MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS_046

Total Repeats: 338

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007385	GA	3	6	1318	1323	50 %	0 %	50 %	0 %	74314841
2	NC_007385	CT	3	6	1799	1804	0 %	50 %	0 %	50 %	74314841
3	NC_007385	AT	3	6	3452	3457	50 %	50 %	0 %	0 %	74314843
4	NC_007385	AC	3	6	3792	3797	50 %	0 %	0 %	50 %	74314844
5	NC_007385	TG	3	6	4151	4156	0 %	50 %	50 %	0 %	74314844
6	NC_007385	TG	3	6	4410	4415	0 %	50 %	50 %	0 %	74314844
7	NC_007385	TA	3	6	5827	5832	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
8	NC_007385	TG	3	6	5887	5892	0 %	50 %	50 %	0 %	74314845
9	NC_007385	TA	3	6	6289	6294	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
10	NC_007385	AT	3	6	6424	6429	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
11	NC_007385	AT	4	8	6982	6989	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
12	NC_007385	AT	3	6	8162	8167	50 %	50 %	0 %	0 %	74314846
13	NC_007385	AT	3	6	8237	8242	50 %	50 %	0 %	0 %	74314846
14	NC_007385	GC	3	6	9025	9030	0 %	0 %	50 %	50 %	74314847
15	NC_007385	TA	3	6	9401	9406	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
16	NC_007385	AT	3	6	9553	9558	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
17	NC_007385	AT	3	6	9685	9690	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
18	NC_007385	GT	3	6	9907	9912	0 %	50 %	50 %	0 %	74314848
19	NC_007385	TA	4	8	9920	9927	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
20	NC_007385	AC	3	6	10693	10698	50 %	0 %	0 %	50 %	74314849
21	NC_007385	TG	3	6	11052	11057	0 %	50 %	50 %	0 %	74314849
22	NC_007385	TG	3	6	11311	11316	0 %	50 %	50 %	0 %	74314849
23	NC_007385	AT	3	6	17514	17519	50 %	50 %	0 %	0 %	74314859
24	NC_007385	AT	3	6	17522	17527	50 %	50 %	0 %	0 %	74314859
25	NC_007385	AG	3	6	18156	18161	50 %	0 %	50 %	0 %	74314860
26	NC_007385	AT	3	6	19237	19242	50 %	50 %	0 %	0 %	74314861
27	NC_007385	TC	4	8	22137	22144	0 %	50 %	0 %	50 %	74314864
28	NC_007385	CG	3	6	22366	22371	0 %	0 %	50 %	50 %	74314864
29	NC_007385	TC	3	6	22480	22485	0 %	50 %	0 %	50 %	74314864
30	NC_007385	CG	3	6	26786	26791	0 %	0 %	50 %	50 %	74314868
31	NC_007385	GT	3	6	26984	26989	0 %	50 %	50 %	0 %	74314868
32	NC_007385	GA	3	6	27676	27681	50 %	0 %	50 %	0 %	74314868
33	NC_007385	AG	3	6	28335	28340	50 %	0 %	50 %	0 %	74314869
34	NC_007385	AT	3	6	28486	28491	50 %	50 %	0 %	0 %	74314869
35	NC_007385	TG	3	6	32121	32126	0 %	50 %	50 %	0 %	74314873
36	NC_007385	TG	3	6	32566	32571	0 %	50 %	50 %	0 %	74314873
37	NC_007385	AG	3	6	33284	33289	50 %	0 %	50 %	0 %	74314874
38	NC_007385	GA	3	6	33459	33464	50 %	0 %	50 %	0 %	74314874
39	NC_007385	TG	3	6	34161	34166	0 %	50 %	50 %	0 %	74314875
40	NC_007385	GC	3	6	36514	36519	0 %	0 %	50 %	50 %	74314877
41	NC_007385	GT	3	6	36736	36741	0 %	50 %	50 %	0 %	74314877
42	NC_007385	GA	3	6	36743	36748	50 %	0 %	50 %	0 %	74314877
43	NC_007385	TG	3	6	36863	36868	0 %	50 %	50 %	0 %	74314877
44	NC_007385	CG	3	6	36930	36935	0 %	0 %	50 %	50 %	74314877
45	NC_007385	TA	3	6	37568	37573	50 %	50 %	0 %	0 %	74314878
46	NC_007385	AG	3	6	37686	37691	50 %	0 %	50 %	0 %	74314878
47	NC_007385	AG	3	6	40123	40128	50 %	0 %	50 %	0 %	74314880
48	NC_007385	TC	3	6	40314	40319	0 %	50 %	0 %	50 %	74314880
49	NC_007385	TA	3	6	40672	40677	50 %	50 %	0 %	0 %	74314881
50	NC_007385	CA	3	6	42377	42382	50 %	0 %	0 %	50 %	74314884
51	NC_007385	GC	3	6	43379	43384	0 %	0 %	50 %	50 %	74314885
52	NC_007385	GT	3	6	43601	43606	0 %	50 %	50 %	0 %	74314885
53	NC_007385	GA	3	6	43608	43613	50 %	0 %	50 %	0 %	74314885
