MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 plasmid pSC138

Total Repeats: 293

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006856	CTC	2	6	33	38	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_006856	CAG	2	6	63	68	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_006856	CAC	2	6	108	113	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_006856	GGA	2	6	243	248	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006856	GGC	2	6	273	278	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_006856	TGG	2	6	295	300	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_006856	GCC	2	6	319	324	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_006856	TCG	2	6	334	339	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_006856	CAG	2	6	447	452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_006856	TTC	2	6	880	885	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_006856	TGA	2	6	965	970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_006856	CCT	2	6	3720	3725	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_006856	TGG	2	6	3779	3784	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006856	CTC	2	6	5521	5526	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_006856	CAG	2	6	5551	5556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_006856	CTC	2	6	5735	5740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_006856	GTC	2	6	5784	5789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_006856	CGT	2	6	9490	9495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_006856	CAA	2	6	9534	9539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_006856	GAA	2	6	9543	9548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_006856	TCA	2	6	9566	9571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_006856	AAC	2	6	9670	9675	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_006856	CCA	2	6	9755	9760	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_006856	TAT	2	6	9814	9819	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006856	CCA	2	6	9967	9972	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_006856	TAA	2	6	10688	10693	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_006856	TCC	2	6	10733	10738	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_006856	TAA	2	6	10759	10764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_006856	GGT	2	6	11341	11346	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_006856	ATC	2	6	11356	11361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_006856	CAT	2	6	11420	11425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_006856	ATA	2	6	14664	14669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_006856	AAT	2	6	14794	14799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_006856	AGG	2	6	17542	17547	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_006856	GGT	2	6	20199	20204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_006856	ATC	2	6	20214	20219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_006856	GGC	2	6	21054	21059	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_006856	ATG	2	6	22000	22005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_006856	GGT	2	6	22059	22064	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_006856	ATC	2	6	22074	22079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_006856	AGA	2	6	23228	23233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006856	AGC	2	6	23269	23274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_006856	ACG	2	6	23298	23303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_006856	GCT	2	6	23305	23310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_006856	GGA	2	6	23332	23337	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006856	AGC	2	6	24481	24486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_006856	AGC	2	6	24525	24530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_006856	GCA	2	6	24542	24547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_006856	TGC	2	6	25101	25106	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_006856	CAC	2	6	25158	25163	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_006856	TAT	2	6	26387	26392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006856	ATA	2	6	26405	26410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_006856	GCC	2	6	27632	27637	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_006856	GGC	2	6	27715	27720	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_006856	TAA	2	6	34126	34131	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_006856	AGC	2	6	34135	34140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_006856	AGG	2	6	34161	34166	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_006856	CTC	2	6	34226	34231	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_006856	TGA	2	6	35504	35509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_006856	GTG	2	6	35519	35524	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_006856	TAA	2	6	35598	35603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_006856	TCT	2	6	36831	36836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_006856	CTT	2	6	36996	37001	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_006856	GTT	2	6	37037	37042	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_006856	TAG	2	6	38279	38284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_006856	AGC	2	6	39006	39011	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_006856	CGT	2	6	39050	39055	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_006856	GCA	2	6	39103	39108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_006856	GCG	2	6	39182	39187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_006856	GTG	2	6	39587	39592	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_006856	GCG	2	6	39693	39698	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_006856	TTG	2	6	40579	40584	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_006856	GGC	2	6	41894	41899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_006856	CGC	2	6	41930	41935	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_006856	AAC	2	6	41936	41941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_006856	TGC	2	6	41956	41961	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_006856	CTG	2	6	41995	42000	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_006856	AAC	2	6	42028	42033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_006856	GCC	2	6	42085	42090	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_006856	GCG	2	6	42954	42959	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_006856	GCA	2	6	43650	43655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_006856	TTG	2	6	43658	43663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_006856	GGT	2	6	46497	46502	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_006856	ATC	2	6	46512	46517	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_006856	TTG	2	6	48884	48889	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_006856	GAA	2	6	48940	48945	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_006856	GAC	2	6	49095	49100	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_006856	TGA	2	6	49172	49177	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_006856	TGC	2	6	49214	49219	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_006856	ATG	2	6	49239	49244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_006856	TTA	2	6	49987	49992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006856	GCA	2	6	50002	50007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_006856	GGT	2	6	50044	50049	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_006856	AAT	2	6	50054	50059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006856	TTC	2	6	50087	50092	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_006856	TAA	2	6	50115	50120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_006856	ATC	2	6	51944	51949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_006856	ATG	2	6	58296	58301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_006856	ATA	2	6	64940	64945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_006856	ACA	2	6	65683	65688	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_006856	ATG	2	6	66047	66052	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006856	CAA	2	6	66120	66125	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_006856	GAA	2	6	66169	66174	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_006856	TGT	2	6	66993	66998	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_006856	ATC	2	6	67061	67066	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_006856	CTG	2	6	67512	67517	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_006856	GAC	2	6	67578	67583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_006856	CAT	2	6	67590	67595	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_006856	CAT	2	6	67614	67619	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_006856	CGG	2	6	67638	67643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_006856	CTA	2	6	67652	67657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_006856	TGT	2	6	67661	67666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006856	TAT	2	6	67812	67817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_006856	GTT	2	6	67832	67837	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_006856	AAC	2	6	67847	67852	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_006856	ATT	3	9	68053	68061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_006856	GAA	2	6	68078	68083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_006856	GTC	2	6	68097	68102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_006856	CAA	2	6	68111	68116	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_006856	GAA	2	6	68123	68128	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_006856	CAC	2	6	68175	68180	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_006856	CAT	2	6	68242	68247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_006856	ATA	2	6	68427	68432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_006856	AGT	2	6	68441	68446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_006856	ATC	2	6	69734	69739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_006856	TTA	2	6	69779	69784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_006856	GCA	2	6	69794	69799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_006856	GGT	2	6	69836	69841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_006856	AAT	2	6	69846	69851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_006856	TTC	2	6	69879	69884	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_006856	TAA	2	6	69907	69912	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_006856	CTG	2	6	69946	69951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_006856	CCT	2	6	71222	71227	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_006856	TGT	2	6	71246	71251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_006856	GCG	2	6	72292	72297	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_006856	ATG	2	6	72332	72337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_006856	AAT	2	6	72494	72499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_006856	ATT	2	6	72521	72526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_006856	GAT	2	6	72527	72532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_006856	CGT	2	6	72580	72585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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276	NC_006856	GCT	2	6	128633	128638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
277	NC_006856	GCA	2	6	128723	128728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
278	NC_006856	GTA	2	6	128818	128823	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
279	NC_006856	AAG	2	6	129150	129155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
280	NC_006856	ATT	2	6	134380	134385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_006856	GTG	2	6	134424	134429	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
282	NC_006856	ACA	2	6	134450	134455	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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284	NC_006856	TGC	2	6	137125	137130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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289	NC_006856	GCC	3	9	137826	137834	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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293	NC_006856	CTT	2	6	137889	137894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.