MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Ruegeria pomeroyi DSS-3 megaplasmid

Total Repeats: 369

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006569	CGCTG	2	10	428	437	0 %	20 %	40 %	40 %	56709230
2	NC_006569	CTGCC	2	10	6137	6146	0 %	20 %	20 %	60 %	56708798
3	NC_006569	AGCGC	2	10	6963	6972	20 %	0 %	40 %	40 %	56708800
4	NC_006569	AGACA	2	10	7010	7019	60 %	0 %	20 %	20 %	56708800
5	NC_006569	GGGCC	2	10	8897	8906	0 %	0 %	60 %	40 %	56708801
6	NC_006569	GCCAT	2	10	9874	9883	20 %	20 %	20 %	40 %	56708802
7	NC_006569	GCCCG	2	10	12183	12192	0 %	0 %	40 %	60 %	56708805
8	NC_006569	GACCT	2	10	13788	13797	20 %	20 %	20 %	40 %	56708806
9	NC_006569	GCCGG	2	10	14565	14574	0 %	0 %	60 %	40 %	56708807
10	NC_006569	GTGCT	2	10	14577	14586	0 %	40 %	40 %	20 %	56708807
11	NC_006569	TGCTG	2	10	14797	14806	0 %	40 %	40 %	20 %	56708807
12	NC_006569	GCAGC	2	10	15382	15391	20 %	0 %	40 %	40 %	56708808
13	NC_006569	GCGCA	2	10	15675	15684	20 %	0 %	40 %	40 %	56708809
14	NC_006569	CGCGG	2	10	20120	20129	0 %	0 %	60 %	40 %	56708813
15	NC_006569	CCGCG	2	10	21493	21502	0 %	0 %	40 %	60 %	56708815
16	NC_006569	CTTGC	2	10	21568	21577	0 %	40 %	20 %	40 %	56708815
17	NC_006569	CGCGG	2	10	22470	22479	0 %	0 %	60 %	40 %	56708816
18	NC_006569	TCGCC	2	10	22481	22490	0 %	20 %	20 %	60 %	56708816
19	NC_006569	CCCGG	2	10	24967	24976	0 %	0 %	40 %	60 %	56708818
20	NC_006569	GCGAT	2	10	25484	25493	20 %	20 %	40 %	20 %	56708818
21	NC_006569	TGGCC	2	10	27226	27235	0 %	20 %	40 %	40 %	56708819
22	NC_006569	GGGCC	2	10	28588	28597	0 %	0 %	60 %	40 %	56708821
23	NC_006569	GACCT	2	10	29134	29143	20 %	20 %	20 %	40 %	56708822
24	NC_006569	CCTGT	2	10	29841	29850	0 %	40 %	20 %	40 %	56708823
25	NC_006569	TCGCC	2	10	30206	30215	0 %	20 %	20 %	60 %	56708823
26	NC_006569	CGCGC	2	10	31595	31604	0 %	0 %	40 %	60 %	56708825
27	NC_006569	ATCAC	2	10	31849	31858	40 %	20 %	0 %	40 %	56708826
28	NC_006569	GATCC	2	10	32130	32139	20 %	20 %	20 %	40 %	56708826
29	NC_006569	GCTGG	2	10	34940	34949	0 %	20 %	60 %	20 %	56708829
30	NC_006569	CGCGC	2	10	35489	35498	0 %	0 %	40 %	60 %	56708829
31	NC_006569	GTCCG	2	10	36950	36959	0 %	20 %	40 %	40 %	56708830
32	NC_006569	CCGCG	2	10	37544	37553	0 %	0 %	40 %	60 %	56708832
33	NC_006569	CCGGG	2	10	38667	38676	0 %	0 %	60 %	40 %	56708833
34	NC_006569	CCCAG	2	10	38904	38913	20 %	0 %	20 %	60 %	56708833
35	NC_006569	GCGTT	2	10	40411	40420	0 %	40 %	40 %	20 %	56708836
36	NC_006569	CCAAC	2	10	42521	42530	40 %	0 %	0 %	60 %	56708838
37	NC_006569	CAAGA	2	10	42885	42894	60 %	0 %	20 %	20 %	56708838
38	NC_006569	GCGGT	2	10	43835	43844	0 %	20 %	60 %	20 %	56708839
39	NC_006569	GGGGC	2	10	44431	44440	0 %	0 %	80 %	20 %	56708839
40	NC_006569	CCCCG	2	10	49086	49095	0 %	0 %	20 %	80 %	56708842
41	NC_006569	CGGGC	2	10	50252	50261	0 %	0 %	60 %	40 %	56708844
42	NC_006569	GTCTG	2	10	50751	50760	0 %	40 %	40 %	20 %	56708845
43	NC_006569	GGCGA	2	10	52516	52525	20 %	0 %	60 %	20 %	56708847
44	NC_006569	GCCGG	2	10	54446	54455	0 %	0 %	60 %	40 %	56708849
45	NC_006569	CCCAT	2	10	54961	54970	20 %	20 %	0 %	60 %	56708849
