MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia felis URRWXCal2 chromosome

Total Repeats: 299

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007109	TATTT	2	10	7689	7698	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007109	TCGCT	2	10	12947	12956	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_007109	GCTTG	2	10	15057	15066	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007109	TAATA	2	10	15266	15275	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007109	TTTAA	2	10	20768	20777	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007109	TGCTA	2	10	34343	34352	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_007109	TCGCT	2	10	47228	47237	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_007109	TAAGT	2	10	47401	47410	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007109	TTTAA	2	10	56012	56021	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007109	TTGTA	2	10	56094	56103	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007109	AATTA	2	10	57565	57574	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007109	TAAAA	2	10	64686	64695	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007109	AAATA	2	10	112533	112542	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007109	AATTA	2	10	112991	113000	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007109	TAATT	2	10	130500	130509	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007109	TAAAA	2	10	141159	141168	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007109	TATAT	2	10	142506	142515	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007109	TAAGG	2	10	144649	144658	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007109	ATTTT	2	10	150531	150540	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007109	TATAA	2	10	161074	161083	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007109	TGAAA	2	10	173960	173969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007109	CGGAG	2	10	174019	174028	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007109	AAATA	2	10	175994	176003	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007109	CAAAT	2	10	181470	181479	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_007109	ATTTA	2	10	185958	185967	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007109	AGGTA	2	10	187438	187447	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007109	AAAAT	2	10	189809	189818	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007109	GCTAC	2	10	190891	190900	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_007109	CTTAA	2	10	202289	202298	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_007109	ATAGT	2	10	203151	203160	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007109	AATTT	2	10	203433	203442	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007109	ATTAT	2	10	205817	205826	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007109	ATTTA	2	10	205929	205938	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007109	AGTAA	2	10	219583	219592	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007109	CTTTA	2	10	219608	219617	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007109	GCTCC	2	10	231259	231268	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_007109	TAATT	2	10	233270	233279	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007109	TCGCT	2	10	243215	243224	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_007109	TATAA	2	10	245113	245122	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007109	TTTAT	2	10	257759	257768	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007109	TCGCT	2	10	260688	260697	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_007109	CGCTC	2	10	261607	261616	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_007109	ATAGT	2	10	288089	288098	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007109	TCAAC	2	10	288223	288232	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_007109	TATAT	2	10	289258	289267	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007109	ATTTA	2	10	289447	289456	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007109	AATTA	2	10	291941	291950	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007109	TCTAC	2	10	291995	292004	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_007109	TAGTT	2	10	293654	293663	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007109	GGCTC	2	10	294743	294752	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_007109	TTTTA	2	10	299986	299995	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007109	TAATA	2	10	300893	300902	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007109	ATTTT	2	10	303961	303970	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007109	AATTA	2	10	306641	306650	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007109	TTTAT	2	10	310749	310758	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007109	ATAGA	2	10	320095	320104	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007109	ATTAC	2	10	320333	320342	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007109	TATGA	2	10	320436	320445	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007109	TAAAT	2	10	323739	323748	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007109	TGGGG	2	10	330453	330462	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007109	TAAAA	2	10	339917	339926	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007109	CGAAG	2	10	343686	343695	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_007109	ATCCC	2	10	344739	344748	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_007109	TGCAA	2	10	344824	344833	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_007109	GAAAA	2	10	347323	347332	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007109	TCGCT	2	10	350530	350539	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_007109	TAATT	2	10	352409	352418	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007109	TTACT	2	10	374500	374509	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_007109	TCGCT	2	10	374739	374748	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_007109	ATTAA	2	10	376240	376249	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007109	TTTAA	2	10	391704	391713	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007109	CGCTC	2	10	392881	392890	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_007109	TTTAT	2	10	394771	394780	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007109	AAAGT	2	10	402576	402585	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007109	TAATA	2	10	408132	408141	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007109	TAAAA	2	10	411876	411885	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007109	GAAGT	2	10	417296	417305	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007109	AATTA	2	10	419071	419080	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007109	ATAAA	2	10	421685	421694	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007109	