MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia felis URRWXCal2 plasmid pRF

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007110	CTTT	2	8	982	989	0 %	75 %	0 %	25 %	67459794
2	NC_007110	TTAT	2	8	1506	1513	25 %	75 %	0 %	0 %	67459795
3	NC_007110	AGAT	2	8	2057	2064	50 %	25 %	25 %	0 %	67459796
4	NC_007110	AGAA	2	8	2184	2191	75 %	0 %	25 %	0 %	67459796
5	NC_007110	AAAT	2	8	2631	2638	75 %	25 %	0 %	0 %	67459797
6	NC_007110	TCAG	2	8	3912	3919	25 %	25 %	25 %	25 %	67459798
7	NC_007110	ACAA	2	8	5212	5219	75 %	0 %	0 %	25 %	67459798
8	NC_007110	AGCG	2	8	5266	5273	25 %	0 %	50 %	25 %	67459798
9	NC_007110	ATTA	2	8	5725	5732	50 %	50 %	0 %	0 %	67459798
10	NC_007110	ACAA	2	8	5854	5861	75 %	0 %	0 %	25 %	67459799
11	NC_007110	AGTA	2	8	6260	6267	50 %	25 %	25 %	0 %	67459799
12	NC_007110	ATTC	2	8	6348	6355	25 %	50 %	0 %	25 %	67459799
13	NC_007110	TTTG	2	8	7170	7177	0 %	75 %	25 %	0 %	67459800
14	NC_007110	ATTT	2	8	8579	8586	25 %	75 %	0 %	0 %	67459803
15	NC_007110	ATTA	2	8	8781	8788	50 %	50 %	0 %	0 %	67459803
16	NC_007110	TTAC	2	8	9844	9851	25 %	50 %	0 %	25 %	67459804
17	NC_007110	TTAT	2	8	9907	9914	25 %	75 %	0 %	0 %	67459804
18	NC_007110	TGCT	2	8	10628	10635	0 %	50 %	25 %	25 %	67459804
19	NC_007110	TGTT	2	8	11106	11113	0 %	75 %	25 %	0 %	67459804
20	NC_007110	GCAT	2	8	11422	11429	25 %	25 %	25 %	25 %	67459805
21	NC_007110	ATCT	2	8	11997	12004	25 %	50 %	0 %	25 %	67459805
22	NC_007110	TTTG	2	8	12277	12284	0 %	75 %	25 %	0 %	67459806
23	NC_007110	TTTC	2	8	13561	13568	0 %	75 %	0 %	25 %	67459808
24	NC_007110	GAAA	2	8	14002	14009	75 %	0 %	25 %	0 %	67459808
25	NC_007110	CTCC	2	8	14570	14577	0 %	25 %	0 %	75 %	67459809
26	NC_007110	TATC	2	8	15803	15810	25 %	50 %	0 %	25 %	67459811
27	NC_007110	TTGC	2	8	15899	15906	0 %	50 %	25 %	25 %	67459811
28	NC_007110	TTAC	2	8	16111	16118	25 %	50 %	0 %	25 %	67459811
29	NC_007110	ATGT	2	8	16331	16338	25 %	50 %	25 %	0 %	67459811
30	NC_007110	TGAT	2	8	16472	16479	25 %	50 %	25 %	0 %	67459811
31	NC_007110	TTGC	2	8	16548	16555	0 %	50 %	25 %	25 %	67459811
32	NC_007110	ACTA	2	8	16728	16735	50 %	25 %	0 %	25 %	67459811
33	NC_007110	GTTG	2	8	17570	17577	0 %	50 %	50 %	0 %	67459812
34	NC_007110	TCGC	2	8	17825	17832	0 %	25 %	25 %	50 %	67459812
35	NC_007110	AAGC	2	8	17836	17843	50 %	0 %	25 %	25 %	67459812
36	NC_007110	ATGA	2	8	18830	18837	50 %	25 %	25 %	0 %	67459813
37	NC_007110	TTCT	2	8	19373	19380	0 %	75 %	0 %	25 %	67459814
38	NC_007110	ATTA	2	8	19544	19551	50 %	50 %	0 %	0 %	67459814
39	NC_007110	TAAT	2	8	20054	20061	50 %	50 %	0 %	0 %	67459816
40	NC_007110	ATCA	2	8	21073	21080	50 %	25 %	0 %	25 %	67459817
41	NC_007110	AATC	2	8	21448	21455	50 %	25 %	0 %	25 %	67459817
42	NC_007110	AAGA	2	8	21488	21495	75 %	0 %	25 %	0 %	67459817
43	NC_007110	AAGT	2	8	22469	22476	50 %	25 %	25 %	0 %	67459818
44	NC_007110	ACAA	2	8	22859	22866	75 %	0 %	0 %	25 %	67459818
