	23234	25 %	25 %	0 %	50 %	77404796
64	NC_007490	TTCT	2	8	24520	24527	0 %	75 %	0 %	25 %	77404797
65	NC_007490	CGGA	2	8	24540	24547	25 %	0 %	50 %	25 %	77404797
66	NC_007490	GCCG	2	8	24581	24588	0 %	0 %	50 %	50 %	77404797
67	NC_007490	TCGC	2	8	25654	25661	0 %	25 %	25 %	50 %	77404797
68	NC_007490	GCCG	2	8	25674	25681	0 %	0 %	50 %	50 %	77404797
69	NC_007490	TGCC	2	8	25938	25945	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_007490	CGGC	2	8	26083	26090	0 %	0 %	50 %	50 %	77404798
71	NC_007490	CCCG	2	8	26312	26319	0 %	0 %	25 %	75 %	77404798
72	NC_007490	GGCA	2	8	26383	26390	25 %	0 %	50 %	25 %	77404799
73	NC_007490	AGGC	2	8	26423	26430	25 %	0 %	50 %	25 %	77404799
74	NC_007490	CGAG	2	8	27134	27141	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_007490	CCGT	2	8	27255	27262	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_007490	CTCC	2	8	27989	27996	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
77	NC_007490	TCCC	2	8	28564	28571	0 %	25 %	0 %	75 %	77404800
78	NC_007490	CTCG	2	8	28609	28616	0 %	25 %	25 %	50 %	77404800
79	NC_007490	GTTG	2	8	28845	28852	0 %	50 %	50 %	0 %	77404800
80	NC_007490	TGGC	2	8	28884	28891	0 %	25 %	50 %	25 %	77404800
81	NC_007490	CGGC	2	8	29134	29141	0 %	0 %	50 %	50 %	77404801
82	NC_007490	GCCA	2	8	29149	29156	25 %	0 %	25 %	50 %	77404801
83	NC_007490	GCTG	2	8	29706	29713	0 %	25 %	50 %	25 %	552530965
84	NC_007490	CGTC	2	8	29748	29755	0 %	25 %	25 %	50 %	552530965
85	NC_007490	GTCC	2	8	29916	29923	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_007490	ACGT	2	8	29971	29978	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_007490	CAAA	2	8	30892	30899	75 %	0 %	0 %	25 %	552530966
88	NC_007490	GCCG	2	8	32055	32062	0 %	0 %	50 %	50 %	77404802
89	NC_007490	GGCC	2	8	33563	33570	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_007490	TGAG	2	8	34277	34284	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007490	CGCC	2	8	34669	34676	0 %	0 %	25 %	75 %	77404805
92	NC_007490	GGCC	2	8	34823	34830	0 %	0 %	50 %	50 %	77404805
93	NC_007490	CAGC	2	8	34905	34912	25 %	0 %	25 %	50 %	77404805
94	NC_007490	GAGC	2	8	35776	35783	25 %	0 %	50 %	25 %	77404805
95	NC_007490	TCGG	2	8	36719	36726	0 %	25 %	50 %	25 %	77404806
96	NC_007490	TGGA	2	8	37359	37366	25 %	25 %	50 %	0 %	77404807
97	NC_007490	ATGT	2	8	37591	37598	25 %	50 %	25 %	0 %	77404807
98	NC_007490	GGGA	2	8	38073	38080	25 %	0 %	75 %	0 %	77404807
99	NC_007490	AAGG	2	8	38464	38471	50 %	0 %	50 %	0 %	77404808
100	NC_007490	GTCG	2	8	39257	39264	0 %	25 %	50 %	25 %	77404810
101	NC_007490	GCCT	2	8	39588	39595	0 %	25 %	25 %	50 %	77404810
102	NC_007490	GAGC	2	8	39756	39763	25 %	0 %	50 %	25 %	77404810
103	NC_007490	GGGC	2	8	39838	39845	0 %	0 %	75 %	25 %	77404810
