MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS_046

Total Repeats: 73

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007385	GCAGAA	2	12	3250	3261	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_007385	ATGCTG	2	12	3828	3839	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74314844
3	NC_007385	ATGAAG	2	12	4264	4275	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	74314844
4	NC_007385	ATGCTG	2	12	10729	10740	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74314849
5	NC_007385	ATGAAG	2	12	11165	11176	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	74314849
6	NC_007385	AGGGAA	2	12	17484	17495	50 %	0 %	50 %	0 %	74314859
7	NC_007385	CAGGAG	2	12	22152	22163	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	74314864
8	NC_007385	GGGCAT	2	12	24894	24905	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	74314866
9	NC_007385	TATCGA	2	12	37554	37565	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	74314878
10	NC_007385	GGGCAT	2	12	38908	38919	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	74314879
11	NC_007385	ATGCTG	2	12	51322	51333	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74314893
12	NC_007385	ATGAAG	2	12	51758	51769	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	74314893
13	NC_007385	TAATTT	2	12	53367	53378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007385	AACTCA	2	12	53722	53733	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	74314895
15	NC_007385	GATGCG	2	12	55237	55248	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	74314895
16	NC_007385	GCATAA	2	12	55376	55387	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_007385	GATGCG	2	12	57428	57439	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	74314896
18	NC_007385	GCAGAA	2	12	58729	58740	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	74314898
19	NC_007385	GAGATG	2	12	68933	68944	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007385	AAGCCG	2	12	69192	69203	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74314910
21	NC_007385	GCTCCT	2	12	75601	75612	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	74314919
22	NC_007385	TATCTT	2	12	76564	76575	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_007385	TGCTGA	2	12	77092	77103	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_007385	TTATAA	2	12	78507	78518	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007385	AGAGAA	2	12	80282	80293	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74314923
26	NC_007385	TATCTG	2	12	82328	82339	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	74314925
27	NC_007385	GTTCAT	2	12	87610	87621	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	74314930
28	NC_007385	ATACTG	2	12	88821	88832	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	74314931
29	NC_007385	TAAAAA	2	12	89966	89977	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	74314932
30	NC_007385	GAAAAA	2	12	91933	91944	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	74314934
31	NC_007385	AAGTGA	2	12	99756	99767	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	74314945
32	NC_007385	AGTGAA	2	12	99877	99888	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	74314945
33	NC_007385	GATGCG	2	12	100243	100254	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	74314946
34	NC_007385	AGAAAA	2	12	100926	100937	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	74314946
35	NC_007385	TTAATG	2	12	102268	102279	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	74314947
36	NC_007385	CGGTTT	2	12	103271	103282	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	74314948
37	NC_007385	ATTTAA	2	12	107683	107694	50 %	50 %	0 %	0 %	74314954
38	NC_007385	CGGCTT	2	12	110493	110504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314957
39	NC_007385	TTCATT	2	12	114599	114610	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_007385	GCAGAA	2	12	120692	120703	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	74314970
41	NC_007385	GCCTGC	2	12	122599	122610	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_007385	TAGTGA	2	12	126641	126652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314980
43	NC_007385	GGTTAT	2	12	126846	126857	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	74314980
44	NC_007385	GCAGAA	2	12	131156	131167	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	74314983
45	NC_007385	TGCAGC	2	12	134797	134808	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	74314988
46	NC_007385	TTTACG	2	12	137564	137575	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	74314992
47	NC_007385	TCAGCA	2	12	137714	137725	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	74314993
48	NC_007385	ACATTT	2	12	138288	138299	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	74314993
49	NC_007385	GATGCG	2	12	147970	147981	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	74315004
50	NC_007385	CCTGCT	2	12	153055	153066	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	74315013
51	NC_007385	CAGTTG	2	12	153860	153871	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74315013
52	NC_007385	CTTCAT	2	12	161207	161218	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	74315020
53	NC_007385	GCCGGA	2	12	162421	162432	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	74315021
54	NC_007385	GCCTGC	2	12	162591	162602	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_007385	ATGTGG	2	12	172097	172108	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	74315029
56	NC_007385	GCAGGT	2	12	173106	173117	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	74315029
57	NC_007385	TGCCCT	2	12	173196	173207	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	74315029
58	NC_007385	AACACG	2	12	175911	175922	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_007385	TGGGGA	2	12	176178	176189	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007385	CTTCCG	2	12	177315	177326	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_007385	TCCGCA	2	12	185465	185476	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	74315047
62	NC_007385	AGCCAG	2	12	186481	186492	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74315047
63	NC_007385	GTTTAC	2	12	190913	190924	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	74315054
64	NC_007385	ATTTTT	2	12	193371	193382	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007385	ATAAAC	2	12	194855	194866	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	74315059
66	NC_007385	CAATAT	2	12	195627	195638	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	74315059
67	NC_007385	ATGCTG	2	12	199791	199802	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74315063
68	NC_007385	ATGAAG	2	12	200227	200238	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	74315063
69	NC_007385	TCTTTG	2	12	201203	201214	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	74315064
70	NC_007385	TTTTAC	2	12	205101	205112	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	74315068
71	NC_007385	TGTCTT	2	12	206254	206265	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	74315068
72	NC_007385	TGGCGT	2	12	206905	206916	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	74315069
73	NC_007385	GTTTAC	2	12	209835	209846	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	74315073

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.