46	NC_006569	GCGCC	2	10	56765	56774	0 %	0 %	40 %	60 %	56708850
47	NC_006569	TCAGG	2	10	57490	57499	20 %	20 %	40 %	20 %	56708851
48	NC_006569	TCTGC	2	10	57975	57984	0 %	40 %	20 %	40 %	56708851
49	NC_006569	GGATC	2	10	58365	58374	20 %	20 %	40 %	20 %	56708851
50	NC_006569	TGGTC	2	10	61343	61352	0 %	40 %	40 %	20 %	56708853
51	NC_006569	CGGTC	2	10	63602	63611	0 %	20 %	40 %	40 %	56708854
52	NC_006569	GGTCG	2	10	64002	64011	0 %	20 %	60 %	20 %	56708854
53	NC_006569	GATCA	2	10	71691	71700	40 %	20 %	20 %	20 %	56708863
54	NC_006569	GGCGC	2	10	72168	72177	0 %	0 %	60 %	40 %	56708864
55	NC_006569	CGGTG	2	10	72641	72650	0 %	20 %	60 %	20 %	56708864
56	NC_006569	GGGCC	2	10	73241	73250	0 %	0 %	60 %	40 %	56708865
57	NC_006569	CCGGC	2	10	73493	73502	0 %	0 %	40 %	60 %	56708865
58	NC_006569	GGCCG	2	10	74119	74128	0 %	0 %	60 %	40 %	56708867
59	NC_006569	CTGGC	2	10	75097	75106	0 %	20 %	40 %	40 %	56708868
60	NC_006569	GCTGC	2	10	77547	77556	0 %	20 %	40 %	40 %	56708870
61	NC_006569	ATTGA	2	10	81158	81167	40 %	40 %	20 %	0 %	56708873
62	NC_006569	CGTCT	2	10	83243	83252	0 %	40 %	20 %	40 %	56708874
63	NC_006569	AAGCG	2	10	83323	83332	40 %	0 %	40 %	20 %	56708874
64	NC_006569	CCGTC	2	10	86672	86681	0 %	20 %	20 %	60 %	56708875
65	NC_006569	AGAGT	2	10	88198	88207	40 %	20 %	40 %	0 %	56708876
66	NC_006569	GGCTT	2	10	89112	89121	0 %	40 %	40 %	20 %	56708876
67	NC_006569	TCGCC	2	10	92098	92107	0 %	20 %	20 %	60 %	56708879
68	NC_006569	GTGGC	2	10	93235	93244	0 %	20 %	60 %	20 %	56708880
69	NC_006569	CCAGT	2	10	97224	97233	20 %	20 %	20 %	40 %	56708883
70	NC_006569	TGCCA	2	10	98065	98074	20 %	20 %	20 %	40 %	56708884
71	NC_006569	GACCC	2	10	100759	100768	20 %	0 %	20 %	60 %	56708887
72	NC_006569	CCTGC	2	10	101484	101493	0 %	20 %	20 %	60 %	56708888
73	NC_006569	TGCAA	2	10	103425	103434	40 %	20 %	20 %	20 %	56708890
74	NC_006569	GACCT	2	10	103776	103785	20 %	20 %	20 %	40 %	56708890
75	NC_006569	CGCAG	2	10	104014	104023	20 %	0 %	40 %	40 %	56708891
76	NC_006569	CGCAG	2	10	107378	107387	20 %	0 %	40 %	40 %	56708894
77	NC_006569	ACCCA	2	10	107801	107810	40 %	0 %	0 %	60 %	56708894
78	NC_006569	GGATT	2	10	112096	112105	20 %	40 %	40 %	0 %	56708897
79	NC_006569	GAGCG	2	10	112149	112158	20 %	0 %	60 %	20 %	56708897
80	NC_006569	CGCCC	2	10	115467	115476	0 %	0 %	20 %	80 %	56708898
81	NC_006569	CACCG	2	10	115548	115557	20 %	0 %	20 %	60 %	56708898
82	NC_006569	CCTCG	2	10	115760	115769	0 %	20 %	20 %	60 %	56708898
83	NC_006569	TCGCT	2	10	116575	116584	0 %	40 %	20 %	40 %	56708899
84	NC_006569	CGCGC	2	10	117406	117415	0 %	0 %	40 %	60 %	56708899
85	NC_006569	GGGTG	2	10	118311	118320	0 %	20 %	80 %	0 %	56708900
86	NC_006569	AGGTG	2	10	118604	118613	20 %	20 %	60 %	0 %	56708900
87	NC_006569	TTCCA	2	10	122108	122117	20 %	40 %	0 %	40 %	56708904
88	NC_006569	TTGCT	2	10	123390	123399	0 %	60 %	20 %	20 %	56708906
89	NC_006569	CATTC	2	10	125107	125116	20 %	40 %	0 %	40 %	56708907
90	NC_006569	CGCGC	2	10	126629	126638	0 %	0 %	40 %	60 %	56708908
91	NC_006569	GCGGG	2	10	128389	128398	0 %	0 %	80 %	20 %	56708909
92	NC_006569	GCCCG	2	10	129940	129949	0 %	0 %	40 %	60 %	56708910
