MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Ehrlichia ruminantium str. Gardel

Total Repeats: 438

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006831	CTTTAT	2	12	3755	3766	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	58616732
2	NC_006831	CATGAA	2	12	10737	10748	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	58616739
3	NC_006831	CATGAA	2	12	11124	11135	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	58616739
4	NC_006831	TCTTCA	4	24	12564	12587	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	58616740
5	NC_006831	AAAATC	2	12	12704	12715	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	58616740
6	NC_006831	ATTTTC	2	12	12815	12826	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	58616740
7	NC_006831	TAGAAA	2	12	14522	14533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	58616740
8	NC_006831	TATCCT	2	12	15841	15852	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	58616742
9	NC_006831	TCTTTA	3	18	15861	15878	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	58616742
10	NC_006831	CTATTG	2	12	17700	17711	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	58616743
11	NC_006831	GTAGGA	2	12	28871	28882	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	58616751
12	NC_006831	CATTAT	2	12	36582	36593	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	58616758
13	NC_006831	AATTAT	2	12	45355	45366	50 %	50 %	0 %	0 %	58616762
14	NC_006831	TTTAAG	2	12	58358	58369	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616770
15	NC_006831	ATCTGA	2	12	58462	58473	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58616770
16	NC_006831	TGATCT	2	12	61063	61074	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	58616773
17	NC_006831	ATGTAA	2	12	68817	68828	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	58616778
18	NC_006831	ATGTTA	2	12	69346	69357	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616778
19	NC_006831	AAGATG	2	12	71349	71360	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	58616779
20	NC_006831	CTTGAA	2	12	72122	72133	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58616780
21	NC_006831	TACTCC	2	12	72961	72972	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	58616780
22	NC_006831	TTGAAT	2	12	81328	81339	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616784
23	NC_006831	TCATAA	2	12	82952	82963	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	58616784
24	NC_006831	TAAAGA	2	12	83534	83545	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	58616784
25	NC_006831	AAATTT	2	12	85931	85942	50 %	50 %	0 %	0 %	58616784
26	NC_006831	AGTACT	2	12	86346	86357	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58616784
27	NC_006831	CAAGTA	2	12	86824	86835	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	58616784
28	NC_006831	AGGAAG	2	12	100247	100258	50 %	0 %	50 %	0 %	58616789
29	NC_006831	AATCTA	2	12	100301	100312	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	58616789
30	NC_006831	GTTGAG	2	12	115777	115788	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	58616795
31	NC_006831	GATGTT	2	12	116593	116604	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	58616795
32	NC_006831	TCATGA	2	12	117363	117374	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58616795
33	NC_006831	TTGTTT	2	12	121771	121782	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	58616801
34	NC_006831	TACACT	2	12	124884	124895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	58616804
35	NC_006831	TTACCA	2	12	129513	129524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	58616807
36	NC_006831	GAAATA	2	12	130289	130300	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	58616807
37	NC_006831	TTTTGG	2	12	132358	132369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	58616808
38	NC_006831	TGTTAA	2	12	133218	133229	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616808
39	NC_006831	AGGTAT	2	12	137361	137372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	58616810
40	NC_006831	TAATGC	2	12	146535	146546	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58616815
41	NC_006831	TGTTAT	2	12	156566	156577	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	58616821
42	NC_006831	ATCAGA	2	12	162945	162956	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	58616824
43	NC_006831	ATAAAT	2	12	165132	165143	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	58616825
44	NC_006831	TATTGA	2	12	166447	166458	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616826
45	NC_006831	TAGATA	2	12	167956	167967	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	58616829
46	NC_006831	TAATAG	2	12	168053	168064	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	58616829
47	NC_006831	ATCCTG	2	12	187635	187646	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	58616840
48	NC_006831	TGCTAT	2	12	187819	187830	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	58616840
49	NC_006831	ATATTG	2	12	190124	190135	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616841
50	NC_006831	AATGAT	2	12	190353	190364	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	58616841
51	NC_006831	TTTTGT	2	12	197913	197924	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	58616843
52	NC_006831	GTTTAA	2	12	198254	198265	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616843
53	NC_006831	TCTACT	2	12	198807	198818	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	58616844
54	NC_006831	CTTTTT	2	12	202998	203009	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	58616848
55	NC_006831	TTTAAA	2	12	206224	206235	50 %	50 %	0 %	0 %	58616849
56	NC_006831	TCTTAG	2	12	207013	207024	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	58616849
57	NC_006831	AGTTAA	2	12	208012	208023	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	58616849
58	NC_006831	TGGATT	2	12	213029	213040	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	58616852
59	NC_006831	GGAAAG	2	12	218360	218371	50 %	0 %	50 %	0 %	58616858
60	NC_006831	CTATAG	2	12	221828	221839	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58616861
61	NC_006831	TGGTTC	2	12	230063	230074	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	58616866
62	NC_006831	TGTTTT	2	12	242190	242201	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	58616873
63	NC_006831	CTAAAA	2	12	242319	242330	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	58616873
64	NC_006831	TCAATA	2	12	242556	242567	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	58616873
65	NC_006831	TTATCT	2	12	245924	245935	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	58616876
66	NC_006831	CTGAAG	2	12	246093	246104	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	58616876
67	NC_006831	ATATGT	2	12	247718	247729	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616877
68	NC_006831	TAGTGT	2	12	248405	248416	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	58616877
69	NC_006831	GTTAAT	2	12	251904	251915	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616879
70	NC_006831	TGTATT	2	12	251981	251992	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	58616879
