MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 plasmid pSC138

Total Repeats: 40

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006856	CCCGAA	2	12	3285	3296	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	60115518
2	NC_006856	CCTGCC	2	12	17992	18003	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	60115536
3	NC_006856	CGCGCT	2	12	18077	18088	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	60115536
4	NC_006856	AGGTAA	2	12	19176	19187	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	60115538
5	NC_006856	GCAAGC	2	12	25310	25321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_006856	GCGAGA	2	12	25715	25726	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	60115546
7	NC_006856	CGTGGG	2	12	28822	28833	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	60115550
8	NC_006856	ACTTAC	2	12	32209	32220	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115555
9	NC_006856	ATTTTT	2	12	33245	33256	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	60115556
10	NC_006856	ATTTCT	2	12	37478	37489	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	60115562
11	NC_006856	TCCCAT	2	12	41006	41017	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	60115566
12	NC_006856	TTGAAT	2	12	42013	42024	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_006856	TCTCGC	2	12	42676	42687	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	229037898
14	NC_006856	ATCTGC	2	12	44122	44133	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	60115570
15	NC_006856	TACCGG	2	12	58995	59006	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	60115589
16	NC_006856	GGCACA	2	12	64062	64073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	60115593
17	NC_006856	ACTTCA	2	12	68756	68767	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	60115602
18	NC_006856	ATTGAT	2	12	68848	68859	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	60115602
19	NC_006856	GCCGTT	2	12	70194	70205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	162139492
20	NC_006856	TTGCGC	2	12	70864	70875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	162139492
21	NC_006856	GATATC	2	12	76815	76826	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	60115609
22	NC_006856	ATTACA	2	12	81156	81167	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_006856	TCCGGC	2	12	90445	90456	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	162139493
24	NC_006856	CGCCAC	2	12	90696	90707	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	162139493
25	NC_006856	CCAGCG	2	12	90815	90826	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	162139493
26	NC_006856	TCACAT	2	12	97873	97884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_006856	GCGACA	2	12	100364	100375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_006856	CTATCA	2	12	109999	110010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_006856	CTCTGT	2	12	110201	110212	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	60115654
30	NC_006856	AAGTTC	2	12	111078	111089	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	60115654
31	NC_006856	CTGACG	2	12	121158	121169	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	60115665
32	NC_006856	GCTGGA	2	12	122136	122147	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	60115666
33	NC_006856	GAAACC	2	12	122335	122346	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	60115666
34	NC_006856	TAAGCC	2	12	126013	126024	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	60115671
35	NC_006856	CTCAGG	2	12	130296	130307	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	60115676
36	NC_006856	TTGATA	2	12	131842	131853	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	60115677
37	NC_006856	GCTTCG	2	12	135522	135533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	60115680
38	NC_006856	CGGTGG	2	12	136698	136709	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	60115682
39	NC_006856	TCCATC	2	12	137181	137192	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	60115683
40	NC_006856	CGGCTG	2	12	137978	137989	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.