MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosococcus oceani ATCC 19707 chromosome

Total Repeats: 495

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007484	AACGG	2	10	5551	5560	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_007484	TCGCT	2	10	8609	8618	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_007484	GGTCA	2	10	8866	8875	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007484	TCCGT	2	10	10305	10314	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_007484	GCGAT	2	10	10436	10445	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_007484	TTTAT	2	10	18205	18214	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007484	TAGGT	2	10	18263	18272	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007484	ATTAG	2	10	18294	18303	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007484	ATAGC	2	10	23250	23259	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_007484	TTTTC	2	10	32450	32459	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_007484	AATTA	2	10	40452	40461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007484	TTTTA	2	10	45286	45295	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007484	AGGCA	2	10	70324	70333	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_007484	CAATG	2	10	79400	79409	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_007484	GGGGA	2	10	85759	85768	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007484	CGCTT	2	10	88793	88802	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_007484	TGGCA	2	10	91143	91152	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007484	GTATA	2	10	93853	93862	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007484	TAAAA	2	10	95938	95947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007484	CTTAG	2	10	96663	96672	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_007484	GCGCC	2	10	98339	98348	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
22	NC_007484	AAGCG	2	10	108222	108231	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007484	TGCAA	2	10	108871	108880	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007484	GCCCC	2	10	110932	110941	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
25	NC_007484	AAAGG	2	10	110942	110951	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007484	GTTAT	2	10	146060	146069	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007484	GAGAT	2	10	149113	149122	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007484	GGCTT	2	10	178895	178904	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_007484	ATTTA	2	10	180314	180323	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007484	TATCG	2	10	182421	182430	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_007484	AAGCC	2	10	186464	186473	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_007484	TAGGG	2	10	187709	187718	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007484	TAAGC	2	10	192284	192293	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_007484	ATTTT	2	10	193568	193577	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007484	CGTTT	2	10	198782	198791	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007484	GGCAT	2	10	214239	214248	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007484	GATAA	2	10	216826	216835	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007484	AAAGA	2	10	222128	222137	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007484	TTATA	2	10	222183	222192	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007484	TAAAT	2	10	226928	226937	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007484	CAACT	2	10	236974	236983	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_007484	TTAGA	2	10	243001	243010	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007484	TAGCA	2	10	255316	255325	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_007484	AGGAA	2	10	256355	256364	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007484	TTTCT	2	10	295759	295768	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_007484	TATTT	2	10	299567	299576	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007484	TATAA	2	10	307161	307170	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007484	ATATA	2	10	313335	313344	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007484	AATTT	2	10	330149	330158	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007484	GCCGG	2	10	350971	350980	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
51	NC_007484	TTGGC	2	10	352552	352561	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007484	GCCAA	2	10	353919	353928	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_007484	ATGCC	2	10	354093	354102	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_007484	CTTTG	2	10	361156	361165	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_007484	AGTTG	2	10	372661	372670	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007484	ATTAA	2	10	378047	378056	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007484	CTGGG	2	10	391648	391657	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007484	CTATT	2	10	391747	391756	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007484	TTGGT	2	10	402394	402403	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007484	TTACG	2	10	402483	402492	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_007484	GGGAA	2	10	433461	433470	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007484	AATTT	2	10	433557	433566	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007484	TATAA	2	10	435052	435061	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007484	TAAAT	2	10	435088	435097	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007484	TCGCG	2	10	437355	437364	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_007484	GCGCG	2	10	438360	438369	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
67	NC_007484	GCGCG	2	10	439986	439995	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
68	NC_007484	GCGCG	2	10	448314	448323	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
69	NC_007484	GCGCG	2	10	449842	449851	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
70	NC_007484	GCGCG	2	10	452898	452907	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_007484	GCCGC	2	10	458260	458269	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
72	NC_007484	CCCAA	2	10	459625	459634	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
73	NC_007484	TGTTT	2	10	475031	475040	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007484	TTCGC	2	10	475215	475224	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_007484	CGAAA	2	10	479729	479738	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_007484	TGGAT	2	10	479980	479989	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007484	ATTTT	2	10	495164	495173	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007484	TAAAA	2	10	518802	518811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007484	CGTTG	2	10	519743	519752	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_007484	AATAA	2	10	519822	519831	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007484	TAGTT	2	10	521597	521606	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007484	AAACT	2	10	521667	521676	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_007484	TAAAA	2	10	536097	536106	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007484	ATCAA	2	10	542331	542340	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_007484	AAAAT	2	10	549314	549323	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007484	TATAT	2	10	559314	559323	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007484	AGCGA	2	10	561269	561278	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_007484	TGGAA	2	10	562559	562568	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007484	TGGTA	2	10	565093	565102	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007484	TTAAA	2	10	566641	566650	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007484	GTTCA	2	10	569693	569702	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_007484	TCCGG	2	10	570964	570973	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_007484	TTTAA	2	10	577225	577234	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007484	GCGCC	2	10	591673	591682	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
