MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS_046

Total Repeats: 423

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007385	AG	3	6	65	70	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007385	AT	3	6	1156	1161	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007385	GA	3	6	1318	1323	50 %	0 %	50 %	0 %	74314841
4	NC_007385	CT	3	6	1799	1804	0 %	50 %	0 %	50 %	74314841
5	NC_007385	AT	3	6	3452	3457	50 %	50 %	0 %	0 %	74314843
6	NC_007385	AC	3	6	3792	3797	50 %	0 %	0 %	50 %	74314844
7	NC_007385	TG	3	6	4151	4156	0 %	50 %	50 %	0 %	74314844
8	NC_007385	TG	3	6	4410	4415	0 %	50 %	50 %	0 %	74314844
9	NC_007385	TA	3	6	5827	5832	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
10	NC_007385	TG	3	6	5887	5892	0 %	50 %	50 %	0 %	74314845
11	NC_007385	TA	3	6	6289	6294	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
12	NC_007385	AT	3	6	6424	6429	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
13	NC_007385	AT	4	8	6982	6989	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
14	NC_007385	AT	3	6	8162	8167	50 %	50 %	0 %	0 %	74314846
15	NC_007385	AT	3	6	8237	8242	50 %	50 %	0 %	0 %	74314846
16	NC_007385	AT	3	6	8375	8380	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007385	GC	3	6	9025	9030	0 %	0 %	50 %	50 %	74314847
18	NC_007385	TA	3	6	9401	9406	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
19	NC_007385	AT	3	6	9553	9558	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
20	NC_007385	AT	3	6	9685	9690	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
21	NC_007385	GT	3	6	9907	9912	0 %	50 %	50 %	0 %	74314848
22	NC_007385	TA	4	8	9920	9927	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
23	NC_007385	AT	5	10	10001	10010	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007385	CT	3	6	10491	10496	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_007385	AC	3	6	10693	10698	50 %	0 %	0 %	50 %	74314849
26	NC_007385	TG	3	6	11052	11057	0 %	50 %	50 %	0 %	74314849
27	NC_007385	TG	3	6	11311	11316	0 %	50 %	50 %	0 %	74314849
28	NC_007385	AT	3	6	16797	16802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007385	AT	3	6	17514	17519	50 %	50 %	0 %	0 %	74314859
30	NC_007385	AT	3	6	17522	17527	50 %	50 %	0 %	0 %	74314859
31	NC_007385	TC	3	6	17670	17675	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_007385	TG	3	6	17683	17688	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007385	AG	3	6	18156	18161	50 %	0 %	50 %	0 %	74314860
34	NC_007385	CT	3	6	18593	18598	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_007385	AG	3	6	18604	18609	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007385	AT	3	6	19237	19242	50 %	50 %	0 %	0 %	74314861
37	NC_007385	AT	3	6	19398	19403	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007385	GA	3	6	19706	19711	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007385	TC	4	8	22137	22144	0 %	50 %	0 %	50 %	74314864
40	NC_007385	CG	3	6	22366	22371	0 %	0 %	50 %	50 %	74314864
41	NC_007385	TC	3	6	22480	22485	0 %	50 %	0 %	50 %	74314864
42	NC_007385	GT	3	6	25994	25999	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007385	GC	3	6	26523	26528	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_007385	CG	3	6	26786	26791	0 %	0 %	50 %	50 %	74314868
45	NC_007385	GT	3	6	26984	26989	0 %	50 %	50 %	0 %	74314868
46	NC_007385	GA	3	6	27676	27681	50 %	0 %	50 %	0 %	74314868
47	NC_007385	AG	3	6	28335	28340	50 %	0 %	50 %	0 %	74314869
