MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 chromosome

Total Repeats: 713

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007181	ACCGGA	2	12	287	298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	70605854
2	NC_007181	CTTCCT	2	12	2708	2719	0 %	50 %	0 %	50 %	70605857
3	NC_007181	CTCTTG	2	12	2831	2842	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	70605857
4	NC_007181	ACTTCA	2	12	3374	3385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	70605858
5	NC_007181	GGCTAA	2	12	6987	6998	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	70605863
6	NC_007181	TTTTAA	2	12	8080	8091	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	70605864
7	NC_007181	AGGCAA	2	12	8953	8964	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	70605865
8	NC_007181	AACTCA	2	12	13223	13234	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	70605872
9	NC_007181	AGCTGC	2	12	13536	13547	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	70605874
10	NC_007181	CTAAAG	2	12	18645	18656	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	70605879
11	NC_007181	CGTCCT	2	12	23747	23758	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	70605888
12	NC_007181	TTTCAA	2	12	27357	27368	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	70605893
13	NC_007181	TAATAG	2	12	29723	29734	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	70605897
14	NC_007181	TTTCTT	2	12	31520	31531	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	70605899
15	NC_007181	TTTTCC	2	12	31627	31638	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	70605899
16	NC_007181	TTGTTC	2	12	36726	36737	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	70605904
17	NC_007181	CTCTTT	2	12	36798	36809	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	70605904
18	NC_007181	CTCTTT	2	12	37764	37775	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	70605904
19	NC_007181	TCCAAA	2	12	44521	44532	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	70605911
20	NC_007181	TGTGTT	2	12	51129	51140	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	70605918
21	NC_007181	GGAAAG	2	12	52490	52501	50 %	0 %	50 %	0 %	70605919
22	NC_007181	ACAAGA	2	12	53650	53661	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	70605921
23	NC_007181	TAATTC	2	12	56410	56421	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	70605924
24	NC_007181	GAGAGG	2	12	62861	62872	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	70605930
25	NC_007181	AGAACT	2	12	62930	62941	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	70605930
26	NC_007181	CCTGGA	2	12	63845	63856	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	70605932
27	NC_007181	GCAATT	2	12	68840	68851	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	70605941
28	NC_007181	TAATGA	2	12	70074	70085	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	70605942
29	NC_007181	TGGTTA	2	12	74624	74635	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	70605945
30	NC_007181	CTTTAC	2	12	78314	78325	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	70605952
31	NC_007181	CTTCTC	2	12	82000	82011	0 %	50 %	0 %	50 %	70605957
32	NC_007181	TGTAAA	2	12	84371	84382	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	70605961
33	NC_007181	TAATTA	2	12	85454	85465	50 %	50 %	0 %	0 %	70605962
34	NC_007181	GAAAAA	2	12	88502	88513	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	70605966
35	NC_007181	TCTTTA	2	12	90594	90605	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	70605967
36	NC_007181	AATTCA	2	12	91736	91747	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	70605969
37	NC_007181	TCTCCT	2	12	96147	96158	0 %	50 %	0 %	50 %	70605972
38	NC_007181	AAGGGG	2	12	98095	98106	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	70605973
39	NC_007181	CTTTCT	2	12	100947	100958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	70605975
40	NC_007181	AGGGAA	2	12	101189	101200	50 %	0 %	50 %	0 %	70605975
41	NC_007181	ATAAAA	2	12	105221	105232	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	70605980
42	NC_007181	GCTTCC	2	12	115522	115533	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	70605989
43	NC_007181	ATTTTA	2	12	116183	116194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	70605991
44	NC_007181	CTTTTC	2	12	116829	116840	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	70605991
45	NC_007181	GCGGAA	2	12	121304	121315	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	70605995
46	NC_007181	TACTGC	2	12	123215	123226	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	70605996
47	NC_007181	GTTTAC	2	12	125008	125019	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	70605998
48	NC_007181	TGATAT	2	12	125820	125831	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	70605999
49	NC_007181	ATGGCA	2	12	126601	126612	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	70605999
50	NC_007181	TAATGA	2	12	132254	132265	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	70606007
51	NC_007181	TCATAA	2	12	141693	141704	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	70606018
52	NC_007181	AACGAA	2	12	143603	143614	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	70606020
53	NC_007181	TTAGTG	2	12	151578	151589	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	70606028
54	NC_007181	AGGAAA	2	12	156372	156383	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	70606034
55	NC_007181	ACAAGA	2	12	158381	158392	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	70606037
56	NC_007181	TTTAGT	2	12	164802	164813	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	70606044
57	NC_007181	TATTTT	2	12	166147	166158	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	70606046
