MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Thermus thermophilus HB8 plasmid pTT27

Total Repeats: 266

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006462	TGCTG	2	10	682	691	0 %	40 %	40 %	20 %	55978185
2	NC_006462	CACCG	2	10	1627	1636	20 %	0 %	20 %	60 %	55978187
3	NC_006462	GGGGC	2	10	2545	2554	0 %	0 %	80 %	20 %	55978189
4	NC_006462	ACCCC	2	10	3083	3092	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
5	NC_006462	TCCCC	2	10	4287	4296	0 %	20 %	0 %	80 %	55978193
6	NC_006462	AGGAG	2	10	5235	5244	40 %	0 %	60 %	0 %	55978195
7	NC_006462	CGCTC	2	10	6114	6123	0 %	20 %	20 %	60 %	55978197
8	NC_006462	GCCAG	2	10	6324	6333	20 %	0 %	40 %	40 %	55978197
9	NC_006462	TGAAC	2	10	7316	7325	40 %	20 %	20 %	20 %	55978198
10	NC_006462	GCCGG	2	10	7436	7445	0 %	0 %	60 %	40 %	55978198
11	NC_006462	CCGCC	2	10	8264	8273	0 %	0 %	20 %	80 %	55978199
12	NC_006462	TGGGG	2	10	9157	9166	0 %	20 %	80 %	0 %	55978200
13	NC_006462	GCCCC	2	10	13117	13126	0 %	0 %	20 %	80 %	55978205
14	NC_006462	CCCGG	2	10	14419	14428	0 %	0 %	40 %	60 %	55978207
15	NC_006462	CCTGG	2	10	15800	15809	0 %	20 %	40 %	40 %	55978208
16	NC_006462	CGCGG	2	10	15953	15962	0 %	0 %	60 %	40 %	55978208
17	NC_006462	TCGCC	2	10	16348	16357	0 %	20 %	20 %	60 %	55978209
18	NC_006462	CCCTG	2	10	16757	16766	0 %	20 %	20 %	60 %	55978209
19	NC_006462	ATCCC	2	10	17335	17344	20 %	20 %	0 %	60 %	55978210
20	NC_006462	GACTT	2	10	17575	17584	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_006462	GAAAA	2	10	18448	18457	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_006462	CGGCT	2	10	19313	19322	0 %	20 %	40 %	40 %	55978212
23	NC_006462	GGGCC	2	10	19396	19405	0 %	0 %	60 %	40 %	55978212
24	NC_006462	CGGAC	2	10	19720	19729	20 %	0 %	40 %	40 %	55978213
25	NC_006462	CCTCC	2	10	20327	20336	0 %	20 %	0 %	80 %	55978213
26	NC_006462	GGGCC	2	10	20599	20608	0 %	0 %	60 %	40 %	55978214
27	NC_006462	GCGAG	2	10	22490	22499	20 %	0 %	60 %	20 %	55978215
28	NC_006462	GGCGG	2	10	25540	25549	0 %	0 %	80 %	20 %	55978217
29	NC_006462	CCTGG	2	10	27311	27320	0 %	20 %	40 %	40 %	55978219
30	NC_006462	CCCCT	2	10	27561	27570	0 %	20 %	0 %	80 %	55978219
31	NC_006462	CGGGA	2	10	28343	28352	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_006462	CCGGG	2	10	28398	28407	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_006462	GGGGC	2	10	28485	28494	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
34	NC_006462	GGAGG	2	10	29183	29192	20 %	0 %	80 %	0 %	55978220
35	NC_006462	CCTCC	2	10	29952	29961	0 %	20 %	0 %	80 %	55978220
36	NC_006462	AGGGG	2	10	30806	30815	20 %	0 %	80 %	0 %	55978220
37	NC_006462	GCCAG	2	10	31163	31172	20 %	0 %	40 %	40 %	55978220
38	NC_006462	CCCAA	2	10	32462	32471	40 %	0 %	0 %	60 %	55978222
39	NC_006462	GGGGA	2	10	32590	32599	20 %	0 %	80 %	0 %	55978222
40	NC_006462	CCCCG	2	10	32672	32681	0 %	0 %	20 %	80 %	55978222
41	NC_006462	CTTCT	2	10	34174	34183	0 %	60 %	0 %	40 %	55978224
42	NC_006462	TGGCC	2	10	34311	34320	0 %	20 %	40 %	40 %	55978225
43	NC_006462	GGCCT	2	10	34575	34584	0 %	20 %	40 %	40 %	55978225
44	NC_006462	GCGGA	2	10	35538	35547	20 %	0 %	60 %	20 %	55978225
45	NC_006462	CGGTG	2	10	35971	35980	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
46	NC_006462	AGGCC	2	10	36224	36233	20 %	0 %	40 %	40 %	55978226
