MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia felis URRWXCal2 plasmid pRFdelta

Total Repeats: 81

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007111	CTTT	2	8	982	989	0 %	75 %	0 %	25 %	67459863
2	NC_007111	TTAT	2	8	1506	1513	25 %	75 %	0 %	0 %	67459864
3	NC_007111	AGAT	2	8	2057	2064	50 %	25 %	25 %	0 %	67459865
4	NC_007111	AGAA	2	8	2184	2191	75 %	0 %	25 %	0 %	67459865
5	NC_007111	AAAT	2	8	2631	2638	75 %	25 %	0 %	0 %	67459866
6	NC_007111	TCAG	2	8	3912	3919	25 %	25 %	25 %	25 %	67459867
7	NC_007111	ACAA	2	8	5212	5219	75 %	0 %	0 %	25 %	67459867
8	NC_007111	AGCG	2	8	5266	5273	25 %	0 %	50 %	25 %	67459867
9	NC_007111	ATTA	2	8	5725	5732	50 %	50 %	0 %	0 %	67459867
10	NC_007111	ACAA	2	8	5854	5861	75 %	0 %	0 %	25 %	67459868
11	NC_007111	AGTA	2	8	6260	6267	50 %	25 %	25 %	0 %	67459868
12	NC_007111	ATTC	2	8	6348	6355	25 %	50 %	0 %	25 %	67459868
13	NC_007111	TTTG	2	8	7170	7177	0 %	75 %	25 %	0 %	67459869
14	NC_007111	ATTT	2	8	8579	8586	25 %	75 %	0 %	0 %	67459872
15	NC_007111	ATTA	2	8	8781	8788	50 %	50 %	0 %	0 %	67459872
16	NC_007111	TTAC	2	8	9844	9851	25 %	50 %	0 %	25 %	67459873
17	NC_007111	TTAT	2	8	9907	9914	25 %	75 %	0 %	0 %	67459873
18	NC_007111	TGCT	2	8	10628	10635	0 %	50 %	25 %	25 %	67459873
19	NC_007111	TGTT	2	8	11106	11113	0 %	75 %	25 %	0 %	67459873
20	NC_007111	GCAT	2	8	11422	11429	25 %	25 %	25 %	25 %	67459874
21	NC_007111	ATCT	2	8	11997	12004	25 %	50 %	0 %	25 %	67459874
22	NC_007111	TTTG	2	8	12277	12284	0 %	75 %	25 %	0 %	67459875
23	NC_007111	AAGT	2	8	13362	13369	50 %	25 %	25 %	0 %	67459877
24	NC_007111	AGCA	2	8	13959	13966	50 %	0 %	25 %	25 %	67459877
25	NC_007111	GCAT	2	8	14431	14438	25 %	25 %	25 %	25 %	67459877
26	NC_007111	AGAT	2	8	14697	14704	50 %	25 %	25 %	0 %	67459877
27	NC_007111	CAGG	2	8	15013	15020	25 %	0 %	50 %	25 %	67459877
28	NC_007111	AGAT	2	8	15159	15166	50 %	25 %	25 %	0 %	67459877
29	NC_007111	ACGA	2	8	15221	15228	50 %	0 %	25 %	25 %	67459877
30	NC_007111	GGCG	2	8	15311	15318	0 %	0 %	75 %	25 %	67459877
31	NC_007111	GCAT	2	8	16355	16362	25 %	25 %	25 %	25 %	67459878
32	NC_007111	AGCA	2	8	16382	16389	50 %	0 %	25 %	25 %	67459878
33	NC_007111	AAAG	2	8	16418	16425	75 %	0 %	25 %	0 %	67459878
34	NC_007111	AAGA	2	8	16571	16578	75 %	0 %	25 %	0 %	67459878
35	NC_007111	AGTT	2	8	16587	16594	25 %	50 %	25 %	0 %	67459878
36	NC_007111	GAAA	2	8	17359	17366	75 %	0 %	25 %	0 %	67459879
37	NC_007111	ACTT	2	8	17778	17785	25 %	50 %	0 %	25 %	67459879
38	NC_007111	ATTG	2	8	18252	18259	25 %	50 %	25 %	0 %	67459880
39	NC_007111	TTTA	2	8	18441	18448	25 %	75 %	0 %	0 %	67459880
40	NC_007111	TAAT	2	8	18749	18756	50 %	50 %	0 %	0 %	67459880
