MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus salivarius UCC118 plasmid pSF118-44

Total Repeats: 393

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006530	TGG	2	6	1042	1047	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707136
2	NC_006530	GGC	2	6	1069	1074	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56707136
3	NC_006530	CTT	2	6	1080	1085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707136
4	NC_006530	GGT	2	6	1092	1097	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707136
5	NC_006530	GAA	2	6	1206	1211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707136
6	NC_006530	GTA	2	6	1256	1261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707136
7	NC_006530	CGG	2	6	1293	1298	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56707136
8	NC_006530	GTT	2	6	1488	1493	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707136
9	NC_006530	AAT	2	6	1708	1713	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707136
10	NC_006530	CGT	2	6	1996	2001	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707137
11	NC_006530	AAG	2	6	2087	2092	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707137
12	NC_006530	CTT	2	6	2103	2108	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707137
13	NC_006530	CCG	2	6	2218	2223	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56707137
14	NC_006530	TTA	2	6	3256	3261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707139
15	NC_006530	TAT	2	6	3275	3280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707139
16	NC_006530	AAC	2	6	3351	3356	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707139
17	NC_006530	ATT	2	6	3479	3484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707139
18	NC_006530	TGC	2	6	3501	3506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707139
19	NC_006530	ATT	2	6	3551	3556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707139
20	NC_006530	ATG	2	6	3557	3562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707139
21	NC_006530	GCA	2	6	3625	3630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707139
22	NC_006530	AAC	2	6	3711	3716	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707139
23	NC_006530	ACA	2	6	3751	3756	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707139
24	NC_006530	TTA	2	6	3971	3976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707139
25	NC_006530	CTG	2	6	4007	4012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707139
26	NC_006530	TGG	2	6	4015	4020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707139
27	NC_006530	TCA	2	6	4035	4040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707139
28	NC_006530	TGG	2	6	4059	4064	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707139
29	NC_006530	GAT	2	6	4069	4074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707139
30	NC_006530	TAA	2	6	4077	4082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707139
31	NC_006530	ATT	2	6	4109	4114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707139
32	NC_006530	TAA	2	6	4115	4120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707139
33	NC_006530	ATT	2	6	4325	4330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707140
34	NC_006530	AAG	2	6	4412	4417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707140
35	NC_006530	AAG	2	6	4440	4445	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707140
36	NC_006530	AAG	2	6	4541	4546	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707140
37	NC_006530	ATT	2	6	4547	4552	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707140
38	NC_006530	TAT	2	6	4553	4558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707140
39	NC_006530	TGA	2	6	4563	4568	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707140
40	NC_006530	AAT	2	6	4609	4614	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707140
41	NC_006530	TTA	2	6	5871	5876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707142
42	NC_006530	ACT	2	6	5922	5927	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707142
43	NC_006530	ATG	2	6	5940	5945	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707142
44	NC_006530	AGC	3	9	5983	5991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707142
45	NC_006530	AAC	2	6	6006	6011	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707142
46	NC_006530	CTT	2	6	6020	6025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707142
47	NC_006530	AGA	2	6	6043	6048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707142
48	NC_006530	TGA	2	6	6103	6108	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707142
49	NC_006530	ATT	2	6	6132	6137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707142
50	NC_006530	ATT	2	6	6244	6249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707143
51	NC_006530	GAT	2	6	6301	6306	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707143
52	NC_006530	GCA	2	6	6378	6383	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707143
53	NC_006530	AAT	2	6	6424	6429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707143
54	NC_006530	ATT	2	6	6474	6479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707143
55	NC_006530	AAG	2	6	6496	6501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707143
56	NC_006530	TAA	2	6	6675	6680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707144
57	NC_006530	TAT	2	6	6906	6911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707145
58	NC_006530	CAT	2	6	6924	6929	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707145
59	NC_006530	AAT	2	6	6934	6939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707145
60	NC_006530	GCC	2	6	6959	6964	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56707145
61	NC_006530	TCT	2	6	7026	7031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707145
62	NC_006530	GCC	2	6	7052	7057	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56707145
63	NC_006530	GTT	2	6	7142	7147	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707145
64	NC_006530	AAT	2	6	7293	7298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707146
65	NC_006530	TGC	2	6	7305	7310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707146
66	NC_006530	AGG	2	6	7317	7322	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	56707146
67	NC_006530	ACA	2	6	7333	7338	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707146
68	NC_006530	ACC	2	6	7403	7408	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707146
69	NC_006530	ATT	2	6	7495	7500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707146
70	NC_006530	GTT	2	6	7587	7592	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707146
71	NC_006530	GAA	2	6	7629	7634	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707146
72	NC_006530	GTC	2	6	7811	7816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707146
73	NC_006530	ACA	2	6	7865	7870	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707146
74	NC_006530	AAC	2	6	7956	7961	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707146
75	NC_006530	GAA	3	9	7990	7998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707146
76	NC_006530	AAT	2	6	7999	8004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707146
77	NC_006530	TAT	2	6	9161	9166	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707148
78	NC_006530	CAA	2	6	9175	9180	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707148
79	NC_006530	CAA	2	6	9332	9337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707148