45	NC_007110	ACTT	2	8	24093	24100	25 %	50 %	0 %	25 %	67459819
46	NC_007110	CAAG	2	8	24581	24588	50 %	0 %	25 %	25 %	67459819
47	NC_007110	GTAG	2	8	25079	25086	25 %	25 %	50 %	0 %	67459819
48	NC_007110	AAGA	2	8	25131	25138	75 %	0 %	25 %	0 %	67459819
49	NC_007110	CAAA	2	8	25591	25598	75 %	0 %	0 %	25 %	67459819
50	NC_007110	TTAA	2	8	25667	25674	50 %	50 %	0 %	0 %	67459819
51	NC_007110	ACAT	2	8	25833	25840	50 %	25 %	0 %	25 %	67459819
52	NC_007110	AAGC	2	8	26099	26106	50 %	0 %	25 %	25 %	67459819
53	NC_007110	TACA	2	8	26115	26122	50 %	25 %	0 %	25 %	67459819
54	NC_007110	ATCA	2	8	26468	26475	50 %	25 %	0 %	25 %	67459820
55	NC_007110	AGCA	2	8	26733	26740	50 %	0 %	25 %	25 %	67459820
56	NC_007110	CGAA	2	8	27391	27398	50 %	0 %	25 %	25 %	67459820
57	NC_007110	AAAG	2	8	27587	27594	75 %	0 %	25 %	0 %	67459820
58	NC_007110	AGAT	2	8	27721	27728	50 %	25 %	25 %	0 %	67459820
59	NC_007110	TCAA	2	8	27850	27857	50 %	25 %	0 %	25 %	67459820
60	NC_007110	ATAC	2	8	28235	28242	50 %	25 %	0 %	25 %	67459821
61	NC_007110	GAAA	2	8	28263	28270	75 %	0 %	25 %	0 %	67459821
62	NC_007110	ATTT	2	8	28391	28398	25 %	75 %	0 %	0 %	67459821
63	NC_007110	TAAT	2	8	28451	28458	50 %	50 %	0 %	0 %	67459821
64	NC_007110	TTTA	2	8	28899	28906	25 %	75 %	0 %	0 %	67459822
65	NC_007110	AGAC	2	8	32481	32488	50 %	0 %	25 %	25 %	67459825
66	NC_007110	CAAT	2	8	32874	32881	50 %	25 %	0 %	25 %	67459826
67	NC_007110	CAAT	2	8	33638	33645	50 %	25 %	0 %	25 %	67459827
68	NC_007110	AAAT	2	8	34303	34310	75 %	25 %	0 %	0 %	67459827
69	NC_007110	TATC	2	8	34385	34392	25 %	50 %	0 %	25 %	67459828
70	NC_007110	TTTA	2	8	34445	34452	25 %	75 %	0 %	0 %	67459828
71	NC_007110	TCGC	2	8	35052	35059	0 %	25 %	25 %	50 %	67459828
72	NC_007110	AAAC	2	8	35445	35452	75 %	0 %	0 %	25 %	67459829
73	NC_007110	GTAA	2	8	36534	36541	50 %	25 %	25 %	0 %	67459830
74	NC_007110	AAGT	2	8	36928	36935	50 %	25 %	25 %	0 %	67459832
75	NC_007110	AGCA	2	8	37525	37532	50 %	0 %	25 %	25 %	67459832
76	NC_007110	GCAT	2	8	37997	38004	25 %	25 %	25 %	25 %	67459832
77	NC_007110	AGAT	2	8	38263	38270	50 %	25 %	25 %	0 %	67459832
78	NC_007110	CAGG	2	8	38579	38586	25 %	0 %	50 %	25 %	67459832
79	NC_007110	AGAT	2	8	38725	38732	50 %	25 %	25 %	0 %	67459832
80	NC_007110	ACGA	2	8	38787	38794	50 %	0 %	25 %	25 %	67459832
81	NC_007110	GGCG	2	8	38877	38884	0 %	0 %	75 %	25 %	67459832
82	NC_007110	GCAT	2	8	39921	39928	25 %	25 %	25 %	25 %	67459833
83	NC_007110	AGCA	2	8	39948	39955	50 %	0 %	25 %	25 %	67459833
84	NC_007110	AAAG	2	8	39984	39991	75 %	0 %	25 %	0 %	67459833
85	NC_007110	AAGA	2	8	40137	40144	75 %	0 %	25 %	0 %	67459833
86	NC_007110	AGTT	2	8	40153	40160	25 %	50 %	25 %	0 %	67459833
87	NC_007110	GAAA	2	8	40925	40932	75 %	0 %	25 %	0 %	67459834
88	NC_007110	ACTT	2	8	41344	41351	25 %	50 %	0 %	25 %	67459834