41	NC_007111	GCAG	2	8	19316	19323	25 %	0 %	50 %	25 %	67459881
42	NC_007111	TTAT	2	8	19592	19599	25 %	75 %	0 %	0 %	67459881
43	NC_007111	TACT	2	8	19689	19696	25 %	50 %	0 %	25 %	67459882
44	NC_007111	AGCT	2	8	19749	19756	25 %	25 %	25 %	25 %	67459882
45	NC_007111	TGAA	2	8	20306	20313	50 %	25 %	25 %	0 %	67459882
46	NC_007111	CTTT	2	8	21069	21076	0 %	75 %	0 %	25 %	67459884
47	NC_007111	CTAT	2	8	21384	21391	25 %	50 %	0 %	25 %	67459884
48	NC_007111	TCAT	2	8	21411	21418	25 %	50 %	0 %	25 %	67459884
49	NC_007111	CTTC	2	8	21588	21595	0 %	50 %	0 %	50 %	67459884
50	NC_007111	GTTT	2	8	21636	21643	0 %	75 %	25 %	0 %	67459884
51	NC_007111	GAGC	2	8	21858	21865	25 %	0 %	50 %	25 %	67459884
52	NC_007111	TTTG	2	8	23124	23131	0 %	75 %	25 %	0 %	67459886
53	NC_007111	AATA	2	8	23366	23373	75 %	25 %	0 %	0 %	67459886
54	NC_007111	TCAG	2	8	23517	23524	25 %	25 %	25 %	25 %	67459886
55	NC_007111	ATTT	2	8	23996	24003	25 %	75 %	0 %	0 %	67459888
56	NC_007111	ATAA	2	8	24058	24065	75 %	25 %	0 %	0 %	67459888
57	NC_007111	TCAT	2	8	24499	24506	25 %	50 %	0 %	25 %	67459888
58	NC_007111	CTAT	2	8	25113	25120	25 %	50 %	0 %	25 %	67459889
59	NC_007111	ATTT	2	8	25324	25331	25 %	75 %	0 %	0 %	67459889
60	NC_007111	TTTC	2	8	25442	25449	0 %	75 %	0 %	25 %	67459890
61	NC_007111	ATAA	2	8	25627	25634	75 %	25 %	0 %	0 %	67459890
62	NC_007111	ACAT	2	8	25952	25959	50 %	25 %	0 %	25 %	67459890
63	NC_007111	TAAG	2	8	26004	26011	50 %	25 %	25 %	0 %	67459890
64	NC_007111	TAAG	2	8	26436	26443	50 %	25 %	25 %	0 %	67459891
65	NC_007111	CAAT	2	8	26481	26488	50 %	25 %	0 %	25 %	67459891
66	NC_007111	TTCT	2	8	26649	26656	0 %	75 %	0 %	25 %	67459892
67	NC_007111	TCTA	2	8	28664	28671	25 %	50 %	0 %	25 %	67459894
68	NC_007111	TGCC	2	8	30485	30492	0 %	25 %	25 %	50 %	67459895
69	NC_007111	TTAT	2	8	30740	30747	25 %	75 %	0 %	0 %	67459895
70	NC_007111	ACCA	2	8	31182	31189	50 %	0 %	0 %	50 %	67459896
71	NC_007111	AATA	2	8	32069	32076	75 %	25 %	0 %	0 %	67459898
72	NC_007111	GTTG	2	8	32212	32219	0 %	50 %	50 %	0 %	67459899
73	NC_007111	TTTA	2	8	32456	32463	25 %	75 %	0 %	0 %	67459899
74	NC_007111	TAGC	2	8	32482	32489	25 %	25 %	25 %	25 %	67459899
75	NC_007111	CTCA	2	8	33191	33198	25 %	25 %	0 %	50 %	67459899
76	NC_007111	AAAC	2	8	35376	35383	75 %	0 %	0 %	25 %	67459902
77	NC_007111	AGCT	2	8	35494	35501	25 %	25 %	25 %	25 %	67459902
78	NC_007111	TTAC	2	8	35901	35908	25 %	50 %	0 %	25 %	67459903
79	NC_007111	TACC	2	8	38715	38722	25 %	25 %	0 %	50 %	67459906
80	NC_007111	GAAA	2	8	38883	38890	75 %	0 %	25 %	0 %	67459906
81	NC_007111	ATCC	2	8	39107	39114	25 %	25 %	0 %	50 %	67459906

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.