MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 plasmid D

Total Repeats: 228

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007490	CCGC	2	8	361	368	0 %	0 %	25 %	75 %	552530954
2	NC_007490	TCCT	2	8	397	404	0 %	50 %	0 %	50 %	552530954
3	NC_007490	CCGA	2	8	481	488	25 %	0 %	25 %	50 %	552530954
4	NC_007490	CGGC	2	8	542	549	0 %	0 %	50 %	50 %	552530954
5	NC_007490	GGCT	2	8	855	862	0 %	25 %	50 %	25 %	552530954
6	NC_007490	GAAG	2	8	3822	3829	50 %	0 %	50 %	0 %	77404778
7	NC_007490	GAGC	2	8	3879	3886	25 %	0 %	50 %	25 %	77404778
8	NC_007490	GCCG	2	8	4043	4050	0 %	0 %	50 %	50 %	552530955
9	NC_007490	TCGA	2	8	4195	4202	25 %	25 %	25 %	25 %	552530955
10	NC_007490	TCCG	2	8	4611	4618	0 %	25 %	25 %	50 %	552530956
11	NC_007490	GGCG	2	8	7584	7591	0 %	0 %	75 %	25 %	77404779
12	NC_007490	GGCC	2	8	7659	7666	0 %	0 %	50 %	50 %	77404779
13	NC_007490	CCTT	2	8	8175	8182	0 %	50 %	0 %	50 %	77404780
14	NC_007490	CCCT	2	8	8975	8982	0 %	25 %	0 %	75 %	552530962
15	NC_007490	GCCG	2	8	9028	9035	0 %	0 %	50 %	50 %	552530962
16	NC_007490	CGGC	2	8	9305	9312	0 %	0 %	50 %	50 %	552530963
17	NC_007490	CAGA	2	8	9380	9387	50 %	0 %	25 %	25 %	552530963
18	NC_007490	CGGA	2	8	9422	9429	25 %	0 %	50 %	25 %	552530963
19	NC_007490	CCGA	2	8	9564	9571	25 %	0 %	25 %	50 %	77404782
20	NC_007490	TCCA	2	8	9750	9757	25 %	25 %	0 %	50 %	77404782
21	NC_007490	CGGC	2	8	10024	10031	0 %	0 %	50 %	50 %	77404782
22	NC_007490	CGGA	2	8	11016	11023	25 %	0 %	50 %	25 %	77404783
23	NC_007490	GCCC	2	8	11825	11832	0 %	0 %	25 %	75 %	77404784
24	NC_007490	GCTC	2	8	12013	12020	0 %	25 %	25 %	50 %	77404784
25	NC_007490	AAGG	2	8	13153	13160	50 %	0 %	50 %	0 %	77404786
26	NC_007490	GGCC	2	8	13365	13372	0 %	0 %	50 %	50 %	77404786
27	NC_007490	TGCG	2	8	13666	13673	0 %	25 %	50 %	25 %	77404787
28	NC_007490	GAAA	2	8	14234	14241	75 %	0 %	25 %	0 %	77404787
29	NC_007490	TGTC	2	8	16716	16723	0 %	50 %	25 %	25 %	77404790
30	NC_007490	TCGC	2	8	16911	16918	0 %	25 %	25 %	50 %	77404790
31	NC_007490	CTGT	2	8	17401	17408	0 %	50 %	25 %	25 %	77404790
32	NC_007490	GGGC	2	8	17846	17853	0 %	0 %	75 %	25 %	552530964
33	NC_007490	AACG	2	8	18269	18276	50 %	0 %	25 %	25 %	552530964
34	NC_007490	CTCG	2	8	19345	19352	0 %	25 %	25 %	50 %	77404792
35	NC_007490	GGCA	2	8	19674	19681	25 %	0 %	50 %	25 %	77404792
36	NC_007490	CTCG	2	8	20695	20702	0 %	25 %	25 %	50 %	77404794
37	NC_007490	GGCG	2	8	20800	20807	0 %	0 %	75 %	25 %	77404794
38	NC_007490	CCAG	2	8	20887	20894	25 %	0 %	25 %	50 %	77404794
39	NC_007490	GTCG	2	8	21208	21215	0 %	25 %	50 %	25 %	77404794
40	NC_007490	CCAT	2	8	21309	21316	25 %	25 %	0 %	50 %	77404794
41	NC_007490	TTCG	2	8	21383	21390	0 %	50 %	25 %	25 %	77404794
42	NC_007490	CGGC	2	8	22811	22818	0 %	0 %	50 %	50 %	77404796
43	NC_007490	GCGG	3	12	22863	22874	0 %	0 %	75 %	25 %	77404796
44	NC_007490	CTAC	2	8	23227	23234	25 %	25 %	0 %	50 %	77404796
45	NC_007490	TTCT	2	8	24520	24527	0 %	75 %	0 %	25 %	77404797
46	NC_007490	CGGA	2	8	24540	24547	25 %	0 %	50 %	25 %	77404797
47	NC_007490	GCCG	2	8	24581	24588	0 %	0 %	50 %	50 %	77404797
