MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Thermus thermophilus HB8 plasmid pTT27

Total Repeats: 254

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006462	GCCCTT	2	12	2435	2446	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55978189
2	NC_006462	TGCGGG	2	12	3769	3780	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	55978192
3	NC_006462	ACCCGG	2	12	3844	3855	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978192
4	NC_006462	CCAGGG	2	12	5499	5510	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978195
5	NC_006462	CACCCC	2	12	7401	7412	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	55978198
6	NC_006462	CCAGGA	2	12	7646	7657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978198
7	NC_006462	CGGCCC	2	12	7757	7768	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978198
8	NC_006462	GCCTCC	2	12	8080	8091	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978198
9	NC_006462	CCCAGG	2	12	10920	10931	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978203
10	NC_006462	CCAGGG	2	12	11010	11021	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978203
11	NC_006462	GGCCTC	2	12	11344	11355	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978203
12	NC_006462	CCCCTC	2	12	12510	12521	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	55978205
13	NC_006462	GCACCC	2	12	12545	12556	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	55978205
14	NC_006462	CCAGGG	2	12	15252	15263	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978207
15	NC_006462	CCTGGC	2	12	15878	15889	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978208
16	NC_006462	GAGAGG	2	12	16794	16805	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978209
17	NC_006462	TCGCCC	2	12	20008	20019	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978213
18	NC_006462	CGAGGC	2	12	20880	20891	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978215
19	NC_006462	GCCTCC	2	12	21566	21577	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978215
20	NC_006462	CCGGGC	2	12	22279	22290	0 %	0 %	50 %	50 %	55978215
21	NC_006462	GCCGAG	2	12	22737	22748	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978216
22	NC_006462	CTCGCC	2	12	22902	22913	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978216
23	NC_006462	CCTGGA	2	12	24019	24030	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978216
24	NC_006462	GAGGGG	2	12	24672	24683	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	55978216
25	NC_006462	TGGAGG	2	12	24895	24906	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	55978216
26	NC_006462	AGGCCC	2	12	26792	26803	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978218
27	NC_006462	GGGCCT	2	12	26984	26995	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55978219
28	NC_006462	CGGGCC	2	12	27369	27380	0 %	0 %	50 %	50 %	55978219
29	NC_006462	GGCCCT	2	12	28172	28183	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978219
30	NC_006462	GGGCCC	2	12	28661	28672	0 %	0 %	50 %	50 %	55978220
31	NC_006462	GCCTCC	2	12	30718	30729	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978220
32	NC_006462	CCCCAA	2	12	31485	31496	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978221
33	NC_006462	GGCCTG	2	12	31886	31897	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55978222
34	NC_006462	CCCGGG	2	12	31910	31921	0 %	0 %	50 %	50 %	55978222
35	NC_006462	CCTCTT	2	12	33133	33144	0 %	50 %	0 %	50 %	55978223
36	NC_006462	GGACCT	2	12	33469	33480	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978223
37	NC_006462	CTTCCC	2	12	33874	33885	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978224
38	NC_006462	GCCCTG	2	12	34084	34095	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978224
39	NC_006462	GCGGGG	2	12	34096	34107	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	55978224
40	NC_006462	GGCCCG	2	12	35363	35374	0 %	0 %	50 %	50 %	55978225
41	NC_006462	CCCGGG	2	12	36797	36808	0 %	0 %	50 %	50 %	55978226
42	NC_006462	GAGGGC	2	12	36969	36980	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	55978226
43	NC_006462	GTCTCC	2	12	38443	38454	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55978228
44	NC_006462	GTCTCC	2	12	38674	38685	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55978228
45	NC_006462	AGGGCC	2	12	39174	39185	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978229
46	NC_006462	CCAGGG	2	12	39300	39311	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978229
47	NC_006462	CGAAGG	2	12	39348	39359	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55978229
48	NC_006462	AGGTCC	2	12	41613	41624	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978231
49	NC_006462	GCGGTG	2	12	43000	43011	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	55978232
50	NC_006462	GGCCTC	2	12	43939	43950	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978233
51	NC_006462	GCCCTC	2	12	44088	44099	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978234
52	NC_006462	AGGCTC	2	12	45379	45390	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978235
53	NC_006462	GTGGGG	2	12	45520	45531	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	55978235
54	NC_006462	CCGAGG	2	12	46061	46072	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978236
55	NC_006462	TCCAGG	2	12	46898	46909	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978236
56	NC_006462	CCTGGC	2	12	47857	47868	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978238
57	NC_006462	GGGGTG	2	12	47969	47980	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	55978238
58	NC_006462	GAGGCG	2	12	49104	49115	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	55978239
59	NC_006462	ACCCTC	2	12	49336	49347	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	55978240
60	NC_006462	CGCCCC	2	12	49719	49730	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	55978240