95	NC_007484	GCGCG	2	10	609469	609478	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
96	NC_007484	TCGCA	2	10	618689	618698	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_007484	TGACT	2	10	631313	631322	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_007484	TTGGA	2	10	636889	636898	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007484	TGGTT	2	10	639214	639223	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007484	ATACC	2	10	663495	663504	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_007484	AAGCG	2	10	674171	674180	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_007484	TTACT	2	10	684951	684960	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_007484	CTGAG	2	10	732004	732013	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_007484	GACAG	2	10	735213	735222	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_007484	CACCC	2	10	740901	740910	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
106	NC_007484	CACAA	2	10	741311	741320	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_007484	TTTGA	2	10	743575	743584	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007484	GCCCC	2	10	745013	745022	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
109	NC_007484	GGCGA	2	10	750767	750776	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
110	NC_007484	TTGTC	2	10	750821	750830	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_007484	GGGCA	2	10	752282	752291	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_007484	TAAAA	2	10	752756	752765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007484	AAAGA	2	10	752817	752826	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007484	TTGCT	2	10	753424	753433	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_007484	ATTTT	2	10	777945	777954	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007484	ATGGT	2	10	797865	797874	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007484	TCTGT	2	10	801848	801857	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_007484	AGGGC	2	10	812990	812999	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_007484	GGGAT	2	10	823876	823885	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007484	CAGAA	2	10	825690	825699	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_007484	CAATA	2	10	828307	828316	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_007484	TGCGC	2	10	834592	834601	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_007484	TAGGC	2	10	843245	843254	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_007484	AGGTG	2	10	843432	843441	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007484	TAAAA	2	10	851604	851613	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007484	AGTTT	2	10	865206	865215	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007484	GGAAT	2	10	882330	882339	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007484	TATCT	2	10	892041	892050	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_007484	ACTCT	2	10	904786	904795	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_007484	TTTAA	2	10	924093	924102	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007484	CTCAT	2	10	939680	939689	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_007484	TGGGG	2	10	942475	942484	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007484	AACGC	2	10	948348	948357	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_007484	TAGCC	2	10	957712	957721	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_007484	GATTA	2	10	957879	957888	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007484	TGAAG	2	10	957955	957964	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007484	AATCA	2	10	958462	958471	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_007484	CTAAA	2	10	960111	960120	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_007484	TATTT	2	10	961140	961149	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007484	GTATA	2	10	964777	964786	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007484	CATTC	2	10	983185	983194	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_007484	CTATA	2	10	988576	988585	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_007484	TGCAC	2	10	996612	996621	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_007484	TCGTG	2	10	1000447	1000456	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_007484	AGGCT	2	10	1003023	1003032	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_007484	AATTG	2	10	1003608	1003617	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007484	CTTTT	2	10	1004715	1004724	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_007484	ACGGT	2	10	1004892	1004901	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
149	NC_007484	GCCGC	2	10	1005083	1005092	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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164	NC_007484	CATTT	2	10	1079170	1079179	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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288	NC_007484	CCTCC	2	10	1845553	1845562	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
289	NC_007484	TAAAA	2	10	1850429	1850438	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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293	NC_007484	GAAAA	2	10	1879851	1879860	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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420	NC_007484	GTTAT	2	10	2996630	2996639	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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425	NC_007484	ACCAT	2	10	3023197	3023206	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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444	NC_007484	ACCCA	2	10	3133476	3133485	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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453	NC_007484	AATTA	2	10	3175753	3175762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
454	NC_007484	TAACG	2	10	3184518	3184527	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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472	NC_007484	TCTCC	2	10	3299825	3299834	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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490	NC_007484	ACCAG	2	10	3426229	3426238	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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494	NC_007484	AGCTA	2	10	3451959	3451968	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
495	NC_007484	CCTAT	2	10	3453603	3453612	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.