MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Rickettsia felis URRWXCal2 plasmid pRF

Total Repeats: 178

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007110	CTAT	2	8	618	625	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_007110	CTTT	2	8	982	989	0 %	75 %	0 %	25 %	67459794
3	NC_007110	TTAT	2	8	1506	1513	25 %	75 %	0 %	0 %	67459795
4	NC_007110	GTAT	2	8	1707	1714	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007110	AGAT	2	8	2057	2064	50 %	25 %	25 %	0 %	67459796
6	NC_007110	AGAA	2	8	2184	2191	75 %	0 %	25 %	0 %	67459796
7	NC_007110	AAAT	2	8	2631	2638	75 %	25 %	0 %	0 %	67459797
8	NC_007110	TAAA	2	8	3015	3022	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007110	AGAT	2	8	3199	3206	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007110	ATAG	2	8	3297	3304	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007110	TAAA	2	8	3336	3343	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007110	TCAG	2	8	3912	3919	25 %	25 %	25 %	25 %	67459798
13	NC_007110	ACAA	2	8	5212	5219	75 %	0 %	0 %	25 %	67459798
14	NC_007110	AGCG	2	8	5266	5273	25 %	0 %	50 %	25 %	67459798
15	NC_007110	ATTA	2	8	5725	5732	50 %	50 %	0 %	0 %	67459798
16	NC_007110	ACAA	2	8	5854	5861	75 %	0 %	0 %	25 %	67459799
17	NC_007110	AGTA	2	8	6260	6267	50 %	25 %	25 %	0 %	67459799
18	NC_007110	ATTC	2	8	6348	6355	25 %	50 %	0 %	25 %	67459799
19	NC_007110	TTTG	2	8	7170	7177	0 %	75 %	25 %	0 %	67459800
20	NC_007110	CTTT	2	8	8321	8328	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_007110	ATTT	2	8	8579	8586	25 %	75 %	0 %	0 %	67459803
22	NC_007110	ATTA	2	8	8781	8788	50 %	50 %	0 %	0 %	67459803
23	NC_007110	AAGT	2	8	9170	9177	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007110	TCTT	2	8	9245	9252	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_007110	TTAC	2	8	9844	9851	25 %	50 %	0 %	25 %	67459804
26	NC_007110	TTAT	2	8	9907	9914	25 %	75 %	0 %	0 %	67459804
27	NC_007110	TGCT	2	8	10628	10635	0 %	50 %	25 %	25 %	67459804
28	NC_007110	TGTT	2	8	11106	11113	0 %	75 %	25 %	0 %	67459804
29	NC_007110	GCAT	2	8	11422	11429	25 %	25 %	25 %	25 %	67459805
30	NC_007110	ATCT	2	8	11997	12004	25 %	50 %	0 %	25 %	67459805
31	NC_007110	TTTG	2	8	12277	12284	0 %	75 %	25 %	0 %	67459806
32	NC_007110	TTTC	2	8	13561	13568	0 %	75 %	0 %	25 %	67459808
33	NC_007110	GAAA	2	8	14002	14009	75 %	0 %	25 %	0 %	67459808
34	NC_007110	CTCC	2	8	14570	14577	0 %	25 %	0 %	75 %	67459809
35	NC_007110	TTAA	2	8	15654	15661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007110	ACTG	2	8	15662	15669	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_007110	TATC	2	8	15803	15810	25 %	50 %	0 %	25 %	67459811
38	NC_007110	TTGC	2	8	15899	15906	0 %	50 %	25 %	25 %	67459811
39	NC_007110	TTAC	2	8	16111	16118	25 %	50 %	0 %	25 %	67459811
40	NC_007110	ATGT	2	8	16331	16338	25 %	50 %	25 %	0 %	67459811
41	NC_007110	TGAT	2	8	16472	16479	25 %	50 %	25 %	0 %	67459811
42	NC_007110	TTGC	2	8	16548	16555	0 %	50 %	25 %	25 %	67459811
43	NC_007110	ACTA	2	8	16728	16735	50 %	25 %	0 %	25 %	67459811
44	NC_007110	ATTT	2	8	16935	16942	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007110	TAAT	2	8	17273	17280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007110	ATCT	2	8	17312	17319	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_007110	GTTG	2	8	17570	17577	0 %	50 %	50 %	0 %	67459812
48	NC_007110	TCGC	2	8	17825	17832	0 %	25 %	25 %	50 %	67459812
49	NC_007110	AAGC	2	8	17836	17843	50 %	0 %	25 %	25 %	67459812
50	NC_007110	ATGA	2	8	18830	18837	50 %	25 %	25 %	0 %	67459813
51	NC_007110	TGAT	2	8	19013	19020	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007110	TTCT	2	8	19373	19380	0 %	75 %	0 %	25 %	67459814
