MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 56037

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007384	CAC	2	6	204	209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310615
2	NC_007384	ACC	3	9	214	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310615
3	NC_007384	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310616
4	NC_007384	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310616
5	NC_007384	GAT	2	6	483	488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
6	NC_007384	CGC	3	9	570	578	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310616
7	NC_007384	TCG	2	6	614	619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
8	NC_007384	ACT	2	6	795	800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
9	NC_007384	CCG	2	6	849	854	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310616
10	NC_007384	CCG	2	6	908	913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310616
11	NC_007384	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310616
12	NC_007384	ACT	2	6	959	964	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
13	NC_007384	CGG	2	6	968	973	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310616
14	NC_007384	TTG	2	6	999	1004	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310616
15	NC_007384	GTT	2	6	1068	1073	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310616
16	NC_007384	TTC	2	6	1127	1132	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310616
17	NC_007384	TGA	2	6	1233	1238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
18	NC_007384	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310616
19	NC_007384	GTG	2	6	1372	1377	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310616
20	NC_007384	ATC	2	6	1389	1394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
21	NC_007384	AAG	2	6	1484	1489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310616
22	NC_007384	GGT	2	6	1536	1541	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310616
23	NC_007384	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310616
24	NC_007384	GAT	2	6	1672	1677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
25	NC_007384	TCA	2	6	1701	1706	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
26	NC_007384	GCT	2	6	1773	1778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
27	NC_007384	GCG	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310616
28	NC_007384	GAA	2	6	1903	1908	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310616
29	NC_007384	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
30	NC_007384	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310616
31	NC_007384	TCG	2	6	2086	2091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
32	NC_007384	ATC	2	6	2102	2107	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310616
33	NC_007384	GCG	2	6	2119	2124	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310616
34	NC_007384	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
35	NC_007384	GAT	2	6	2350	2355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
36	NC_007384	TGC	2	6	2447	2452	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
37	NC_007384	CGA	2	6	2511	2516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310616
38	NC_007384	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
39	NC_007384	TGA	2	6	2583	2588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310616
40	NC_007384	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310616
41	NC_007384	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
42	NC_007384	GCT	2	6	2743	2748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310616
43	NC_007384	GCG	2	6	2864	2869	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310617
44	NC_007384	GGC	2	6	2917	2922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310617
45	NC_007384	CAA	2	6	2938	2943	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310617
46	NC_007384	GGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310617
47	NC_007384	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310617
48	NC_007384	TGG	2	6	3244	3249	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310617
49	NC_007384	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310617
50	NC_007384	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310617
51	NC_007384	CAT	2	6	3277	3282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310617
52	NC_007384	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310617
53	NC_007384	CGC	2	6	3386	3391	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310617
54	NC_007384	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310617
55	NC_007384	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310617
56	NC_007384	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310618
57	NC_007384	TGA	2	6	3925	3930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310618
58	NC_007384	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310618
59	NC_007384	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310618
60	NC_007384	TGA	3	9	4324	4332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310618
61	NC_007384	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310618
62	NC_007384	CGG	2	6	4494	4499	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310618
63	NC_007384	CTG	2	6	4502	4507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310618
64	NC_007384	TGC	2	6	4543	4548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310618
65	NC_007384	ACG	2	6	4584	4589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310618
66	NC_007384	AAC	2	6	4652	4657	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310618
67	NC_007384	GTT	2	6	4675	4680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310618
68	NC_007384	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310618
69	NC_007384	GAT	2	6	4727	4732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310618
70	NC_007384	CCG	2	6	4974	4979	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310618
71	NC_007384	TGC	2	6	4984	4989	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310618
72	NC_007384	TGA	3	9	5001	5009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310618
73	NC_007384	ATC	2	6	5010	5015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310618
74	NC_007384	GCA	2	6	5291	5296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310619
75	NC_007384	TGG	2	6	5399	5404	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310619
76	NC_007384	ACA	2	6	5407	5412	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310619
77	NC_007384	CCG	2	6	5450	5455	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310619
78	NC_007384	CCG	2	6	5459	5464	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310619
79	NC_007384	CCA	2	6	5467	5472	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310619
80	NC_007384	CTC	2	6	5481	5486	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74310619
81	NC_007384	ATC	2	6	5490	5495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310619
82	NC_007384	CGG	2	6	5497	5502	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310619