104	NC_007490	TGAC	2	8	40070	40077	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_007490	GCTG	2	8	40140	40147	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_007490	AACT	2	8	40197	40204	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_007490	CGAA	2	8	40296	40303	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_007490	TCGG	2	8	40341	40348	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_007490	CATC	2	8	40362	40369	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_007490	AATC	2	8	40460	40467	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_007490	ACCG	2	8	40933	40940	25 %	0 %	25 %	50 %	77404811
112	NC_007490	CTCC	2	8	41714	41721	0 %	25 %	0 %	75 %	77404812
113	NC_007490	GGGT	2	8	41970	41977	0 %	25 %	75 %	0 %	77404812
114	NC_007490	CCGG	2	8	41998	42005	0 %	0 %	50 %	50 %	77404812
115	NC_007490	GCTG	2	8	42352	42359	0 %	25 %	50 %	25 %	77404812
116	NC_007490	GGCT	2	8	42423	42430	0 %	25 %	50 %	25 %	77404812
117	NC_007490	CGCT	2	8	42764	42771	0 %	25 %	25 %	50 %	77404812
118	NC_007490	GCGG	2	8	43264	43271	0 %	0 %	75 %	25 %	77404812
119	NC_007490	GCCT	2	8	43862	43869	0 %	25 %	25 %	50 %	77404812
120	NC_007490	ACGC	2	8	45122	45129	25 %	0 %	25 %	50 %	77404813
121	NC_007490	CTTC	2	8	45203	45210	0 %	50 %	0 %	50 %	77404814
122	NC_007490	GGCG	2	8	45440	45447	0 %	0 %	75 %	25 %	77404814
123	NC_007490	GAAC	2	8	45914	45921	50 %	0 %	25 %	25 %	77404814
124	NC_007490	GGCT	2	8	46043	46050	0 %	25 %	50 %	25 %	77404814
125	NC_007490	ACAA	2	8	46821	46828	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_007490	ACCT	2	8	48105	48112	25 %	25 %	0 %	50 %	77404817
127	NC_007490	CGGG	2	8	48121	48128	0 %	0 %	75 %	25 %	77404817
128	NC_007490	CGGG	2	8	48526	48533	0 %	0 %	75 %	25 %	77404817
129	NC_007490	CCAT	2	8	49102	49109	25 %	25 %	0 %	50 %	77404817
130	NC_007490	CTGC	2	8	49213	49220	0 %	25 %	25 %	50 %	552530967
131	NC_007490	GGGC	2	8	49400	49407	0 %	0 %	75 %	25 %	552530967
132	NC_007490	CCGG	2	8	49639	49646	0 %	0 %	50 %	50 %	552530967
133	NC_007490	GCAA	2	8	49867	49874	50 %	0 %	25 %	25 %	552530967
134	NC_007490	GTCG	2	8	50135	50142	0 %	25 %	50 %	25 %	77404818
135	NC_007490	GGAT	2	8	50151	50158	25 %	25 %	50 %	0 %	77404818
136	NC_007490	CGGG	2	8	50804	50811	0 %	0 %	75 %	25 %	77404819
137	NC_007490	GCTG	2	8	51496	51503	0 %	25 %	50 %	25 %	77404819
138	NC_007490	ACCG	2	8	51968	51975	25 %	0 %	25 %	50 %	77404820
139	NC_007490	CGGC	2	8	52136	52143	0 %	0 %	50 %	50 %	77404821
140	NC_007490	TCCT	2	8	52501	52508	0 %	50 %	0 %	50 %	77404821
141	NC_007490	CGGC	2	8	52632	52639	0 %	0 %	50 %	50 %	77404821
142	NC_007490	GCTG	2	8	52652	52659	0 %	25 %	50 %	25 %	77404821
143	NC_007490	GCCG	2	8	52890	52897	0 %	0 %	50 %	50 %	77404821
144	NC_007490	CCGC	2	8	53386	53393	0 %	0 %	25 %	75 %	77404823
145	NC_007490	GCCG	2	8	53712	53719	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
146	NC_007490	GGCT	2	8	54347	54354	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_007490	CCGC	2	8	54522	54529	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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288	NC_007490	GTCG	2	8	100186	100193	0 %	25 %	50 %	25 %	77404863
289	NC_007490	TCTG	2	8	100507	100514	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
290	NC_007490	CTGT	2	8	100791	100798	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.