53	NC_007110	ATTA	2	8	19544	19551	50 %	50 %	0 %	0 %	67459814
54	NC_007110	TAAT	2	8	20054	20061	50 %	50 %	0 %	0 %	67459816
55	NC_007110	ATAA	2	8	20987	20994	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007110	ATCA	2	8	21073	21080	50 %	25 %	0 %	25 %	67459817
57	NC_007110	AATC	2	8	21448	21455	50 %	25 %	0 %	25 %	67459817
58	NC_007110	AAGA	2	8	21488	21495	75 %	0 %	25 %	0 %	67459817
59	NC_007110	AGCA	2	8	21618	21625	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_007110	AGCA	2	8	22001	22008	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_007110	AAGT	2	8	22469	22476	50 %	25 %	25 %	0 %	67459818
62	NC_007110	ACAA	2	8	22859	22866	75 %	0 %	0 %	25 %	67459818
63	NC_007110	AGGT	2	8	23731	23738	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007110	ACTT	2	8	24093	24100	25 %	50 %	0 %	25 %	67459819
65	NC_007110	CAAG	2	8	24581	24588	50 %	0 %	25 %	25 %	67459819
66	NC_007110	GTAG	2	8	25079	25086	25 %	25 %	50 %	0 %	67459819
67	NC_007110	AAGA	2	8	25131	25138	75 %	0 %	25 %	0 %	67459819
68	NC_007110	CAAA	2	8	25591	25598	75 %	0 %	0 %	25 %	67459819
69	NC_007110	TTAA	2	8	25667	25674	50 %	50 %	0 %	0 %	67459819
70	NC_007110	ACAT	2	8	25833	25840	50 %	25 %	0 %	25 %	67459819
71	NC_007110	AAGC	2	8	26099	26106	50 %	0 %	25 %	25 %	67459819
72	NC_007110	TACA	2	8	26115	26122	50 %	25 %	0 %	25 %	67459819
73	NC_007110	ATCA	2	8	26468	26475	50 %	25 %	0 %	25 %	67459820
74	NC_007110	AGCA	2	8	26733	26740	50 %	0 %	25 %	25 %	67459820
75	NC_007110	CGAA	2	8	27391	27398	50 %	0 %	25 %	25 %	67459820
76	NC_007110	AAAG	2	8	27587	27594	75 %	0 %	25 %	0 %	67459820
77	NC_007110	AGAT	2	8	27721	27728	50 %	25 %	25 %	0 %	67459820
78	NC_007110	TCAA	2	8	27850	27857	50 %	25 %	0 %	25 %	67459820
79	NC_007110	ATAC	2	8	28235	28242	50 %	25 %	0 %	25 %	67459821
80	NC_007110	GAAA	2	8	28263	28270	75 %	0 %	25 %	0 %	67459821
81	NC_007110	ATTT	2	8	28391	28398	25 %	75 %	0 %	0 %	67459821
82	NC_007110	TAAT	2	8	28451	28458	50 %	50 %	0 %	0 %	67459821
83	NC_007110	TTTA	2	8	28899	28906	25 %	75 %	0 %	0 %	67459822
84	NC_007110	CAAG	2	8	29575	29582	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_007110	AGTA	2	8	29668	29675	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007110	ATTA	2	8	29724	29731	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007110	AACC	2	8	29758	29765	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_007110	TAAT	2	8	29954	29961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007110	TAAT	2	8	30026	30033	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007110	TAAG	2	8	30125	30132	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007110	TACT	2	8	31713	31720	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_007110	AGAC	2	8	32481	32488	50 %	0 %	25 %	25 %	67459825
93	NC_007110	CAAT	2	8	32874	32881	50 %	25 %	0 %	25 %	67459826
94	NC_007110	AATT	2	8	33146	33153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007110	TTAT	2	8	33179	33186	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007110	CAAT	2	8	33638	33645	50 %	25 %	0 %	25 %	67459827
97	NC_007110	AAAT	2	8	34303	34310	75 %	25 %	0 %	0 %	67459827
98	NC_007110	TATC	2	8	34385	34392	25 %	50 %	0 %	25 %	67459828
99	NC_007110	TTTA	2	8	34445	34452	25 %	75 %	0 %	0 %	67459828
100	NC_007110	TCGC	2	8	35052	35059	0 %	25 %	25 %	50 %	67459828
101	NC_007110	TAAT	2	8	35165	35172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007110	AATA	2	8	35321	35328	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007110	AAAC	2	8	35445	35452	75 %	0 %	0 %	25 %	67459829
