MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 11856

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007384	CAGA	2	8	156	163	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_007384	CAGG	2	8	420	427	25 %	0 %	50 %	25 %	74310616
3	NC_007384	ACCA	2	8	466	473	50 %	0 %	0 %	50 %	74310616
4	NC_007384	GCTG	2	8	975	982	0 %	25 %	50 %	25 %	74310616
5	NC_007384	GGAC	2	8	1013	1020	25 %	0 %	50 %	25 %	74310616
6	NC_007384	GCTG	2	8	1802	1809	0 %	25 %	50 %	25 %	74310616
7	NC_007384	CCAG	2	8	2003	2010	25 %	0 %	25 %	50 %	74310616
8	NC_007384	GCAA	2	8	3030	3037	50 %	0 %	25 %	25 %	74310617
9	NC_007384	ATGA	2	8	3128	3135	50 %	25 %	25 %	0 %	74310617
10	NC_007384	CAGC	2	8	3283	3290	25 %	0 %	25 %	50 %	74310617
11	NC_007384	CTGG	2	8	3419	3426	0 %	25 %	50 %	25 %	74310617
12	NC_007384	TTCA	2	8	3428	3435	25 %	50 %	0 %	25 %	74310617
13	NC_007384	AGCG	2	8	3565	3572	25 %	0 %	50 %	25 %	74310617
14	NC_007384	CTGA	2	8	3851	3858	25 %	25 %	25 %	25 %	74310618
15	NC_007384	CAGT	2	8	5766	5773	25 %	25 %	25 %	25 %	74310620
16	NC_007384	AGCG	2	8	6270	6277	25 %	0 %	50 %	25 %	74310620
17	NC_007384	GCTG	2	8	7615	7622	0 %	25 %	50 %	25 %	74310621
18	NC_007384	TGGC	2	8	7748	7755	0 %	25 %	50 %	25 %	74310621
19	NC_007384	GCCA	2	8	8004	8011	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_007384	GCAT	2	8	8732	8739	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_007384	GGCG	2	8	8863	8870	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
22	NC_007384	CAAC	2	8	9111	9118	50 %	0 %	0 %	50 %	74310622
23	NC_007384	TTGA	2	8	9164	9171	25 %	50 %	25 %	0 %	74310622
24	NC_007384	CGAC	2	8	9231	9238	25 %	0 %	25 %	50 %	74310622
25	NC_007384	AAGA	2	8	9587	9594	75 %	0 %	25 %	0 %	74310622
26	NC_007384	GCTG	2	8	9766	9773	0 %	25 %	50 %	25 %	74310622
27	NC_007384	CTGT	2	8	10016	10023	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_007384	AGAT	2	8	10771	10778	50 %	25 %	25 %	0 %	74310624
29	NC_007384	AGAA	2	8	11045	11052	75 %	0 %	25 %	0 %	74310624
30	NC_007384	GAAT	2	8	11292	11299	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007384	GCAG	2	8	11448	11455	25 %	0 %	50 %	25 %	74310625
32	NC_007384	CATT	2	8	12126	12133	25 %	50 %	0 %	25 %	74310625
33	NC_007384	CAGT	2	8	12273	12280	25 %	25 %	25 %	25 %	74310626
34	NC_007384	ATTC	2	8	12688	12695	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_007384	AGTG	2	8	12830	12837	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007384	ATGG	2	8	12993	13000	25 %	25 %	50 %	0 %	74310627
37	NC_007384	TGGT	2	8	13084	13091	0 %	50 %	50 %	0 %	74310627
38	NC_007384	ACCG	2	8	13451	13458	25 %	0 %	25 %	50 %	74310627
39	NC_007384	AAGA	2	8	13671	13678	75 %	0 %	25 %	0 %	74310627
40	NC_007384	GTGG	2	8	13956	13963	0 %	25 %	75 %	0 %	74310627
41	NC_007384	CCAT	2	8	14248	14255	25 %	25 %	0 %	50 %	74310627
42	NC_007384	ATTA	2	8	16677	16684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007384	TAAT	2	8	16695	16702	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007384	GACA	2	8	17055	17062	50 %	0 %	25 %	25 %	74310630
45	NC_007384	TGCC	2	8	17556	17563	0 %	25 %	25 %	50 %	74310630
46	NC_007384	ACGG	2	8	18013	18020	25 %	0 %	50 %	25 %	74310631
47	NC_007384	GCCA	2	8	18049	18056	25 %	0 %	25 %	50 %	74310631
48	NC_007384	CGTC	2	8	18227	18234	0 %	25 %	25 %	50 %	74310631
