MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lactobacillus salivarius UCC118 plasmid pSF118-44

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006530	TGGT	2	8	147	154	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006530	CTTG	2	8	170	177	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_006530	GCCG	2	8	324	331	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_006530	TGAT	2	8	510	517	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006530	TCAA	2	8	559	566	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_006530	ATTC	2	8	683	690	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_006530	TAAA	2	8	922	929	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_006530	TTTA	2	8	970	977	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_006530	GAAA	2	8	1983	1990	75 %	0 %	25 %	0 %	56707137
10	NC_006530	TAAC	2	8	2043	2050	50 %	25 %	0 %	25 %	56707137
11	NC_006530	TGAG	2	8	2065	2072	25 %	25 %	50 %	0 %	56707137
12	NC_006530	AGTA	2	8	2079	2086	50 %	25 %	25 %	0 %	56707137
13	NC_006530	AATT	2	8	2367	2374	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006530	TTTA	2	8	2791	2798	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_006530	TAAA	2	8	3245	3252	75 %	25 %	0 %	0 %	56707139
16	NC_006530	AGTA	2	8	3426	3433	50 %	25 %	25 %	0 %	56707139
17	NC_006530	ATAA	2	8	3673	3680	75 %	25 %	0 %	0 %	56707139
18	NC_006530	AAAT	2	8	3846	3853	75 %	25 %	0 %	0 %	56707139
19	NC_006530	AATG	2	8	4239	4246	50 %	25 %	25 %	0 %	56707140
20	NC_006530	ATTA	2	8	4303	4310	50 %	50 %	0 %	0 %	56707140
21	NC_006530	AAAT	2	8	4346	4353	75 %	25 %	0 %	0 %	56707140
22	NC_006530	AAAT	2	8	4572	4579	75 %	25 %	0 %	0 %	56707140
23	NC_006530	GGTT	2	8	4703	4710	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_006530	CAAT	2	8	4848	4855	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_006530	TTTA	2	8	5273	5280	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_006530	ATTT	2	8	6759	6766	25 %	75 %	0 %	0 %	56707144
27	NC_006530	TCAG	2	8	7004	7011	25 %	25 %	25 %	25 %	56707145
28	NC_006530	CTTT	2	8	7174	7181	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_006530	TGAT	2	8	7391	7398	25 %	50 %	25 %	0 %	56707146
30	NC_006530	AATG	2	8	9048	9055	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006530	ATTT	2	8	9394	9401	25 %	75 %	0 %	0 %	56707148
32	NC_006530	AGCG	2	8	10258	10265	25 %	0 %	50 %	25 %	56707148
33	NC_006530	AGCA	2	8	10511	10518	50 %	0 %	25 %	25 %	56707149
34	NC_006530	AAGA	2	8	10589	10596	75 %	0 %	25 %	0 %	56707149
35	NC_006530	GTGG	2	8	10888	10895	0 %	25 %	75 %	0 %	56707150
36	NC_006530	TTAA	2	8	11049	11056	50 %	50 %	0 %	0 %	56707150
37	NC_006530	GAAC	2	8	11267	11274	50 %	0 %	25 %	25 %	56707150
38	NC_006530	CAAA	2	8	11362	11369	75 %	0 %	0 %	25 %	56707150
39	NC_006530	AAGG	2	8	12428	12435	50 %	0 %	50 %	0 %	56707153
40	NC_006530	AAAG	2	8	12544	12551	75 %	0 %	25 %	0 %	56707153
41	NC_006530	AGAA	2	8	12624	12631	75 %	0 %	25 %	0 %	56707153
42	NC_006530	CGCA	2	8	12717	12724	25 %	0 %	25 %	50 %	56707153
43	NC_006530	GCAA	2	8	12810	12817	50 %	0 %	25 %	25 %	56707153
44	NC_006530	TGGT	2	8	12857	12864	0 %	50 %	50 %	0 %	56707153
45	NC_006530	TCAA	2	8	12978	12985	50 %	25 %	0 %	25 %	56707153
46	NC_006530	AGTT	2	8	13575	13582	25 %	50 %	25 %	0 %	56707153
47	NC_006530	ATTA	2	8	14183	14190	50 %	50 %	0 %	0 %	56707153
