MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Rickettsia felis URRWXCal2 plasmid pRF

Total Repeats: 154

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007110	AT	3	6	295	300	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007110	AT	3	6	316	321	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007110	AT	3	6	430	435	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007110	TA	3	6	780	785	50 %	50 %	0 %	0 %	67459794
5	NC_007110	TA	3	6	1031	1036	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007110	AT	3	6	1111	1116	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007110	TA	3	6	1212	1217	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007110	GT	3	6	1817	1822	0 %	50 %	50 %	0 %	67459796
9	NC_007110	TA	3	6	1934	1939	50 %	50 %	0 %	0 %	67459796
10	NC_007110	TA	3	6	1995	2000	50 %	50 %	0 %	0 %	67459796
11	NC_007110	AT	3	6	2284	2289	50 %	50 %	0 %	0 %	67459796
12	NC_007110	AT	3	6	2448	2453	50 %	50 %	0 %	0 %	67459796
13	NC_007110	AT	3	6	3088	3093	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007110	GA	3	6	3688	3693	50 %	0 %	50 %	0 %	67459798
15	NC_007110	TA	4	8	3759	3766	50 %	50 %	0 %	0 %	67459798
16	NC_007110	TA	3	6	4598	4603	50 %	50 %	0 %	0 %	67459798
17	NC_007110	TA	3	6	4648	4653	50 %	50 %	0 %	0 %	67459798
18	NC_007110	AT	3	6	6152	6157	50 %	50 %	0 %	0 %	67459799
19	NC_007110	AG	3	6	7183	7188	50 %	0 %	50 %	0 %	67459800
20	NC_007110	TA	3	6	7255	7260	50 %	50 %	0 %	0 %	67459800
21	NC_007110	TG	3	6	7297	7302	0 %	50 %	50 %	0 %	67459800
22	NC_007110	TC	3	6	7332	7337	0 %	50 %	0 %	50 %	67459800
23	NC_007110	TA	3	6	7558	7563	50 %	50 %	0 %	0 %	67459801
24	NC_007110	TA	3	6	7715	7720	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007110	TA	3	6	7828	7833	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007110	TA	3	6	8008	8013	50 %	50 %	0 %	0 %	67459802
27	NC_007110	TA	3	6	8046	8051	50 %	50 %	0 %	0 %	67459802
28	NC_007110	AT	3	6	8679	8684	50 %	50 %	0 %	0 %	67459803
29	NC_007110	CT	3	6	8707	8712	0 %	50 %	0 %	50 %	67459803
30	NC_007110	TA	3	6	8952	8957	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007110	CT	3	6	9628	9633	0 %	50 %	0 %	50 %	67459804
32	NC_007110	CT	3	6	9816	9821	0 %	50 %	0 %	50 %	67459804
33	NC_007110	TA	3	6	10080	10085	50 %	50 %	0 %	0 %	67459804
34	NC_007110	GT	4	8	11114	11121	0 %	50 %	50 %	0 %	67459804
35	NC_007110	TC	3	6	11155	11160	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_007110	TA	3	6	11242	11247	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007110	TC	3	6	11649	11654	0 %	50 %	0 %	50 %	67459805
38	NC_007110	TC	3	6	11755	11760	0 %	50 %	0 %	50 %	67459805
39	NC_007110	TA	3	6	11831	11836	50 %	50 %	0 %	0 %	67459805
40	NC_007110	TA	3	6	11969	11974	50 %	50 %	0 %	0 %	67459805
41	NC_007110	TG	3	6	12879	12884	0 %	50 %	50 %	0 %	67459806
42	NC_007110	AT	4	8	13086	13093	50 %	50 %	0 %	0 %	67459807
43	NC_007110	CA	3	6	13270	13275	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_007110	TC	3	6	13389	13394	0 %	50 %	0 %	50 %	67459808
45	NC_007110	AT	3	6	13490	13495	50 %	50 %	0 %	0 %	67459808
46	NC_007110	AT	3	6	13788	13793	50 %	50 %	0 %	0 %	67459808
47	NC_007110	TA	3	6	14036	14041	50 %	50 %	0 %	0 %	67459808
48	NC_007110	TG	3	6	14379	14384	0 %	50 %	50 %	0 %	67459809
49	NC_007110	AT	3	6	14830	14835	50 %	50 %	0 %	0 %	67459809