47	NC_006462	GGCCT	2	10	36832	36841	0 %	20 %	40 %	40 %	55978226
48	NC_006462	GGGGC	2	10	36848	36857	0 %	0 %	80 %	20 %	55978226
49	NC_006462	GGGGC	2	10	36920	36929	0 %	0 %	80 %	20 %	55978226
50	NC_006462	GCCCC	2	10	37622	37631	0 %	0 %	20 %	80 %	55978227
51	NC_006462	CAGGC	2	10	39080	39089	20 %	0 %	40 %	40 %	55978229
52	NC_006462	AGGGC	2	10	39150	39159	20 %	0 %	60 %	20 %	55978229
53	NC_006462	CCTCC	2	10	40477	40486	0 %	20 %	0 %	80 %	55978230
54	NC_006462	CGGCC	2	10	40656	40665	0 %	0 %	40 %	60 %	55978230
55	NC_006462	CCTCC	2	10	40699	40708	0 %	20 %	0 %	80 %	55978230
56	NC_006462	CCCTC	2	10	40791	40800	0 %	20 %	0 %	80 %	55978230
57	NC_006462	GGGCC	2	10	40870	40879	0 %	0 %	60 %	40 %	55978230
58	NC_006462	TCCCC	2	10	41596	41605	0 %	20 %	0 %	80 %	55978231
59	NC_006462	GGGCG	2	10	49635	49644	0 %	0 %	80 %	20 %	55978240
60	NC_006462	CCCGA	2	10	50394	50403	20 %	0 %	20 %	60 %	55978241
61	NC_006462	GGGGC	2	10	50565	50574	0 %	0 %	80 %	20 %	55978241
62	NC_006462	CTCCC	2	10	52457	52466	0 %	20 %	0 %	80 %	55978243
63	NC_006462	TGGGT	2	10	52966	52975	0 %	40 %	60 %	0 %	55978244
64	NC_006462	CCGGC	2	10	53723	53732	0 %	0 %	40 %	60 %	55978245
65	NC_006462	GGAGC	2	10	54007	54016	20 %	0 %	60 %	20 %	55978246
66	NC_006462	CAGGC	2	10	54053	54062	20 %	0 %	40 %	40 %	55978246
67	NC_006462	CGGGG	2	10	55974	55983	0 %	0 %	80 %	20 %	55978249
68	NC_006462	GGGCG	2	10	57281	57290	0 %	0 %	80 %	20 %	55978249
69	NC_006462	CCACC	2	10	57473	57482	20 %	0 %	0 %	80 %	55978249
70	NC_006462	GAGGC	2	10	57549	57558	20 %	0 %	60 %	20 %	55978249
71	NC_006462	GGCGG	2	10	57725	57734	0 %	0 %	80 %	20 %	55978249
72	NC_006462	GGCCT	2	10	57873	57882	0 %	20 %	40 %	40 %	55978250
73	NC_006462	TCCTC	2	10	58849	58858	0 %	40 %	0 %	60 %	55978250
74	NC_006462	CAAGG	2	10	60726	60735	40 %	0 %	40 %	20 %	55978251
75	NC_006462	CGCTC	2	10	61252	61261	0 %	20 %	20 %	60 %	55978251
76	NC_006462	GGTCC	2	10	63080	63089	0 %	20 %	40 %	40 %	55978254
77	NC_006462	GGGGA	2	10	64101	64110	20 %	0 %	80 %	0 %	55978255
78	NC_006462	CGCAC	2	10	64790	64799	20 %	0 %	20 %	60 %	55978256
79	NC_006462	GCGGG	2	10	67217	67226	0 %	0 %	80 %	20 %	55978259
80	NC_006462	CCGCC	2	10	67555	67564	0 %	0 %	20 %	80 %	55978259
81	NC_006462	GGAGG	2	10	68783	68792	20 %	0 %	80 %	0 %	55978260
82	NC_006462	GGGAG	2	10	69539	69548	20 %	0 %	80 %	0 %	55978261
83	NC_006462	TCGCC	2	10	70777	70786	0 %	20 %	20 %	60 %	55978262
84	NC_006462	TGAGG	2	10	74206	74215	20 %	20 %	60 %	0 %	55978265
85	NC_006462	TCCCA	2	10	75364	75373	20 %	20 %	0 %	60 %	55978267
86	NC_006462	CGGAG	2	10	76738	76747	20 %	0 %	60 %	20 %	55978269
87	NC_006462	TCCGC	2	10	76842	76851	0 %	20 %	20 %	60 %	55978269
88	NC_006462	CGGGA	2	10	77450	77459	20 %	0 %	60 %	20 %	55978270
89	NC_006462	TGGCC	2	10	77553	77562	0 %	20 %	40 %	40 %	55978270
90	NC_006462	GCTCC	2	10	78736	78745	0 %	20 %	20 %	60 %	55978271
91	NC_006462	GGCCC	2	10	79486	79495	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_006462	CCTTC	2	10	80167	80176	0 %	40 %	0 %	60 %	55978272
93	NC_006462	CCCCG	2	10	81250	81259	0 %	0 %	20 %	80 %	55978274
94	NC_006462	GCGGG	2	10	81929	81938	0 %	0 %	80 %	20 %	55978274
95	NC_006462	GCCCT	2	10	82178	82187	0 %	20 %	20 %	60 %	55978274
96	NC_006462	GGGCC	2	10	83075	83084	0 %	0 %	60 %	40 %	55978275
