MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus elongatus PCC 6301 chromosome

Total Repeats: 267

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006576	GGGTA	2	10	173	182	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006576	AAAAT	2	10	10229	10238	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_006576	TGAAT	2	10	19750	19759	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006576	AAAAT	2	10	21152	21161	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006576	ACTCG	2	10	21604	21613	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_006576	TGGCT	2	10	23547	23556	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_006576	CCTTT	2	10	30840	30849	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_006576	CTTGG	2	10	45798	45807	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_006576	TGACC	2	10	74820	74829	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_006576	TCTTT	2	10	90503	90512	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_006576	GATCG	2	10	101847	101856	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_006576	GCTGG	2	10	106781	106790	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_006576	GGAAA	2	10	108551	108560	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006576	CCCAG	2	10	125666	125675	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_006576	GATTT	3	15	141547	141561	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_006576	AGATT	2	10	145673	145682	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_006576	CCCAA	2	10	152525	152534	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_006576	GGTGA	2	10	160972	160981	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_006576	CAGTG	2	10	162754	162763	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_006576	CAGAA	2	10	178458	178467	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_006576	ATTGA	2	10	183069	183078	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_006576	CCGGA	2	10	196124	196133	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_006576	CCAGT	2	10	203572	203581	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_006576	GGACG	2	10	235426	235435	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_006576	TTGGC	2	10	238466	238475	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_006576	GCAGC	2	10	238636	238645	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_006576	GGTTT	2	10	252427	252436	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006576	TGGAG	2	10	282730	282739	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_006576	CAGTC	2	10	300441	300450	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_006576	GGGCA	2	10	313587	313596	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_006576	TGGCT	2	10	318820	318829	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_006576	ACGCT	2	10	318996	319005	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_006576	AGCTG	2	10	325799	325808	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_006576	GCTCA	2	10	343781	343790	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_006576	GCGAT	2	10	343791	343800	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_006576	GAGAA	2	10	350124	350133	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_006576	GGAAT	2	10	365144	365153	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_006576	CTGAC	2	10	378375	378384	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_006576	TAAAT	2	10	379326	379335	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_006576	GAGTC	2	10	396120	396129	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_006576	CCAGT	2	10	404756	404765	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_006576	GATAA	2	10	410798	410807	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006576	CATCC	2	10	424185	424194	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
44	NC_006576	TGACC	2	10	450339	450348	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_006576	CAAGA	2	10	451512	451521	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_006576	CTTGC	2	10	462822	462831	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_006576	ATTCC	2	10	464175	464184	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_006576	CACTT	2	10	464365	464374	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_006576	TATTT	2	10	464834	464843	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006576	ATTTG	2	10	464913	464922	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_006576	CATGC	2	10	480042	480051	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_006576	GCTCA	2	10	487861	487870	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_006576	CTCAG	2	10	496582	496591	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_006576	GGTTC	2	10	498365	498374	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_006576	CGACT	2	10	521153	521162	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_006576	GGGCT	2	10	533659	533668	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_006576	CAAGT	2	10	533708	533717	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_006576	GACTC	2	10	542202	542211	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_006576	ACCAA	2	10	556860	556869	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_006576	GCTGG	2	10	577019	577028	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
61	NC_006576	GACTC	2	10	578499	578508	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_006576	TCGGA	2	10	609254	609263	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_006576	AGAGC	2	10	609326	609335	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_006576	GGGAA	2	10	617044	617053	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_006576	TAGCG	2	10	624534	624543	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_006576	CAAAC	2	10	632763	632772	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_006576	CTGGA	2	10	641583	641592	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_006576	GTTTT	2	10	694152	694161	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006576	ACAAG	2	10	767992	768001	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_006576	GCTGA	2	10	773809	773818	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_006576	TCTCA	2	10	781775	781784	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_006576	CTATC	2	10	791229	791238	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_006576	AAGAA	2	10	791316	791325	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006576	TGCCC	2	10	791403	791412	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_006576	AAAAG	2	10	793909	793918	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_006576	TCGGA	2	