48	NC_007385	AT	3	6	28486	28491	50 %	50 %	0 %	0 %	74314869
49	NC_007385	GA	3	6	29771	29776	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007385	AG	3	6	31602	31607	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007385	TG	3	6	32121	32126	0 %	50 %	50 %	0 %	74314873
52	NC_007385	TG	3	6	32566	32571	0 %	50 %	50 %	0 %	74314873
53	NC_007385	AG	3	6	33284	33289	50 %	0 %	50 %	0 %	74314874
54	NC_007385	GA	3	6	33459	33464	50 %	0 %	50 %	0 %	74314874
55	NC_007385	TG	3	6	34161	34166	0 %	50 %	50 %	0 %	74314875
56	NC_007385	CT	3	6	35605	35610	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_007385	GC	3	6	36514	36519	0 %	0 %	50 %	50 %	74314877
58	NC_007385	GT	3	6	36736	36741	0 %	50 %	50 %	0 %	74314877
59	NC_007385	GA	3	6	36743	36748	50 %	0 %	50 %	0 %	74314877
60	NC_007385	TG	3	6	36863	36868	0 %	50 %	50 %	0 %	74314877
61	NC_007385	CG	3	6	36930	36935	0 %	0 %	50 %	50 %	74314877
62	NC_007385	AG	4	8	37043	37050	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007385	TA	3	6	37568	37573	50 %	50 %	0 %	0 %	74314878
64	NC_007385	AG	3	6	37686	37691	50 %	0 %	50 %	0 %	74314878
65	NC_007385	AG	3	6	40123	40128	50 %	0 %	50 %	0 %	74314880
66	NC_007385	TC	3	6	40314	40319	0 %	50 %	0 %	50 %	74314880
67	NC_007385	TA	3	6	40672	40677	50 %	50 %	0 %	0 %	74314881
68	NC_007385	AT	3	6	40847	40852	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007385	AG	3	6	40911	40916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007385	AT	3	6	40960	40965	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007385	AT	3	6	41032	41037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007385	AT	3	6	41087	41092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007385	CA	3	6	42377	42382	50 %	0 %	0 %	50 %	74314884
74	NC_007385	GC	3	6	43379	43384	0 %	0 %	50 %	50 %	74314885
75	NC_007385	GT	3	6	43601	43606	0 %	50 %	50 %	0 %	74314885
76	NC_007385	GA	3	6	43608	43613	50 %	0 %	50 %	0 %	74314885
77	NC_007385	TG	3	6	43728	43733	0 %	50 %	50 %	0 %	74314885
78	NC_007385	CG	3	6	43795	43800	0 %	0 %	50 %	50 %	74314885
79	NC_007385	AG	4	8	43908	43915	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007385	CA	3	6	44229	44234	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_007385	TA	3	6	44319	44324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007385	TA	3	6	44613	44618	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007385	TA	4	8	44650	44657	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007385	AT	3	6	44743	44748	50 %	50 %	0 %	0 %	74314886
85	NC_007385	TC	3	6	44950	44955	0 %	50 %	0 %	50 %	74314886
86	NC_007385	TA	3	6	45057	45062	50 %	50 %	0 %	0 %	74314886
87	NC_007385	AT	3	6	45398	45403	50 %	50 %	0 %	0 %	74314886
88	NC_007385	TA	4	8	45880	45887	50 %	50 %	0 %	0 %	74314886
89	NC_007385	AT	3	6	46201	46206	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007385	AT	3	6	46470	46475	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007385	AG	3	6	47537	47542	50 %	0 %	50 %	0 %	74314887
92	NC_007385	TG	3	6	48592	48597	0 %	50 %	50 %	0 %	74314888
93	NC_007385	AT	3	6	49048	49053	50 %	50 %	0 %	0 %	74314889
94	NC_007385	GC	3	6	50850	50855	0 %	0 %	50 %	50 %	74314892
95	NC_007385	AC	3	6	51286	51291	50 %	0 %	0 %	50 %	74314893
96	NC_007385	TG	3	6	51645	51650	0 %	50 %	50 %	0 %	74314893
97	NC_007385	TG	3	6	51904	51909	0 %	50 %	50 %	0 %	74314893
98	NC_007385	GT	3	6	52844	52849	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007385	CA	3	6	53289	53294	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_007385	TA	3	6	54116	54121	50 %	50 %	0 %	0 %	74314895