49	NC_007384	GCTG	2	8	18538	18545	0 %	25 %	50 %	25 %	74310631
50	NC_007384	TCAA	2	8	18678	18685	50 %	25 %	0 %	25 %	74310631
51	NC_007384	CTGG	2	8	18996	19003	0 %	25 %	50 %	25 %	74310631
52	NC_007384	GTCA	2	8	19043	19050	25 %	25 %	25 %	25 %	74310631
53	NC_007384	GGCA	2	8	19234	19241	25 %	0 %	50 %	25 %	74310632
54	NC_007384	CTGG	2	8	19354	19361	0 %	25 %	50 %	25 %	74310632
55	NC_007384	CAAA	2	8	19682	19689	75 %	0 %	0 %	25 %	74310632
56	NC_007384	GGTT	2	8	20718	20725	0 %	50 %	50 %	0 %	74310634
57	NC_007384	GTGG	2	8	21342	21349	0 %	25 %	75 %	0 %	74310634
58	NC_007384	CGTT	2	8	21714	21721	0 %	50 %	25 %	25 %	74310634
59	NC_007384	TTTA	2	8	21886	21893	25 %	75 %	0 %	0 %	74310635
60	NC_007384	CCAC	2	8	22189	22196	25 %	0 %	0 %	75 %	74310635
61	NC_007384	AATA	2	8	22819	22826	75 %	25 %	0 %	0 %	74310636
62	NC_007384	CTTC	2	8	22841	22848	0 %	50 %	0 %	50 %	74310636
63	NC_007384	TGTT	2	8	24115	24122	0 %	75 %	25 %	0 %	74310637
64	NC_007384	GCTG	2	8	24922	24929	0 %	25 %	50 %	25 %	74310638
65	NC_007384	TGGC	2	8	25055	25062	0 %	25 %	50 %	25 %	74310638
66	NC_007384	TGGC	2	8	25352	25359	0 %	25 %	50 %	25 %	74310639
67	NC_007384	CTTT	2	8	26061	26068	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_007384	TAAA	2	8	26786	26793	75 %	25 %	0 %	0 %	74310640
69	NC_007384	TATT	2	8	27424	27431	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007384	CATA	2	8	28590	28597	50 %	25 %	0 %	25 %	74310643
71	NC_007384	TGCG	2	8	28846	28853	0 %	25 %	50 %	25 %	74310643
72	NC_007384	GCGT	2	8	29054	29061	0 %	25 %	50 %	25 %	74310643
73	NC_007384	CCGC	2	8	29477	29484	0 %	0 %	25 %	75 %	74310643
74	NC_007384	CTGG	2	8	29834	29841	0 %	25 %	50 %	25 %	74310644
75	NC_007384	CTGC	2	8	30295	30302	0 %	25 %	25 %	50 %	74310644
76	NC_007384	TGCG	2	8	30845	30852	0 %	25 %	50 %	25 %	74310644
77	NC_007384	TGGT	2	8	31257	31264	0 %	50 %	50 %	0 %	74310644
78	NC_007384	GTGG	2	8	32050	32057	0 %	25 %	75 %	0 %	74310644
79	NC_007384	GCTG	2	8	32404	32411	0 %	25 %	50 %	25 %	74310645
80	NC_007384	ATGG	2	8	33301	33308	25 %	25 %	50 %	0 %	74310646
81	NC_007384	TTGA	2	8	34172	34179	25 %	50 %	25 %	0 %	74310647
82	NC_007384	TGGC	2	8	34715	34722	0 %	25 %	50 %	25 %	74310648
83	NC_007384	CTGG	2	8	35175	35182	0 %	25 %	50 %	25 %	74310648
84	NC_007384	TCAT	2	8	35399	35406	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_007384	TCCC	2	8	35429	35436	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
86	NC_007384	TGGC	2	8	35470	35477	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_007384	GCTG	2	8	35692	35699	0 %	25 %	50 %	25 %	74310649
88	NC_007384	CGTG	2	8	36169	36176	0 %	25 %	50 %	25 %	74310649
89	NC_007384	AGTG	2	8	36789	36796	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007384	TCCT	2	8	36951	36958	0 %	50 %	0 %	50 %	74310650
91	NC_007384	CTTA	2	8	36979	36986	25 %	50 %	0 %	25 %	74310650
92	NC_007384	AGCC	2	8	37881	37888	25 %	0 %	25 %	50 %	74310650
93	NC_007384	GACC	2	8	38147	38154	25 %	0 %	25 %	50 %	74310651
94	NC_007384	CGCA	2	8	39147	39154	25 %	0 %	25 %	50 %	74310651
95	NC_007384	CTGT	2	8	39321	39328	0 %	50 %	25 %	25 %	74310651
96	NC_007384	GGCG	2	8	39497	39504	0 %	0 %	75 %	25 %	74310651
97	NC_007384	ACCG	2	8	39651	39658	25 %	0 %	25 %	50 %	74310651
98	NC_007384	CGTC	2	8	40125	40132	0 %	25 %	25 %	50 %	74310651