48	NC_007490	TCGC	2	8	25654	25661	0 %	25 %	25 %	50 %	77404797
49	NC_007490	GCCG	2	8	25674	25681	0 %	0 %	50 %	50 %	77404797
50	NC_007490	CGGC	2	8	26083	26090	0 %	0 %	50 %	50 %	77404798
51	NC_007490	CCCG	2	8	26312	26319	0 %	0 %	25 %	75 %	77404798
52	NC_007490	GGCA	2	8	26383	26390	25 %	0 %	50 %	25 %	77404799
53	NC_007490	AGGC	2	8	26423	26430	25 %	0 %	50 %	25 %	77404799
54	NC_007490	TCCC	2	8	28564	28571	0 %	25 %	0 %	75 %	77404800
55	NC_007490	CTCG	2	8	28609	28616	0 %	25 %	25 %	50 %	77404800
56	NC_007490	GTTG	2	8	28845	28852	0 %	50 %	50 %	0 %	77404800
57	NC_007490	TGGC	2	8	28884	28891	0 %	25 %	50 %	25 %	77404800
58	NC_007490	CGGC	2	8	29134	29141	0 %	0 %	50 %	50 %	77404801
59	NC_007490	GCCA	2	8	29149	29156	25 %	0 %	25 %	50 %	77404801
60	NC_007490	GCTG	2	8	29706	29713	0 %	25 %	50 %	25 %	552530965
61	NC_007490	CGTC	2	8	29748	29755	0 %	25 %	25 %	50 %	552530965
62	NC_007490	CAAA	2	8	30892	30899	75 %	0 %	0 %	25 %	552530966
63	NC_007490	GCCG	2	8	32055	32062	0 %	0 %	50 %	50 %	77404802
64	NC_007490	CGCC	2	8	34669	34676	0 %	0 %	25 %	75 %	77404805
65	NC_007490	GGCC	2	8	34823	34830	0 %	0 %	50 %	50 %	77404805
66	NC_007490	CAGC	2	8	34905	34912	25 %	0 %	25 %	50 %	77404805
67	NC_007490	GAGC	2	8	35776	35783	25 %	0 %	50 %	25 %	77404805
68	NC_007490	TCGG	2	8	36719	36726	0 %	25 %	50 %	25 %	77404806
69	NC_007490	TGGA	2	8	37359	37366	25 %	25 %	50 %	0 %	77404807
70	NC_007490	ATGT	2	8	37591	37598	25 %	50 %	25 %	0 %	77404807
71	NC_007490	GGGA	2	8	38073	38080	25 %	0 %	75 %	0 %	77404807
72	NC_007490	AAGG	2	8	38464	38471	50 %	0 %	50 %	0 %	77404808
73	NC_007490	GTCG	2	8	39257	39264	0 %	25 %	50 %	25 %	77404810
74	NC_007490	GCCT	2	8	39588	39595	0 %	25 %	25 %	50 %	77404810
75	NC_007490	GAGC	2	8	39756	39763	25 %	0 %	50 %	25 %	77404810
76	NC_007490	GGGC	2	8	39838	39845	0 %	0 %	75 %	25 %	77404810
77	NC_007490	ACCG	2	8	40933	40940	25 %	0 %	25 %	50 %	77404811
78	NC_007490	CTCC	2	8	41714	41721	0 %	25 %	0 %	75 %	77404812
79	NC_007490	GGGT	2	8	41970	41977	0 %	25 %	75 %	0 %	77404812
80	NC_007490	CCGG	2	8	41998	42005	0 %	0 %	50 %	50 %	77404812
81	NC_007490	GCTG	2	8	42352	42359	0 %	25 %	50 %	25 %	77404812
82	NC_007490	GGCT	2	8	42423	42430	0 %	25 %	50 %	25 %	77404812
83	NC_007490	CGCT	2	8	42764	42771	0 %	25 %	25 %	50 %	77404812
84	NC_007490	GCGG	2	8	43264	43271	0 %	0 %	75 %	25 %	77404812
85	NC_007490	GCCT	2	8	43862	43869	0 %	25 %	25 %	50 %	77404812
86	NC_007490	ACGC	2	8	45122	45129	25 %	0 %	25 %	50 %	77404813
87	NC_007490	CTTC	2	8	45203	45210	0 %	50 %	0 %	50 %	77404814
88	NC_007490	GGCG	2	8	45440	45447	0 %	0 %	75 %	25 %	77404814
89	NC_007490	GAAC	2	8	45914	45921	50 %	0 %	25 %	25 %	77404814
90	NC_007490	GGCT	2	8	46043	46050	0 %	25 %	50 %	25 %	77404814
91	NC_007490	ACCT	2	8	48105	48112	25 %	25 %	0 %	50 %	77404817
92	NC_007490	CGGG	2	8	48121	48128	0 %	0 %	75 %	25 %	77404817
93	NC_007490	CGGG	2	8	48526	48533	0 %	0 %	75 %	25 %	77404817
94	NC_007490	CCAT	2	8	49102	49109	25 %	25 %	0 %	50 %	77404817
95	NC_007490	CTGC	2	8	49213	49220	0 %	25 %	25 %	50 %	552530967
96	NC_007490	GGGC	2	8	49400	49407	0 %	0 %	75 %	25 %	552530967
