MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 plasmid C

Total Repeats: 72

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007489	CCGTC	2	10	73	82	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_007489	TGCCG	2	10	826	835	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_007489	CCCAT	2	10	1414	1423	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_007489	ACTGT	2	10	2668	2677	20 %	40 %	20 %	20 %	77404694
5	NC_007489	TCGCA	2	10	4029	4038	20 %	20 %	20 %	40 %	77404695
6	NC_007489	TCGGC	2	10	5152	5161	0 %	20 %	40 %	40 %	77404696
7	NC_007489	CCCAG	2	10	7445	7454	20 %	0 %	20 %	60 %	77404697
8	NC_007489	GCGCC	2	10	9262	9271	0 %	0 %	40 %	60 %	77404699
9	NC_007489	CCGGG	2	10	9434	9443	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_007489	AGCCG	2	10	10507	10516	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_007489	CGATC	2	10	11255	11264	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_007489	TCTTG	2	10	11841	11850	0 %	60 %	20 %	20 %	77404702
13	NC_007489	CGCTC	2	10	17879	17888	0 %	20 %	20 %	60 %	77404707
14	NC_007489	GGTGC	2	10	18333	18342	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_007489	CCGGC	2	10	18886	18895	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
16	NC_007489	GTCCT	2	10	19744	19753	0 %	40 %	20 %	40 %	77404709
17	NC_007489	CCGTC	2	10	20200	20209	0 %	20 %	20 %	60 %	77404710
18	NC_007489	GATCT	2	10	22236	22245	20 %	40 %	20 %	20 %	77404712
19	NC_007489	AGCCG	2	10	22959	22968	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_007489	CCAGC	2	10	27039	27048	20 %	0 %	20 %	60 %	77404717
21	NC_007489	CCAGC	2	10	27297	27306	20 %	0 %	20 %	60 %	77404717
22	NC_007489	CCGCT	2	10	29410	29419	0 %	20 %	20 %	60 %	77404719
23	NC_007489	CCCGG	2	10	30849	30858	0 %	0 %	40 %	60 %	77404721
24	NC_007489	GGCAG	2	10	31379	31388	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_007489	TTGCC	2	10	31689	31698	0 %	40 %	20 %	40 %	77404722
26	NC_007489	CCGGC	2	10	31908	31917	0 %	0 %	40 %	60 %	77404723
27	NC_007489	GCTGC	2	10	32973	32982	0 %	20 %	40 %	40 %	77404724
28	NC_007489	GCCGC	2	10	34318	34327	0 %	0 %	40 %	60 %	77404724
29	NC_007489	CGCGG	2	10	36466	36475	0 %	0 %	60 %	40 %	77404725
30	NC_007489	TCGCC	2	10	37637	37646	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_007489	GCCGG	2	10	38885	38894	0 %	0 %	60 %	40 %	77404727
32	NC_007489	AGGTC	2	10	39562	39571	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_007489	CTCCG	2	10	39744	39753	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_007489	AGCCA	2	10	41789	41798	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_007489	CGCGT	2	10	42259	42268	0 %	20 %	40 %	40 %	77404729
36	NC_007489	GCTTT	2	10	42693	42702	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007489	GCACC	2	10	42893	42902	20 %	0 %	20 %	60 %	77404730
38	NC_007489	AGCCG	2	10	43565	43574	20 %	0 %	40 %	40 %	77404730
39	NC_007489	CGCCC	2	10	45157	45166	0 %	0 %	20 %	80 %	77404731
40	NC_007489	CCGGC	2	10	46225	46234	0 %	0 %	40 %	60 %	77404732
41	NC_007489	ACCGC	2	10	57263	57272	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_007489	GCAAC	2	10	57327	57336	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_007489	CGGCC	2	10	58237	58246	0 %	0 %	40 %	60 %	77404740
44	NC_007489	CGCGC	2	10	58692	58701	0 %	0 %	40 %	60 %	77404740
45	NC_007489	TCCTC	2	10	59631	59640	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
46	NC_007489	GCCGC	2	10	59717	59726	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
47	NC_007489	CTGCG	2	10	63084	63093	0 %	20 %	40 %	40 %	77404744
48	NC_007489	GCCCT	2	10	65190	65199	0 %	20 %	20 %	60 %	77404746
49	NC_007489	CACGG	2	10	66953	66962	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_007489	ACCTC	2	10	67333	67342	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
51	NC_007489	CACGC	2	10	68026	68035	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_007489	CCGCG	2	10	72894	72903	0 %	0 %	40 %	60 %	77404751
53	NC_007489	CTGCG	2	10	73118	73127	0 %	20 %	40 %	40 %	77404751
54	NC_007489	CCTTC	2	10	75665	75674	0 %	40 %	0 %	60 %	77404753
55	NC_007489	CGATC	2	10	75907	75916	20 %	20 %	20 %	40 %	77404753
56	NC_007489	CGATG	2	10	77558	77567	20 %	20 %	40 %	20 %	77404754
57	NC_007489	TCGGC	2	10	78173	78182	0 %	20 %	40 %	40 %	77404754
58	NC_007489	CGCCC	2	10	80051	80060	0 %	0 %	20 %	80 %	77404757
59	NC_007489	CGATC	2	10	83179	83188	20 %	20 %	20 %	40 %	77404759
60	NC_007489	AGCCG	2	10	88778	88787	20 %	0 %	40 %	40 %	77404765
61	NC_007489	GCCGG	2	10	89038	89047	0 %	0 %	60 %	40 %	77404765
62	NC_007489	CGGCC	2	10	89665	89674	0 %	0 %	40 %	60 %	77404765
63	NC_007489	CCTTT	2	10	89795	89804	0 %	60 %	0 %	40 %	77404765
64	NC_007489	GCGCG	2	10	90745	90754	0 %	0 %	60 %	40 %	77404765
65	NC_007489	TTGGA	2	10	90875	90884	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007489	TTTTC	2	10	95624	95633	0 %	80 %	0 %	20 %	77404768
67	NC_007489	GCGAC	2	10	98288	98297	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_007489	GCTCT	2	10	99347	99356	0 %	40 %	20 %	40 %	77404769
69	NC_007489	CATGC	2	10	100687	100696	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_007489	TTTGC	2	10	101392	101401	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_007489	CCAGT	2	10	102467	102476	20 %	20 %	20 %	40 %	77404772
72	NC_007489	GATGC	2	10	103572	103581	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.