10	817841	817850	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_006576	GGCGT	2	10	824562	824571	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_006576	TGAGC	2	10	825809	825818	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_006576	AAAGC	2	10	863946	863955	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_006576	ATAAA	2	10	866280	866289	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_006576	AAAGA	2	10	866618	866627	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_006576	TAAAG	2	10	868385	868394	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_006576	CTTTG	2	10	869287	869296	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_006576	TCAGC	2	10	870742	870751	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_006576	CCAGC	2	10	870817	870826	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_006576	GCTCA	2	10	889806	889815	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_006576	GACCC	2	10	903632	903641	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_006576	AAACT	2	10	903814	903823	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_006576	GGCTG	2	10	905404	905413	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_006576	CAAAA	2	10	909511	909520	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_006576	TCTAT	2	10	944952	944961	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_006576	AGTAG	2	10	950010	950019	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_006576	CAGCG	2	10	957019	957028	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_006576	TCTCC	2	10	967865	967874	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
95	NC_006576	GATTG	2	10	997091	997100	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_006576	ACGAT	2	10	1030181	1030190	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_006576	TCCAC	2	10	1047538	1047547	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_006576	GTAGG	2	10	1050783	1050792	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
99	NC_006576	CACGA	2	10	1051265	1051274	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_006576	TCCGC	2	10	1052455	1052464	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
101	NC_006576	ACTAA	2	10	1065646	1065655	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_006576	TCTAC	2	10	1084290	1084299	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_006576	CAGTG	2	10	1093995	1094004	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_006576	CAGAA	2	10	1113334	1113343	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_006576	GACTG	2	10	1125440	1125449	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_006576	TAATT	2	10	1133757	1133766	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_006576	TCTGA	2	10	1163901	1163910	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_006576	AGGGC	2	10	1164061	1164070	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
109	NC_006576	GACTC	2	10	1175699	1175708	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_006576	CGCCA	2	10	1180855	1180864	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_006576	TCAAA	2	10	1189590	1189599	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_006576	TTGCT	2	10	1195866	1195875	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_006576	GAAGG	2	10	1207536	1207545	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
114	NC_006576	CTTGG	2	10	1214076	1214085	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_006576	CTCAG	2	10	1219210	1219219	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_006576	CCAAC	2	10	1227369	1227378	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
117	NC_006576	ACTCA	2	10	1243646	1243655	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_006576	TGAGC	2	10	1252052	1252061	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_006576	CTGAG	2	10	1252433	1252442	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_006576	AACCG	2	10	1264270	1264279	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_006576	GACTC	2	10	1271420	1271429	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_006576	TATCC	2	10	1284260	1284269	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_006576	CTAGC	2	10	1302226	1302235	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_006576	TCACT	2	10	1316323	1316332	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_006576	GATTT	2	10	1317148	1317157	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_006576	CCACT	2	10	1321376	1321385	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
127	NC_006576	CGGTG	2	10	1324046	1324055	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
128	NC_006576	AGATT	2	10	1357507	1357516	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_006576	CAACG	2	10	1366801	1366810	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_006576	CTCTG	2	10	1369395	1369404	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_006576	CTGAA	2	10	1386064	1386073	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_006576	ACCCA	2	10	1439808	1439817	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
133	NC_006576	AGAGA	2	10	1443741	1443750	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_006576	CTCTG	2	10	1453113	1453122	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_006576	GCATC	2	10	1460985	1460994	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_006576	CAGTG	2	10	1468885	1468894	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_006576	AGAAC	2	10	1491994	1492003	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_006576	GCCTA	2	10	1494615	1494624	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_006576	AAAGA	2	10	1501526	1501535	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_006576	AATTA	2	10	1505575	1505584	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_006576	AGGCT	2	10	1516300	1516309	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_006576	CAATC	2	10	1532198	1532207	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_006576	GAGGG	2	10	1538936	1538945	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
144	NC_006576	TCGCT	2	10	1556105	1556114	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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263	NC_006576	CTGAG	2	10	2653222	2653231	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
264	NC_006576	ATAAA	2	10	2653973	2653982	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_006576	CAGCC	2	10	2665588	2665597	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
266	NC_006576	TTGTC	2	10	2676288	2676297	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
267	NC_006576	CGGTG	2	10	2680287	2680296	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.