97	NC_007490	CCGG	2	8	49639	49646	0 %	0 %	50 %	50 %	552530967
98	NC_007490	GCAA	2	8	49867	49874	50 %	0 %	25 %	25 %	552530967
99	NC_007490	GTCG	2	8	50135	50142	0 %	25 %	50 %	25 %	77404818
100	NC_007490	GGAT	2	8	50151	50158	25 %	25 %	50 %	0 %	77404818
101	NC_007490	CGGG	2	8	50804	50811	0 %	0 %	75 %	25 %	77404819
102	NC_007490	GCTG	2	8	51496	51503	0 %	25 %	50 %	25 %	77404819
103	NC_007490	ACCG	2	8	51968	51975	25 %	0 %	25 %	50 %	77404820
104	NC_007490	CGGC	2	8	52136	52143	0 %	0 %	50 %	50 %	77404821
105	NC_007490	TCCT	2	8	52501	52508	0 %	50 %	0 %	50 %	77404821
106	NC_007490	CGGC	2	8	52632	52639	0 %	0 %	50 %	50 %	77404821
107	NC_007490	GCTG	2	8	52652	52659	0 %	25 %	50 %	25 %	77404821
108	NC_007490	GCCG	2	8	52890	52897	0 %	0 %	50 %	50 %	77404821
109	NC_007490	CCGC	2	8	53386	53393	0 %	0 %	25 %	75 %	77404823
110	NC_007490	CCGC	2	8	55280	55287	0 %	0 %	25 %	75 %	77404824
111	NC_007490	CCGC	2	8	55490	55497	0 %	0 %	25 %	75 %	77404824
112	NC_007490	TCCG	2	8	56848	56855	0 %	25 %	25 %	50 %	77404826
113	NC_007490	CGAG	2	8	57238	57245	25 %	0 %	50 %	25 %	77404826
114	NC_007490	CAGC	2	8	57374	57381	25 %	0 %	25 %	50 %	77404826
115	NC_007490	CCGA	2	8	58293	58300	25 %	0 %	25 %	50 %	77404827
116	NC_007490	GGGC	2	8	58363	58370	0 %	0 %	75 %	25 %	77404827
117	NC_007490	CGCT	2	8	58395	58402	0 %	25 %	25 %	50 %	77404827
118	NC_007490	CCGC	2	8	58555	58562	0 %	0 %	25 %	75 %	77404827
119	NC_007490	GGAT	2	8	58747	58754	25 %	25 %	50 %	0 %	77404827
120	NC_007490	ATCA	2	8	59405	59412	50 %	25 %	0 %	25 %	77404828
121	NC_007490	CAGC	2	8	59428	59435	25 %	0 %	25 %	50 %	77404828
122	NC_007490	CCGG	2	8	59569	59576	0 %	0 %	50 %	50 %	77404828
123	NC_007490	TGCC	2	8	59959	59966	0 %	25 %	25 %	50 %	77404828
124	NC_007490	GGCT	3	12	60245	60256	0 %	25 %	50 %	25 %	77404829
125	NC_007490	GGTG	2	8	60478	60485	0 %	25 %	75 %	0 %	77404829
126	NC_007490	GTCC	2	8	60782	60789	0 %	25 %	25 %	50 %	77404829
127	NC_007490	GCCG	2	8	64276	64283	0 %	0 %	50 %	50 %	77404832
128	NC_007490	TCGG	2	8	64370	64377	0 %	25 %	50 %	25 %	77404832
129	NC_007490	CCGC	2	8	64444	64451	0 %	0 %	25 %	75 %	77404832
130	NC_007490	GCGG	2	8	64454	64461	0 %	0 %	75 %	25 %	77404832
131	NC_007490	ACAG	2	8	64487	64494	50 %	0 %	25 %	25 %	77404832
132	NC_007490	GGAA	2	8	64528	64535	50 %	0 %	50 %	0 %	77404832
133	NC_007490	TCCG	2	8	64895	64902	0 %	25 %	25 %	50 %	77404832
134	NC_007490	AGGG	2	8	65166	65173	25 %	0 %	75 %	0 %	77404832
135	NC_007490	TGGA	2	8	65202	65209	25 %	25 %	50 %	0 %	77404832
136	NC_007490	CCGG	2	8	67025	67032	0 %	0 %	50 %	50 %	552530969
137	NC_007490	CGGC	2	8	67245	67252	0 %	0 %	50 %	50 %	77404833
138	NC_007490	GCCG	2	8	67267	67274	0 %	0 %	50 %	50 %	77404833
139	NC_007490	TCGG	2	8	67490	67497	0 %	25 %	50 %	25 %	77404833
140	NC_007490	TCGA	2	8	67511	67518	25 %	25 %	25 %	25 %	77404833
141	NC_007490	GCCC	2	8	67531	67538	0 %	0 %	25 %	75 %	77404833
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143	NC_007490	TCAG	2	8	68036	68043	25 %	25 %	25 %	25 %	77404835
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.