50	NC_007110	TA	3	6	15347	15352	50 %	50 %	0 %	0 %	67459810
51	NC_007110	AT	3	6	15746	15751	50 %	50 %	0 %	0 %	67459811
52	NC_007110	CT	3	6	16041	16046	0 %	50 %	0 %	50 %	67459811
53	NC_007110	AT	3	6	16913	16918	50 %	50 %	0 %	0 %	67459811
54	NC_007110	TA	3	6	17065	17070	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007110	GT	3	6	17283	17288	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007110	CT	3	6	17988	17993	0 %	50 %	0 %	50 %	67459812
57	NC_007110	AT	3	6	18286	18291	50 %	50 %	0 %	0 %	67459812
58	NC_007110	TA	3	6	18431	18436	50 %	50 %	0 %	0 %	67459812
59	NC_007110	TA	3	6	19140	19145	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007110	CT	3	6	19530	19535	0 %	50 %	0 %	50 %	67459814
61	NC_007110	TA	3	6	19769	19774	50 %	50 %	0 %	0 %	67459814
62	NC_007110	GA	3	6	19874	19879	50 %	0 %	50 %	0 %	67459815
63	NC_007110	TA	3	6	20132	20137	50 %	50 %	0 %	0 %	67459816
64	NC_007110	GT	3	6	20251	20256	0 %	50 %	50 %	0 %	67459816
65	NC_007110	AC	3	6	20577	20582	50 %	0 %	0 %	50 %	67459816
66	NC_007110	AT	4	8	20768	20775	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007110	TA	3	6	20861	20866	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007110	AT	3	6	21013	21018	50 %	50 %	0 %	0 %	67459817
69	NC_007110	GA	3	6	21560	21565	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007110	GA	3	6	21582	21587	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007110	TA	3	6	21968	21973	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007110	AG	3	6	22411	22416	50 %	0 %	50 %	0 %	67459818
73	NC_007110	AG	3	6	22518	22523	50 %	0 %	50 %	0 %	67459818
74	NC_007110	AT	3	6	22586	22591	50 %	50 %	0 %	0 %	67459818
75	NC_007110	AT	3	6	22760	22765	50 %	50 %	0 %	0 %	67459818
76	NC_007110	AT	3	6	23063	23068	50 %	50 %	0 %	0 %	67459818
77	NC_007110	AG	3	6	23301	23306	50 %	0 %	50 %	0 %	67459818
78	NC_007110	AG	3	6	23430	23435	50 %	0 %	50 %	0 %	67459818
79	NC_007110	TA	3	6	23985	23990	50 %	50 %	0 %	0 %	67459819
80	NC_007110	CA	3	6	25348	25353	50 %	0 %	0 %	50 %	67459819
81	NC_007110	TC	3	6	25508	25513	0 %	50 %	0 %	50 %	67459819
82	NC_007110	TA	4	8	25894	25901	50 %	50 %	0 %	0 %	67459819
83	NC_007110	AG	4	8	27266	27273	50 %	0 %	50 %	0 %	67459820
84	NC_007110	AT	3	6	27489	27494	50 %	50 %	0 %	0 %	67459820
85	NC_007110	AG	3	6	27637	27642	50 %	0 %	50 %	0 %	67459820
86	NC_007110	AC	3	6	27668	27673	50 %	0 %	0 %	50 %	67459820
87	NC_007110	GA	3	6	28168	28173	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007110	TG	3	6	29047	29052	0 %	50 %	50 %	0 %	67459822
89	NC_007110	TG	3	6	29621	29626	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007110	GT	3	6	30250	30255	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007110	AG	3	6	30429	30434	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007110	AC	3	6	31535	31540	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_007110	TC	3	6	31591	31596	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_007110	TA	3	6	31958	31963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007110	TA	3	6	32002	32007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007110	GA	3	6	32393	32398	50 %	0 %	50 %	0 %	67459825
97	NC_007110	TG	3	6	32607	32612	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007110	TG	3	6	33726	33731	0 %	50 %	50 %	0 %	67459827
99	NC_007110	AT	3	6	34623	34628	50 %	50 %	0 %	0 %	67459828