48	NC_006530	AGCA	2	8	14460	14467	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_006530	TCAA	2	8	14576	14583	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_006530	AAGC	2	8	15019	15026	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_006530	ATTC	2	8	15518	15525	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_006530	GAAA	2	8	16332	16339	75 %	0 %	25 %	0 %	56707156
53	NC_006530	TTAA	2	8	16348	16355	50 %	50 %	0 %	0 %	56707156
54	NC_006530	AAAG	2	8	16422	16429	75 %	0 %	25 %	0 %	56707156
55	NC_006530	TGGT	2	8	16625	16632	0 %	50 %	50 %	0 %	56707156
56	NC_006530	AGAT	2	8	16985	16992	50 %	25 %	25 %	0 %	56707157
57	NC_006530	ATTA	2	8	17047	17054	50 %	50 %	0 %	0 %	56707157
58	NC_006530	CAGT	2	8	17586	17593	25 %	25 %	25 %	25 %	56707158
59	NC_006530	TTCA	2	8	17644	17651	25 %	50 %	0 %	25 %	56707158
60	NC_006530	AATT	2	8	18305	18312	50 %	50 %	0 %	0 %	56707159
61	NC_006530	GATT	2	8	18893	18900	25 %	50 %	25 %	0 %	56707159
62	NC_006530	TATT	2	8	19094	19101	25 %	75 %	0 %	0 %	56707160
63	NC_006530	CCAG	2	8	19150	19157	25 %	0 %	25 %	50 %	56707160
64	NC_006530	GTTA	2	8	19372	19379	25 %	50 %	25 %	0 %	56707160
65	NC_006530	AATT	2	8	19728	19735	50 %	50 %	0 %	0 %	56707160
66	NC_006530	AAAT	2	8	19836	19843	75 %	25 %	0 %	0 %	56707160
67	NC_006530	AAAT	2	8	19860	19867	75 %	25 %	0 %	0 %	56707160
68	NC_006530	TTGT	2	8	20404	20411	0 %	75 %	25 %	0 %	56707162
69	NC_006530	ATTT	2	8	20641	20648	25 %	75 %	0 %	0 %	56707162
70	NC_006530	TCGG	2	8	21552	21559	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_006530	TCCG	2	8	21735	21742	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_006530	TGGT	2	8	21763	21770	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_006530	CAGT	2	8	22049	22056	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_006530	TTCA	2	8	22107	22114	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_006530	CCTT	2	8	22284	22291	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_006530	TTTA	2	8	22542	22549	25 %	75 %	0 %	0 %	56707165
77	NC_006530	CTTC	2	8	22966	22973	0 %	50 %	0 %	50 %	56707166
78	NC_006530	CATC	2	8	23056	23063	25 %	25 %	0 %	50 %	56707166
79	NC_006530	TTTC	2	8	23158	23165	0 %	75 %	0 %	25 %	56707166
80	NC_006530	AGCA	2	8	23639	23646	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_006530	CTTA	3	12	23867	23878	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_006530	CTGA	2	8	24550	24557	25 %	25 %	25 %	25 %	56707168
83	NC_006530	AACT	2	8	24587	24594	50 %	25 %	0 %	25 %	56707168
84	NC_006530	GTCG	2	8	24685	24692	0 %	25 %	50 %	25 %	56707168
85	NC_006530	GATC	2	8	24907	24914	25 %	25 %	25 %	25 %	56707168
86	NC_006530	AAAG	2	8	25287	25294	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_006530	CTTG	2	8	25796	25803	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_006530	TTGA	2	8	26106	26113	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_006530	GTTA	2	8	26483	26490	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_006530	TTGA	2	8	26664	26671	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_006530	TTTA	2	8	26987	26994	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006530	ATGG	2	8	27127	27134	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_006530	TTTC	2	8	27279	27286	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_006530	TTTA	2	8	28382	28389	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006530	AATT	2	8	28504	28511	50 %	50 %	0 %	0 %	56707169