71	NC_006831	TACATG	2	12	253921	253932	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58616880
72	NC_006831	CAGCTA	2	12	258185	258196	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	58616883
73	NC_006831	TTAATA	2	12	263079	263090	50 %	50 %	0 %	0 %	58616889
74	NC_006831	GATCCT	2	12	272397	272408	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	58616893
75	NC_006831	GGAGCT	2	12	273948	273959	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	58616895
76	NC_006831	GTTATA	2	12	275406	275417	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616896
77	NC_006831	TTTGTT	2	12	277055	277066	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	58616897
78	NC_006831	ATCTAT	2	12	277235	277246	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	58616897
79	NC_006831	CAAGAC	2	12	287935	287946	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	58616903
80	NC_006831	CTGTTG	2	12	290081	290092	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	58616904
81	NC_006831	TGTAAC	2	12	306117	306128	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58616912
82	NC_006831	CAAGGT	2	12	307105	307116	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	58616913
83	NC_006831	AAGTTT	2	12	307350	307361	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616913
84	NC_006831	GAAAAT	2	12	319207	319218	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	58616923
85	NC_006831	ATACTG	2	12	323462	323473	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58616926
86	NC_006831	TAGCAA	2	12	331139	331150	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	58616930
87	NC_006831	TCTTTA	2	12	333074	333085	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	58616931
88	NC_006831	ATGATT	2	12	335628	335639	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58616933
89	NC_006831	AAGTGC	2	12	337355	337366	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	58616934
90	NC_006831	CCTTTT	2	12	338431	338442	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	58616935
91	NC_006831	GGTATT	2	12	343003	343014	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	58616937
92	NC_006831	CTAACC	2	12	348614	348625	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	58616940
93	NC_006831	TTGAGC	2	12	351916	351927	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	58616942
94	NC_006831	TAATGG	2	12	356945	356956	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	58616945
95	NC_006831	TATTGT	2	12	359231	359242	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	58616948
96	NC_006831	TTTAAC	2	12	359286	359297	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	58616948
97	NC_006831	ATTTTA	2	12	373558	373569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	58616955
98	NC_006831	GTTGAA	2	12	380739	380750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	58616961
99	NC_006831	AGATGA	2	12	380858	380869	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	58616961
100	NC_006831	CTGTTG	2	12	395860	395871	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	58616970
101	NC_006831	TAAATT	2	12	396658	396669	50 %	50 %	0 %	0 %	58616971
102	NC_006831	GATAAG	2	12	397310	397321	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	58616972
103	NC_006831	AATTAA	2	12	399605	399616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	58616973
104	NC_006831	TTAATT	2	12	405525	405536	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	58616975
105	NC_006831	ATTGGA	2	12	406010	406021	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	58616975
106	NC_006831	TTTGAT	2	12	409271	409282	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	58616976
107	NC_006831	TCCAAT	2	12	414893	414904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	58616979
108	NC_006831	CCTTTT	2	12	415170	415181	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	58616979
109	NC_006831	TATAAA	2	12	418102	418113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	58616981
110	NC_006831	TATAAA	2	12	418637	418648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	58616982
111	NC_006831	TTTTGT	2	12	424278	424289	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	58616987
112	NC_006831	CAATAT	2	12	425859	425870	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	58616988
113	NC_006831	GTTAAA	2	12	432844	432855	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	58616990
114	NC_006831	AGTTAC	2	12	432910	432921	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58616990
115	NC_006831	TTGCTA	2	12	433404	433415	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	58616990
116	NC_006831	GTTTTT	2	12	441664	441675	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	58616993
117	NC_006831	TGAACC	2	12	442695	442706	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	58616994
118	NC_006831	AAAGTT	2	12	442774	442785	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	58616994
119	NC_006831	TAATTC	2	12	449857	449868	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	58616998
120	NC_006831	CTATAA	2	12	455890	455901	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	58617000
121	NC_006831	CAGAAT	2	12	456225	456236	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	58617000
122	NC_006831	AAATAG	2	12	456328	456339	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	58617000
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125	NC_006831	GCAGTA	2	12	473601	473612	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	58617008
126	NC_006831	TTGAAT	2	12	479557	479568	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	58617012
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222	NC_006831	TACTAG	2	12	775781	775792	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	58617206
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230	NC_006831	CAATAG	2	12	794637	794648	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	58617217
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232	NC_006831	ATAGTA	2	12	797900	797911	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	58617220
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234	NC_006831	AAAACA	2	12	800383	800394	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	58617223
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342	NC_006831	ACACTA	2	12	1167653	1167664	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	58617461
343	NC_006831	TACACT	2	12	1167934	1167945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	58617461
344	NC_006831	AGCACT	2	12	1168576	1168587	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	58617461
345	NC_006831	AACACC	2	12	1168930	1168941	50 %	0 %	0 %	50 %	58617461
346	NC_006831	GATTTT	2	12	1169054	1169065	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	58617461
347	NC_006831	AACAGA	2	12	1187581	1187592	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	58617473
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349	NC_006831	CAATAT	2	12	1194825	1194836	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	58617477
350	NC_006831	AGCTCT	2	12	1199136	1199147	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	58617480
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.