97	NC_006462	AGCCC	2	10	83650	83659	20 %	0 %	20 %	60 %	55978275
98	NC_006462	GGGCG	2	10	83940	83949	0 %	0 %	80 %	20 %	55978276
99	NC_006462	GGGAG	2	10	84844	84853	20 %	0 %	80 %	0 %	55978276
100	NC_006462	GCGGG	2	10	85248	85257	0 %	0 %	80 %	20 %	55978276
101	NC_006462	GGCGG	2	10	85550	85559	0 %	0 %	80 %	20 %	55978277
102	NC_006462	GAGGC	2	10	86970	86979	20 %	0 %	60 %	20 %	55978279
103	NC_006462	AGGGG	2	10	87763	87772	20 %	0 %	80 %	0 %	55978281
104	NC_006462	GCCCC	2	10	88932	88941	0 %	0 %	20 %	80 %	55978283
105	NC_006462	CCCCG	2	10	89038	89047	0 %	0 %	20 %	80 %	55978283
106	NC_006462	TAGGG	2	10	89694	89703	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
107	NC_006462	GGAAG	2	10	90409	90418	40 %	0 %	60 %	0 %	55978284
108	NC_006462	CGGGG	2	10	90838	90847	0 %	0 %	80 %	20 %	55978285
109	NC_006462	CGGGA	2	10	90958	90967	20 %	0 %	60 %	20 %	55978285
110	NC_006462	CCGCC	2	10	91085	91094	0 %	0 %	20 %	80 %	55978285
111	NC_006462	TCCCC	2	10	91164	91173	0 %	20 %	0 %	80 %	55978285
112	NC_006462	GGCGG	2	10	91343	91352	0 %	0 %	80 %	20 %	55978285
113	NC_006462	CCACG	2	10	91554	91563	20 %	0 %	20 %	60 %	55978285
114	NC_006462	GGGCC	2	10	92177	92186	0 %	0 %	60 %	40 %	55978286
115	NC_006462	CCCCT	2	10	93177	93186	0 %	20 %	0 %	80 %	55978286
116	NC_006462	GGAGG	2	10	93439	93448	20 %	0 %	80 %	0 %	55978287
117	NC_006462	AAAGG	2	10	93989	93998	60 %	0 %	40 %	0 %	55978288
118	NC_006462	GCCCC	2	10	94732	94741	0 %	0 %	20 %	80 %	55978289
119	NC_006462	CCCTG	2	10	95475	95484	0 %	20 %	20 %	60 %	55978289
120	NC_006462	CTCGC	2	10	96860	96869	0 %	20 %	20 %	60 %	55978292
121	NC_006462	CCCCT	2	10	98586	98595	0 %	20 %	0 %	80 %	55978293
122	NC_006462	GCCCC	2	10	99282	99291	0 %	0 %	20 %	80 %	55978294
123	NC_006462	GGGCC	2	10	99459	99468	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
124	NC_006462	CCCCA	2	10	101258	101267	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
125	NC_006462	CCCCG	2	10	101358	101367	0 %	0 %	20 %	80 %	55978297
126	NC_006462	AAGGG	2	10	101486	101495	40 %	0 %	60 %	0 %	55978297
127	NC_006462	CCCTA	2	10	102361	102370	20 %	20 %	0 %	60 %	55978298
128	NC_006462	GGCCC	2	10	102630	102639	0 %	0 %	40 %	60 %	55978298
129	NC_006462	CCTCC	2	10	102988	102997	0 %	20 %	0 %	80 %	55978298
130	NC_006462	GGCCT	2	10	103791	103800	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_006462	GCGCC	2	10	103899	103908	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
132	NC_006462	CGCCC	2	10	104033	104042	0 %	0 %	20 %	80 %	55978299
133	NC_006462	AGCCC	2	10	104470	104479	20 %	0 %	20 %	60 %	55978299
134	NC_006462	GCCCC	2	10	105052	105061	0 %	0 %	20 %	80 %	55978299
135	NC_006462	CCCCG	2	10	105539	105548	0 %	0 %	20 %	80 %	55978299
136	NC_006462	TCCAC	2	10	105622	105631	20 %	20 %	0 %	60 %	55978299
137	NC_006462	CCCTT	2	10	108118	108127	0 %	40 %	0 %	60 %	55978303
138	NC_006462	GCCTC	2	10	112029	112038	0 %	20 %	20 %	60 %	55978307
139	NC_006462	AGGGG	2	10	113583	113592	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
140	NC_006462	AGGGG	2	10	113696	113705	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
141	NC_006462	GCGCC	2	10	114258	114267	0 %	0 %	40 %	60 %	55978309
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.