MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 plasmid pSC138

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006856	AAAGG	2	10	3425	3434	60 %	0 %	40 %	0 %	60115518
2	NC_006856	GCTTC	2	10	4166	4175	0 %	40 %	20 %	40 %	60115519
3	NC_006856	TCCCC	2	10	4526	4535	0 %	20 %	0 %	80 %	60115520
4	NC_006856	TGCCC	2	10	4584	4593	0 %	20 %	20 %	60 %	60115520
5	NC_006856	CCCAG	2	10	4896	4905	20 %	0 %	20 %	60 %	60115521
6	NC_006856	GCGCG	2	10	5443	5452	0 %	0 %	60 %	40 %	60115521
7	NC_006856	GCCGT	2	10	5953	5962	0 %	20 %	40 %	40 %	60115522
8	NC_006856	GCGAA	2	10	6466	6475	40 %	0 %	40 %	20 %	60115522
9	NC_006856	AGCGC	2	10	7376	7385	20 %	0 %	40 %	40 %	60115522
10	NC_006856	TGCTC	2	10	9606	9615	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_006856	AGGCC	2	10	9795	9804	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_006856	TGCTC	2	10	11825	11834	0 %	40 %	20 %	40 %	60115527
13	NC_006856	AGGCC	2	10	12014	12023	20 %	0 %	40 %	40 %	60115527
14	NC_006856	TTGGC	2	10	12298	12307	0 %	40 %	40 %	20 %	60115528
15	NC_006856	GGCCT	2	10	13546	13555	0 %	20 %	40 %	40 %	60115531
16	NC_006856	GAGCA	2	10	13735	13744	40 %	0 %	40 %	20 %	60115531
17	NC_006856	TTTAA	2	10	15731	15740	40 %	60 %	0 %	0 %	60115533
18	NC_006856	CGCAG	2	10	17796	17805	20 %	0 %	40 %	40 %	60115535
19	NC_006856	TGCTC	2	10	20683	20692	0 %	40 %	20 %	40 %	60115539
20	NC_006856	AGGCC	2	10	20872	20881	20 %	0 %	40 %	40 %	60115539
21	NC_006856	CCGTC	2	10	21078	21087	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_006856	CATCT	2	10	21746	21755	20 %	40 %	0 %	40 %	60115540
23	NC_006856	TGCTC	2	10	22543	22552	0 %	40 %	20 %	40 %	60115541
24	NC_006856	AGGCC	2	10	22732	22741	20 %	0 %	40 %	40 %	60115541
25	NC_006856	GTTCG	2	10	24331	24340	0 %	40 %	40 %	20 %	60115543
26	NC_006856	ATTTT	2	10	26566	26575	20 %	80 %	0 %	0 %	60115547
27	NC_006856	CAGCG	2	10	27158	27167	20 %	0 %	40 %	40 %	60115548
28	NC_006856	GGGAT	2	10	27301	27310	20 %	20 %	60 %	0 %	60115548
29	NC_006856	TGCTC	2	10	29825	29834	0 %	40 %	20 %	40 %	60115552
30	NC_006856	AGGCC	2	10	30014	30023	20 %	0 %	40 %	40 %	60115551
31	NC_006856	TCCCA	2	10	30446	30455	20 %	20 %	0 %	60 %	60115553
32	NC_006856	TACCT	2	10	30566	30575	20 %	40 %	0 %	40 %	60115553
33	NC_006856	GCAAT	2	10	30738	30747	40 %	20 %	20 %	20 %	60115553
34	NC_006856	GTATT	2	10	32248	32257	20 %	60 %	20 %	0 %	60115555
35	NC_006856	ATGCA	2	10	32297	32306	40 %	20 %	20 %	20 %	60115555
36	NC_006856	TAGCT	2	10	33003	33012	20 %	40 %	20 %	20 %	60115555
37	NC_006856	AATCA	2	10	34107	34116	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_006856	TGCTC	2	10	34927	34936	0 %	40 %	20 %	40 %	60115558
39	NC_006856	AGGCC	2	10	35116	35125	20 %	0 %	40 %	40 %	60115558
40	NC_006856	TCTGG	2	10	35395	35404	0 %	40 %	40 %	20 %	60115559
41	NC_006856	ACAAA	2	10	35538	35547	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_006856	AAAAT	2	10	36593	36602	80 %	20 %	0 %	0 %	60115561
43	NC_006856	TGGTT	2	10	39113	39122	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_006856	GCCGC	2	10	39169	39178	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
45	NC_006856	GCCGC	2	10	39680	39689	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
46	NC_006856	GCCGC	2	10	42941	42950	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
47	NC_006856	ATGCG	2	10	43294	43303	20 %	20 %	40 %	20 %	60115568
48	NC_006856	AAGCG	2	10	43396	43405	40 %	0 %	40 %	20 %	60115568
49	NC_006856	CGAAC	2	10	44783	44792	40 %	0 %	20 %	40 %	60115569
50	NC_006856	AGGAT	2	10	46301	46310	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_006856	TGCTC	2	10	46981	46990	0 %	40 %	20 %	40 %	60115572
52	NC_006856	AGGCC	2	10	47170	47179	20 %	0 %	40 %	40 %	60115572
53	NC_006856	GCCCT	2	10	47714	47723	0 %	20 %	20 %	60 %	60115573
54	NC_006856	GCGCC	2	10	48398	48407	0 %	0 %	40 %	60 %	60115574
55	NC_006856	CGAAG	2	10	48515	48524	40 %	0 %	40 %	20 %	60115574