96	NC_006530	AAAG	2	8	28744	28751	75 %	0 %	25 %	0 %	56707169
97	NC_006530	ATTT	2	8	28915	28922	25 %	75 %	0 %	0 %	56707169
98	NC_006530	TATC	2	8	28966	28973	25 %	50 %	0 %	25 %	56707169
99	NC_006530	AATG	2	8	29019	29026	50 %	25 %	25 %	0 %	56707169
100	NC_006530	GGTC	2	8	29448	29455	0 %	25 %	50 %	25 %	56707170
101	NC_006530	ATCA	2	8	29636	29643	50 %	25 %	0 %	25 %	56707170
102	NC_006530	ATTG	2	8	29769	29776	25 %	50 %	25 %	0 %	56707170
103	NC_006530	ATCA	2	8	30211	30218	50 %	25 %	0 %	25 %	56707171
104	NC_006530	AGTT	2	8	30438	30445	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_006530	ATTT	2	8	31071	31078	25 %	75 %	0 %	0 %	56707172
106	NC_006530	TTTA	2	8	31357	31364	25 %	75 %	0 %	0 %	56707172
107	NC_006530	AACA	2	8	31452	31459	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_006530	TAAA	2	8	31656	31663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_006530	GCCA	2	8	31814	31821	25 %	0 %	25 %	50 %	56707173
110	NC_006530	GAAA	2	8	32127	32134	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_006530	TAAG	2	8	32165	32172	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_006530	ACAA	2	8	33512	33519	75 %	0 %	0 %	25 %	56707174
113	NC_006530	TTGA	2	8	33520	33527	25 %	50 %	25 %	0 %	56707174
114	NC_006530	GCTA	2	8	33720	33727	25 %	25 %	25 %	25 %	56707174
115	NC_006530	ACTT	2	8	33742	33749	25 %	50 %	0 %	25 %	56707174
116	NC_006530	TACG	2	8	33771	33778	25 %	25 %	25 %	25 %	56707174
117	NC_006530	AACA	2	8	34117	34124	75 %	0 %	0 %	25 %	56707174
118	NC_006530	ATCA	2	8	34617	34624	50 %	25 %	0 %	25 %	56707175
119	NC_006530	GATG	2	8	34763	34770	25 %	25 %	50 %	0 %	56707175
120	NC_006530	GACC	2	8	35147	35154	25 %	0 %	25 %	50 %	56707175
121	NC_006530	TAGT	2	8	35288	35295	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_006530	GGCC	2	8	35583	35590	0 %	0 %	50 %	50 %	56707176
123	NC_006530	GTGG	2	8	35858	35865	0 %	25 %	75 %	0 %	56707176
124	NC_006530	CCAG	2	8	36650	36657	25 %	0 %	25 %	50 %	56707176
125	NC_006530	CTAG	2	8	36676	36683	25 %	25 %	25 %	25 %	56707176
126	NC_006530	TTTC	2	8	37979	37986	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_006530	GGGC	2	8	38212	38219	0 %	0 %	75 %	25 %	56707178
128	NC_006530	GTAG	2	8	38231	38238	25 %	25 %	50 %	0 %	56707178
129	NC_006530	TCTT	2	8	38870	38877	0 %	75 %	0 %	25 %	56707179
130	NC_006530	ATTT	2	8	39106	39113	25 %	75 %	0 %	0 %	56707179
131	NC_006530	AGAT	2	8	39195	39202	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_006530	AGCT	2	8	40068	40075	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_006530	TAAA	2	8	41522	41529	75 %	25 %	0 %	0 %	56707183
134	NC_006530	TACT	2	8	41569	41576	25 %	50 %	0 %	25 %	56707184
135	NC_006530	TTCC	2	8	41850	41857	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_006530	GGGC	2	8	42495	42502	0 %	0 %	75 %	25 %	56707185
137	NC_006530	CACT	2	8	42668	42675	25 %	25 %	0 %	50 %	56707185
138	NC_006530	ATCT	2	8	42917	42924	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_006530	TAAC	2	8	43571	43578	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_006530	TGGC	2	8	43717	43724	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.