MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Ruegeria pomeroyi DSS-3 megaplasmid

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006569	ACCG	2	8	4954	4961	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_006569	AGAA	2	8	12839	12846	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_006569	GGTG	2	8	23007	23014	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006569	TAAA	2	8	24563	24570	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006569	CCGC	2	8	24626	24633	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
6	NC_006569	TAGG	2	8	24849	24856	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_006569	GAGT	2	8	34324	34331	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_006569	CCCG	2	8	34572	34579	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
9	NC_006569	AGAA	2	8	36679	36686	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_006569	TTTC	2	8	36702	36709	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_006569	ATGC	2	8	37105	37112	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_006569	GCGG	2	8	37519	37526	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
13	NC_006569	ATGA	2	8	41456	41463	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006569	CGGG	2	8	50897	50904	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
15	NC_006569	GAGC	2	8	51706	51713	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_006569	CACC	2	8	53527	53534	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
17	NC_006569	GCCC	2	8	56544	56551	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
18	NC_006569	AGAA	2	8	59728	59735	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_006569	CCGG	2	8	60553	60560	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_006569	GCTC	2	8	75916	75923	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_006569	ATCG	2	8	81388	81395	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_006569	CACG	2	8	81405	81412	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_006569	GCCT	2	8	81440	81447	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_006569	CACG	2	8	81726	81733	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_006569	GATA	2	8	82685	82692	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_006569	CATA	2	8	82803	82810	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_006569	GAAA	2	8	85301	85308	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006569	GAAT	2	8	87026	87033	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_006569	TTCA	2	8	87083	87090	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_006569	GTGG	2	8	87197	87204	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006569	CGAA	2	8	87363	87370	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_006569	CCGG	2	8	92414	92421	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_006569	CAGC	2	8	93169	93176	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_006569	CGTC	2	8	96279	96286	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_006569	TGCC	2	8	96395	96402	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_006569	CGCA	2	8	96549	96556	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_006569	CCGA	2	8	102296	102303	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_006569	TACT	2	8	105731	105738	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_006569	TCGG	2	8	106992	106999	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_006569	CTGC	2	8	109854	109861	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_006569	GGCG	2	8	109888	109895	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
42	NC_006569	CGAC	2	8	109899	109906	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_006569	AGAA	2	8	127986	127993	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_006569	TCGA	2	8	129147	129154	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_006569	AGTT	2	8	129234	129241	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006569	CGGC	2	8	145528	145535	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_006569	TGCT	2	8	147281	147288	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_006569	GGGT	2	8	147295	147302	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
49	NC_006569	GGCC	2	8	153398	153405	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_006569	GGTC	2	8	153430	153437	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_006569	GCCC	2	8	157959	157966	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
52	NC_006569	TGCC	2	8	167143	167150	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_006569	GTTC	2	8	171613	171620	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_006569	GGCT	2	8	172781	172788	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_006569	CATG	2	8	175062	175069	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_006569	ACCT	2	8	189787	189794	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_006569	TCAT	2	8	190597	190604	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_006569	CTGC	2	8	193878	193885	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_006569	GCCG	2	8	194361	194368	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
60	NC_006569	CTTT	2	8	194864	194871	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_006569	ACAT	2	8	199692	199699	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_006569	GGCC	2	8	204455	204462	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_006569	CGGT	2	8	204469	204476	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_006569	GTCA	2	8	212726	212733	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_006569	ATAA	2	8	214455	214462	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_006569	GGCG	2	8	214906	214913	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
67	NC_006569	CCCG	2	8	219585	219592	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
68	NC_006569	GCCA	2	8	219610	219617	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_006569	CAAG	2	8	224506	224513	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_006569	CGCT	2	8	224557	224564	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_006569	TTGG	2	8	230013	230020	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_006569	GGCG	2	8	239589	239596	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
73	NC_006569	GCCC	2	8	241938	241945	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
74	NC_006569	AACC	2	8	242094	242101	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_006569	CGGG	2	8	243846	243853	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
76	NC_006569	GCCC	2	8	243871	243878	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
