MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Dehalococcoides sp. CBDB1 chromosome

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007356	ATTTC	2	10	5814	5823	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_007356	TAAAA	2	10	18501	18510	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007356	TATCT	2	10	41930	41939	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007356	GTGAA	2	10	48507	48516	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007356	TCCCG	2	10	50815	50824	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_007356	GCTTT	2	10	50903	50912	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_007356	TAAAA	2	10	53617	53626	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007356	CTAAA	2	10	63282	63291	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_007356	GTAAA	2	10	126549	126558	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007356	AAATG	2	10	126743	126752	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007356	TTTTA	2	10	170098	170107	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007356	AGGTG	2	10	170148	170157	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007356	TAAGC	2	10	175360	175369	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_007356	CAAAT	2	10	213632	213641	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_007356	ATTAG	2	10	254790	254799	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007356	CCCGG	2	10	262456	262465	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
17	NC_007356	TCAAA	2	10	264520	264529	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007356	AGTCA	2	10	286852	286861	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_007356	TGTTT	2	10	302083	302092	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007356	ATAAA	2	10	316508	316517	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007356	TTGAC	2	10	333905	333914	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_007356	GGGCA	2	10	340928	340937	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007356	TACAA	2	10	343933	343942	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007356	ATAGC	2	10	362559	362568	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_007356	GGGTA	2	10	368988	368997	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007356	TGCGG	2	10	448557	448566	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_007356	AAATA	2	10	475948	475957	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007356	ATATT	2	10	518939	518948	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007356	CCCGA	2	10	520646	520655	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_007356	ATTTT	2	10	544488	544497	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007356	TATCT	2	10	557124	557133	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_007356	TTTAA	2	10	579505	579514	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007356	ACTAA	2	10	588795	588804	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_007356	GCTAA	2	10	593667	593676	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_007356	ATTGG	2	10	598081	598090	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007356	CTAAA	2	10	600889	600898	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007356	TATAG	2	10	602911	602920	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007356	CTTTT	2	10	605482	605491	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_007356	AGTAT	2	10	609597	609606	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007356	TATAA	2	10	613986	613995	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007356	TAAAT	2	10	635680	635689	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007356	TTATA	2	10	678841	678850	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007356	TTTTA	2	10	682483	682492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007356	TTGCC	2	10	687598	687607	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_007356	ATATT	2	10	711685	711694	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007356	TATAA	2	10	715046	715055	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007356	TTTCA	2	10	727819	727828	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007356	CAAAC	2	10	749347	749356	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_007356	CTTTA	2	10	750052	750061	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007356	CCTGT	2	10	758031	758040	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_007356	ACAGA	2	10	795519	795528	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007356	TAAAC	2	10	798071	798080	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007356	TGACG	2	10	803670	803679	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_007356	TAATT	2	10	805902	805911	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007356	ATATT	2	10	811508	811517	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007356	GGGAC	2	10	821113	821122	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_007356	GCCCC	2	10	821192	821201	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
58	NC_007356	AAACC	2	10	835673	835682	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_007356	ACCCC	2	10	850711	850720	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
60	NC_007356	TTAAG	2	10	865390	865399	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007356	AACTA	2	10	879502	879511	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007356	TTTAA	2	10	884266	884275	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007356	GCGGT	2	10	887779	887788	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_007356	AACGC	2	10	914145	914154	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_007356	ATAAA	2	10	949338	949347	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007356	TATAA	2	10	969385	969394	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007356	TCCGG	2	10	973745	973754	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_007356	CTGCC	2	10	973878	973887	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
69	NC_007356	TAGCA	2	10	990328	990337	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_007356	AATAC	2	10	996428	996437	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_007356	AGAAT	2	10	996509	996518	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007356	AAAAG	2	10	996519	996528	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007356	TTATA	2	10	999310	999319	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007356	TACTA	2	10	1006824	1006833	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_007356	CAGGT	2	10	1009424	1009433	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_007356	AGACT	2	10	1012425	1012434	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_007356	TTGCT	2	10	1014140	1014149	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_007356	GAATT	2	10	1016371	1016380	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007356	ATAAA	2	10	1035189	1035198	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007356	TGAAA	2	10	1079683	1079692	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007356	AATCT	2	10	1128127	1128136	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_007356	ATTAT	2	10	1149844	1149853	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007356	ATATT	2	10	1149888	1149897	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007356	ACAAG	2	10	1160431	1160440	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_007356	AATTC	2	10	1173391	1173400	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_007356	ATTCC	2	10	1173463	1173472	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_007356	TTTCT	2	10	1173507	1173516	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_007356	TGACC	2	10	1173590	1173599	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_007356	AGGGC	2	10	1181306	1181315	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_007356	CTTAG	2	10	1181409	1181418	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_007356	ACCTG	2	10	1181428	1181437	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_007356	TGACT	2	10	1184777	1184786	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_007356	CAATC	2	10	1191651	1191660	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_007356	TATTT	2	10	1196069	1196078	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007356	CTGAA	2	10	1196754	1196763	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007356	GGTAG	2	10	1201689	1201698	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007356	CCTAC	2	10	1201737	1201746	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_007356	AACTC	2	10	1214013	1214022	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_007356	AAGTT	2	10	1224384	1224393	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007356	AGGGC	2	10	1233228	1233237	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
101	NC_007356	TTCAA	2	10	1242220	1242229	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_007356	ATATT	2	10	1248566	1248575	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007356	GTTTT	2	10	1260796	1260805	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007356	GAATT	2	10	1265789	1265798	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007356	CTTAA	2	10	1269605	1269614	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_007356	AGCTA	2	10	1288736	1288745	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007356	AGCCG	2	10	1295552	1295561	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_007356	CTTTC	2	10	1320974	1320983	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_007356	TAAAG	2	10	1321113	1321122	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007356	CCTCA	2	10	1326667	1326676	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
111	NC_007356	AACTG	2	10	1334384	1334393	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_007356	GCCAT	2	10	1349927	1349936	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_007356	CTATA	2	10	1354349	1354358	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_007356	TATTT	2	10	1372976	1372985	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.