MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mycoplasma hyopneumoniae J chromosome

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007295	TAATTT	2	12	7973	7984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007295	AAAATT	2	12	53637	53648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007295	TAAAAA	2	12	60669	60680	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007295	TAAATT	2	12	111228	111239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007295	TCATAA	2	12	116851	116862	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_007295	ATTTTT	2	12	117360	117371	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007295	TAATTT	2	12	119887	119898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007295	TATAAT	2	12	132937	132948	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007295	CTTGAT	2	12	134250	134261	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_007295	TGACTT	2	12	134612	134623	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_007295	AGGCAA	2	12	137203	137214	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_007295	TTTAAA	2	12	145640	145651	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007295	TTTAAA	2	12	145881	145892	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007295	TTTAAT	2	12	147283	147294	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007295	TAAAAA	2	12	153932	153943	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007295	TATAAT	2	12	153973	153984	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007295	AAAAAC	2	12	156191	156202	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_007295	TAAAAA	2	12	156302	156313	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007295	TATAAT	2	12	156342	156353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007295	ATTATA	2	12	181940	181951	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007295	TTATTT	2	12	181953	181964	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007295	ATTTAA	2	12	187377	187388	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007295	TATTTG	2	12	187550	187561	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007295	AAATTA	2	12	220620	220631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007295	TAAAAA	2	12	235509	235520	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007295	ATTTTT	2	12	235539	235550	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007295	ATTTTT	2	12	235663	235674	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007295	TAAATA	2	12	235827	235838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007295	TACTAT	2	12	254971	254982	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_007295	AAATAA	2	12	255587	255598	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007295	TTTATA	2	12	255600	255611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007295	TTTAAT	2	12	270314	270325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007295	TTTTAA	2	12	273762	273773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007295	TTAAGT	2	12	290765	290776	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007295	TTATAA	2	12	296398	296409	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007295	TTATAA	2	12	310803	310814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007295	TATTTT	2	12	315080	315091	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007295	TTTATT	2	12	318511	318522	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007295	ATGAAA	2	12	321579	321590	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007295	AATTTT	2	12	332716	332727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007295	ACCTTG	2	12	346253	346264	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007295	ATAAAA	2	12	353462	353473	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007295	CATATT	2	12	378955	378966	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_007295	CATATT	2	12	398419	398430	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_007295	ATAAAA	2	12	398495	398506	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007295	TTATAA	2	12	398721	398732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007295	TCAAGA	2	12	404772	404783	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_007295	TATAAA	2	12	410257	410268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007295	TTAATT	2	12	416295	416306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007295	AAATTT	2	12	418093	418104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007295	TATAAT	2	12	422063	422074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007295	TAATAT	2	12	457961	457972	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007295	ATAAAA	2	12	461112	461123	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007295	GAGAGG	4	24	471778	471801	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007295	TATTTT	2	12	477458	477469	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007295	AATTTA	2	12	491932	491943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007295	AAAAAT	2	12	492136	492147	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007295	ATTTTT	2	12	492335	492346	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007295	TAAAAA	2	12	492381	492392	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007295	ATTTAA	2	12	500771	500782	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007295	TTTTAA	2	12	502949	502960	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007295	TTATTT	2	12	502962	502973	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007295	TTATAT	2	12	513609	513620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007295	TCAAAT	2	12	516442	516453	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_007295	TGAATA	2	12	534915	534926	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007295	GATTTT	2	12	537077	537088	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007295	TTTGTT	2	12	539655	539666	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007295	TCAACT	2	12	544773	544784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_007295	CAAAAC	2	12	580994	581005	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_007295	ATTTTT	2	12	581799	581810	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007295	AAATAA	2	12	616853	616864	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007295	TTTAAA	2	12	618291	618302	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007295	TGAATA	2	12	622218	622229	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007295	TGAATT	2	12	624204	624215	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007295	TTTATA	2	12	647400	647411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007295	TAAAAA	2	12	647726	647737	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007295	ATTTTT	2	12	648097	648108	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007295	AGTTTT	2	12	648118	648129	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007295	GTTTTT	2	12	651203	651214	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007295	ATTTTT	2	12	681696	681707	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007295	ATATTT	2	12	682545	682556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007295	CATATT	2	12	698547	698558	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_007295	TAATTT	2	12	704540	704551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007295	CATATT	2	12	711507	711518	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_007295	TTTTGG	2	12	722616	722627	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007295	TGAAAA	2	12	724008	724019	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007295	TGAATA	2	12	729185	729196	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007295	TTAAAA	2	12	745644	745655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007295	AAATAA	2	12	758114	758125	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007295	TTTCTT	2	12	771014	771025	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_007295	GAAAAA	2	12	792838	792849	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007295	TATAAT	2	12	817103	817114	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007295	ATTTAT	2	12	817256	817267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007295	ATTACA	2	12	823997	824008	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_007295	ATTTTT	2	12	837722	837733	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007295	TATAAT	2	12	837746	837757	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007295	TTATAA	2	12	839235	839246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007295	TTAAAA	2	12	849861	849872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007295	TTATAA	2	12	859821	859832	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007295	AAAAAT	2	12	864268	864279	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007295	TTGCTT	2	12	871864	871875	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_007295	TATTAG	2	12	877717	877728	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007295	AGAATA	2	12	880985	880996	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.