77	NC_006569	GGTT	2	8	261331	261338	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_006569	GGCT	2	8	264583	264590	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_006569	GGTC	2	8	264658	264665	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_006569	GGCG	2	8	264724	264731	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
81	NC_006569	GTTG	2	8	265735	265742	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_006569	CTTG	2	8	266920	266927	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_006569	GGTT	2	8	282470	282477	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_006569	GGCA	2	8	290964	290971	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_006569	GGCG	2	8	294273	294280	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
86	NC_006569	TCCC	2	8	296605	296612	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
87	NC_006569	ACGG	2	8	296657	296664	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_006569	TGCT	2	8	299820	299827	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_006569	CCCG	2	8	300140	300147	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
90	NC_006569	ATAA	2	8	308867	308874	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_006569	TCAT	2	8	318816	318823	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_006569	GCGA	2	8	322127	322134	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_006569	GAAC	2	8	324399	324406	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_006569	CTTT	2	8	334931	334938	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_006569	AGAC	2	8	338539	338546	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_006569	CCGC	2	8	339343	339350	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
97	NC_006569	AATG	2	8	349371	349378	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_006569	CGCA	2	8	350552	350559	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_006569	TGCC	2	8	350776	350783	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_006569	TCAA	2	8	351135	351142	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_006569	ACAT	2	8	351172	351179	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_006569	GTCC	2	8	353858	353865	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_006569	GGGC	2	8	355752	355759	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
104	NC_006569	TCTT	2	8	356309	356316	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_006569	GCCC	2	8	357760	357767	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
106	NC_006569	GGCG	2	8	362429	362436	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
107	NC_006569	TCTT	2	8	364983	364990	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_006569	CCCG	2	8	367304	367311	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
109	NC_006569	CAAT	2	8	367637	367644	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_006569	GCTG	2	8	369016	369023	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_006569	GGCA	2	8	369447	369454	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_006569	CCTG	2	8	369528	369535	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_006569	CCGC	2	8	369735	369742	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
114	NC_006569	CGGA	2	8	378589	378596	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_006569	GCCA	2	8	378956	378963	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_006569	GATC	2	8	379117	379124	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_006569	GCTG	2	8	382798	382805	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_006569	CAGC	2	8	390197	390204	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_006569	CTTC	2	8	390348	390355	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_006569	GGGT	2	8	391261	391268	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
121	NC_006569	GGGC	2	8	399165	399172	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
122	NC_006569	CAGG	2	8	401582	401589	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_006569	GCCA	2	8	401709	401716	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_006569	CCCG	2	8	401727	401734	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
125	NC_006569	GCCG	2	8	412930	412937	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
126	NC_006569	GCCC	2	8	412940	412947	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
127	NC_006569	AGGC	2	8	415767	415774	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_006569	CTGA	2	8	416167	416174	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_006569	GCGG	2	8	416919	416926	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
130	NC_006569	TCCG	2	8	423862	423869	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_006569	GCGG	2	8	425058	425065	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
132	NC_006569	CTGC	2	8	428200	428207	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_006569	GGGC	2	8	429318	429325	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
134	NC_006569	CGAA	2	8	429348	429355	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_006569	TCTG	2	8	432205	432212	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_006569	TTTG	2	8	435230	435237	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_006569	GAAA	2	8	436259	436266	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_006569	CCTG	2	8	438521	438528	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_006569	ACAG	2	8	438550	438557	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_006569	ACAG	2	8	441574	441581	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_006569	GCTG	2	8	443470	443477	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_006569	CCGG	2	8	456497	456504	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_006569	CCGG	2	8	456564	456571	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_006569	AGAA	2	8	463026	463033	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_006569	TTGC	2	8	475724	475731	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_006569	GCCC	2	8	485814	485821	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
147	NC_006569	GGGC	2	8	485829	485836	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
148	NC_006569	GAAC	2	8	487924	487931	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_006569	GGGT	2	8	488025	488032	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
150	NC_006569	CCTG	2	8	490028	490035	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
151	NC_006569	GTCT	2	8	490038	490045	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_006569	TTAT	2	8	491525	491532	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.