MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Ruegeria pomeroyi DSS-3 megaplasmid

Total Repeats: 44

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006569	TGGCG	2	10	9392	9401	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
2	NC_006569	CTCTC	2	10	20364	20373	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
3	NC_006569	CTGCG	2	10	24610	24619	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_006569	CGGCG	2	10	42456	42465	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
5	NC_006569	GCCCC	2	10	51753	51762	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
6	NC_006569	CGCGC	2	10	56495	56504	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
7	NC_006569	ACGAA	2	10	57434	57443	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_006569	CGAGG	2	10	81327	81336	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_006569	CGCGT	2	10	91254	91263	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_006569	CGGCC	2	10	91327	91336	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
11	NC_006569	CCGCA	2	10	107230	107239	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
12	NC_006569	CAGGT	2	10	109924	109933	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_006569	ATAAA	2	10	124918	124927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006569	AGGCT	2	10	145691	145700	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_006569	CGCGT	2	10	145849	145858	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_006569	CGGCC	2	10	145922	145931	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
17	NC_006569	AAACG	2	10	147444	147453	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_006569	TCGCC	2	10	175998	176007	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_006569	GGAAA	2	10	189795	189804	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_006569	CCCGG	2	10	252253	252262	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
21	NC_006569	GCCCT	2	10	261304	261313	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_006569	GGTTC	2	10	308728	308737	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_006569	GACAA	2	10	330916	330925	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_006569	AGGGG	2	10	338175	338184	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006569	GATCT	2	10	339759	339768	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_006569	GCGAA	2	10	339817	339826	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_006569	GGTGC	2	10	350651	350660	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_006569	CGGGG	2	10	357727	357736	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
29	NC_006569	CCGCC	2	10	360297	360306	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
30	NC_006569	GATGC	2	10	366283	366292	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_006569	TCTTG	2	10	368976	368985	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_006569	AATAG	2	10	381700	381709	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_006569	TGCTT	2	10	382762	382771	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_006569	CATGC	2	10	387517	387526	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_006569	GCCGC	2	10	405125	405134	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
36	NC_006569	TTCCC	2	10	405144	405153	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_006569	GGCGC	2	10	406107	406116	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
38	NC_006569	CGGGC	2	10	428058	428067	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NC_006569	GGCCC	2	10	440712	440721	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
40	NC_006569	CGGGG	2	10	458985	458994	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
41	NC_006569	GTCAG	2	10	475820	475829	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_006569	TGGGC	2	10	487968	487977	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_006569	GCGCC	2	10	488115	488124	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
44	NC_006569	AACGG	2	10	490189	490198	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.