61	NC_006462	CCCTGG	2	12	50318	50329	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978240
62	NC_006462	GGGGAG	2	12	50530	50541	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	55978241
63	NC_006462	GGTCCT	2	12	50732	50743	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978241
64	NC_006462	CCTGGA	2	12	50972	50983	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978241
65	NC_006462	CACCCC	2	12	51305	51316	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	55978241
66	NC_006462	GCCTTG	2	12	52124	52135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978243
67	NC_006462	CCCTCC	2	12	52269	52280	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	55978243
68	NC_006462	GCCTGG	2	12	53237	53248	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55978245
69	NC_006462	CCTCCG	2	12	54674	54685	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978247
70	NC_006462	CCCTCC	2	12	56485	56496	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	55978249
71	NC_006462	CGGCCT	2	12	56855	56866	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978249
72	NC_006462	TGGGGA	2	12	57616	57627	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	55978249
73	NC_006462	AGACGA	2	12	59206	59217	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	55978250
74	NC_006462	GTTCAC	2	12	62471	62482	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55978253
75	NC_006462	CAGGTG	2	12	63173	63184	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55978254
76	NC_006462	CCCAGG	2	12	63663	63674	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978254
77	NC_006462	GGAAGC	2	12	64258	64269	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55978255
78	NC_006462	GGGTCC	2	12	64449	64460	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55978255
79	NC_006462	CACCTT	2	12	66633	66644	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	55978258
80	NC_006462	GAGCGC	2	12	66882	66893	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978258
81	NC_006462	ATCGGG	2	12	67020	67031	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55978259
82	NC_006462	CGGGGG	2	12	69650	69661	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	55978261
83	NC_006462	CGTGGC	2	12	70078	70089	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55978262
84	NC_006462	GGGCCT	2	12	70635	70646	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55978262
85	NC_006462	GGCGGT	2	12	71587	71598	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	55978263
86	NC_006462	CTGGAG	2	12	72099	72110	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55978264
87	NC_006462	TCCTCG	2	12	76482	76493	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55978269
88	NC_006462	GGCCAC	2	12	77128	77139	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978269
89	NC_006462	CGTCCT	2	12	77227	77238	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55978269
90	NC_006462	CGCCTT	2	12	77731	77742	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55978270
91	NC_006462	CGGGGA	2	12	78192	78203	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	55978270
92	NC_006462	CGGCCA	2	12	78237	78248	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978270
93	NC_006462	GTTCTG	2	12	79739	79750	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	55978272
94	NC_006462	CCTGGC	2	12	80567	80578	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978273
95	NC_006462	GCCCTC	2	12	81443	81454	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978274
96	NC_006462	GGACCT	2	12	81502	81513	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978274
97	NC_006462	GGGCCC	2	12	81531	81542	0 %	0 %	50 %	50 %	55978274
98	NC_006462	GGCCCT	2	12	81868	81879	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978274
99	NC_006462	CCAGGG	2	12	83099	83110	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978275
100	NC_006462	CCGTCC	2	12	84501	84512	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978276
101	NC_006462	CTGGGC	2	12	84874	84885	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55978276
102	NC_006462	GCCCAG	2	12	86514	86525	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978279
103	NC_006462	TTCCTC	2	12	86928	86939	0 %	50 %	0 %	50 %	55978279
104	NC_006462	AGAATG	2	12	89777	89788	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	55978284
105	NC_006462	AAGGCC	2	12	90907	90918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978285
106	NC_006462	TCTTCC	2	12	94665	94676	0 %	50 %	0 %	50 %	55978289
107	NC_006462	GGTCTT	2	12	95008	95019	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	55978289
108	NC_006462	CCGACG	2	12	95022	95033	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978289
109	NC_006462	TGGCCC	2	12	95295	95306	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978289
110	NC_006462	GGTCCT	2	12	96561	96572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978292
111	NC_006462	ACCTCC	2	12	97589	97600	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	55978292
112	NC_006462	GGAAGC	2	12	98068	98079	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55978293
113	NC_006462	CCTGGC	2	12	98282	98293	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978293
114	NC_006462	GGCCGG	2	12	98684	98695	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978293
115	NC_006462	GGCCCT	2	12	98870	98881	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978293
116	NC_006462	GGGCGA	2	12	100639	100650	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	55978296
117	NC_006462	AGGTGG	2	12	100818	100829	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	55978296
118	NC_006462	GGGAGG	2	12	102015	102026	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	55978297
119	NC_006462	CGGGTC	2	12	107988	107999	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55978303