80	NC_006530	TGA	2	6	9344	9349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707148
81	NC_006530	AGT	2	6	9419	9424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707148
82	NC_006530	AAC	2	6	9469	9474	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707148
83	NC_006530	TGA	2	6	9695	9700	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707148
84	NC_006530	ATA	2	6	9769	9774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707148
85	NC_006530	TGA	2	6	9881	9886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707148
86	NC_006530	TCT	2	6	9919	9924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707148
87	NC_006530	ACT	2	6	9944	9949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707148
88	NC_006530	CAA	2	6	9972	9977	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707148
89	NC_006530	GCG	2	6	9980	9985	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56707148
90	NC_006530	TGA	2	6	10084	10089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707148
91	NC_006530	AAG	2	6	10121	10126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707148
92	NC_006530	CGA	2	6	10127	10132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707148
93	NC_006530	TGG	2	6	10194	10199	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707148
94	NC_006530	CAA	2	6	10203	10208	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707148
95	NC_006530	GAA	2	6	10240	10245	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707148
96	NC_006530	TTG	2	6	10468	10473	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707149
97	NC_006530	AGA	2	6	10967	10972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707150
98	NC_006530	GCC	2	6	11042	11047	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56707150
99	NC_006530	ACG	2	6	11106	11111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707150
100	NC_006530	ATA	2	6	11143	11148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707150
101	NC_006530	CAA	2	6	11154	11159	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707150
102	NC_006530	ATT	2	6	11284	11289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707150
103	NC_006530	CAA	2	6	11406	11411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707150
104	NC_006530	TTA	2	6	11550	11555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707151
105	NC_006530	TTC	2	6	11621	11626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707151
106	NC_006530	TGC	2	6	11790	11795	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707151
107	NC_006530	TGA	2	6	11948	11953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707152
108	NC_006530	GTT	2	6	11969	11974	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707152
109	NC_006530	CTT	2	6	12026	12031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707152
110	NC_006530	TGC	2	6	12391	12396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707153
111	NC_006530	ATT	2	6	12415	12420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707153
112	NC_006530	TGA	2	6	12421	12426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707153
113	NC_006530	ACT	2	6	12441	12446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707153
114	NC_006530	CAA	2	6	13055	13060	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707153
115	NC_006530	GAT	2	6	13226	13231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707153
116	NC_006530	TTA	2	6	13265	13270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707153
117	NC_006530	CTG	2	6	13307	13312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707153
118	NC_006530	GTT	2	6	13354	13359	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707153
119	NC_006530	GTG	2	6	13367	13372	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707153
120	NC_006530	ACG	2	6	13432	13437	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707153
121	NC_006530	TTA	2	6	13523	13528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707153
122	NC_006530	ATT	2	6	13537	13542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707153
123	NC_006530	CAG	2	6	13586	13591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707153
124	NC_006530	ACA	2	6	13776	13781	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707153
125	NC_006530	GAT	2	6	13828	13833	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707153
126	NC_006530	CGA	2	6	13897	13902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707153
127	NC_006530	CAG	2	6	13919	13924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707153
128	NC_006530	GTC	2	6	13931	13936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707153
129	NC_006530	ATC	2	6	14007	14012	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707153
130	NC_006530	ATG	2	6	14034	14039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707153
131	NC_006530	ACA	2	6	14125	14130	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707153
132	NC_006530	ACA	2	6	14132	14137	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707153
133	NC_006530	AGC	2	6	14331	14336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707153
134	NC_006530	ATT	2	6	14889	14894	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707154
135	NC_006530	CTT	2	6	14950	14955	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707154
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140	NC_006530	TAG	2	6	15950	15955	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707156
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155	NC_006530	TTA	2	6	17035	17040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707157
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159	NC_006530	TAT	2	6	17120	17125	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707157
160	NC_006530	TAG	2	6	17129	17134	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707157
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259	NC_006530	CAT	2	6	29900	29905	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707171
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261	NC_006530	CAT	2	6	29929	29934	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707171
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372	NC_006530	ATT	2	6	40931	40936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707182
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382	NC_006530	ACC	2	6	41414	41419	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707183
383	NC_006530	ATC	2	6	41465	41470	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707183
384	NC_006530	TGA	2	6	41491	41496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707183
385	NC_006530	TAA	2	6	41546	41551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707183
386	NC_006530	TCA	2	6	41806	41811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707184
387	NC_006530	TAA	2	6	41978	41983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707185
388	NC_006530	ATT	2	6	42005	42010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707185
389	NC_006530	GTC	2	6	42308	42313	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707185
390	NC_006530	CTG	2	6	42348	42353	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707185
391	NC_006530	GTA	2	6	42367	42372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707185
392	NC_006530	CAA	2	6	42510	42515	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707185
393	NC_006530	CTG	2	6	42614	42619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707185

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.