MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus thermophilus LMG 18311 chromosome

Total Repeats: 292

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006448	CTTTT	2	10	8597	8606	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_006448	GGAAA	2	10	8720	8729	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_006448	TCGTG	2	10	18894	18903	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_006448	GTTAA	2	10	19641	19650	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006448	GGGAG	2	10	20159	20168	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
6	NC_006448	AGGGA	2	10	22368	22377	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_006448	TTGAG	2	10	22602	22611	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_006448	TTTTA	2	10	27174	27183	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_006448	AACAA	2	10	33021	33030	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_006448	ACTAT	2	10	44742	44751	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_006448	AATAA	2	10	49441	49450	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_006448	CTTTT	2	10	52917	52926	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_006448	TTCTT	2	10	65829	65838	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_006448	TTTGA	2	10	65839	65848	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_006448	GATAA	2	10	65944	65953	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_006448	TCGTG	2	10	67875	67884	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_006448	GTTAA	2	10	68622	68631	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_006448	GGGAG	2	10	69140	69149	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_006448	AGGGA	2	10	71349	71358	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_006448	TTGAG	2	10	71583	71592	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_006448	GGGGC	2	10	83768	83777	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
22	NC_006448	CAGCC	2	10	83779	83788	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
23	NC_006448	AAAAG	2	10	84882	84891	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_006448	TTTTA	2	10	95498	95507	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006448	TTTAC	2	10	104034	104043	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_006448	ATTTT	2	10	104453	104462	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_006448	ATTAT	2	10	109922	109931	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006448	AAAAG	2	10	111054	111063	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_006448	AGCAA	2	10	112877	112886	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_006448	ATTGT	2	10	117221	117230	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006448	AAGTG	2	10	125270	125279	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_006448	TTCGT	2	10	125299	125308	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_006448	TGATA	2	10	126685	126694	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_006448	TCGTG	2	10	130119	130128	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_006448	GTTAA	2	10	130866	130875	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_006448	GGGAG	2	10	131384	131393	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_006448	AGGGA	2	10	133593	133602	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
38	NC_006448	TTGAG	2	10	133827	133836	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_006448	TCGTG	2	10	135926	135935	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_006448	GTTAA	2	10	136673	136682	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_006448	GGGAG	2	10	137191	137200	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006448	AGGGA	2	10	139400	139409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006448	TTGAG	2	10	139634	139643	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_006448	TAAAC	2	10	149176	149185	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_006448	ATAAA	2	10	159158	159167	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006448	TATTT	2	10	166187	166196	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006448	CACAA	2	10	170173	170182	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_006448	AGATA	2	10	173854	173863	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_006448	TTTTA	2	10	174232	174241	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006448	CTTTA	2	10	181965	181974	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_006448	ATTTG	2	10	188876	188885	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006448	TTTCT	2	10	214924	214933	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_006448	CAATC	2	10	215380	215389	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_006448	TAGTA	2	10	223033	223042	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_006448	GAACA	2	10	237768	237777	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_006448	GTTAC	2	10	246967	246976	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_006448	TATAA	2	10	257318	257327	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_006448	ATGTA	2	10	257642	257651	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_006448	GAGAA	2	10	284817	284826	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_006448	AATTT	2	10	307391	307400	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_006448	CCTTG	2	10	314575	314584	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_006448	TATCT	2	10	315408	315417	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_006448	TAAAA	2	10	319929	319938	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_006448	TTAAG	2	10	328404	328413	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_006448	TTTAA	2	10	328450	328459	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_006448	ATTAA	2	10	328471	328480	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_006448	GCTAT	2	10	330845	330854	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_006448	CTGGC	2	10	336161	336170	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_006448	CTTAA	2	10	348037	348046	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_006448	TCGTG	2	10	359449	359458	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_006448	GTTAA	2	10	360196	360205	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_006448	GGGAG	2	10	360714	360723	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