56	NC_006856	AAAAT	2	10	50345	50354	80 %	20 %	0 %	0 %	60115578
57	NC_006856	TGCTC	2	10	52413	52422	0 %	40 %	20 %	40 %	60115580
58	NC_006856	AGGCC	2	10	52602	52611	20 %	0 %	40 %	40 %	60115580
59	NC_006856	ACCGG	2	10	53119	53128	20 %	0 %	40 %	40 %	60115581
60	NC_006856	GGCCT	2	10	57698	57707	0 %	20 %	40 %	40 %	60115588
61	NC_006856	GAGCA	2	10	57887	57896	40 %	0 %	40 %	20 %	60115588
62	NC_006856	CAGAC	2	10	62071	62080	40 %	0 %	20 %	40 %	60115592
63	NC_006856	GCTCA	2	10	63114	63123	20 %	20 %	20 %	40 %	60115593
64	NC_006856	TTATG	2	10	63124	63133	20 %	60 %	20 %	0 %	60115593
65	NC_006856	CTCAC	2	10	69181	69190	20 %	20 %	0 %	60 %	60115602
66	NC_006856	ATGAA	2	10	71734	71743	60 %	20 %	20 %	0 %	60115604
67	NC_006856	ATACT	2	10	72435	72444	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_006856	AAAAG	2	10	72562	72571	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006856	CCCTG	2	10	74450	74459	0 %	20 %	20 %	60 %	60115607
70	NC_006856	ACGAT	2	10	80084	80093	40 %	20 %	20 %	20 %	60115611
71	NC_006856	GTCAT	2	10	80651	80660	20 %	40 %	20 %	20 %	60115611
72	NC_006856	GTAAC	2	10	84314	84323	40 %	20 %	20 %	20 %	60115619
73	NC_006856	GGTCA	2	10	87119	87128	20 %	20 %	40 %	20 %	60115624
74	NC_006856	GTGCC	2	10	87247	87256	0 %	20 %	40 %	40 %	60115624
75	NC_006856	GGCAC	2	10	87463	87472	20 %	0 %	40 %	40 %	60115624
76	NC_006856	ACCAG	2	10	88467	88476	40 %	0 %	20 %	40 %	60115626
77	NC_006856	TCAGT	2	10	89395	89404	20 %	40 %	20 %	20 %	60115627
78	NC_006856	GGGCG	2	10	91742	91751	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
79	NC_006856	GCCGG	2	10	92960	92969	0 %	0 %	60 %	40 %	60115632
80	NC_006856	ACAGT	2	10	93664	93673	40 %	20 %	20 %	20 %	60115635
81	NC_006856	ACGGT	2	10	93902	93911	20 %	20 %	40 %	20 %	60115636
82	NC_006856	GTGCC	2	10	94192	94201	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_006856	GGCAC	2	10	94409	94418	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
84	NC_006856	CCCGT	2	10	96973	96982	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_006856	GCCGC	2	10	97024	97033	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
86	NC_006856	GAAAA	2	10	97080	97089	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_006856	AGTTC	2	10	97116	97125	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_006856	TACAA	2	10	98989	98998	60 %	20 %	0 %	20 %	60115643
89	NC_006856	AAGGC	2	10	103086	103095	40 %	0 %	40 %	20 %	60115649
90	NC_006856	TTTTC	2	10	109571	109580	0 %	80 %	0 %	20 %	60115653
91	NC_006856	TCACT	2	10	109956	109965	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_006856	TCAAA	2	10	109966	109975	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_006856	TGGAT	2	10	110191	110200	20 %	40 %	40 %	0 %	60115654
94	NC_006856	AAAGC	2	10	111123	111132	60 %	0 %	20 %	20 %	60115654
95	NC_006856	AAAAC	2	10	113344	113353	80 %	0 %	0 %	20 %	60115656
96	NC_006856	AGGCC	2	10	116068	116077	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_006856	CATCC	2	10	119584	119593	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_006856	ACGCC	2	10	121137	121146	20 %	0 %	20 %	60 %	60115665
99	NC_006856	CGCGC	2	10	121519	121528	0 %	0 %	40 %	60 %	60115665
100	NC_006856	TCGGC	2	10	122663	122672	0 %	20 %	40 %	40 %	60115666
101	NC_006856	GGCCT	2	10	123303	123312	0 %	20 %	40 %	40 %	60115668
102	NC_006856	GAGCA	2	10	123492	123501	40 %	0 %	40 %	20 %	60115668
103	NC_006856	CACAG	2	10	125548	125557	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_006856	AAAGC	2	10	129947	129956	60 %	0 %	20 %	20 %	60115676
105	NC_006856	TTGGC	2	10	133078	133087	0 %	40 %	40 %	20 %	60115677
106	NC_006856	TTTTG	2	10	133358	133367	0 %	80 %	20 %	0 %	60115677
107	NC_006856	CGGGC	2	10	136880	136889	0 %	0 %	60 %	40 %	60115682
108	NC_006856	CCCAG	2	10	138150	138159	20 %	0 %	20 %	60 %	60115684
109	NC_006856	GCGCG	2	10	138697	138706	0 %	0 %	60 %	40 %	60115684

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.