MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS_046

Total Repeats: 39

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007385	AAATT	2	10	4890	4899	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007385	ATGTA	2	10	8427	8436	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007385	CCATT	2	10	10232	10241	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_007385	GTCTG	2	10	12734	12743	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_007385	TGGTG	2	10	15433	15442	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007385	ATGAA	2	10	15656	15665	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007385	ATTAC	2	10	16901	16910	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007385	TAACG	2	10	19588	19597	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_007385	CGAGT	2	10	19690	19699	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_007385	GTCAG	2	10	22931	22940	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_007385	TCAAA	2	10	25812	25821	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_007385	CGAGT	2	10	29755	29764	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007385	CCTCT	2	10	35381	35390	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
14	NC_007385	ATGTC	2	10	40025	40034	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_007385	GTCTG	2	10	48230	48239	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_007385	CCTGA	2	10	74824	74833	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_007385	TTTTA	2	10	78309	78318	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007385	TTTAT	2	10	78344	78353	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007385	CTTTA	2	10	86703	86712	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007385	AAGTT	2	10	113151	113160	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007385	TATCA	2	10	115972	115981	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_007385	AAACA	2	10	116284	116293	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007385	TTCAT	2	10	122158	122167	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007385	AATAT	2	10	124321	124330	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007385	CTGAA	2	10	129949	129958	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_007385	GCCAG	2	10	145800	145809	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_007385	GCCCG	2	10	145999	146008	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_007385	TTCAT	2	10	146376	146385	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_007385	CAGGA	2	10	148608	148617	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_007385	GGTGG	2	10	154993	155002	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007385	ATTTA	2	10	160686	160695	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007385	GGCAC	2	10	164613	164622	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_007385	ACCGG	2	10	175027	175036	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_007385	TCTGG	2	10	175973	175982	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_007385	ACTTT	2	10	180472	180481	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007385	CCTGT	2	10	181958	181967	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_007385	GTTTT	2	10	185084	185093	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007385	TGATA	2	10	195895	195904	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007385	ATGAA	2	10	211914	211923	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.