101	NC_007385	AC	3	6	58508	58513	50 %	0 %	0 %	50 %	74314898
102	NC_007385	CT	3	6	59173	59178	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_007385	GC	3	6	60082	60087	0 %	0 %	50 %	50 %	74314899
104	NC_007385	TG	3	6	60261	60266	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007385	CG	3	6	60328	60333	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_007385	AG	4	8	60441	60448	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007385	GC	3	6	61131	61136	0 %	0 %	50 %	50 %	74314901
108	NC_007385	AT	3	6	61526	61531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007385	AT	3	6	61954	61959	50 %	50 %	0 %	0 %	74314902
110	NC_007385	AT	3	6	62313	62318	50 %	50 %	0 %	0 %	74314902
111	NC_007385	AG	3	6	62597	62602	50 %	0 %	50 %	0 %	74314902
112	NC_007385	GA	3	6	62761	62766	50 %	0 %	50 %	0 %	74314902
113	NC_007385	AT	4	8	63184	63191	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007385	AG	3	6	63328	63333	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007385	GC	3	6	64780	64785	0 %	0 %	50 %	50 %	74314905
116	NC_007385	TC	4	8	64967	64974	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_007385	CG	3	6	65083	65088	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
118	NC_007385	GC	3	6	65329	65334	0 %	0 %	50 %	50 %	74314906
119	NC_007385	TG	3	6	66331	66336	0 %	50 %	50 %	0 %	74314907
120	NC_007385	AT	3	6	68037	68042	50 %	50 %	0 %	0 %	74314909
121	NC_007385	AG	3	6	68266	68271	50 %	0 %	50 %	0 %	74314909
122	NC_007385	AT	3	6	69399	69404	50 %	50 %	0 %	0 %	74314910
123	NC_007385	TC	3	6	70769	70774	0 %	50 %	0 %	50 %	74314913
124	NC_007385	TG	3	6	71454	71459	0 %	50 %	50 %	0 %	74314914
125	NC_007385	CT	3	6	72267	72272	0 %	50 %	0 %	50 %	161986603
126	NC_007385	TC	4	8	72542	72549	0 %	50 %	0 %	50 %	161986603
127	NC_007385	TG	3	6	73247	73252	0 %	50 %	50 %	0 %	74314917
128	NC_007385	GA	3	6	75280	75285	50 %	0 %	50 %	0 %	74314919
129	NC_007385	CG	3	6	75394	75399	0 %	0 %	50 %	50 %	74314919
130	NC_007385	GA	4	8	75621	75628	50 %	0 %	50 %	0 %	74314919
131	NC_007385	CT	3	6	76448	76453	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_007385	AT	3	6	76737	76742	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007385	AT	3	6	77379	77384	50 %	50 %	0 %	0 %	74314921
134	NC_007385	TG	3	6	78169	78174	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007385	TG	3	6	78225	78230	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007385	AT	3	6	78591	78596	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007385	TC	3	6	79064	79069	0 %	50 %	0 %	50 %	74314922
138	NC_007385	AT	3	6	79243	79248	50 %	50 %	0 %	0 %	74314922
139	NC_007385	CG	3	6	79453	79458	0 %	0 %	50 %	50 %	74314922
140	NC_007385	AT	4	8	79599	79606	50 %	50 %	0 %	0 %	74314922
141	NC_007385	AT	3	6	79642	79647	50 %	50 %	0 %	0 %	74314922
142	NC_007385	TA	4	8	80460	80467	50 %	50 %	0 %	0 %	74314924
143	NC_007385	AT	3	6	80511	80516	50 %	50 %	0 %	0 %	74314924
144	NC_007385	GA	3	6	80773	80778	50 %	0 %	50 %	0 %	74314924
145	NC_007385	AG	3	6	81059	81064	50 %	0 %	50 %	0 %	74314924
146	NC_007385	GA	3	6	81688	81693	50 %	0 %	50 %	0 %	74314924
147	NC_007385	TG	3	6	81802	81807	0 %	50 %	50 %	0 %	74314924
148	NC_007385	TA	3	6	82257	82262	50 %	50 %	0 %	0 %	74314924
149	NC_007385	GA	3	6	82769	82774	50 %	0 %	50 %	0 %	74314925
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.