TTTAA	2	10	423473	423482	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007109	TCTAT	2	10	430015	430024	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_007109	TCGCT	2	10	430167	430176	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_007109	CTATC	2	10	430702	430711	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_007109	TTTAA	2	10	430856	430865	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007109	GGGTA	2	10	431059	431068	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007109	TTCTA	2	10	441285	441294	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_007109	TCTTT	2	10	441344	441353	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_007109	ATATT	2	10	441498	441507	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007109	ATAAA	2	10	451449	451458	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007109	TATAG	2	10	455044	455053	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007109	AAAAT	2	10	456191	456200	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007109	TCGTG	2	10	457420	457429	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_007109	AAGTA	2	10	460100	460109	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007109	AATTG	2	10	462023	462032	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007109	CTTTG	2	10	464830	464839	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007109	TCGCT	2	10	469861	469870	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_007109	AAATT	2	10	471140	471149	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007109	AAAAT	2	10	474531	474540	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007109	AGCAG	2	10	478729	478738	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_007109	TTTCC	2	10	489340	489349	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_007109	TTAAT	2	10	492998	493007	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007109	GCTCT	2	10	493204	493213	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_007109	CGCTC	2	10	497423	497432	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
104	NC_007109	TGTGG	2	10	528542	528551	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007109	TAATT	2	10	528674	528683	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007109	AGAAA	2	10	533763	533772	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007109	ATATA	2	10	534950	534959	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007109	GAATA	2	10	537659	537668	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007109	ATTAA	2	10	538461	538470	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007109	AATAA	2	10	542418	542427	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007109	AATTC	2	10	550087	550096	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_007109	CTTTT	2	10	560103	560112	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_007109	GATAT	2	10	568746	568755	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007109	TTAAA	2	10	569791	569800	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007109	TCGCT	2	10	574004	574013	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_007109	AAATT	2	10	578340	578349	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007109	GAATA	2	10	584696	584705	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007109	ATAAA	2	10	590315	590324	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007109	AAAAT	2	10	600255	600264	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007109	TTTAA	2	10	608575	608584	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007109	TTAAT	2	10	609724	609733	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007109	TCGCT	2	10	611192	611201	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_007109	TAATT	2	10	615126	615135	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007109	CTTTA	2	10	615222	615231	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_007109	CTTTT	2	10	615419	615428	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_007109	TCGCT	2	10	618982	618991	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_007109	CGCTC	2	10	620743	620752	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_007109	TAAAA	2	10	620941	620950	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007109	TCGCT	2	10	621972	621981	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_007109	AAACA	2	10	622050	622059	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_007109	TAATT	2	10	624405	624414	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007109	TCGCT	2	10	635297	635306	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_007109	CTTGT	2	10	637276	637285	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_007109	TTAAA	2	10	639705	639714	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007109	CAAAT	2	10	640641	640650	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_007109	GTTTT	2	10	652568	652577	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007109	TCGCT	2	10	652660	652669	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_007109	ATTTA	2	10	656175	656184	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007109	ATTTT	2	10	657630	657639	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007109	ATTAA	2	10	660449	660458	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007109	TAAGC	2	10	698037	698046	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_007109	TCGCT	2	10	701503	701512	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_007109	TTTTA	2	10	702981	702990	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007109	TCGCT	2	10	711712	711721	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_007109	GGTTA	2	10	714928	714937	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007109	TTAAT	2	10	721000	721009	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007109	TAATT	2	10	735535	735544	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007109	TATAT	2	10	739535	739544	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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290	NC_007109	ACATA	2	10	1446674	1446683	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_007109	AATTT	2	10	1446755	1446764	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_007109	TCGCT	2	10	1454403	1454412	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
293	NC_007109	TTTAT	2	10	1458446	1458455	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_007109	TAAAT	2	10	1459031	1459040	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_007109	CGCTC	2	10	1461664	1461673	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
296	NC_007109	ATTAT	2	10	1465867	1465876	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_007109	ATTTA	2	10	1475090	1475099	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_007109	ACAGA	2	10	1482243	1482252	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
299	NC_007109	ATTAA	2	10	1484768	1484777	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.