MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia felis URRWXCal2 chromosome

Total Repeats: 102

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007109	ATATGA	2	12	892	903	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007109	TTTTAA	2	12	7765	7776	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007109	AAGAAA	2	12	40946	40957	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007109	TAATGT	2	12	41335	41346	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007109	TAAAAA	2	12	53856	53867	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007109	TAATAT	2	12	130071	130082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007109	ATAAAT	2	12	150499	150510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007109	TTATAA	2	12	175906	175917	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007109	ATTGAA	2	12	191184	191195	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007109	ATTTAA	2	12	191650	191661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007109	TATATC	2	12	235224	235235	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_007109	ATTTAA	2	12	257808	257819	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007109	GTAATT	2	12	260916	260927	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007109	TTTTAA	2	12	285784	285795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007109	ATATAA	2	12	290137	290148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007109	TTTTGT	2	12	291552	291563	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007109	AATTTT	2	12	293502	293513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007109	CTTATA	2	12	330373	330384	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_007109	AAAGAC	2	12	334821	334832	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_007109	AAAGAC	2	12	334860	334871	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_007109	AAAGAC	2	12	334899	334910	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_007109	TCTTTT	2	12	339123	339134	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_007109	TAAAAT	2	12	341462	341473	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007109	AAACTT	2	12	341537	341548	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_007109	CCTGAA	2	12	343080	343091	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_007109	TCAAGT	2	12	350364	350375	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_007109	TTTTAA	2	12	356354	356365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007109	TATAAA	2	12	382608	382619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007109	ACATAA	2	12	390148	390159	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_007109	GGTTTA	2	12	398084	398095	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007109	ATTAAG	2	12	401939	401950	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007109	TGATGT	2	12	402782	402793	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007109	AATATT	2	12	452986	452997	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007109	TAGATA	2	12	456305	456316	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007109	TTATAT	2	12	457912	457923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007109	AACTTT	2	12	458123	458134	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_007109	ATTAAT	2	12	465131	465142	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007109	TAAAAT	2	12	493068	493079	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007109	AAATTA	2	12	493087	493098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007109	GTAGAA	2	12	512250	512261	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007109	TTAAAA	2	12	515839	515850	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007109	GATTCA	2	12	537616	537627	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_007109	TGTAGG	2	12	586645	586656	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007109	ATATCA	2	12	590068	590079	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_007109	AATTAA	2	12	593544	593555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007109	TCTATA	2	12	603888	603899	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_007109	TTGGCG	2	12	615290	615301	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_007109	AGATTT	2	12	664986	664997	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007109	TTTTAA	2	12	673531	673542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007109	TTTAAT	2	12	675285	675296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007109	TTAATT	2	12	689800	689811	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007109	AATATA	2	12	707153	707164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007109	TTAAAA	2	12	712787	712798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007109	AATTAA	2	12	742254	742265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007109	TTACAT	2	12	754629	754640	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_007109	AAAGTA	2	12	759067	759078	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007109	CTTTAA	2	12	760221	760232	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_007109	ATTTAT	2	12	781507	781518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007109	TATGTT	2	12	788392	788403	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007109	ACCGTC	2	12	796153	796164	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_007109	TTTTAA	2	12	799899	799910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007109	TAAATT	2	12	806949	806960	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007109	TATTTC	2	12	830802	830813	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_007109	CTTAAT	2	12	843819	843830	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_007109	AATATA	2	12	847079	847090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007109	TGAAAA	2	12	850701	850712	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007109	TTAAAA	2	12	889583	889594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007109	ATTTAT	2	12	891306	891317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007109	TCTATT	2	12	898417	898428	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_007109	AAAATA	2	12	908959	908970	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007109	TTAATT	2	12	935337	935348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007109	TAATTA	2	12	940887	940898	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007109	TGTAAT	2	12	941411	941422	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007109	ACGGTA	2	12	994591	994602	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_007109	TATTTT	2	12	1015673	1015684	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007109	TATTTT	2	12	1015712	1015723	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007109	ACAAAA	2	12	1019209	1019220	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_007109	TTAATA	2	12	1022381	1022392	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007109	TATAAA	2	12	1036250	1036261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007109	CTAATT	2	12	1041241	1041252	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_007109	TTAAAA	2	12	1051865	1051876	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007109	AAAATA	2	12	1063504	1063515	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007109	ATATTT	2	12	1090149	1090160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007109	TTTTAA	2	12	1116431	1116442	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007109	TTTTAA	2	12	1129216	1129227	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007109	TAAAAA	2	12	1142246	1142257	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007109	TAAATA	2	12	1192373	1192384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007109	TATACA	2	12	1208247	1208258	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_007109	TAAATT	2	12	1230621	1230632	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007109	AATTAA	2	12	1232447	1232458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007109	AAATAA	2	12	1253010	1253021	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007109	TTTTAA	2	12	1261329	1261340	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007109	AGCTTA	2	12	1282299	1282310	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_007109	TAAAGC	2	12	1292622	1292633	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_007109	AAAAAG	2	12	1294172	1294183	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007109	TAAATA	2	12	1321839	1321850	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007109	AAAAAT	2	12	1354131	1354142	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007109	TTAAAA	2	12	1393822	1393833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007109	GAGAAA	2	12	1416501	1416512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007109	TCCTAA	2	12	1421530	1421541	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_007109	AACCTT	2	12	1465834	1465845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_007109	ATAAAA	2	12	1467316	1467327	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.