104	NC_007110	GTAA	2	8	36534	36541	50 %	25 %	25 %	0 %	67459830
105	NC_007110	AAGT	2	8	36928	36935	50 %	25 %	25 %	0 %	67459832
106	NC_007110	AGCA	2	8	37525	37532	50 %	0 %	25 %	25 %	67459832
107	NC_007110	GCAT	2	8	37997	38004	25 %	25 %	25 %	25 %	67459832
108	NC_007110	AGAT	2	8	38263	38270	50 %	25 %	25 %	0 %	67459832
109	NC_007110	CAGG	2	8	38579	38586	25 %	0 %	50 %	25 %	67459832
110	NC_007110	AGAT	2	8	38725	38732	50 %	25 %	25 %	0 %	67459832
111	NC_007110	ACGA	2	8	38787	38794	50 %	0 %	25 %	25 %	67459832
112	NC_007110	GGCG	2	8	38877	38884	0 %	0 %	75 %	25 %	67459832
113	NC_007110	GCAT	2	8	39921	39928	25 %	25 %	25 %	25 %	67459833
114	NC_007110	AGCA	2	8	39948	39955	50 %	0 %	25 %	25 %	67459833
115	NC_007110	AAAG	2	8	39984	39991	75 %	0 %	25 %	0 %	67459833
116	NC_007110	AAGA	2	8	40137	40144	75 %	0 %	25 %	0 %	67459833
117	NC_007110	AGTT	2	8	40153	40160	25 %	50 %	25 %	0 %	67459833
118	NC_007110	GAAA	2	8	40925	40932	75 %	0 %	25 %	0 %	67459834
119	NC_007110	ACTT	2	8	41344	41351	25 %	50 %	0 %	25 %	67459834
120	NC_007110	ATTG	2	8	41818	41825	25 %	50 %	25 %	0 %	67459835
121	NC_007110	TTTA	2	8	42007	42014	25 %	75 %	0 %	0 %	67459835
122	NC_007110	TAAT	2	8	42315	42322	50 %	50 %	0 %	0 %	67459835
123	NC_007110	ATAC	2	8	42410	42417	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_007110	GCAG	2	8	42882	42889	25 %	0 %	50 %	25 %	67459836
125	NC_007110	TTAT	2	8	43158	43165	25 %	75 %	0 %	0 %	67459836
126	NC_007110	TACT	2	8	43255	43262	25 %	50 %	0 %	25 %	67459837
127	NC_007110	AGCT	2	8	43315	43322	25 %	25 %	25 %	25 %	67459837
128	NC_007110	TGAA	2	8	43872	43879	50 %	25 %	25 %	0 %	67459837
129	NC_007110	CTTT	2	8	44635	44642	0 %	75 %	0 %	25 %	67459839
130	NC_007110	CTAT	2	8	44950	44957	25 %	50 %	0 %	25 %	67459839
131	NC_007110	TCAT	2	8	44977	44984	25 %	50 %	0 %	25 %	67459839
132	NC_007110	CTTC	2	8	45154	45161	0 %	50 %	0 %	50 %	67459839
133	NC_007110	GTTT	2	8	45202	45209	0 %	75 %	25 %	0 %	67459839
134	NC_007110	GAGC	2	8	45424	45431	25 %	0 %	50 %	25 %	67459839
135	NC_007110	TTTG	2	8	46690	46697	0 %	75 %	25 %	0 %	67459841
136	NC_007110	AATA	2	8	46932	46939	75 %	25 %	0 %	0 %	67459841
137	NC_007110	TCAG	2	8	47083	47090	25 %	25 %	25 %	25 %	67459841
138	NC_007110	ATTT	2	8	47562	47569	25 %	75 %	0 %	0 %	67459843
139	NC_007110	ATAA	2	8	47624	47631	75 %	25 %	0 %	0 %	67459843
140	NC_007110	TCAT	2	8	48065	48072	25 %	50 %	0 %	25 %	67459843
141	NC_007110	CTAT	2	8	48679	48686	25 %	50 %	0 %	25 %	67459844
142	NC_007110	ATTT	2	8	48890	48897	25 %	75 %	0 %	0 %	67459844
143	NC_007110	TAAA	2	8	48977	48984	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007110	TTTC	2	8	49008	49015	0 %	75 %	0 %	25 %	67459845
145	NC_007110	ATAA	2	8	49193	49200	75 %	25 %	0 %	0 %	67459845
146	NC_007110	ACAT	2	8	49518	49525	50 %	25 %	0 %	25 %	67459845
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148	NC_007110	TAAG	2	8	50002	50009	50 %	25 %	25 %	0 %	67459846
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164	NC_007110	GATA	2	8	58077	58084	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_007110	ATAC	2	8	61464	61471	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
173	NC_007110	TAAA	2	8	61514	61521	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_007110	TTTA	2	8	61668	61675	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_007110	CTTT	2	8	61713	61720	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
176	NC_007110	TACC	2	8	62281	62288	25 %	25 %	0 %	50 %	67459861
177	NC_007110	GAAA	2	8	62449	62456	75 %	0 %	25 %	0 %	67459861
178	NC_007110	ATCC	2	8	62673	62680	25 %	25 %	0 %	50 %	67459861

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.