83	NC_007384	GCT	2	6	5688	5693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310620
84	NC_007384	GGA	2	6	5725	5730	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	74310620
85	NC_007384	TCA	2	6	5735	5740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310620
86	NC_007384	AAG	2	6	5741	5746	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310620
87	NC_007384	AAT	2	6	5800	5805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310620
88	NC_007384	TCA	2	6	5814	5819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310620
89	NC_007384	TTC	2	6	5867	5872	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310620
90	NC_007384	TTC	2	6	5912	5917	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74310620
91	NC_007384	CAC	2	6	5959	5964	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310620
92	NC_007384	TGC	2	6	5977	5982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310620
93	NC_007384	TTG	2	6	5999	6004	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310620
94	NC_007384	TGA	2	6	6006	6011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310620
95	NC_007384	GTG	2	6	6401	6406	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310620
96	NC_007384	GTT	2	6	7653	7658	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310621
97	NC_007384	CTG	2	6	7710	7715	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310621
98	NC_007384	GTG	2	6	7728	7733	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310621
99	NC_007384	ACC	2	6	9047	9052	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310622
100	NC_007384	CAG	2	6	9194	9199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310622
101	NC_007384	CAG	2	6	9215	9220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310622
102	NC_007384	TGC	2	6	9436	9441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310622
103	NC_007384	AAG	2	6	9456	9461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310622
104	NC_007384	CTG	2	6	9482	9487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310622
105	NC_007384	TTG	2	6	9546	9551	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310622
106	NC_007384	AGA	2	6	9607	9612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310622
107	NC_007384	TAC	2	6	9647	9652	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310622
108	NC_007384	CTG	2	6	9755	9760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310622
109	NC_007384	GCA	2	6	9862	9867	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310622
110	NC_007384	CTG	2	6	9959	9964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310622
111	NC_007384	TGA	2	6	10080	10085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310623
112	NC_007384	GCG	2	6	10131	10136	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310623
113	NC_007384	GAA	2	6	10166	10171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310623
114	NC_007384	ATC	2	6	10238	10243	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310623
115	NC_007384	CAC	2	6	10294	10299	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310623
116	NC_007384	CGT	2	6	10319	10324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310623
117	NC_007384	TGC	2	6	10624	10629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310623
118	NC_007384	CAC	2	6	10787	10792	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310624
119	NC_007384	GAT	2	6	10821	10826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74310624
120	NC_007384	GCG	2	6	10828	10833	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310624
121	NC_007384	CAG	2	6	10857	10862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310624
122	NC_007384	GAA	2	6	10926	10931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310624
123	NC_007384	CAG	2	6	11019	11024	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310624
124	NC_007384	CAG	2	6	11103	11108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74310624
125	NC_007384	GCC	2	6	11130	11135	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310624
126	NC_007384	AAT	2	6	11157	11162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310624
127	NC_007384	TGG	2	6	11207	11212	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74310624
128	NC_007384	TGC	2	6	11524	11529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310625
129	NC_007384	TGC	2	6	11587	11592	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310625
130	NC_007384	AAT	2	6	11651	11656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310625
131	NC_007384	TCA	2	6	11664	11669	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74310625
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134	NC_007384	TTG	2	6	11891	11896	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310625
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140	NC_007384	GGC	2	6	12335	12340	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310626
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143	NC_007384	AAT	2	6	12947	12952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74310627
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147	NC_007384	TAT	2	6	13052	13057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310627
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257	NC_007384	CGG	2	6	21686	21691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310634
258	NC_007384	AAG	2	6	21853	21858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74310635
259	NC_007384	ATT	2	6	21950	21955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310635
260	NC_007384	CGC	2	6	22142	22147	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74310635
261	NC_007384	GCT	2	6	22177	22182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310635
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271	NC_007384	GCG	2	6	22692	22697	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74310635
272	NC_007384	ATT	2	6	22775	22780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310636
273	NC_007384	ATT	2	6	22795	22800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310636
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278	NC_007384	TAT	2	6	23226	23231	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310636
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282	NC_007384	ATT	2	6	23867	23872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310637
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285	NC_007384	AAC	2	6	24098	24103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74310637
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290	NC_007384	ATT	2	6	24347	24352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74310637
291	NC_007384	TTG	3	9	24353	24361	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74310637
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379	NC_007384	GCT	2	6	32264	32269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74310644
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500	NC_007384	CAC	2	6	41587	41592	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74310652

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