89	NC_007110	ATTG	2	8	41818	41825	25 %	50 %	25 %	0 %	67459835
90	NC_007110	TTTA	2	8	42007	42014	25 %	75 %	0 %	0 %	67459835
91	NC_007110	TAAT	2	8	42315	42322	50 %	50 %	0 %	0 %	67459835
92	NC_007110	GCAG	2	8	42882	42889	25 %	0 %	50 %	25 %	67459836
93	NC_007110	TTAT	2	8	43158	43165	25 %	75 %	0 %	0 %	67459836
94	NC_007110	TACT	2	8	43255	43262	25 %	50 %	0 %	25 %	67459837
95	NC_007110	AGCT	2	8	43315	43322	25 %	25 %	25 %	25 %	67459837
96	NC_007110	TGAA	2	8	43872	43879	50 %	25 %	25 %	0 %	67459837
97	NC_007110	CTTT	2	8	44635	44642	0 %	75 %	0 %	25 %	67459839
98	NC_007110	CTAT	2	8	44950	44957	25 %	50 %	0 %	25 %	67459839
99	NC_007110	TCAT	2	8	44977	44984	25 %	50 %	0 %	25 %	67459839
100	NC_007110	CTTC	2	8	45154	45161	0 %	50 %	0 %	50 %	67459839
101	NC_007110	GTTT	2	8	45202	45209	0 %	75 %	25 %	0 %	67459839
102	NC_007110	GAGC	2	8	45424	45431	25 %	0 %	50 %	25 %	67459839
103	NC_007110	TTTG	2	8	46690	46697	0 %	75 %	25 %	0 %	67459841
104	NC_007110	AATA	2	8	46932	46939	75 %	25 %	0 %	0 %	67459841
105	NC_007110	TCAG	2	8	47083	47090	25 %	25 %	25 %	25 %	67459841
106	NC_007110	ATTT	2	8	47562	47569	25 %	75 %	0 %	0 %	67459843
107	NC_007110	ATAA	2	8	47624	47631	75 %	25 %	0 %	0 %	67459843
108	NC_007110	TCAT	2	8	48065	48072	25 %	50 %	0 %	25 %	67459843
109	NC_007110	CTAT	2	8	48679	48686	25 %	50 %	0 %	25 %	67459844
110	NC_007110	ATTT	2	8	48890	48897	25 %	75 %	0 %	0 %	67459844
111	NC_007110	TTTC	2	8	49008	49015	0 %	75 %	0 %	25 %	67459845
112	NC_007110	ATAA	2	8	49193	49200	75 %	25 %	0 %	0 %	67459845
113	NC_007110	ACAT	2	8	49518	49525	50 %	25 %	0 %	25 %	67459845
114	NC_007110	TAAG	2	8	49570	49577	50 %	25 %	25 %	0 %	67459845
115	NC_007110	TAAG	2	8	50002	50009	50 %	25 %	25 %	0 %	67459846
116	NC_007110	CAAT	2	8	50047	50054	50 %	25 %	0 %	25 %	67459846
117	NC_007110	TTCT	2	8	50215	50222	0 %	75 %	0 %	25 %	67459847
118	NC_007110	TCTA	2	8	52230	52237	25 %	50 %	0 %	25 %	67459849
119	NC_007110	TGCC	2	8	54051	54058	0 %	25 %	25 %	50 %	67459850
120	NC_007110	TTAT	2	8	54306	54313	25 %	75 %	0 %	0 %	67459850
121	NC_007110	ACCA	2	8	54748	54755	50 %	0 %	0 %	50 %	67459851
122	NC_007110	AATA	2	8	55635	55642	75 %	25 %	0 %	0 %	67459853
123	NC_007110	GTTG	2	8	55778	55785	0 %	50 %	50 %	0 %	67459854
124	NC_007110	TTTA	2	8	56022	56029	25 %	75 %	0 %	0 %	67459854
125	NC_007110	TAGC	2	8	56048	56055	25 %	25 %	25 %	25 %	67459854
126	NC_007110	CTCA	2	8	56757	56764	25 %	25 %	0 %	50 %	67459854
127	NC_007110	AAAC	2	8	58942	58949	75 %	0 %	0 %	25 %	67459857
128	NC_007110	AGCT	2	8	59060	59067	25 %	25 %	25 %	25 %	67459857
129	NC_007110	TTAC	2	8	59467	59474	25 %	50 %	0 %	25 %	67459858
130	NC_007110	TACC	2	8	62281	62288	25 %	25 %	0 %	50 %	67459861
131	NC_007110	GAAA	2	8	62449	62456	75 %	0 %	25 %	0 %	67459861
132	NC_007110	ATCC	2	8	62673	62680	25 %	25 %	0 %	50 %	67459861

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.