58	NC_007181	TTTGGG	2	12	168025	168036	0 %	50 %	50 %	0 %	70606048
59	NC_007181	AGGCTA	2	12	170194	170205	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	70606050
60	NC_007181	GATTAT	2	12	175414	175425	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	70606055
61	NC_007181	CGTGAC	2	12	177132	177143	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	70606056
62	NC_007181	TCGCTT	2	12	179098	179109	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	70606059
63	NC_007181	TCTTAA	2	12	186521	186532	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	70606067
64	NC_007181	CAGGTT	2	12	187909	187920	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	70606068
65	NC_007181	GAGTTC	2	12	189197	189208	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	70606069
66	NC_007181	AATGAG	2	12	206834	206845	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	70606086
67	NC_007181	TCAGTT	2	12	207568	207579	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	70606087
68	NC_007181	ACCTGT	2	12	208668	208679	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	70606088
69	NC_007181	TTTACC	2	12	225902	225913	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	70606106
70	NC_007181	TCTTAT	2	12	227872	227883	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	70606109
71	NC_007181	CAAATC	2	12	232458	232469	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	70606114
72	NC_007181	AATAAA	2	12	238943	238954	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	70606120
73	NC_007181	CTAAAG	2	12	239835	239846	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	70606121
74	NC_007181	CCATTA	2	12	241502	241513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	70606124
75	NC_007181	CTTTTC	2	12	244274	244285	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	70606128
76	NC_007181	TCTTTT	2	12	247077	247088	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	70606131
77	NC_007181	CTTTAG	2	12	248845	248856	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	70606133
78	NC_007181	CTAAAA	2	12	256968	256979	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	70606140
79	NC_007181	TTATTG	2	12	265699	265710	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	70606150
80	NC_007181	TGTAGG	2	12	269260	269271	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	70606154
81	NC_007181	GTTATA	2	12	269630	269641	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	70606155
82	NC_007181	TTCCCT	2	12	270727	270738	0 %	50 %	0 %	50 %	70606155
83	NC_007181	TATGAA	2	12	284312	284323	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	70606170
84	NC_007181	GTATTC	2	12	285168	285179	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	70606171
85	NC_007181	AGAAAA	2	12	288329	288340	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	70606176
86	NC_007181	TTAAAT	2	12	292319	292330	50 %	50 %	0 %	0 %	70606182
87	NC_007181	CTCTTT	2	12	295691	295702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	70606186
88	NC_007181	TTAGAG	2	12	298689	298700	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	70606191
89	NC_007181	CCAAAT	2	12	301075	301086	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	70606195
90	NC_007181	CTGTTA	2	12	303389	303400	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	70606199
91	NC_007181	TACCCA	2	12	304192	304203	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	70606199
92	NC_007181	TGCCTT	2	12	311210	311221	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	70606206
93	NC_007181	AGGTAG	2	12	318960	318971	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	70606211
94	NC_007181	CCTTTT	2	12	322324	322335	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	70606212
95	NC_007181	ATGAAT	2	12	326768	326779	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	70606217
96	NC_007181	GATCAA	2	12	327927	327938	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	70606219
97	NC_007181	TTCTAT	2	12	329714	329725	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	70606221
98	NC_007181	AAAAGG	2	12	330504	330515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	70606222
99	NC_007181	GACTTA	2	12	331990	332001	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	70606223
100	NC_007181	ATCCGT	2	12	333036	333047	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	70606225
101	NC_007181	TAAACC	2	12	334266	334277	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	70606227
102	NC_007181	CATTAA	2	12	335520	335531	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	70606229
103	NC_007181	TAATTT	2	12	340154	340165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	70606236
104	NC_007181	AAAGTC	2	12	340323	340334	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	70606236
105	NC_007181	TTAAAA	2	12	342853	342864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	70606238
106	NC_007181	AAAGCC	2	12	343404	343415	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	70606239
107	NC_007181	GTAGAT	2	12	354467	354478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	70606251
108	NC_007181	TGGATG	2	12	355675	355686	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	70606253
109	NC_007181	CCTCCA	2	12	356054	356065	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	70606253
110	NC_007181	AAATGC	2	12	356263	356274	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	70606253
111	NC_007181	AGGTAA	2	12	356863	356874	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	70606254
112	NC_007181	TAGGTT	2	12	360285	360296	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	70606257
113	NC_007181	GTCAAA	2	12	362183	362194	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	70606259
