MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Ralstonia eutropha JMP134 megaplasmid

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007336	CCCAT	2	10	84	93	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_007336	AGGGG	2	10	8289	8298	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007336	GCGCG	2	10	23394	23403	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
4	NC_007336	AACAC	2	10	23564	23573	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_007336	CTGCA	2	10	27986	27995	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_007336	TCGAC	2	10	32287	32296	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_007336	ATCGA	2	10	33472	33481	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007336	TTGCG	2	10	38056	38065	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_007336	GGTCG	2	10	42170	42179	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_007336	AATCC	2	10	49371	49380	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_007336	TTTGC	2	10	51126	51135	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_007336	CTGCG	2	10	56735	56744	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_007336	GTCCA	2	10	69350	69359	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_007336	GAGGG	2	10	80819	80828	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007336	TGCAT	2	10	81653	81662	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_007336	GCTGA	2	10	82181	82190	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_007336	GTTCC	2	10	84754	84763	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_007336	AAAGA	2	10	87460	87469	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007336	AATTT	2	10	87487	87496	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007336	CGACT	2	10	101048	101057	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_007336	ATCGC	2	10	101255	101264	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_007336	CTTTT	2	10	118952	118961	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007336	CACGC	2	10	121315	121324	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_007336	GCGCG	2	10	125261	125270	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
25	NC_007336	TGCGC	2	10	125711	125720	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_007336	GAGGC	2	10	125769	125778	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_007336	GCGCG	2	10	126967	126976	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_007336	TTTCC	2	10	130062	130071	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_007336	GCCTT	2	10	130550	130559	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_007336	CTCCC	2	10	138244	138253	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
31	NC_007336	GACCG	2	10	144513	144522	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_007336	CGCAA	2	10	148002	148011	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_007336	GTACC	2	10	153734	153743	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_007336	ATCGA	2	10	153823	153832	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_007336	TAATT	2	10	155523	155532	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007336	CTTGC	2	10	155853	155862	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_007336	GCAAA	2	10	160372	160381	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_007336	AGAGA	2	10	168284	168293	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007336	GCTTG	2	10	172222	172231	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007336	GGCAA	2	10	175744	175753	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_007336	GTTGT	2	10	179021	179030	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007336	TCCCA	2	10	192339	192348	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
43	NC_007336	GCATG	2	10	192577	192586	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_007336	GTGCG	2	10	201710	201719	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_007336	GCGCT	2	10	202615	202624	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_007336	CAGAT	2	10	202709	202718	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_007336	TTTGA	2	10	206826	206835	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007336	GCGAT	2	10	209028	209037	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_007336	TGCAC	2	10	210543	210552	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_007336	GCGAG	2	10	214925	214934	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_007336	ACGGA	2	10	223878	223887	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007336	CCTGC	2	10	229099	229108	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_007336	CGCAT	2	10	247022	247031	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_007336	CGAGG	2	10	256303	256312	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_007336	GTTTT	2	10	264044	264053	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007336	TTACC	2	10	264673	264682	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_007336	GACGG	2	10	265273	265282	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007336	CCAAA	2	10	266436	266445	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_007336	AAATT	2	10	266499	266508	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007336	ACGAA	2	10	266848	266857	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_007336	TCGGG	2	10	267687	267696	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007336	CACCG	2	10	267754	267763	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
63	NC_007336	GCTTG	2	10	274064	274073	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_007336	CGTTG	2	10	274514	274523	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_007336	CCGTC	2	10	275671	275680	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_007336	CGCGG	2	10	278663	278672	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
67	NC_007336	GGCGT	2	10	280634	280643	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
68	NC_007336	GCCGA	2	10	285301	285310	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_007336	CCATC	2	10	295264	295273	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_007336	CGTCT	2	10	297091	297100	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_007336	GGGCC	2	10	299478	299487	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
72	NC_007336	CGGTC	2	10	303120	303129	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_007336	CAAAG	2	10	303723	303732	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_007336	CACTG	2	10	304141	304150	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_007336	CAACA	2	10	305891	305900	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_007336	CACCT	2	10	306185	306194	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_007336	AGGTG	2	10	306623	306632	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007336	CTGGC	2	10	306670	306679	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_007336	AGGTG	2	10	306688	306697	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007336	CCGGC	2	10	311193	311202	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
81	NC_007336	GCGAC	2	10	317684	317693	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_007336	GCAAA	2	10	319952	319961	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_007336	CCGAA	2	10	330537	330546	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_007336	TGGCG	2	10	338180	338189	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
85	NC_007336	CTCCG	2	10	343486	343495	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_007336	CGGAA	2	10	348565	348574	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_007336	AGACC	2	10	351589	351598	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_007336	GAGCC	2	10	360081	360090	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_007336	AGGGG	2	10	361480	361489	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007336	GACCG	2	10	367001	367010	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_007336	CCCGG	2	10	367421	367430	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_007336	ATTTG	2	10	388097	388106	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007336	CCCAT	2	10	393447	393456	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_007336	AAACA	2	10	402139	402148	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_007336	AGTGC	2	10	404029	404038	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007336	ATCGG	2	10	404090	404099	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_007336	ATGTC	2	10	436381	436390	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_007336	TCAAA	2	10	454046	454055	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_007336	ATGGC	2	10	457442	457451	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_007336	CCGTG	2	10	481206	481215	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_007336	TCGCC	2	10	481398	481407	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_007336	GAGGG	2	10	488607	488616	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007336	CCACG	2	10	492676	492685	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
104	NC_007336	CGCCA	2	10	508704	508713	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
105	NC_007336	AGCGT	2	10	525104	525113	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_007336	GGGCA	2	10	544891	544900	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007336	GCCGC	2	10	550264	550273	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
108	NC_007336	GTGAC	2	10	557737	557746	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_007336	GCCGG	2	10	558021	558030	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
110	NC_007336	AGCTC	2	10	558269	558278	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_007336	GTCTT	2	10	558481	558490	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_007336	CAGGG	2	10	562542	562551	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_007336	GCTGT	2	10	566643	566652	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_007336	CCGAT	2	10	570243	570252	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_007336	CTCGC	2	10	587091	587100	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
116	NC_007336	ATTGA	2	10	587119	587128	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007336	TTCAT	2	10	588618	588627	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_007336	CGTTA	2	10	597982	597991	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_007336	CCGGC	2	10	603671	603680	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
120	NC_007336	CGGAC	2	10	608837	608846	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_007336	GCCCG	2	10	609002	609011	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
122	NC_007336	GCGCA	2	10	614128	614137	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_007336	TGGGT	2	10	622030	622039	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007336	GCCGA	2	10	631790	631799	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_007336	TTCTC	2	10	632364	632373	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.