MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Mycoplasma hyopneumoniae J chromosome

Total Repeats: 190

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007295	AAACA	2	10	151	160	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_007295	ATATA	2	10	1715	1724	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007295	AATAA	2	10	9094	9103	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007295	AATTA	2	10	20153	20162	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007295	AATTA	2	10	22510	22519	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007295	TTTTG	2	10	31126	31135	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007295	TAAAT	2	10	38305	38314	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007295	AAAAC	2	10	58706	58715	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_007295	TAATT	2	10	59587	59596	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007295	TATTT	2	10	71359	71368	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007295	TTGTT	2	10	75938	75947	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007295	ACTTG	2	10	80782	80791	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007295	AATTA	2	10	89796	89805	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007295	TTTAT	2	10	93041	93050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007295	TTTAA	2	10	94559	94568	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007295	TTTTA	2	10	96224	96233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007295	TAAAA	2	10	96269	96278	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007295	TATAA	2	10	99966	99975	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007295	TTTAA	2	10	103784	103793	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007295	AATTT	2	10	104369	104378	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007295	ATAAA	2	10	117383	117392	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007295	AGGTA	2	10	119949	119958	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007295	TAAAA	2	10	120987	120996	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007295	TTTAA	2	10	131631	131640	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007295	GATTT	2	10	132466	132475	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007295	ATTTA	2	10	132878	132887	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007295	TAAAT	2	10	143431	143440	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007295	AAATA	2	10	147029	147038	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007295	TAATT	2	10	156269	156278	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007295	AATTT	2	10	158300	158309	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007295	AATTT	2	10	159648	159657	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007295	ATATT	2	10	159761	159770	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007295	GTGTT	2	10	166282	166291	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007295	TTGTT	2	10	177170	177179	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007295	AAATT	2	10	182000	182009	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007295	TTAAT	2	10	187403	187412	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007295	TTTAT	2	10	187776	187785	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007295	ATAAA	2	10	187797	187806	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007295	TTTGT	2	10	193308	193317	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007295	ATGAA	2	10	194194	194203	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007295	TTTTA	2	10	194245	194254	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007295	TAAAA	2	10	197696	197705	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007295	AAATT	2	10	201918	201927	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007295	TTTTC	2	10	210934	210943	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_007295	ATTAT	2	10	214485	214494	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007295	TATTT	2	10	226602	226611	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007295	ATTAA	2	10	250864	250873	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007295	ATAAA	2	10	251117	251126	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007295	CATAT	2	10	257387	257396	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007295	AATCA	2	10	266631	266640	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_007295	CAAGA	2	10	266698	266707	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007295	AGCGG	2	10	271994	272003	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007295	ATTTT	2	10	280857	280866	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007295	ATTTT	2	10	280955	280964	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007295	TAATT	2	10	290840	290849	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007295	ATAAA	2	10	310782	310791	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007295	CAAAG	2	10	311989	311998	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007295	TAAAA	2	10	321884	321893	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007295	TTTAA	2	10	326261	326270	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007295	ATTTA	2	10	332655	332664	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007295	AATTA	2	10	335515	335524	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007295	TTATA	2	10	338474	338483	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007295	TCAAA	2	10	339216	339225	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_007295	TTTTC	2	10	345922	345931	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_007295	TAACT	2	10	348659	348668	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_007295	GCTTT	2	10	350967	350976	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_007295	TATTT	2	10	372426	372435	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007295	AAAAT	2	10	373899	373908	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007295	TACTA	2	10	376963	376972	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_007295	AAATT	2	10	377055	377064	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007295	TTATA	2	10	381596	381605	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007295	TAATT	2	10	384854	384863	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007295	AATTA	2	10	388975	388984	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007295	TAATT	2	10	393683	393692	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007295	AAATT	2	10	394743	394752	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007295	TTTAT	2	10	395554	395563	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007295	TTAAT	2	10	395719	395728	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007295	ATTCC	2	10	398797	398806	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_007295	TATAA	2	10	404561	404570	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007295	TTTTC	2	10	404894	404903	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_007295	TTTGG	2	10	405008	405017	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007295	ATTAT	2	10	410133	410142	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007295	TAAAT	2	10	410145	410154	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007295	TTTAA	2	10	411004	411013	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007295	TTTCT	2	10	412823	412832	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_007295	TAATT	2	10	412901	412910	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007295	TTAAT	2	10	413668	413677	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007295	ATTTT	2	10	415828	415837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007295	AGAAA	2	10	416553	416562	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007295	TTAAA	2	10	428039	428048	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007295	TAAAA	2	10	429666	429675	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007295	AAATT	2	10	429737	429746	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007295	ATTTT	2	10	431401	431410	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007295	AATTT	2	10	431550	431559	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007295	TAGTT	2	10	438054	438063	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007295	ATGAA	2	10	457943	457952	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007295	AATTT	2	10	461040	461049	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007295	TTAAA	2	10	471269	471278	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007295	TTAAT	2	10	471317	471326	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007295	ATTAT	2	10	471374	471383	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007295	GGATT	2	10	472310	472319	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007295	TTTTG	2	10	487035	487044	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007295	TTAAT	2	10	487282	487291	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007295	TAAAA	2	10	487310	487319	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007295	AAAAT	2	10	488835	488844	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007295	TCAAA	2	10	489451	489460	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007295	TATTT	4	20	491716	491735	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007295	TTATT	2	10	500946	500955	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007295	AAACA	2	10	508810	508819	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_007295	TATAA	2	10	516360	516369	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007295	ATTAA	2	10	516419	516428	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007295	TTTAA	2	10	516467	516476	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007295	TTAAA	2	10	539273	539282	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007295	TAAAT	2	10	564207	564216	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007295	TTAAT	2	10	564267	564276	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007295	ATGGT	2	10	565216	565225	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007295	ATTAT	2	10	566549	566558	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007295	ATTAC	2	10	575716	575725	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_007295	AATAA	2	10	580351	580360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007295	TAAAT	2	10	580376	580385	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007295	TAATT	2	10	582007	582016	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007295	TATAA	2	10	584472	584481	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007295	TTAAT	2	10	613800	613809	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007295	TATAA	2	10	617032	617041	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007295	TATAA	2	10	618397	618406	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007295	TAAAA	2	10	624288	624297	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007295	TATAA	2	10	630045	630054	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007295	TTAAA	2	10	638756	638765	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007295	CAAAA	2	10	647329	647338	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_007295	TATAA	2	10	651241	651250	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007295	TAAAT	2	10	651253	651262	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007295	TTATT	2	10	658000	658009	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007295	ATTTA	2	10	662528	662537	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007295	TTTTA	2	10	665512	665521	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007295	AAAAT	2	10	667145	667154	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007295	TAAAA	2	10	669867	669876	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007295	ATTAT	4	20	677299	677318	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007295	ATTTT	2	10	677540	677549	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007295	TATTT	2	10	680202	680211	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007295	TATAA	2	10	682676	682685	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007295	ATTTT	2	10	694650	694659	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007295	ATAAA	2	10	704210	704219	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007295	ATTAT	2	10	704448	704457	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007295	TCTAA	2	10	709586	709595	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_007295	TCTAA	2	10	711577	711586	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_007295	TAAAA	2	10	716038	716047	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007295	TTAAA	2	10	720094	720103	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007295	TTGAT	2	10	722630	722639	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_007295	CAACC	2	10	724039	724048	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.