54	NC_007385	TG	3	6	43728	43733	0 %	50 %	50 %	0 %	74314885
55	NC_007385	CG	3	6	43795	43800	0 %	0 %	50 %	50 %	74314885
56	NC_007385	AT	3	6	44743	44748	50 %	50 %	0 %	0 %	74314886
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60	NC_007385	TA	4	8	45880	45887	50 %	50 %	0 %	0 %	74314886
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63	NC_007385	AT	3	6	49048	49053	50 %	50 %	0 %	0 %	74314889
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67	NC_007385	TG	3	6	51904	51909	0 %	50 %	50 %	0 %	74314893
68	NC_007385	TA	3	6	54116	54121	50 %	50 %	0 %	0 %	74314895
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73	NC_007385	AT	3	6	62313	62318	50 %	50 %	0 %	0 %	74314902
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75	NC_007385	GA	3	6	62761	62766	50 %	0 %	50 %	0 %	74314902
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93	NC_007385	CG	3	6	79453	79458	0 %	0 %	50 %	50 %	74314922
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95	NC_007385	AT	3	6	79642	79647	50 %	50 %	0 %	0 %	74314922
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99	NC_007385	AG	3	6	81059	81064	50 %	0 %	50 %	0 %	74314924
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102	NC_007385	TA	3	6	82257	82262	50 %	50 %	0 %	0 %	74314924
103	NC_007385	GA	3	6	82769	82774	50 %	0 %	50 %	0 %	74314925
104	NC_007385	AT	3	6	83352	83357	50 %	50 %	0 %	0 %	74314926
105	NC_007385	AT	3	6	83572	83577	50 %	50 %	0 %	0 %	74314926
106	NC_007385	AT	3	6	83737	83742	50 %	50 %	0 %	0 %	74314926
107	NC_007385	TG	3	6	83958	83963	0 %	50 %	50 %	0 %	74314926
108	NC_007385	AT	3	6	84400	84405	50 %	50 %	0 %	0 %	74314926
109	NC_007385	TA	3	6	84409	84414	50 %	50 %	0 %	0 %	74314926
110	NC_007385	AT	3	6	84595	84600	50 %	50 %	0 %	0 %	74314927
111	NC_007385	TG	3	6	84700	84705	0 %	50 %	50 %	0 %	74314927
112	NC_007385	AG	3	6	85210	85215	50 %	0 %	50 %	0 %	74314927
113	NC_007385	TC	3	6	85347	85352	0 %	50 %	0 %	50 %	74314927
114	NC_007385	GA	3	6	85377	85382	50 %	0 %	50 %	0 %	74314927
115	NC_007385	AT	3	6	86024	86029	50 %	50 %	0 %	0 %	74314927
116	NC_007385	TA	3	6	86490	86495	50 %	50 %	0 %	0 %	74314928
117	NC_007385	TG	3	6	86874	86879	0 %	50 %	50 %	0 %	74314929
118	NC_007385	TA	3	6	87786	87791	50 %	50 %	0 %	0 %	74314931
119	NC_007385	AT	3	6	90124	90129	50 %	50 %	0 %	0 %	74314932
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121	NC_007385	TA	3	6	90349	90354	50 %	50 %	0 %	0 %	74314932
122	NC_007385	AT	3	6	90765	90770	50 %	50 %	0 %	0 %	74314932
123	NC_007385	AT	3	6	91205	91210	50 %	50 %	0 %	0 %	74314933
124	NC_007385	AT	4	8	91302	91309	50 %	50 %	0 %	0 %	74314933
125	NC_007385	TA	3	6	91379	91384	50 %	50 %	0 %	0 %	74314933
126	NC_007385	AG	3	6	91999	92004	50 %	0 %	50 %	0 %	74314934
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129	NC_007385	AT	4	8	93014	93021	50 %	50 %	0 %	0 %	74314935
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131	NC_007385	GA	3	6	93967	93972	50 %	0 %	50 %	0 %	74314938
132	NC_007385	TA	3	6	94040	94045	50 %	50 %	0 %	0 %	74314938
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134	NC_007385	TA	3	6	94176	94181	50 %	50 %	0 %	0 %	74314938
135	NC_007385	AT	3	6	94265	94270	50 %	50 %	0 %	0 %	74314938
136	NC_007385	AT	3	6	94360	94365	50 %	50 %	0 %	0 %	74314938
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141	NC_007385	TA	3	6	95428	95433	50 %	50 %	0 %	0 %	74314940
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144	NC_007385	GA	3	6	95983	95988	50 %	0 %	50 %	0 %	74314941
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.