100	NC_007110	TA	3	6	35235	35240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007110	AT	3	6	35426	35431	50 %	50 %	0 %	0 %	67459829
102	NC_007110	AT	3	6	35695	35700	50 %	50 %	0 %	0 %	67459829
103	NC_007110	TA	3	6	36003	36008	50 %	50 %	0 %	0 %	67459829
104	NC_007110	CT	3	6	36377	36382	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_007110	AT	3	6	36687	36692	50 %	50 %	0 %	0 %	67459831
106	NC_007110	TA	3	6	36710	36715	50 %	50 %	0 %	0 %	67459831
107	NC_007110	AT	3	6	36784	36789	50 %	50 %	0 %	0 %	67459831
108	NC_007110	TA	3	6	36978	36983	50 %	50 %	0 %	0 %	67459832
109	NC_007110	GA	4	8	37867	37874	50 %	0 %	50 %	0 %	67459832
110	NC_007110	AT	3	6	38631	38636	50 %	50 %	0 %	0 %	67459832
111	NC_007110	AG	3	6	38740	38745	50 %	0 %	50 %	0 %	67459832
112	NC_007110	AG	3	6	39610	39615	50 %	0 %	50 %	0 %	67459833
113	NC_007110	GA	3	6	39830	39835	50 %	0 %	50 %	0 %	67459833
114	NC_007110	AG	3	6	39845	39850	50 %	0 %	50 %	0 %	67459833
115	NC_007110	AG	3	6	40220	40225	50 %	0 %	50 %	0 %	67459833
116	NC_007110	TA	3	6	40537	40542	50 %	50 %	0 %	0 %	67459833
117	NC_007110	TA	3	6	42072	42077	50 %	50 %	0 %	0 %	67459835
118	NC_007110	TA	3	6	42358	42363	50 %	50 %	0 %	0 %	67459835
119	NC_007110	AT	3	6	42776	42781	50 %	50 %	0 %	0 %	67459836
120	NC_007110	AC	3	6	46323	46328	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_007110	CA	3	6	46679	46684	50 %	0 %	0 %	50 %	67459841
122	NC_007110	TC	3	6	47027	47032	0 %	50 %	0 %	50 %	67459841
123	NC_007110	TA	3	6	48241	48246	50 %	50 %	0 %	0 %	67459843
124	NC_007110	AC	3	6	48310	48315	50 %	0 %	0 %	50 %	67459843
125	NC_007110	GA	3	6	48584	48589	50 %	0 %	50 %	0 %	67459844
126	NC_007110	AT	3	6	49265	49270	50 %	50 %	0 %	0 %	67459845
127	NC_007110	TA	3	6	49512	49517	50 %	50 %	0 %	0 %	67459845
128	NC_007110	TA	3	6	49540	49545	50 %	50 %	0 %	0 %	67459845
129	NC_007110	AT	3	6	49546	49551	50 %	50 %	0 %	0 %	67459845
130	NC_007110	GT	3	6	50188	50193	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007110	TA	3	6	51451	51456	50 %	50 %	0 %	0 %	67459848
132	NC_007110	AC	3	6	51472	51477	50 %	0 %	0 %	50 %	67459848
133	NC_007110	TA	4	8	52095	52102	50 %	50 %	0 %	0 %	67459849
134	NC_007110	AC	3	6	52451	52456	50 %	0 %	0 %	50 %	67459849
135	NC_007110	TA	4	8	53560	53567	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007110	AC	3	6	53714	53719	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_007110	TC	4	8	54392	54399	0 %	50 %	0 %	50 %	67459850
138	NC_007110	TC	3	6	54665	54670	0 %	50 %	0 %	50 %	67459851
139	NC_007110	AT	3	6	54799	54804	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007110	TA	3	6	55192	55197	50 %	50 %	0 %	0 %	67459852
141	NC_007110	AT	3	6	55423	55428	50 %	50 %	0 %	0 %	67459852
142	NC_007110	AT	3	6	55978	55983	50 %	50 %	0 %	0 %	67459854
143	NC_007110	AT	3	6	56482	56487	50 %	50 %	0 %	0 %	67459854
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148	NC_007110	AT	3	6	59391	59396	50 %	50 %	0 %	0 %	67459858
149	NC_007110	AT	3	6	59918	59923	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_007110	AT	3	6	60811	60816	50 %	50 %	0 %	0 %	67459859
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153	NC_007110	CT	3	6	61729	61734	0 %	50 %	0 %	50 %	67459861
154	NC_007110	TG	3	6	62081	62086	0 %	50 %	50 %	0 %	67459861

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.