114	NC_007181	CAGTGA	2	12	362263	362274	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	70606259
115	NC_007181	GAAGGA	2	12	366808	366819	50 %	0 %	50 %	0 %	70606264
116	NC_007181	GTAATA	2	12	367702	367713	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	70606264
117	NC_007181	ATCCAT	2	12	368446	368457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	70606265
118	NC_007181	AATATA	2	12	371497	371508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	70606268
119	NC_007181	AGAGGA	2	12	373046	373057	50 %	0 %	50 %	0 %	70606270
120	NC_007181	TTTTCC	2	12	374469	374480	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	70606270
121	NC_007181	CCATAG	2	12	377010	377021	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	70606275
122	NC_007181	AGAGGC	2	12	378669	378680	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	70606278
123	NC_007181	CCTAAA	2	12	394489	394500	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	70606300
124	NC_007181	TACCGC	2	12	398041	398052	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	70606302
125	NC_007181	CACAAC	2	12	399315	399326	50 %	0 %	0 %	50 %	70606303
126	NC_007181	AAGAGG	2	12	406661	406672	50 %	0 %	50 %	0 %	70606316
127	NC_007181	AACTAC	2	12	406811	406822	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	70606316
128	NC_007181	CCTTTC	2	12	407529	407540	0 %	50 %	0 %	50 %	70606318
129	NC_007181	TTTCAG	2	12	409950	409961	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	70606321
130	NC_007181	ATGACT	2	12	412746	412757	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	70606324
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151	NC_007181	TCTACC	2	12	470263	470274	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	70606401
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159	NC_007181	TTACTA	2	12	486652	486663	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	70606422
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231	NC_007181	CAGATT	2	12	656069	656080	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	70606607
232	NC_007181	TGTATG	2	12	657235	657246	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	70606608
233	NC_007181	ATTCCA	2	12	657496	657507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	70606609
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235	NC_007181	AATTGC	2	12	658911	658922	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	70606611
236	NC_007181	AAAGTG	2	12	661066	661077	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	70606616
237	NC_007181	TTTAGT	2	12	661426	661437	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	70606616
238	NC_007181	GGAGTA	2	12	664853	664864	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	70606618
239	NC_007181	TACCAG	2	12	671586	671597	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	70606628
240	NC_007181	ATAACT	2	12	672131	672142	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	70606628
241	NC_007181	TACCTG	2	12	672411	672422	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	70606628
242	NC_007181	AAGTTC	2	12	674410	674421	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	70606629
243	NC_007181	GAGTTA	2	12	676228	676239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	70606629
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341	NC_007181	TCTACA	2	12	1006538	1006549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	70606957
342	NC_007181	TCAACC	2	12	1009026	1009037	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	70606959
343	NC_007181	GCTGGA	2	12	1009926	1009937	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	70606960
344	NC_007181	AGGAGA	2	12	1010435	1010446	50 %	0 %	50 %	0 %	70606961
345	NC_007181	TGGGAA	2	12	1011857	1011868	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	70606963
346	NC_007181	CAGCCA	2	12	1013086	1013097	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	70606963
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348	NC_007181	AGGCTA	2	12	1018461	1018472	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	70606968
349	NC_007181	TAGCCT	2	12	1027369	1027380	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	70606977
350	NC_007181	CACAAG	2	12	1029186	1029197	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	70606979
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352	NC_007181	CTCAAC	2	12	1029303	1029314	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	70606979
353	NC_007181	CAAATG	2	12	1030668	1030679	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	70606980
354	NC_007181	TCTAAG	2	12	1031213	1031224	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	70606982
355	NC_007181	ACCTTA	2	12	1032444	1032455	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	70606983
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357	NC_007181	GAAATT	2	12	1035821	1035832	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	70606984
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457	NC_007181	TTCCAG	2	12	1343072	1343083	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	70607308
458	NC_007181	TTAGAG	2	12	1349367	1349378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	70607315
459	NC_007181	GTCAAG	2	12	1350081	1350092	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	70607315
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461	NC_007181	TGGTGT	2	12	1362706	1362717	0 %	50 %	50 %	0 %	70607334
462	NC_007181	TTACTC	2	12	1365531	1365542	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	70607338
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464	NC_007181	CTTCTC	2	12	1366820	1366831	0 %	50 %	0 %	50 %	70607340
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