120	NC_006462	ACATCC	2	12	109168	109179	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	55978303
121	NC_006462	GAGCGT	2	12	109421	109432	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55978303
122	NC_006462	CTGGGC	2	12	110180	110191	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55978304
123	NC_006462	GCCTCC	2	12	114073	114084	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978309
124	NC_006462	AGGGCC	2	12	115600	115611	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978310
125	NC_006462	CTTGCC	2	12	116454	116465	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55978310
126	NC_006462	GTCCCG	2	12	117393	117404	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978310
127	NC_006462	TGAGGG	2	12	117428	117439	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	55978310
128	NC_006462	GCCACG	2	12	117912	117923	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978311
129	NC_006462	TCCCGC	2	12	118113	118124	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978311
130	NC_006462	GAGCCC	2	12	122920	122931	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978319
131	NC_006462	GGTGGA	2	12	124416	124427	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	55978321
132	NC_006462	GCCTCG	2	12	125579	125590	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978322
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140	NC_006462	GACCTG	2	12	132239	132250	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978327
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143	NC_006462	CCAGGT	2	12	134874	134885	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978329
144	NC_006462	CCTGGC	2	12	137026	137037	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978330
145	NC_006462	CCTGGA	2	12	138388	138399	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978330
146	NC_006462	CAAGGA	2	12	138895	138906	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	55978331
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150	NC_006462	CGCCTA	2	12	140975	140986	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55978334
151	NC_006462	CGAGCC	2	12	143563	143574	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978336
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154	NC_006462	CCAGGT	2	12	145762	145773	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55978337
155	NC_006462	CCCGGC	2	12	147058	147069	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978338
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158	NC_006462	CCCTGC	2	12	147870	147881	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978338
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162	NC_006462	GCCCTG	2	12	152672	152683	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978343
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226	NC_006462	CGCCCC	2	12	213981	213992	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	55978389
227	NC_006462	ACGCGG	2	12	215267	215278	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55978390
228	NC_006462	GTGGAG	2	12	215362	215373	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	55978390
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230	NC_006462	CGGGGA	2	12	217100	217111	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	55978392
231	NC_006462	GACCAG	2	12	218340	218351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978393
232	NC_006462	TCACGT	2	12	218636	218647	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55978393
233	NC_006462	CCCGTC	2	12	221863	221874	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978398
234	NC_006462	GGGGCA	2	12	223393	223404	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	55978401
235	NC_006462	CTCCCC	2	12	224063	224074	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	55978401
236	NC_006462	GGCCAC	2	12	224391	224402	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55978402
237	NC_006462	CTTGGC	2	12	225775	225786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978403
238	NC_006462	CCCCCA	2	12	226008	226019	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	55978403
239	NC_006462	GTGCCC	2	12	232190	232201	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978410
240	NC_006462	GTGAAC	2	12	234081	234092	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55978411
241	NC_006462	GCTTCC	2	12	234846	234857	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55978411
242	NC_006462	CCGCTT	2	12	235455	235466	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55978412
243	NC_006462	ACGGGG	2	12	236454	236465	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	55978413
244	NC_006462	CTACCC	2	12	237803	237814	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	55978413
245	NC_006462	GAGGAA	2	12	238047	238058	50 %	0 %	50 %	0 %	55978413
246	NC_006462	GCCTCG	2	12	244663	244674	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978420
247	NC_006462	GGCCTC	2	12	245379	245390	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978421
248	NC_006462	CGCCCC	2	12	245664	245675	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	55978422
249	NC_006462	CCTCCA	2	12	245972	245983	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	55978422
250	NC_006462	ACCAGG	2	12	249725	249736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978427
251	NC_006462	CCCCGC	2	12	251070	251081	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	55978429
252	NC_006462	CCTCCA	2	12	251899	251910	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	55978430
253	NC_006462	TTGTCC	2	12	252336	252347	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	55978430
254	NC_006462	CCAACC	2	12	256798	256809	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978434

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.