93	NC_006569	CCGAG	2	10	130744	130753	20 %	0 %	40 %	40 %	56708910
94	NC_006569	AGCGC	2	10	134483	134492	20 %	0 %	40 %	40 %	56708911
95	NC_006569	GAATG	2	10	137276	137285	40 %	20 %	40 %	0 %	56708914
96	NC_006569	GGCCG	2	10	137733	137742	0 %	0 %	60 %	40 %	56708914
97	NC_006569	GCACG	2	10	140019	140028	20 %	0 %	40 %	40 %	56708916
98	NC_006569	GCAAA	2	10	140153	140162	60 %	0 %	20 %	20 %	56708916
99	NC_006569	CGGCG	2	10	143166	143175	0 %	0 %	60 %	40 %	56708919
100	NC_006569	GATTC	2	10	147669	147678	20 %	40 %	20 %	20 %	56708923
101	NC_006569	TGACC	2	10	147899	147908	20 %	20 %	20 %	40 %	56708923
102	NC_006569	GAAGA	2	10	148644	148653	60 %	0 %	40 %	0 %	56708923
103	NC_006569	ACCGC	2	10	149112	149121	20 %	0 %	20 %	60 %	56708924
104	NC_006569	TGCGC	2	10	150222	150231	0 %	20 %	40 %	40 %	56708926
105	NC_006569	CGAGG	2	10	154306	154315	20 %	0 %	60 %	20 %	56708929
106	NC_006569	GGGTG	2	10	159645	159654	0 %	20 %	80 %	0 %	56708934
107	NC_006569	CAAGC	2	10	159668	159677	40 %	0 %	20 %	40 %	56708934
108	NC_006569	CTTGC	2	10	160936	160945	0 %	40 %	20 %	40 %	56708935
109	NC_006569	CGCGA	2	10	162214	162223	20 %	0 %	40 %	40 %	56708936
110	NC_006569	CGCAC	2	10	164276	164285	20 %	0 %	20 %	60 %	56708938
111	NC_006569	CCGCG	2	10	164773	164782	0 %	0 %	40 %	60 %	56708939
112	NC_006569	GCCTG	2	10	166257	166266	0 %	20 %	40 %	40 %	56708940
113	NC_006569	GTGAT	2	10	168038	168047	20 %	40 %	40 %	0 %	56708941
114	NC_006569	CGCCT	2	10	168310	168319	0 %	20 %	20 %	60 %	56708941
115	NC_006569	CGACC	2	10	171408	171417	20 %	0 %	20 %	60 %	56708941
116	NC_006569	ACGCA	2	10	171712	171721	40 %	0 %	20 %	40 %	56708942
117	NC_006569	CGCGC	2	10	172267	172276	0 %	0 %	40 %	60 %	56708942
118	NC_006569	CAGGG	2	10	173181	173190	20 %	0 %	60 %	20 %	56708943
119	NC_006569	CCGGT	2	10	174679	174688	0 %	20 %	40 %	40 %	56708944
120	NC_006569	ACTGG	2	10	175100	175109	20 %	20 %	40 %	20 %	56708945
121	NC_006569	CGGCG	2	10	175223	175232	0 %	0 %	60 %	40 %	56708945
122	NC_006569	CGCGC	2	10	175712	175721	0 %	0 %	40 %	60 %	56708945
123	NC_006569	TCGCG	2	10	179727	179736	0 %	20 %	40 %	40 %	56708949
124	NC_006569	GCCCG	2	10	181381	181390	0 %	0 %	40 %	60 %	56708950
125	NC_006569	CGGGC	2	10	182498	182507	0 %	0 %	60 %	40 %	56708951
126	NC_006569	TGGCG	2	10	184408	184417	0 %	20 %	60 %	20 %	56708953
127	NC_006569	GCTGG	2	10	184530	184539	0 %	20 %	60 %	20 %	56708953
128	NC_006569	CGGTC	2	10	184584	184593	0 %	20 %	40 %	40 %	56708953
129	NC_006569	GACGG	2	10	187438	187447	20 %	0 %	60 %	20 %	56708954
130	NC_006569	TGTTC	2	10	188502	188511	0 %	60 %	20 %	20 %	56708956
131	NC_006569	CTGAC	2	10	190091	190100	20 %	20 %	20 %	40 %	56708959
132	NC_006569	CCAGC	2	10	195402	195411	20 %	0 %	20 %	60 %	56708965
133	NC_006569	CAGAA	2	10	196100	196109	60 %	0 %	20 %	20 %	56708966
134	NC_006569	TTGCC	2	10	197137	197146	0 %	40 %	20 %	40 %	56708968
135	NC_006569	GCGCG	2	10	198220	198229	0 %	0 %	60 %	40 %	56708968
136	NC_006569	GCCCA	2	10	198506	198515	20 %	0 %	20 %	60 %	56708969
137	NC_006569	CTGCC	2	10	200202	200211	0 %	20 %	20 %	60 %	56708971
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.