99	NC_007384	GGCG	2	8	40334	40341	0 %	0 %	75 %	25 %	74310651
100	NC_007384	TGGC	2	8	40588	40595	0 %	25 %	50 %	25 %	74310651
101	NC_007384	GCTG	2	8	40601	40608	0 %	25 %	50 %	25 %	74310651
102	NC_007384	ATTA	2	8	41290	41297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007384	GCCA	2	8	41565	41572	25 %	0 %	25 %	50 %	74310652
104	NC_007384	CAGC	2	8	41698	41705	25 %	0 %	25 %	50 %	74310652
105	NC_007384	GGTG	2	8	42309	42316	0 %	25 %	75 %	0 %	161986601
106	NC_007384	AAGA	2	8	42544	42551	75 %	0 %	25 %	0 %	161986601
107	NC_007384	CCAT	2	8	43120	43127	25 %	25 %	0 %	50 %	74310654
108	NC_007384	ATTT	2	8	44334	44341	25 %	75 %	0 %	0 %	74310655
109	NC_007384	TTCT	2	8	44346	44353	0 %	75 %	0 %	25 %	74310656
110	NC_007384	TTCA	2	8	44477	44484	25 %	50 %	0 %	25 %	74310656
111	NC_007384	AGCC	2	8	44691	44698	25 %	0 %	25 %	50 %	74310656
112	NC_007384	CCCG	2	8	44853	44860	0 %	0 %	25 %	75 %	74310656
113	NC_007384	TCGG	2	8	45325	45332	0 %	25 %	50 %	25 %	74310656
114	NC_007384	GGCG	2	8	45604	45611	0 %	0 %	75 %	25 %	74310656
115	NC_007384	GGGC	2	8	45923	45930	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
116	NC_007384	TCCT	2	8	46015	46022	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_007384	CAGA	2	8	46452	46459	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_007384	CCAT	2	8	47405	47412	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_007384	TGAT	2	8	47427	47434	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007384	AGGC	2	8	47958	47965	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_007384	CCGA	2	8	49044	49051	25 %	0 %	25 %	50 %	74310659
122	NC_007384	CCCG	2	8	49440	49447	0 %	0 %	25 %	75 %	74310659
123	NC_007384	TCCA	2	8	49492	49499	25 %	25 %	0 %	50 %	74310659
124	NC_007384	TTAA	2	8	49745	49752	50 %	50 %	0 %	0 %	74310660
125	NC_007384	TATC	2	8	50138	50145	25 %	50 %	0 %	25 %	74310660
126	NC_007384	CACC	2	8	50289	50296	25 %	0 %	0 %	75 %	74310660
127	NC_007384	AGCC	2	8	50856	50863	25 %	0 %	25 %	50 %	74310660
128	NC_007384	CCAG	2	8	51056	51063	25 %	0 %	25 %	50 %	74310660
129	NC_007384	AACC	2	8	51064	51071	50 %	0 %	0 %	50 %	74310660
130	NC_007384	ATTT	2	8	51290	51297	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007384	GTTT	2	8	51307	51314	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007384	GTGC	2	8	51760	51767	0 %	25 %	50 %	25 %	161986600
133	NC_007384	TGAT	2	8	51996	52003	25 %	50 %	25 %	0 %	161986600
134	NC_007384	CTGC	2	8	52256	52263	0 %	25 %	25 %	50 %	161986600
135	NC_007384	GTCG	2	8	53122	53129	0 %	25 %	50 %	25 %	74310662
136	NC_007384	ATGG	2	8	53229	53236	25 %	25 %	50 %	0 %	74310662
137	NC_007384	TGGT	2	8	53324	53331	0 %	50 %	50 %	0 %	74310662
138	NC_007384	GTTA	2	8	53606	53613	25 %	50 %	25 %	0 %	74310663
139	NC_007384	CACC	2	8	54157	54164	25 %	0 %	0 %	75 %	74310663
140	NC_007384	GTTG	2	8	54386	54393	0 %	50 %	50 %	0 %	74310663
141	NC_007384	ATTG	2	8	54404	54411	25 %	50 %	25 %	0 %	74310663
142	NC_007384	CCTT	2	8	54616	54623	0 %	50 %	0 %	50 %	74310663
143	NC_007384	TGTT	2	8	55444	55451	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007384	TGTT	2	8	55689	55696	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007384	TGTT	2	8	55879	55886	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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