MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/HAR-13

Total Repeats: 340

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007429	AAGG	2	8	1903	1910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007429	GGAG	2	8	6900	6907	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007429	TATG	2	8	7549	7556	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007429	ATTT	2	8	7690	7697	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007429	TTTG	2	8	7782	7789	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007429	TATT	2	8	9905	9912	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007429	AGAA	2	8	11797	11804	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007429	GTTT	2	8	13167	13174	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007429	AAGG	2	8	14033	14040	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007429	CAAA	2	8	16667	16674	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_007429	TGCG	2	8	19121	19128	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_007429	CGCT	2	8	21863	21870	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_007429	TTAA	2	8	21884	21891	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007429	GTTA	2	8	21921	21928	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007429	GATC	2	8	21976	21983	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_007429	ATTG	2	8	28535	28542	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007429	TGTT	2	8	44413	44420	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007429	AATA	2	8	44652	44659	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007429	AAGT	2	8	48574	48581	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007429	TATT	2	8	52773	52780	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007429	GTTT	2	8	54633	54640	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007429	TGTT	2	8	54641	54648	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007429	TAAT	2	8	54685	54692	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007429	CAGA	2	8	61368	61375	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_007429	ACAA	2	8	68012	68019	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_007429	AAGG	2	8	68109	68116	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007429	GATA	2	8	72590	72597	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007429	TCTA	2	8	77249	77256	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_007429	GTTT	2	8	80018	80025	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007429	ATTC	2	8	80221	80228	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_007429	GGTT	2	8	80371	80378	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007429	GTTT	2	8	88677	88684	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007429	TTTA	2	8	88700	88707	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007429	GTTT	2	8	88712	88719	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007429	GTTT	2	8	88763	88770	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007429	AACA	2	8	88776	88783	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_007429	AAAT	2	8	94308	94315	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007429	TATT	2	8	98338	98345	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007429	AAGA	2	8	107325	107332	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007429	CTGG	2	8	121027	121034	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_007429	TTCC	2	8	123150	123157	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_007429	GTTT	2	8	135526	135533	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007429	ATCT	2	8	152228	152235	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_007429	GCTG	2	8	152267	152274	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_007429	CTTT	2	8	153890	153897	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_007429	TGTT	2	8	157843	157850	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007429	AAAG	2	8	158686	158693	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007429	TTTA	2	8	158695	158702	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007429	TAAT	2	8	158812	158819	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007429	TAAT	2	8	159647	159654	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007429	GCTT	2	8	162283	162290	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_007429	CTTC	2	8	166354	166361	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_007429	TTAG	2	8	170762	170769	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007429	AAAC	2	8	172509	172516	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_007429	GTAT	2	8	173691	173698	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007429	GGAA	2	8	178877	178884	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007429	TTGA	2	8	180064	180071	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007429	TCTA	2	8	181803	181810	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_007429	AATT	2	8	181937	181944	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007429	AAGA	2	8	183300	183307	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007429	GGAC	2	8	189085	189092	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_007429	TAAA	2	8	190104	190111	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007429	TAGA	2	8	196948	196955	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007429	ATTT	2	8	198452	198459	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007429	ACGA	2	8	204570	204577	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_007429	GAAA	2	8	204856	204863	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007429	CCTT	2	8	217990	217997	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_007429	CTAT	2	8	221714	221721	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_007429	GCAA	2	8	221957	221964	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_007429	AATT	2	8	223293	223300	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007429	CTTG	2	8	223642	223649	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007429	AAAC	2	8	227372	227379	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_007429	TCCT	2	8	229997	230004	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_007429	AAAT	2	8	245614	245621	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007429	AAGA	2	8	245633	245640	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007429	TTTC	2	8	248234	248241	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_007429	TAAA	2	8	249068	249075	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007429	AATA	2	8	252727	252734	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007429	CCAA	2	8	256307	256314	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007429	TTCA	2	8	256382	256389	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_007429	TGTT	2	8	256456	256463	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007429	AAAC	2	8	256906	256913	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_007429	TAAA	2	8	266313	266320	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007429	CAAA	2	8	269248	269255	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_007429	ATTT	2	8	275760	275767	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007429	GTTT	2	8	281602	281609	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007429	AAAG	2	8	281637	281644	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007429	TGCC	2	8	282125	282132	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_007429	GGGA	2	8	285973	285980	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007429	TAAA	2	8	287115	287122	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007429	GATA	2	8	288776	288783	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007429	AATC	2	8	293901	293908	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_007429	ACAA	2	8	299671	299678	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_007429	GCTT	2	8	301001	301008	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_007429	CCCT	2	8	301568	301575	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
96	NC_007429	ACTA	2	8	303817	303824	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_007429	TAAA	2	8	304040	304047	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007429	TCCA	2	8	307199	307206	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_007429	TCCC	2	8	307401	307408	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_007429	ATTG	2	8	308586	308593	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007429	AATA	2	8	319962	319969	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007429	TAAA	2	8	319983	319990	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007429	CAGA	2	8	319991	319998	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_007429	AATA	2	8	320058	320065	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007429	CAAT	2	8	329663	329670	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_007429	GCTA	2	8	330353	330360	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_007429	TTAA	2	8	335696	335703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007429	CAGT	2	8	336042	336049	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_007429	CAAG	2	8	342228	342235	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_007429	TTTA	2	8	365735	365742	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007429	CAAA	2	8	366029	366036	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_007429	TAGT	2	8	366339	366346	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007429	TATG	2	8	369724	369731	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007429	TAAA	2	8	370674	370681	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007429	AAAT	2	8	371594	371601	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007429	CCTT	2	8	371616	371623	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_007429	ATCT	2	8	371649	371656	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_007429	TAAA	2	8	383428	383435	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007429	TTTA	2	8	393395	393402	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007429	GATT	2	8	394154	394161	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007429	AATT	2	8	394203	394210	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007429	ATAA	2	8	394263	394270	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007429	TTAT	2	8	397596	397603	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007429	GCAA	2	8	397649	397656	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_007429	TCAT	2	8	406935	406942	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_007429	CAAA	2	8	409071	409078	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_007429	ATTT	2	8	418490	418497	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007429	AGAA	2	8	418500	418507	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007429	ATTA	2	8	420289	420296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007429	ACTG	2	8	426782	426789	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_007429	CTTT	2	8	426801	426808	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_007429	TAAG	2	8	429979	429986	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007429	TTCT	2	8	430343	430350	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_007429	AACT	2	8	432575	432582	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_007429	CAAA	2	8	432923	432930	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_007429	ACTC	2	8	437614	437621	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_007429	AAAT	2	8	442787	442794	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007429	TAAC	2	8	445353	445360	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_007429	AATT	2	8	450217	450224	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007429	AAAC	2	8	450230	450237	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_007429	CTTC	2	8	450372	450379	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_007429	TTTA	2	8	455958	455965	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007429	TTCT	2	8	456036	456043	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_007429	TAAT	2	8	456050	456057	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007429	GCAA	2	8	459704	459711	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_007429	CTTT	2	8	467254	467261	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_007429	TTCT	2	8	468695	468702	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_007429	CAAA	2	8	468720	468727	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_007429	AGAA	2	8	487786	487793	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_007429	AACA	2	8	491383	491390	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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152	NC_007429	ATTT	2	8	504974	504981	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.