73	NC_006448	AGGGA	2	10	362923	362932	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006448	TTGAG	2	10	363157	363166	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_006448	TGATT	2	10	371816	371825	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_006448	TTGAG	2	10	386477	386486	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_006448	ATTTG	2	10	387278	387287	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_006448	GTCAA	2	10	402527	402536	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_006448	AAGAA	2	10	412203	412212	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_006448	CAAGA	2	10	417176	417185	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_006448	GAGAT	2	10	417735	417744	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_006448	TTTGC	2	10	418837	418846	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_006448	AATCA	2	10	418962	418971	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_006448	TTTTA	2	10	423209	423218	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_006448	GTTTA	2	10	430216	430225	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_006448	ACTTG	2	10	450208	450217	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_006448	TATAA	2	10	465596	465605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006448	ATAAA	2	10	468593	468602	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_006448	TTTTA	2	10	479064	479073	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_006448	ATTTT	2	10	480339	480348	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_006448	AGGAA	2	10	481538	481547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006448	TTTCA	2	10	502012	502021	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_006448	AAACT	2	10	506705	506714	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_006448	ATGTG	2	10	511131	511140	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006448	TAAAA	2	10	524553	524562	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_006448	TAGAT	2	10	527936	527945	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_006448	TATAA	2	10	535769	535778	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_006448	TTCAG	2	10	536968	536977	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_006448	AGCTA	2	10	542483	542492	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_006448	TCAAG	2	10	546026	546035	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_006448	TAAAA	2	10	548787	548796	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006448	AACAT	2	10	561698	561707	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_006448	TATGA	2	10	578665	578674	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_006448	TTGAT	2	10	579254	579263	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_006448	TAAAA	2	10	584347	584356	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_006448	CAGAT	2	10	600100	600109	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_006448	AAATA	2	10	602143	602152	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_006448	ATTTA	2	10	619209	619218	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_006448	ATATA	2	10	620828	620837	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_006448	AAAAT	2	10	623772	623781	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_006448	TATCA	2	10	659060	659069	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_006448	TATAA	2	10	679667	679676	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006448	ATTTA	2	10	698393	698402	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_006448	AAAAC	2	10	699512	699521	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_006448	AATGA	2	10	702770	702779	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_006448	CCATA	2	10	705421	705430	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_006448	TAAGA	2	10	708332	708341	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_006448	TTTAT	2	10	730680	730689	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_006448	GATGT	2	10	739991	740000	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_006448	ATATA	2	10	758201	758210	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_006448	AAAAG	2	10	758215	758224	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_006448	TTCTT	2	10	761017	761026	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_006448	CTTTT	2	10	761497	761506	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_006448	TTAGA	2	10	763470	763479	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_006448	CTATA	2	10	785476	785485	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_006448	AAAAT	2	10	787378	787387	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_006448	TAAAA	2	10	789084	789093	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_006448	TAAAA	2	10	789690	789699	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_006448	GTTAA	2	10	789726	789735	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_006448	ATTTT	2	10	789830	789839	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_006448	CATAT	2	10	791291	791300	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_006448	TATAA	2	10	815188	815197	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_006448	AAAGC	2	10	815200	815209	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_006448	TAACT	2	10	829921	829930	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_006448	CTTTT	2	10	832586	832595	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_006448	GAAAG	2	10	840215	840224	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_006448	TATCA	2	10	845124	845133	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_006448	TCCGA	2	10	846013	846022	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_006448	TATTT	2	10	850581	850590	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_006448	GATAA	2	10	851514	851523	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_006448	ATAAA	2	10	856951	856960	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_006448	ATATA	2	10	862530	862539	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_006448	ATACT	2	10	870739	870748	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_006448	AAAAG	2	10	877094	877103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_006448	TAACT	2	10	877839	877848	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_006448	TTTAA	2	10	882876	882885	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_006448	TACAA	2	10	890004	890013	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_006448	AGATG	2	10	893382	893391	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_006448	TATTG	2	10	952677	952686	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_006448	TCAAT	2	10	1145809	1145818	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_006448	ATCTA	2	10	1205035	1205044	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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271	NC_006448	ACATT	2	10	1694174	1694183	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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281	NC_006448	TATTT	2	10	1721823	1721832	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_006448	TGCTT	2	10	1740423	1740432	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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288	NC_006448	TAAAA	2	10	1757223	1757232	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_006448	ATCAA	2	10	1770120	1770129	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
290	NC_006448	TATCT	2	10	1781547	1781556	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_006448	ATTAA	2	10	1787843	1787852	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_006448	AAATT	2	10	1793138	1793147	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.